製品情報・受託サービス情報 What's New!　製品・サービス情報　ダウンロード　e-mail_news登録　　　　 会社情報 概要　ミッション　アクセス　リクルート　連絡先　ビジネスパートナー　ライセンス　個人情報保護方針 Home＞製品・サービス情報＞試薬・材料・消耗品＞Paragon Genomics社製品 製品・サービス情報 　　 受託サービス サービス別ラインナップ 　　 科学機器 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 試薬・材料・消耗品 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ ・ Paragon Genomics - CleanPlex® シリーズの特長 - がん関連パネル - 遺伝性疾患パネル - 薬理ゲノミクス - CleanPlex® UMIシリーズ - 融合遺伝子パネル - 新型コロナウイルスパネル - Index Primer・Magnetic Beads - CleanPlex® Custom NGS Amplicon Panels 　　 ソフトウェア 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ Paragon Genomics社製品 NGS ライブラリー調製キット CleanPlex® シリーズの特長 / がん関連パネル / 遺伝性疾患パネル / 薬理ゲノミクス / CleanPlex® UMIシリーズ /融合遺伝子パネル / 新型コロナウイルス関連パネル / Index Primer・Magnetic Beads / CleanPlex® Custom NGS Amplicon Panels Paragon Genomics 社では、次世代シークエンシング（illumina社、Thermo Fisher Scientific社、またはMGI社に対応）用の迅速かつ簡単なライブラリー調製キットを販売しています。独自の Ultra-high multiplex PCR-based target enrichment solutions による CleanPlex® background-removing テクノロジーを用いることで、正確で感度が高く、費用対効果の高いターゲットシークエンシングアッセイを可能にします。本製品は、癌研究、リキッドバイオプシー、バイオマーカーの発見、コンパニオン診断、免疫療法モニタリングなど、幅広い目的でご使用頂けます。 CleanPlex® シリーズの特長 【特長】 独自のプライマー設計アルゴリズム、均一なマルチプレックスPCR増幅、特許取得済のバックグラウンドクリーニングを組み合わせることで、PCR、アンプリコンおよびハイブリッドキャプチャベースのターゲットエンリッチメントテクノロジーの限界を打ち破ることができます。 【利点】 ・ 高い増幅の均一性と低いPCRバックグラウンドノイズ ・ 正確なバリアントコール ・ 少ないシークエンスコスト ・ 単一チューブおよびハンズオンタイム3時間のワークフロー ・ 扱いが難しいサンプル（劣化したFFPE、cfDNA）との互換性 ・ Illumina、Ion Torrent、MGISeqとの互換性 ・ 極めて高い感度（10ngインプットで1％LOD） CleanPlex® のワークフロー 【バックグラウンドクリーニングによる高いシークエンスパフォーマンス】 バックグラウンドクリーニングを行うことで、ほとんどの非標的産物が生成されず、シャープかつクリーンなライブラリピークが取得可能です。 がん関連パネル 【CleanPlex® OncoZoom® Cancer Hotspot Panel】 本パネルは、65の発癌遺伝子と腫瘍抑制遺伝子の2,900以上のホットスポットをターゲットに設定し、領域全体の体細胞変異を検出することが可能です。わずか10pgの高品質ゲノムDNAから、高いオンターゲット率と均一性の高いカバレッジデータを得ることが可能です。 ▲ターゲット遺伝子リスト ▲予想変異と検出された変異の頻度 （Input DNA： 10ng） 【CleanPlex® BRCA1 & BRCA2 Panel v3】 本パネルは、BRCA1およびBRCA2遺伝子全体にわたる体細胞および生殖細胞変異の評価をする様に設計された、マルチプレックスPCRベースのターゲットリシークエンスアッセイです。わずか20ngのDNAを使用して、変異体対立遺伝子頻度が1％と低い体細胞変異を検出することが可能です。 【CleanPlex® TP53 Panel】 本パネルは、TP53遺伝子全体の体細胞および生殖細胞変異の評価をする様に設計された、マルチプレックスPCRベースのターゲットリシークエンスアッセイです。TP53のすべてのエクソン領域と隣接するイントロン配列をターゲットとしています。わずか20ngのDNAを使用して、変異体対立遺伝子頻度が1％と低い体細胞変異を検出することが可能です。 【CleanPlex® Hereditary Cancer Panel v2】 本パネルは、遺伝性癌の発症リスクの増加に関連する遺伝子を分析するために設計されています。関連する癌には、乳癌、卵巣癌、子宮癌、皮膚癌、前立腺癌、胃癌、結腸直腸癌、膵臓癌などが含まれます。パネルは、37の遺伝子の一塩基変異（SNV）および短い挿入や欠失（indels）、さらに BRCA1 3'UTR の rs12516 と rs8176318 のホットスポット変異、MSH2（Boland inversion）のエクソン1-7の遺伝子再構成も検出可能です。 ▲ターゲット遺伝子リスト 【CleanPlex® Comprehensive Hereditary Cancer Panel】 本パネルは、包括的遺伝性癌に関連する 88 個の遺伝子にわたる生殖細胞系列変異または突然変異を調べるために設計されています。