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Paragon Genomics
- CleanPlex® シリーズの特長
- CleanPlex® シリーズ(illumina)
- CleanPlex® シリーズ(MGI)
- CleanPlex® UMIシリーズ
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Paragon Genomics社製品
NGS ライブラリー調製キット
CleanPlex® シリーズの特長 / CleanPlex® シリーズ(illumina) / CleanPlex® シリーズ(MGI) / CleanPlex® UMIシリーズ / CleanMag® Magnetic Beads

Paragon Genomics 社では、次世代シークエンシング(illumina社、Thermo Fisher Scientific社、またはMGI社に対応)用の迅速かつ簡単なライブラリー調製キットを販売しています。独自の Ultra-high multiplex PCR-based target enrichment solutions による CleanPlex® background-removing テクノロジーを用いることで、正確で感度が高く、費用対効果の高いターゲットシークエンシングアッセイを可能にします。本製品は、癌研究、リキッドバイオプシー、バイオマーカーの発見、コンパニオン診断、免疫療法モニタリングなど、幅広い目的でご使用頂けます。
CleanPlex® SARS-CoV-2 Panel

チラシダウンロード(PDF)
CleanPlex® シリーズの特長

【特長】
独自のプライマー設計アルゴリズム、均一なマルチプレックスPCR増幅、特許取得済のバックグラウンドクリーニングを組み合わせることで、PCR、アンプリコンおよびハイブリッドキャプチャベースのターゲットエンリッチメントテクノロジーの限界を打ち破ることができます。

【利点】
高い増幅の均一性と低いPCRバックグラウンドノイズ
正確なバリアントコール
少ないシークエンスコスト
単一チューブおよびハンズオンタイム3時間のワークフロー
扱いが難しいサンプル(劣化したFFPE、cfDNA)との互換性
Illumina、Ion Torrent、MGISeqとの互換性
極めて高い感度(10ngインプットで1%LOD)


CleanPlex® のワークフロー
【バックグラウンドクリーニングによる高いシークエンスパフォーマンス】
バックグラウンドクリーニングを行うことで、ほとんどの非標的産物が生成されず、シャープかつクリーンなライブラリピークが取得可能です。

CleanPlex® シリーズ(illumina)

本シリーズは、cfDNA、または酵素で断片化されたgDNA/FFPEなどを対象として、次世代シークエンシング(Illumina)機器での使用に適した高品質ライブラリーを生成することが可能です。

【CleanPlex® SARS-CoV-2 Panel】

本パネルは、SARS-CoV-2用のNGSパネルであり、研究用に設計されています。新型コロナウイルスパンデミックの原因であるSARS-CoV-2ウイルスの完全なゲノム配列決定を可能にします。
低いシークエンス深度であっても、非常に低いウイルスコピー数に対して卓越した感度を示すことができます。Inputウイルス20コピー、50,000のペアエンド(PE)リードでも高いパフォーマンスを維持することが可能です。


様々なシークエンス深度でのゲノムカバレッジ(10x)とInputウイルスコピー数
◆参考資料
  CleanPlex® SARS-CoV-2 Panel 製品データシート
CleanPlex® SARS-CoV-2 Panel 製品マニュアル
Reference Genome: NC_045512.2

◆価格
製品名 容量 税別定価 Cat.#
CleanPlex® SARS-CoV-2 Panel 8 rxns  ¥139,000 918010 
96 rxns  ¥737,000 918011
384 rxns ¥2,641,000 918012
※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。
  他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。

【CleanPlex® BRCA1 & BRCA2 Panel v3】

本パネルは、BRCA1およびBRCA2遺伝子全体にわたる体細胞および生殖細胞変異の評価をする様に設計された、マルチプレックスPCRベースのターゲットリシークエンスアッセイです。わずか20ngのDNAを使用して、変異体対立遺伝子頻度が1%と低い体細胞変異を検出することが可能です。

◆参考資料
  CleanPlex® BRCA1 & BRCA2 Panel v3 製品データシート
CleanPlex® BRCA1 & BRCA2 Panel v3 製品マニュアル

◆価格
製品名 容量 税別定価 Cat.#
CleanPlex® SARS-CoV-2 Panel 8 rxns  ¥324,000 916112 
96 rxns  ¥1,020,000 916113
※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag® Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。
  他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。

