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Paragon Genomics
- CleanPlex® シリーズの特長
- 新型コロナウイルスパネル
- がん関連パネル
- 融合遺伝子パネル
- 遺伝性疾患パネル
- CleanPlex® UMIシリーズ
- CleanPlex® Custom NGS Amplicon Panels
  
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Paragon Genomics社製品
NGS ライブラリー調製キット
CleanPlex® シリーズの特長 / 新型コロナウイルス関連パネル / がん関連パネル / 融合遺伝子パネル / 遺伝性疾患パネル / CleanPlex® UMIシリーズ / CleanPlex® Custom NGS Amplicon Panels

Paragon Genomics 社では、次世代シークエンシング(illumina社、Thermo Fisher Scientific社、またはMGI社に対応)用の迅速かつ簡単なライブラリー調製キットを販売しています。独自の Ultra-high multiplex PCR-based target enrichment solutions による CleanPlex® background-removing テクノロジーを用いることで、正確で感度が高く、費用対効果の高いターゲットシークエンシングアッセイを可能にします。本製品は、癌研究、リキッドバイオプシー、バイオマーカーの発見、コンパニオン診断、免疫療法モニタリングなど、幅広い目的でご使用頂けます。
CleanPlex® SARS-CoV-2 Panel

チラシダウンロード(PDF)
CleanPlex® シリーズの特長

【特長】
独自のプライマー設計アルゴリズム、均一なマルチプレックスPCR増幅、特許取得済のバックグラウンドクリーニングを組み合わせることで、PCR、アンプリコンおよびハイブリッドキャプチャベースのターゲットエンリッチメントテクノロジーの限界を打ち破ることができます。

【利点】
高い増幅の均一性と低いPCRバックグラウンドノイズ
正確なバリアントコール
少ないシークエンスコスト
単一チューブおよびハンズオンタイム3時間のワークフロー
扱いが難しいサンプル(劣化したFFPE、cfDNA)との互換性
Illumina、Ion Torrent、MGISeqとの互換性
極めて高い感度(10ngインプットで1%LOD)


CleanPlex® のワークフロー
【バックグラウンドクリーニングによる高いシークエンスパフォーマンス】
バックグラウンドクリーニングを行うことで、ほとんどの非標的産物が生成されず、シャープかつクリーンなライブラリピークが取得可能です。

新型コロナウイルス関連パネル

【CleanPlex® SARS-CoV-2 Panel】

本パネルは、SARS-CoV-2用のNGSパネルであり、新型コロナウイルスパンデミックの原因であるSARS-CoV-2ウイルスの完全なゲノム配列決定を可能にします。
低いシークエンス深度であっても、非常に低いウイルスコピー数に対して卓越した感度を示すことができます。

◆独自開発のプライマー

Wuhan-Hu-1株(MN908947/NC_045512.2)全長を99.7%をカバーする様に設計されています。
ターゲットサイズ 29,903 bp
アンプリコンの数 343
アンプリコンのサイズ 116-196 bp, Median 149 bp
プライマープールの数 2

◆ゲノムカバレッジに関するテストデータ

様々なシークエンス深度でのゲノムカバレッジ(10x)とInputウイルスコピー数

様々なシークエンス深度でのゲノムカバレッジ(50x)とInputウイルスコピー数

◆変異検出精度に関するテストデータ

非常に高い精度で SARS-CoV-2 変異株の変異を検出することが可能です。

SARS-CoV-2 MT007544株RNAを使用して、全長解析を行い、
検出が予想される4つの変異の検出率の結果

◆参考文献
1. Alireza, H. et al. Characterization of local SARS-CoV-2 isolates and pathogenicity in IFNAR−/- mice. Heliyon, Volume 6, Issue 9, 2020, e05116, ISSN 2405-8440.
2. Sofonias, K, T. et al. Highly Multiplexed Sequencing of Microhaplotypes From the Plasmodium falciparum Heterozygome. The Journal of Infectious Diseases, 2020;, jiaa527.
3. Chenyu, L. et al. Highly sensitive and full-genome interrogation of SARS-CoV-2 using multiplexed PCR enrichment followed by next-generation sequencing. bioRxiv 2020.03.12.988246.

