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Home製品・サービス情報試薬・材料・消耗品>Paragon Genomics社製品(カスタムNGSパネル)

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Paragon Genomics
- CleanPlex® シリーズの特長
- 新型コロナウイルスパネル
- がん関連パネル
- 融合遺伝子パネル
- 遺伝性疾患パネル
- CleanPlex® UMIシリーズ
- NGS カスタムパネル作製サービス
  
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Paragon Genomics社製品
NGS カスタムパネル作製サービス
CleanPlex® シリーズの特長 / 新型コロナウイルスパネル / がん関連パネル / 融合遺伝子パネル / 遺伝性疾患パネル / CleanPlex® UMIシリーズ / NGS カスタムパネル作製サービス

500を超えるカスタムNGSを設計した実績があり、腫瘍プロファイリング、がんリキッドバイオプシー、非侵襲的出生前検査、薬理ゲノミクス、神経学、循環器学から法医学、食品安全、アグリゲノミクスなどの研究に活用することができます。世界中の200を超えるNGSを使用する研究所などに出荷されています。


NGS カスタムパネル作製サービス

CleanPlex® Custom NGS Amplicon Panels を活用することにより、ニーズに合ったカスタムパネルを作成することができ、研究を効率よく進めることができます。各反応で最大20,000以上のアンプリコンをマルチプレックスし、CleanPlex® Technology の高感度かつ迅速なシングルチューブワークフロー、コスト効率の高いシークエンスを利用することができます。

- CleanPlex® Custom Panels CleanPlex® UMI Custom Panels
Input サンプル Genomic DNA
Cell-free DNA
FFPE DNA
cDNA
Genomic DNA
Cell-free DNA
FFPE DNA
Input DNA量 0.1 - 40 ng 20 - 80 ng
Amplicon サイズ 105 - 500 bp 70 - 100 bp
Panel サイズ 7 - 20,000 amplicons/pool 7 - 1,000 amplicons/pool
ワークフロー 3 ステップ、3時間 3 ステップ、3.5時間
対応シークエンサー Illumina
Ion Torrent
MGISEQ
Illumina
利用可能なインデックス Dual Indexes (illumina)
Single Indexes (Ion Torrent)
Single Indexes (MGISEQ)
Unique Dual Indexes (Illumina)
検出限界 10 ng input DNA
1% allele frequency
>30 ng input DNA:
<0.5% allele frequency
カバレッジの均一性 >95% >95%
On target Rate >95% >95%
キット内容物 CleanPlex® Custom Primer Pools
CleanPlex® Targeted Library Kit
CleanPlex® Indexed Primers
CleanPlex® Beads
CleanPlex® UMI Custom Primer Pools
CleanPlex® UMI Targeted Library Kit
CleanPlex® Indexed Primers
CleanPlex® Beads

【ParagonDesigner
TM

NGSカスタムパネルを設計して頂く際は、Paragone genomics社のParagonDesigner
TMを使用することで簡易に行うことができます。
ParagonDesignerTMは、NGSベースのアッセイを確実に成功させるために、最適なパフォーマンスで適切なプライマープールを設計します。NGSカスタムパネル設計のエキスパートと連絡を取り、ニーズを確実に満たす様に設計を進めることが可能です。ParagonDesignerTMを用いてパネル設計する際は、下記の情報が必要です。

(1)ターゲットの生物(リファレンス配列データ)の選択
Human
(hg19)
Human
(hg38)
Cattle
(UMD3.1)
Dog
(canFam3)
Dog
(canFam6)
Gekko
(GCF_001447785.1)
Horce
(equCab2)
Horce
(equCab3)
Human bisulfite
(hg19_bs)
Human bisulfite
(hg38_bs)
Human TAPS
(hg38_TAPS)
Monkey
(macFas5)
Monkey
(rheMac2)
Mouse
(mm10)
Rat
(Rnor_6.0)
Salmon, Atlantic
(ICSASG_v2)
Zebrafish
(danRer11)
Chinese cabbage
(Brapa_v1.5)
Corn
(NAM-5.0)
Corn
(AGPv3.22)
Corn
(B73)
Cotton
(AD1-NBI_v1.1)
Cotton
(Custom)
Eudicot
(PhaVulg1)
Hemp
(cansat3)
Melon
(CM3.6.1)
Melon
(CM1.0)
Oilseed rape
(AST_PRJEB5043_v1)
Oilseed rape
(Darmor_v81)
Soybean
(Gmax.275)
Soybean
(WM82.a2.v1)
Sunflower
(HanXEQr1.0)
Tomato
(SL2.40)
Tomato
(SL3.00)
Tomato
(SL4.0)
Watermelon
(97103_v2)
Malaria parasite
(Pfalciparum3D7)
TB
(H37Rv)
HIV
(HXB2)
SARS-CoV-2
(NC_045512.2)
Other(ご希望のターゲット生物種をご指定ください。)

(2)アンプリコンの設計タイプとプライマープールの数の選択
ホットスポット 通常重複しないアンプリコンでカバーされるため、プールの数は1つからご選択頂けます。
領域 遺伝子領域をカバーするには、重複するアンプリコンが必要であるため、プールの数は2つ以上からご選択頂けます。

(3)アンプリコンサイズの最大値の選択
175bp 140bp 275bp その他
※サンプルごとの推奨サイズ: FFPE DNA 175bp、cfDNA 140bp、通常のDNA 275bp