【CleanPlex® TP53 Panel】

本パネルは、TP53遺伝子全体の体細胞および生殖細胞変異の評価をする様に設計された、マルチプレックスPCRベースのターゲットリシークエンスアッセイです。TP53のすべてのエクソン領域と隣接するイントロン配列をターゲットとしています。わずか20ngのDNAを使用して、変異体対立遺伝子頻度が1%と低い体細胞変異を検出することが可能です。

◆参考資料
  CleanPlex® TP53 Panel 製品データシート
CleanPlex® TP53 Panel 製品マニュアル

◆価格
製品名 容量 税別定価 Cat.#
CleanPlex® TP53 Panel 8 rxns  ¥129,000 916008 
96 rxns  ¥653,000 916009
※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag® Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。
  他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。

【CleanPlex® Mitochondrial Disease Panel】

本パネルは、ヒトミトコンドリアゲノム全体の変異を評価するために設計された、マルチプレックスPCRベースのターゲットリシークエンスアッセイです。
パネルは、約17kbのミトコンドリアゲノムの37遺伝子すべてをターゲットにし、完全にカバーしているため、重要な変異の同定が可能です。高品質のゲノムDNAを2ngを使用して、高いオンターゲット率と均一性の高いカバレッジデータを得ることが可能です。
MT-ATP6 MT-ND3 MT-TC MT-TL1 MT-TS2
MT-ATP8 MT-ND4 MT-TD MT-TL2 MT-TT
MT-CO1 MT-ND4L MT-TE MT-TM MT-TV
MT-CO2 MT-ND5 ME-TF MT-TN MT-TW
MT-CO3 MT-ND6 MT-TG MT-TP MT-TY
MT-CYB MT-RNR1 MT-TH MT-TQ -
MT-ND1 MT-RNR2 MT-TI MT-TR -
MT-ND2 MT-TA MT-TK MT-TS1 -
ターゲット遺伝子リスト
◆参考資料
  CleanPlex® Mitochondrial Disease Panel 製品データシート
CleanPlex® Mitochondrial Disease Panel 製品マニュアル

◆価格
製品名 容量 税別定価 Cat.#
CleanPlex® Mitochondrial Disease Panel 8 rxns  ¥166,000 916107
96 rxns  ¥949,000 916063
※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。
  他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。

【CleanPlex® OncoZoom® Cancer Hotspot Panel】

本パネルは、65の発癌遺伝子と腫瘍抑制遺伝子の2,900以上のホットスポットをターゲットに設定し、領域全体の体細胞変異を検出することが可能です。わずか10pgの高品質ゲノムDNAから、高いオンターゲット率と均一性の高いカバレッジデータを得ることが可能です。
本パネルでは、10ngのDNAを使用して、体細胞変異を1%の頻度まで検出可能です。FFPE組織から単離されたDNAなどの分解サンプルにも対応しています。

◆参考資料
  CleanPlex® OncoZoom® Cancer Hotspot Panel 製品データシート
CleanPlex® OncoZoom® Cancer Hotspot Panel 製品マニュアル

ターゲット遺伝子リスト


予想変異と検出された変異の頻度
(Input DNA: 10ng)
◆価格
製品名 容量 税別定価 Cat.#
CleanPlex® OncoZoom® Cancer Hotspot Panel 8 rxns  ¥197,000 916001
96 rxns  ¥1,217,000 916002
※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。
  他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。

【CleanPlex® Hereditary Cancer Panel v2】

本パネルは、遺伝性癌の発症リスクの増加に関連する遺伝子を分析するために設計されています。関連する癌には、乳癌、卵巣癌、子宮癌、皮膚癌、前立腺癌、胃癌、結腸直腸癌、膵臓癌などが含まれます。パネルは、37の遺伝子の一塩基変異(SNV)および短い挿入や欠失(indels)、さらに BRCA1 3'UTR の rs12516 と rs8176318 のホットスポット変異、MSH2(Boland inversion)のエクソン1-7の遺伝子再構成も検出可能です。

ターゲット遺伝子リスト
◆参考資料
  CleanPlex® Hereditary Cancer Panel v2 製品データシート
CleanPlex® Hereditary Cancer Panel v2 製品マニュアル

◆価格
製品名 容量 税別定価 Cat.#
CleanPlex® Hereditary Cancer Panel v2 8 rxns  ¥170,000 916114 
96 rxns  ¥2,389,000 916115
※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。
  他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。

【CleanPlex® CFTR Panel】

本パネルは、嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子(CFTR)遺伝子全体の生殖細胞変異体の評価が可能です。CFTRのすべてのエクソン領域と隣接するイントロン配列をターゲットとしています。
わすか10ngのDNAを使用して、高いオンターゲット率と均一性が高いカバレッジデータを得ることができ、新規または既知の変異を検出することが可能です。