【CleanPlex® SARS-CoV-2 FLEX Panel】

ゲノムの多型領域の縮重プライマーを採用した CleanPlex® SARS-CoV-2 FLEX Panel は、より強力な変異検出能を有したパネルとなっております。FLEXパネルを用いることで通常品と比較してアンプリコン均一性がわずかに向上し、通常品では若干増幅効率が低くなる変異株のカバレッジが改善されます。FLEXパネルには、Human RNA コントロールプライマーが含まれており、確実なネガティブコントロールとして機能します。このコントロールプライマーは、TATA Binding Protein(TBP)のヒトハウスキーピング遺伝子をターゲットとしています。

▲通常品とFLEXパネルの均一性を比較した結果

▲GC%含量とRead depthによってプロットされた
343のアンプリコン均一性

◆参考文献
1. Slawomir, K. et al. Guidelines for accurate genotyping of SARS-CoV-2 using amplicon-based sequencing of clinical samples. bioRxiv 2020.12.01.405738.

【CleanPlex® Respiratory Virus Research Panel V2】

本パネルは、SARS-CoV-2の完全ゲノム配列とインフルエンザA H1N1、H1N2、H3N2、インフルエンザB、呼吸器合胞体ウイルス(RSV)A、Bの部分配列を同時に検出可能です。これにより、SARS-CoV-2変異解析とインフルエンザウイルスやRSVの検出を同時に行うことが可能です。TATA Binding protein(TBP)のヒトハウスキーピング遺伝子をターゲットとするHuman RNAコントロールプライマーも含まれています。

ウイルス ターゲット領域 増幅産物数
SARS-CoV-2 完全ゲノム配列(ゲノム末端の92bpを除く) 172 (pool 1), 171 (pool 2)
Influenza A H1N1 HA, M1, NA, NP, NS1, PA, PB1, PB2 18 (pool 1)
Influenza A H1N2 HA, M1, M2, NA, NP, NS1, PB1, PB2 17 (pool 1)
Influenza A H3N2 HA, M1, M2, NA, NP, NS1, PA, PB1, PB2 31 (pool 1)
Influenza B HA, M1, NA, NS1, PB1, PB2 32 (pool 1)
RSV A G, F, M, N, NS1, NS2, L, SH, M2-1 21 (pool 1)
RSV B G, F, M, N, NS1, NS2, P, L, SH, M2-1 30 (pool 1)
Human RNA Primer Control TBP(House Keeping Gene) 1 (pool 1)


▲各ウイルスコントロールサンプルから調整されたライブラリーでカバレッジが30Xを超えるアンプリコンの割合
シークエンスデータはサンプルあたりわずか50,000リードがダウンサンプリングされています。
SARS-CoV-2サンプルのオフターゲットリードは、RSV Bサンプルによるものであることが確認されました。


▲各ウイルスコントロールサンプルから調整されたライブラリーのアンプリコンの on-target rate
シークエンスデータはサンプルあたりわずか50,000リードがダウンサンプリングされています。

◆参考文献
1. Thao, T. et al. Persistent SARS-CoV-2 infection and increasing viral variants in children and young adults with impaired humoral immunity. medRxiv 2021.02.27.21252099
2. Alteri, C. et al. Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 reveals multiple lineages and early spread of SARS-CoV-2 infections in Lombardy, Italy Nat Commun 12, 434 (2021).
3. Utsav, P. et al. High Prevalence of SARS-CoV-2 Genetic Variation and D614G Mutation in Pediatric Patients with COVID-19, Open Forum Infectious Diseases, 2020;, ofaa551
4. Pandey, U. et al. Pediatric COVID-19 in Southern California: clinical features and viral genetic diversity medRxiv 2020.05.28.20104539
5. Hebah, A, A, K. et al. Within-Host Diversity of SARS-CoV-2 in COVID-19 Patients With Variable Disease Severities. Front. Cell. Infect. Microbiol. 10, 2020, 534.

◆価格
製品名 容量 税別定価 品番 データシート マニュアル
CleanPlex® SARS-CoV-2 Panel
for Illumina
8 rxns  お問合せ 918010
96 rxns  お問合せ 918011
CleanPlex® SARS-CoV-2 Panel
for MGI
8 rxns  お問合せ 918001
96 rxns  お問合せ 918002
CleanPlex® SARS-CoV-2 FLEX Panel
for Illumina
8 rxns  お問合せ 918013
96 rxns  お問合せ 918014
CleanPlex® Respiratory Virus
Research Panel V2 for Illumina
8 rxns  お問合せ 918305
96 rxns  お問合せ 918304
※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag® Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。
  他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。