関連する癌には、乳癌、肺癌、卵巣癌、子宮癌、皮膚癌、大腸癌、膵臓癌、前立腺癌、消化器系癌などが含まれます。わずか 10ng の DNA を用いてわずか 3時間でシークエンシング対応ライブラリを調製できます。 ▲ターゲット遺伝子リスト 【価格】 製品名 容量 税別定価 品番 データシート マニュアル CleanPlex® OncoZoom Cancer Hotspot Panel 8 rxns  お問合せ 916001 96 rxns  お問合せ 916002 384 rxns  お問合せ 916003 CleanPlex® for MGI OncoZoom® Cancer Hotspot Kit 8 rxns  お問合せ 916008 96 rxns  お問合せ 916009 CleanPlex® TP53 Kit 8 rxns  お問合せ 916008 96 rxns  お問合せ 916009 CleanPlex® BRCA1 & BRCA2 Kit v3 8 rxns  お問合せ 916112 96 rxns  お問合せ 916113 CleanPlex® for MGI BRCA1 & BRCA2 Kit 8 rxns  お問合せ 317003 96 rxns  お問合せ 317004 CleanPlex® Hereditary Cancer Panel v2 8 rxns  お問合せ 916114 96 rxns  お問合せ 916115 CleanPlex® Comprehensive Hereditary Cancer Panel 8 rxns Illumina お問合せ 930017 96 rxns Illumina お問合せ 930015 384 rxns Illumina お問合せ 930013 96 rxns MGI お問合せ 930014 384 rxns MGI お問合せ 930012 ※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag® Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。 　 他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。 遺伝性疾患パネル 【CleanPlex® Mitochondrial Disease Panel】 本パネルは、ヒトミトコンドリアゲノム全体の変異を評価するために設計された、マルチプレックスPCRベースのターゲットリシークエンスアッセイです。 約17kbのミトコンドリアゲノムの37遺伝子すべてをターゲットにしているため、重要な変異の同定が可能です。高品質のゲノムDNAを2ngを使用して、高いオンターゲット率と均一性の高いカバレッジデータを得ることが可能です。 MT-ATP6 MT-ND2 MT-RNR2 MT-TH MT-TP MT-TW MT-ATP8 MT-ND3 MT-TA MT-TI MT-TQ MT-TY MT-CO1 MT-ND4 MT-TC MT-TK MT-TR - MT-CO2 MT-ND4L MT-TD MT-TL1 MT-TS1 - MT-CO3 MT-ND5 MT-TE MT-TL2 MT-TS2 - MT-CYB MT-ND6 ME-TF MT-TM MT-TT - MT-ND1 MT-RNR1 MT-TG MT-TN MT-TV - ▲ターゲット遺伝子リスト 【CleanPlex® CFTR Panel】 本パネルは、嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子（CFTR）遺伝子全体の生殖細胞変異体の評価が可能です。CFTRのすべてのエクソン領域と隣接するイントロン配列をターゲットとしています。 わすか10ngのDNAを使用して、高いオンターゲット率と均一性が高いカバレッジデータを得ることができ、新規または既知の変異を検出することが可能です。 ▲10ngのgDNAを用いたUniformity Plot ◆価格 製品名 容量 税別定価 品番 データシート マニュアル CleanPlex® Mitochondrial Disease Kit 8 rxns  お問合せ 916107 96 rxns  お問合せ 916063 CleanPlex® CFTR Kit 8 rxns  お問合せ 916116  96 rxns  お問合せ 916117 ※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。 　 他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。 薬理ゲノミクス 【CleanPlex® Pharmacogenomics Kit】 本製品は、薬物反応性に関与する遺伝子を単一アッセイで包括的に調べるために設計されています。関連する治療用域には、循環器学、精神医学、疼痛管理、腫瘍学などが含まれます。本製品は、主要な薬物代謝経路（CYP2D6を含むCYP450群全遺伝子CNV）、輸送体、薬物標的などを網羅しています。 