10ngのgDNAを用いたUniformity Plot
◆参考資料
  CleanPlex® CFTR Panel 製品データシート
CleanPlex® CFTR Panel 製品マニュアル

◆価格
製品名 容量 税別定価 Cat.#
CleanPlex® CFTR Panel 8 rxns  ¥170,000 916116 
96 rxns  ¥1,020,000 916117
※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。
  他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。

【CleanPlex® TMB 500 Panel】

本パネルは、腫瘍変異負荷(tumor mutational burden)および包括的な癌プロファイリングの迅速かつ正確な評価を可能とします。主要な固形腫瘍に関連する516の遺伝子をターゲットとしており、全エクソームシークエンスとの相関は、96%を超えています。パネルは1.64Mbのゲノムコンテンツ(1.19Mbエクソン)をカバーし、一塩基変異(SNV)および短い挿入や欠失(indels)の両方をターゲットにしています。
わずか20ngのFFPE DNA または血液サンプルの高品質gDNAを使用し、豊富なターゲット遺伝子のライブラリーを構築します。

全エクソームシークエンスとの相関関係
◆参考資料
  CleanPlex® TMB 500 Panel 製品データシート
CleanPlex® TMB 500 Panel 製品マニュアル
  CleanPlex® TMB 500 Panel 遺伝子リスト

◆価格
製品名 容量 税別定価 Cat.#
CleanPlex® TMB 500 Panel 6 rxns  お問合せ 916073
96 rxns  お問合せ 916074
※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。
  他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。

【CleanPlex® TP53 Panel】

◆価格
製品名 容量 単品購入
税別価格
パネルと
同時購入価格
Cat.#
CleanPlex® Dual-Indexed PCR Primers for Illumina® Set T 8 rxns  ¥69,000 ¥32,000 716021
CleanPlex® Dual-Indexed PCR Primers for Illumina® Set A 96 rxns  ¥124,000 ¥87,000 716006
384 rxns ¥286,000 ¥249,000 716017
CleanPlex® Dual-Indexed PCR Primers for Illumina® Set B 96 rxns ¥124,000 ¥87,000 716018
384 rxns ¥286,000 ¥249,000 716019
CleanPlex® Unique Dual-Indexed PCR Primers for Illumina® Set T 8 rxns ¥74,000 ¥37,000 716015
CleanPlex® Unique Dual-Indexed PCR Primers for Illumina® Set A 96 rxns ¥165,000 ¥128,000 716014
CleanPlex® Single-Indexed PCR Primers for Ion TorrentTM Set T 8 rxns ¥75,000 ¥38,000 716016
CleanPlex® Single-Indexed PCR Primers for Ion TorrentTM 96 rxns ¥173,000 ¥136,000 716008
※インデックスプライマーの配列情報は、各パネルのマニュアルに記載されています。


CleanPlex® シリーズ(MGI)


【CleanPlex® for MGI SARS-CoV-2 Panel】

本パネルは、SARS-CoV-2 ウイルスの完全なゲノム配列決定を可能にします。MGI Tech の DNBSEQ プラットフォームで使用できます。
リード数と Input ウイルスコピー数が少ない場合でも高いカバレッジを示しています。
多くのショットガンメタゲノミクスシークエンスでは、10Mリードが必要ですが、本キットではサンプルあたり0.2Mリードでの解析が可能であり、大幅なコスト削減を実現しています。

様々なシークエンス深度でのゲノムカバレッジ(50x)とInputウイルスコピー数
◆参考資料
  CleanPlex® for MGI SARS-CoV-2 Panel 製品データシート
CleanPlex® for MGI SARS-CoV-2 Panel 製品マニュアル
  CleanPlex® for MGI SARS-CoV-2 Panel に関する文献
  Reference Genome: NC_045512.2

◆価格
製品名 容量 税別定価 Cat.#
CleanPlex® for MGI SARS-CoV-2 Panel 8 rxns  ¥129,000 918001
96 rxns  ¥653,000 918002
384 rxns  ¥2,319,000 918003
※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。
  他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。