がん関連パネル

【CleanPlex® BRCA1 & BRCA2 Panel v3】

本パネルは、BRCA1およびBRCA2遺伝子全体にわたる体細胞および生殖細胞変異の評価をする様に設計された、マルチプレックスPCRベースのターゲットリシークエンスアッセイです。わずか20ngのDNAを使用して、変異体対立遺伝子頻度が1%と低い体細胞変異を検出することが可能です。

【CleanPlex® TP53 Panel】

本パネルは、TP53遺伝子全体の体細胞および生殖細胞変異の評価をする様に設計された、マルチプレックスPCRベースのターゲットリシークエンスアッセイです。TP53のすべてのエクソン領域と隣接するイントロン配列をターゲットとしています。わずか20ngのDNAを使用して、変異体対立遺伝子頻度が1%と低い体細胞変異を検出することが可能です。

【CleanPlex® OncoZoom® Cancer Hotspot Panel】

本パネルは、65の発癌遺伝子と腫瘍抑制遺伝子の2,900以上のホットスポットをターゲットに設定し、領域全体の体細胞変異を検出することが可能です。わずか10pgの高品質ゲノムDNAから、高いオンターゲット率と均一性の高いカバレッジデータを得ることが可能です。


▲ターゲット遺伝子リスト

▲予想変異と検出された変異の頻度
(Input DNA: 10ng)

【CleanPlex® Hereditary Cancer Panel v2】

本パネルは、遺伝性癌の発症リスクの増加に関連する遺伝子を分析するために設計されています。関連する癌には、乳癌、卵巣癌、子宮癌、皮膚癌、前立腺癌、胃癌、結腸直腸癌、膵臓癌などが含まれます。パネルは、37の遺伝子の一塩基変異(SNV)および短い挿入や欠失(indels)、さらに BRCA1 3'UTR の rs12516 と rs8176318 のホットスポット変異、MSH2(Boland inversion)のエクソン1-7の遺伝子再構成も検出可能です。

▲ターゲット遺伝子リスト

【CleanPlex® TMB 500 Panel】

本パネルは、腫瘍変異負荷(tumor mutational burden)および包括的な癌プロファイリングの迅速かつ正確な評価を可能とします。主要な固形腫瘍に関連する516の遺伝子をターゲットとしており、全エクソームシークエンスとの相関は、96%を超えています。パネルは1.64Mbのゲノムコンテンツ(1.19Mbエクソン)をカバーし、一塩基変異(SNV)および短い挿入や欠失(indels)の両方をターゲットにしています。
わずか20ngのFFPE DNA または血液サンプルの高品質gDNAを使用し、豊富なターゲット遺伝子のライブラリーを構築します。


▲CleanPlex® TMB 500 Panel と全エクソームシークエンスの相関
CleanPlex® TMB 500 Panel 遺伝子リスト(txt)

Cancer Genome Atlas (TCGA) のデータを使用して、本パネルと全エクソームシークエンスで検出された体細胞変異数の相関を計算した。

(a) 皮膚悪性腫瘍(n=444)
(b) 結腸直腸腺癌(n=384)

【価格】
製品名 容量 税別定価 品番 データシート マニュアル
CleanPlex® BRCA1 & BRCA2 Panel v3 8 rxns  お問合せ 916112
96 rxns  お問合せ 916113
CleanPlex® TP53 Panel 8 rxns  お問合せ 916008
96 rxns  お問合せ 916009
CleanPlex® OncoZoom Cancer Hotspot Panel 8 rxns  お問合せ 916001
96 rxns  お問合せ 916002
CleanPlex® Hereditary Cancer Panel v2 8 rxns  お問合せ 916114
96 rxns  お問合せ 916115
CleanPlex® TMB 500 Panel 8 rxns  お問合せ 916073
96 rxns  お問合せ 916074
※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag® Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。
  他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。


融合遺伝子パネル

【OncoFusionTM RNA Lung Cancer Panel】

本パネルは、アンプリコンベースのターゲットエンリッチメントによる非小細胞肺癌に関連する530を超える既知および未知の融合遺伝子の検出を可能にします。新規の融合パートナーに加えて、スプライシングバリアントの検出も可能です。

◆特長
・肺がんの既知および新規のRNA融合の同定
 シングルプライマー法を用いて、530を超える既知および新規RNA融合を同定
・非常に低いrRNAレートで優れたパフォーマンス
 高品質のライブラリーを調整することで、非常に高いオンターゲット率を実現
・高感度な検出
 1%までのバリアント頻度を高い信頼性で検出可能