ACTA2 ACTC1 ACTN2 ACVRL1 APOB BAG3 BMPR2 CACNA1C CACNB2 CALM1 CALM2 CALM3 CASQ2 CAV1 CAV3 COL3A1 CRYAB CSRP3 DES DMD DSC2 DSG2 DSP EMD ENG F2 F5 F9 FBN1 FHL1 FLNC GDF2 GLA GPD1L HCN4 JUP KCNE1 KCNE2 KCNH2 KCNJ2 KCNQ1 LAMP2 LDLR LDLRAP1 LMNA MYBPC3 MYH11 MYH7 MYL2 MYL3 MYLK NKX2-5 PCSK9 PKP2 PLN PRKAG2 PRKG1 PROC PROS1 RBM20 RYR2 SCN5A SERPINC1 SGCD SMAD3 SMAD4 TCAP TGFB2 TGFB3 TGFBR1 TGFBR2 TMEM43 TNNC1 TNNI3 TNNT2 TPM1 VCL ▲ターゲット遺伝子リスト ◆価格 製品名 容量 税別定価 品番 データシート マニュアル CleanPlex® Pharmacogenomics Kit 8 rxns  お問合せ 930522 96 rxns  お問合せ 930523 384 rxns  お問合せ 930524 ※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。 　 他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。 CleanPlex® UMI シリーズ 【CleanPlex® UMI の特長】 CleanPlex® UMI テクノロジーは、独自のマルチプレックスPCRベースの分子バーコーディング技術を使用して、各DNA分子の2本の鎖を一意に標識および区別します。組み込まれた分子識別子（UMI）により、同じインデックスを共有するリード間のコンセンサスに基づいてPCRおよびシークエンスエラーと真の変異を区別することを可能にします。このことにより、変異検出のための高い感度および特異性をもたらします。 分子バーコード化されたライブラリーには、インサートの両端に1つずつ、計2つの16ヌクレオチドUMIが含まれています。ライブラリーの各ペア間でインサートの片側は同じUMIを共有しますが、反対側では共有しません。これにより、ペアをグループ化して互いに比較し、より正確なコンセンサスシークエンスを取得できます。 50ngの SeraCare SeraseqTM ctDNA GompleteTM Mutation Mix を0.1％のマイナーアレル頻度（MAF）で使用し、NGSライブラリーを準備しました。データは、UMIを使用して、または使用せずに分析されました。UMIのエラー修正により偽陽性が大幅に減少し、真の変異（オレンジ色の円と三角形）をバックグラウンドノイズ（白い円）から区別できることを示しています。 UMIが組み込まれたライブラリー CleanPlex® UMI テクノロジーの概略 UMI テクノロジーの有無での偽陽性と真の陽性 【CleanPlex® UMI Lung Cancer Panel】 本パネルは、肺がんに関連する23の遺伝子のホットスポット領域全体にわたる低頻度変異の迅速かつ高い信頼性のある検出のために設計されたターゲットリシークエンスアッセイです。CleanPlex® UMIテクノロジーに基づくこのパネルは、cfDNAおよびFFPE DNAと互換性があり、液体生検および腫瘍プロファイリングアプリケーションで腫瘍DNAを正確に分析することが可能です。 本パネルを使用することで、SeraCare SeraseqTM ctDNA CompleteTM Mutation Mix に存在する13の変異の大部分を検出することができます。また、わずか30ngのDNAを使用して、0.5％未満の対立遺伝子頻度の低頻度変異を検出することが可能です。 ターゲット遺伝子リスト Input DNA の量に応じた低頻度変異の検出数 ◆価格 製品名 容量 税別定価 品番 データシート マニュアル CleanPlex® UMI Lung Cancer Panel 8 rxns  お問合せ 916064 32 rxns  お問合せ 916065 96 rxns  お問合せ 916066 ※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。 　 他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。 融合遺伝子パネル 【AccuFusionTM RNA Lung Cancer Panel】 本パネルは、アンプリコンベースのターゲットエンリッチメントによる非小細胞肺癌に関連する280の既知融合遺伝子の検出を可能にします。既知の融合遺伝子に特異的なターゲットプライマーを使用して、ライブラリーを作成します。 ◆特長 ・肺がんの既知のRNA融合の同定 　約280の既知のRNA融合に特異的なデュアルプライマーマルチプレックスPCR法 ・高いオンターゲットレートで優れたパフォーマンス 　高品質のライブラリーを調整することで、非常に高いオンターゲット率を実現 ・高感度な検出 　1%までのバリアント頻度を高い信頼性で検出可能であり、バイアスが少なくコピー数の相関が高い ◆ワークフロー AccuFusionTM デュアルプライマーマルチプレックスPCR法 デュアルプライマーベースのテクノロジーは、融合遺伝子ターゲット特異的プライマーを使用してライブラリーを生成します。わずか10ngの RNA input であっても、まれな変異体を高感度で検出できます。FFPE RNA などの損傷したRNAフラグメントでもより高い感度を実現します。増幅バイアスが少なく、コピー数の相関が高い結果を得ることができます。 【Seraseq® Fusion RNA Mix v4 (25ng) を用いてOmniFusionとAccuFusionで解析した結果】 OmniFusion AccuFusion OmiFusionは、未知の情報を持つ新規融合を特定することができます。 AccuFusionでは、既知の融合ターゲットの存在を調べるために使用できます。 ◆価格 製品名 容量 税別定価 品番 データシート マニュアル AccuFusionTM RNA Lung Cancer Panel 8 rxns  お問合せ 917103 96 rxns  お問合せ 917104 384 rxns  お問合せ 917105 ※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag® Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。 　 他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。 新型コロナウイルス関連パネル 【CleanPlex® SARS-CoV-2 Panel】 本パネルは、SARS-CoV-2用のNGSパネルであり、新型コロナウイルスパンデミックの原因であるSARS-CoV-2ウイルスの完全なゲノム配列決定を可能にします。 低いシークエンス深度であっても、非常に低いウイルスコピー数に対して卓越した感度を示すことができます。 CleanPlex® SARS-CoV-2 Panel チラシダウンロード（PDF） ◆独自開発のプライマー Wuhan-Hu-1株（MN908947/NC_045512.2）全長を99.7％をカバーする様に設計されています。 ターゲットサイズ 29,903 bp アンプリコンの数 343 アンプリコンのサイズ 116-196 bp, Median 149 bp プライマープールの数 2 ◆ゲノムカバレッジに関するテストデータ ▲ 様々なシークエンス深度でのゲノムカバレッジ（10x）とInputウイルスコピー数 ▲ 様々なシークエンス深度でのゲノムカバレッジ（50x）とInputウイルスコピー数 ◆変異検出精度に関するテストデータ 非常に高い精度で SARS-CoV-2 変異株の変異を検出することが可能です。 ▲ SARS-CoV-2 MT007544株RNAを使用して、全長解析を行い、 検出が予想される4つの変異の検出率の結果 ◆参考文献 1. Alireza, H. et al. Characterization of local SARS-CoV-2 isolates and pathogenicity in IFNAR−/- mice. Heliyon, Volume 6, Issue 9, 2020, e05116, ISSN 2405-8440. 2. Sofonias, K, T. et al. Highly Multiplexed Sequencing of Microhaplotypes From the Plasmodium falciparum Heterozygome. The Journal of Infectious Diseases, 2020;, jiaa527. 3. Chenyu, L. et al. Highly sensitive and full-genome interrogation of SARS-CoV-2 using multiplexed PCR enrichment followed by next-generation sequencing. bioRxiv 2020.03.12.988246. 【CleanPlex® SARS-CoV-2 FLEX Panel】 ゲノムの多型領域の縮重プライマーを採用した CleanPlex® SARS-CoV-2 FLEX Panel は、より強力な変異検出能を有したパネルとなっております。FLEXパネルを用いることで通常品と比較してアンプリコン均一性がわずかに向上し、通常品では若干増幅効率が低くなる変異株のカバレッジが改善されます。FLEXパネルには、Human RNA コントロールプライマーが含まれており、確実なネガティブコントロールとして機能します。このコントロールプライマーは、TATA Binding Protein（TBP)のヒトハウスキーピング遺伝子をターゲットとしています。 ▲通常品とFLEXパネルの均一性を比較した結果 ▲GC％含量とRead depthによってプロットされた 343のアンプリコン均一性 ◆参考文献 1. Slawomir, K. et al. Guidelines for accurate genotyping of SARS-CoV-2 using amplicon-based sequencing of clinical samples. bioRxiv 2020.12.01.405738. 【SARS-CoV-2 Emerging Variants Panel Add-on v2】 本パネルは、CleanPlex® SARS-CoV-2 Kit または CleanPlex® SARS-CoV-2 FLEX Kit と併用することで、新型コロナウイルスのアルファ、ベータ、デルタ、ミューおよびオミクロン株（亜系統 BA.1、BA.2、BA.2.12.1、BA.2.75、BA.3、BA.4、および BA.5 を含む）の検出を可能にします。 【CleanPlex® Respiratory Virus Research Panel V2】 本パネルは、SARS-CoV-2の完全ゲノム配列とインフルエンザA H1N1、H1N2、H3N2、インフルエンザB、呼吸器合胞体ウイルス（RSV）A、Bの部分配列を同時に検出可能です。これにより、SARS-CoV-2変異解析とインフルエンザウイルスやRSVの検出を同時に行うことが可能です。TATA Binding protein（TBP）のヒトハウスキーピング遺伝子をターゲットとするHuman RNAコントロールプライマーも含まれています。 