【CleanPlex® for MGI SARS-CoV-2 Panel】

◆価格
製品名 容量 単品購入価格 パネルと
同時購入価格
Cat.#
CleanPlex® for Single-Indexed PCR Primers, Set A 32 rxns  ¥105,000 ¥68,000 318001
96 rxns  ¥157,000 ¥120,000 918007
CleanPlex® for Single-Indexed PCR Primers, Set B 32 rxns  ¥105,000 ¥68,000 318002
96 rxns  ¥157,000 ¥120,000 918008
CleanPlex® for Single-Indexed PCR Primers, Set C 32 rxns  ¥105,000 ¥68,000 318003
96 rxns  ¥157,000 ¥120,000 318009
CleanPlex® for Single-Indexed PCR Primers, Set D 32 rxns  ¥105,000 ¥68,000 318004
96 rxns  ¥157,000 ¥120,000 918010
CleanPlex® for Single-Indexed PCR Primers, Set E 32 rxns  ¥105,000 ¥68,000 318005
96 rxns  ¥157,000 ¥120,000 918011
CleanPlex® for Single-Indexed PCR Primers, Set F 32 rxns  ¥105,000 ¥68,000 318006
96 rxns  ¥157,000 ¥120,000 918012
※インデックスプライマーの配列情報は、各パネルのマニュアルに記載されています。


CleanPlex® UMI シリーズ


【CleanPlex® UMI の特長】

CleanPlex® UMI テクノロジーは、独自のマルチプレックスPCRベースの分子バーコーディング技術を使用して、各DNA分子の2本の鎖を一意に標識および区別します。組み込まれた分子識別子(UMI)により、同じインデックスを共有するリード間のコンセンサスに基づいてPCRおよびシークエンスエラーと真の変異を区別することを可能にします。このことにより、変異検出のための高い感度および特異性をもたらします。
分子バーコード化されたライブラリーには、インサートの両端に1つずつ、計2つの16ヌクレオチドUMIが含まれています。ライブラリーの各ペア間でインサートの片側は同じUMIを共有しますが、反対側では共有しません。これにより、ペアをグループ化して互いに比較し、より正確なコンセンサスシークエンスを取得できます。
50ngの SeraCare Seraseq
TM ctDNA GompleteTM Mutation Mix を0.1%のマイナーアレル頻度(MAF)で使用し、NGSライブラリーを準備しました。データは、UMIを使用して、または使用せずに分析されました。UMIのエラー修正により偽陽性が大幅に減少し、真の変異(オレンジ色の円と三角形)をバックグラウンドノイズ(白い円)から区別できることを示しています。

UMIが組み込まれたライブラリー


CleanPlex® UMI テクノロジーの概略


UMI テクノロジーの有無での偽陽性と真の陽性

【CleanPlex® UMI Lung Cancer Panel】

本パネルは、肺がんに関連する23の遺伝子のホットスポット領域全体にわたる低頻度変異の迅速かつ高い信頼性のある検出のために設計されたターゲットリシークエンスアッセイです。CleanPlex® UMIテクノロジーに基づくこのパネルは、cfDNAおよびFFPE DNAと互換性があり、液体生検および腫瘍プロファイリングアプリケーションで腫瘍DNAを正確に分析することが可能です。
本パネルを使用することで、SeraCare SeraseqTM ctDNA CompleteTM Mutation Mix に存在する13の変異の大部分を検出することができます。また、わずか30ngのDNAを使用して、0.5%未満の対立遺伝子頻度の低頻度変異を検出することが可能です。

ターゲット遺伝子リスト


Input DNA の量に応じた低頻度変異の検出数
◆参考資料
  CleanPlex® UMI Lung Cancer Panel 製品データシート
CleanPlex® UMI Lung Cancer Panel 製品マニュアル

◆価格
製品名 容量 税別定価 Cat.#
CleanPlex® UMI Lung Cancer Panel 8 rxns  ¥324,000 916064
96 rxns  ¥2,389,000 916066
※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。
  他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。

CleanMag® Magnetic Beads


本製品は、PCRアンプリコンの精製用の試薬です。過剰に存在するプライマー、ヌクレオチド、塩、酵素を除去することができます。

◆価格
製品名 容量 税別定価 パネルと
同時購入価格
Cat.#
CleanPlex® Magnetic Beads, 9 rxns 1 ml ¥105,000 ¥21,000 718001
CleanPlex® Magnetic Beads, 45 rxns 5 ml ¥70,000 ¥43,000 718002
CleanPlex® Magnetic Beads, 540 rxns 60 ml ¥200,000 ¥173,000 718003
CleanPlex® Magnetic Beads, 4050 rxns 450 ml ¥833,000 ¥806,000 718004
CleanMagTM Magnetic Rack 1 ¥97,000 - 719001

お問い合わせ 試薬部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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