◆ワークフロー


OmniFusionTM シングルプライマー法

テンプレートスイッチングテクノロジーを使用して、RNAフラグメントの5'末端にユニバーサルプライマーを追加します。アクセプター遺伝子に特異的なターゲット3'プライマーと組み合わせることで、テンプレートの長さの制限を回避し、FFPE RNA などの損傷したRNAフラグメントでもより高い感度を実現します。これにより、新規のRNAフラグメントの変異を検出できます。

【AccuFusionTM RNA Lung Cancer Panel】

本パネルは、アンプリコンベースのターゲットエンリッチメントによる非小細胞肺癌に関連する280の既知融合遺伝子の検出を可能にします。既知の融合遺伝子に特異的なターゲットプライマーを使用して、ライブラリーを作成します。

◆特長
・肺がんの既知のRNA融合の同定
 約280の既知のRNA融合に特異的なデュアルプライマーマルチプレックスPCR法
・高いオンターゲットレートで優れたパフォーマンス
 高品質のライブラリーを調整することで、非常に高いオンターゲット率を実現
・高感度な検出
 1%までのバリアント頻度を高い信頼性で検出可能であり、バイアスが少なくコピー数の相関が高い

◆ワークフロー

AccuFusionTM デュアルプライマーマルチプレックスPCR法

デュアルプライマーベースのテクノロジーは、融合遺伝子ターゲット特異的プライマーを使用してライブラリーを生成します。わずか10ngの RNA input であっても、まれな変異体を高感度で検出できます。FFPE RNA などの損傷したRNAフラグメントでもより高い感度を実現します。増幅バイアスが少なく、コピー数の相関が高い結果を得ることができます。

【Seraseq® Fusion RNA Mix v4 (25ng) を用いてOmniFusionとAccuFusionで解析した結果】

OmniFusion AccuFusion

OmiFusionは、未知の情報を持つ新規融合を特定することができます。

AccuFusionでは、既知の融合ターゲットの存在を調べるために使用できます。

◆価格
製品名 容量 税別定価 品番 データシート マニュアル
OmniFusionTM RNA Lung Cancer Panel 8 rxns  お問合せ 917100
96 rxns  お問合せ 917101
AccuFusionTM RNA Lung Cancer Panel 8 rxns  お問合せ 917103
96 rxns  お問合せ 917104
※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag® Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。
  他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。


遺伝性疾患パネル

【CleanPlex® Mitochondrial Disease Panel】

本パネルは、ヒトミトコンドリアゲノム全体の変異を評価するために設計された、マルチプレックスPCRベースのターゲットリシークエンスアッセイです。
約17kbのミトコンドリアゲノムの37遺伝子すべてをターゲットにしているため、重要な変異の同定が可能です。高品質のゲノムDNAを2ngを使用して、高いオンターゲット率と均一性の高いカバレッジデータを得ることが可能です。
MT-ATP6 MT-ND2 MT-RNR2 MT-TH MT-TP MT-TW
MT-ATP8 MT-ND3 MT-TA MT-TI MT-TQ MT-TY
MT-CO1 MT-ND4 MT-TC MT-TK MT-TR -
MT-CO2 MT-ND4L MT-TD MT-TL1 MT-TS1 -
MT-CO3 MT-ND5 MT-TE MT-TL2 MT-TS2 -
MT-CYB MT-ND6 ME-TF MT-TM MT-TT -
MT-ND1 MT-RNR1 MT-TG MT-TN MT-TV -
▲ターゲット遺伝子リスト
【CleanPlex® CFTR Panel】

本パネルは、嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子(CFTR)遺伝子全体の生殖細胞変異体の評価が可能です。CFTRのすべてのエクソン領域と隣接するイントロン配列をターゲットとしています。
わすか10ngのDNAを使用して、高いオンターゲット率と均一性が高いカバレッジデータを得ることができ、新規または既知の変異を検出することが可能です。

▲10ngのgDNAを用いたUniformity Plot
◆価格
製品名 容量 税別定価 品番 データシート マニュアル
CleanPlex® Mitochondrial Disease Panel
for Illumina
8 rxns  お問合せ 916107
96 rxns  お問合せ 916063
CleanPlex® CFTR Panel
for Illumina
8 rxns  お問合せ 916116 
96 rxns  お問合せ 916117
※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。
  他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。