ウイルス ターゲット領域 増幅産物数 SARS-CoV-2 完全ゲノム配列（ゲノム末端の92bpを除く） 172 (pool 1), 171 (pool 2) Influenza A H1N1 HA, M1, NA, NP, NS1, PA, PB1, PB2 18 (pool 1) Influenza A H1N2 HA, M1, M2, NA, NP, NS1, PB1, PB2 17 (pool 1) Influenza A H3N2 HA, M1, M2, NA, NP, NS1, PA, PB1, PB2 31 (pool 1) Influenza B HA, M1, NA, NS1, PB1, PB2 32 (pool 1) RSV A G, F, M, N, NS1, NS2, L, SH, M2-1 21 (pool 1) RSV B G, F, M, N, NS1, NS2, P, L, SH, M2-1 30 (pool 1) Human RNA Primer Control TBP（House Keeping Gene） 1 (pool 1) ▲各ウイルスコントロールサンプルから調整されたライブラリーでカバレッジが30Xを超えるアンプリコンの割合 シークエンスデータはサンプルあたりわずか50,000リードがダウンサンプリングされています。 SARS-CoV-2サンプルのオフターゲットリードは、RSV Bサンプルによるものであることが確認されました。 ▲各ウイルスコントロールサンプルから調整されたライブラリーのアンプリコンの on-target rate シークエンスデータはサンプルあたりわずか50,000リードがダウンサンプリングされています。 ◆参考文献 1. Thao, T. et al. Persistent SARS-CoV-2 infection and increasing viral variants in children and young adults with impaired humoral immunity. medRxiv 2021.02.27.21252099 2. Alteri, C. et al. Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 reveals multiple lineages and early spread of SARS-CoV-2 infections in Lombardy, Italy Nat Commun 12, 434 (2021). 3. Utsav, P. et al. High Prevalence of SARS-CoV-2 Genetic Variation and D614G Mutation in Pediatric Patients with COVID-19, Open Forum Infectious Diseases, 2020;, ofaa551 4. Pandey, U. et al. Pediatric COVID-19 in Southern California: clinical features and viral genetic diversity medRxiv 2020.05.28.20104539 5. Hebah, A, A, K. et al. Within-Host Diversity of SARS-CoV-2 in COVID-19 Patients With Variable Disease Severities. Front. Cell. Infect. Microbiol. 10, 2020, 534. ◆価格 製品名 容量 税別定価 品番 データシート マニュアル CleanPlex® SARS-CoV-2 Kit 8 rxns  お問合せ 918010 96 rxns  お問合せ 918011 CleanPlex® for MGI SARS-CoV-2 Kit 8 rxns  お問合せ 918001 96 rxns  お問合せ 918002 384 rxns  お問合せ 918003 CleanPlex® SARS-CoV-2 FLEX Kit 8 rxns  お問合せ 918013 96 rxns  お問合せ 918014 384 rxns  お問合せ 918015 SARS-CoV-2 Emerging Variants Panel Add-on v2 8 rxns  お問合せ 918022 96 rxns  お問合せ 918023 384 rxns  お問合せ 918024 CleanPlex® Respiratory Virus Research Panel V2 for Illumina 8 rxns  お問合せ 918303 96 rxns  お問合せ 918304 384 rxns  お問合せ 918305 ※CleanPlex® Indexed PCR Primers と CleanMag® Magnetic Beads は、本キットには含まれていません。 　 他社製の Indexed は、本キットと互換性がないため、本キットのご購入を推奨します。 Index Primer・Magnetic Beads Paragon Genomics社 NGS パネルでは、別途 Index Primer ならびに Magnetic Beads をご準備頂く必要があります（primer pools ならびに target library kits は製品に含まれています）。 ⇒Paragon Genomics社 NGS パネル関連試薬一覧 製品リストダウンロード Index Primer は、お使いのシークエンサーならびにご希望の実験内容に沿ったものを製品リストよりご選択ください。Index Primer の配列情報は、各パネルのマニュアルに記載されています。 Magnetic Beads は、Paragon Genomics 社からも販売されていますが、お手持ちのものがございましたら別途ご購入頂く必要はありません。 【お問合せ】 試薬機器部 Phone 052-624-4388 https://filgen.jp/ Copyright (C) Filgen, Inc.　All Rights Reserved.