【CleanPlex® Indexed PCR Primers】

◆価格
製品名 容量 単品購入価格 パネルと
同時購入価格
品番
CleanPlex® Dual-Indexed PCR Primers for Illumina 8 rxns お問合せ ¥32,000 716021
96 rxns お問合せ ¥87,000 716006
384 rxns お問合せ ¥249,000 716017
CleanPlex® Unique Dual-Indexed PCR Primers for Illumina 8 rxns お問合せ ¥37,000 716015
96 rxns お問合せ ¥128,000 716014
CleanPlex® Single-Indexed PCR Primers for Ion Torrent 8 rxns お問合せ ¥38,000 716016
96 rxns お問合せ ¥136,000 716008
CleanPlex® Single-Indexed PCR Primers for MGI 32 rxns お問合せ ¥68,000 318001
96 rxns お問合せ ¥120,000 918007
※インデックスプライマーの配列情報は、各パネルのマニュアルに記載されています。

【CleanPlex® Magnetic Beads】

◆価格
製品名 容量 単品購入価格 パネルと
同時購入価格
品番
CleanMag® Magnetic Beads 1 ml (9 rxns) ¥48,000 お問合せ 718001
5 ml (45 rxns) ¥70,000 お問合せ 718002
60 ml (540 rxns) ¥200,000 お問合せ 718003
450 ml (4050 rxns) ¥833,000 お問合せ 718004
CleanMag® Magnetic Rack 1 ¥97,000 - 719001
※CleanMag® Magnetic Beads は、AMPureTM XP Kit (Beckman Coulter) を代替品としてご使用頂けます。


CleanPlex® UMI シリーズ

【CleanPlex® UMI の特長】

CleanPlex® UMI テクノロジーは、独自のマルチプレックスPCRベースの分子バーコーディング技術を使用して、各DNA分子の2本の鎖を一意に標識および区別します。組み込まれた分子識別子(UMI)により、同じインデックスを共有するリード間のコンセンサスに基づいてPCRおよびシークエンスエラーと真の変異を区別することを可能にします。このことにより、変異検出のための高い感度および特異性をもたらします。
分子バーコード化されたライブラリーには、インサートの両端に1つずつ、計2つの16ヌクレオチドUMIが含まれています。ライブラリーの各ペア間でインサートの片側は同じUMIを共有しますが、反対側では共有しません。これにより、ペアをグループ化して互いに比較し、より正確なコンセンサスシークエンスを取得できます。
50ngの SeraCare Seraseq
TM ctDNA GompleteTM Mutation Mix を0.1%のマイナーアレル頻度(MAF)で使用し、NGSライブラリーを準備しました。データは、UMIを使用して、または使用せずに分析されました。UMIのエラー修正により偽陽性が大幅に減少し、真の変異(オレンジ色の円と三角形)をバックグラウンドノイズ(白い円)から区別できることを示しています。

UMIが組み込まれたライブラリー


CleanPlex® UMI テクノロジーの概略


UMI テクノロジーの有無での偽陽性と真の陽性

【CleanPlex® UMI Lung Cancer Panel】

本パネルは、肺がんに関連する23の遺伝子のホットスポット領域全体にわたる低頻度変異の迅速かつ高い信頼性のある検出のために設計されたターゲットリシークエンスアッセイです。CleanPlex® UMIテクノロジーに基づくこのパネルは、cfDNAおよびFFPE DNAと互換性があり、液体生検および腫瘍プロファイリングアプリケーションで腫瘍DNAを正確に分析することが可能です。
本パネルを使用することで、SeraCare SeraseqTM ctDNA CompleteTM Mutation Mix に存在する13の変異の大部分を検出することができます。また、わずか30ngのDNAを使用して、0.5%未満の対立遺伝子頻度の低頻度変異を検出することが可能です。

ターゲット遺伝子リスト


Input DNA の量に応じた低頻度変異の検出数
◆参考資料
  CleanPlex® UMI Lung Cancer Panel 製品データシート
CleanPlex® UMI Lung Cancer Panel 製品マニュアル

◆価格
製品名 容量 税別定価 Cat.#
CleanPlex® UMI Lung Cancer Panel 8 rxns  お問合せ 916064
96 rxns  お問合せ 916066
※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。
  他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。

お問い合わせ 試薬部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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