(4)ターゲット領域の遺伝子の指定
指定方法は、以下の2通りからお選び頂けます。
1. ヒトゲノムをターゲットにしている場合は、遺伝子シンボルのリストを指定することで可能です。
2. 特定の遺伝子をターゲットとする場合は、ご希望の遺伝子リストのBEDファイルが必要です(max file size: 10M)。

(5)Non-unique Reads マッピングを許容するかどうか
リードをゲノム内の複数の位置へのマッピングが許容されている場合、インサートはゲノムに非特異的にマッピングされる可能性があります。Non-unique Reads マッピングを許容するアプリケーションの例としては、アグリゲノミクス設計、ヌクレアーゼアッセイ、オフターゲット CRISPR 検出アッセイなどが挙げられますが、これらに限定されません。

(6)フランキング領域のバリアント情報の利用
フランキングバリアントは、フランキング領域(目的のターゲットの両側に広がる DNA 配列)にある SNP を指します。これらは、プライマーを SNP 領域に配置することを回避したり、系統的に縮重プライマーを使用したりするために、プライマー設計に使用されます。フランキング SNP 情報は、染色体、開始位置、終了位置、参照対立遺伝子、代替対立遺伝子に関する情報を提供するフィールドを備えたタブ区切り形式の VCF で提供できます。この情報はオプションであり、隣接するゲノムの多様性を考慮せずに設計を実行することもできます。

(7)サンプルの種類
DNA RNA

(8)シークエンサーの種類
illumina MiSeq illumina MiniSeq illumina NextSeq illumina HiSeq2500 illumina HiSeqX
illumina NovaSeq IonTorrent PGM IonTorrent Proton IonTorrent S5 MGISeq-200
MGISeq-2000 Other Sequencer - - -
Paragon Genomics 社のカスタムパネル作製サービスは、ParagonDesignerTM によってシュミレーションされ、最適なパネルが設計されます。実サンプルを用いた検証等は行われませんのでご注意ください。

【過去の設計例】
腫瘍変異負荷(TMB)プロファイリング

設計要件:
・大規模な腫瘍遺伝子パネル
・365 の遺伝子コード配列
・短いアンプリコンサイズ(105bp~120bp)

カスタムパネル仕様:
・19,800 アンプリコンで 2.2Mb をカバー
・>91%の目標設計率

より詳細な情報(メーカーサイト)
リキッドバイオプシーによる癌早期発見研究

設計要件:
・UMI パネル
・生体液からの癌性突然変異(MSI)
 の超高感度検出

カスタムパネル仕様:
・~10 アンプリコン
・100%の目標設計率

より詳細な情報(メーカーサイト)
薬理ゲノミクスプロファイリング

設計要件:
・反復シークエンスを含む全ての
 領域をカバー

カスタムパネル仕様:
・~300 アンプリコン で 60kb をカバー
・100%の目標設計率

より詳細な情報(メーカーサイト)
CRISPR 編集 QC

設計要件:
・意図した変異部位とオフターゲット部位
 の両方をカバー

カスタムパネル仕様:
・200 アンプリコン で 20kb をカバー
・100%の目標設計率

より詳細な情報(メーカーサイト)
アグリゲノミクスのジェノタイピング

設計要件:
・反復性の高い 20,000 の遺伝子座

カスタムパネル仕様:
・15,000 アンプリコン で 3Mb をカバー
・95%の目標設計率

より詳細な情報(メーカーサイト)
感染症研究

設計要件:
・ウイルス検出と株の同定
・ウイルス含有量が低いサンプル
・完全ゲノムのカバー

カスタムパネル仕様:
・100%の目標設計率

より詳細な情報(メーカーサイト)
非侵襲的な出生前研究

設計要件:
・700 以上のホットスポットと
 性別を区別するための領域
・cfDNA 互換性

カスタムパネル仕様:
・740 アンプリコン で 100kb をカバー
・99.8%の目標設計率
免疫レパートリープロファイリング

設計要件:
・数万の未知レファレンスターゲット
 の定量的プロファイリング

カスタムパネル仕様:
・2 つのアンプリコン
メチル化解析

設計要件:
・重亜硫酸塩処理による極めて低い
 GC 含有量

カスタムパネル仕様:
・730 アンプリコン で 110kb をカバー
・98%の目標設計率

【Pre-Designed Custom Panel】

Pre-Designed Custom Panel は、パネル設計の出発点として役立ちます。これらのパネルに新しいコンテンツの追加や既存のコンテンツを変更することが可能です。Pre-Designed Custom Panel がすでにニーズを満たしている場合はそのまま購入できます。メーカーページから各Pre-Designed Custom Panel の遺伝子リストをご確認頂けます。
Pre-Designed Panels メーカーページ



循環器
(Cardiology)

・不整脈原性右室心筋症
(Arrhythmogenic Right Ventricular Cardiomyopathy)

・心筋症全般
(Cardiomypathy Comprehensive)
・先天性心疾患
(Congenital Heart Disease)
・拡張型心筋症
(Dilated Cardiomyopathy)
・遺伝性ヘモクロマトーシス
(Hereditary Hemochromatosis)
・遺伝性出血性末梢血管拡張症
(Hereditary Hemorrhagic Telangiectasia)
・胸部内臓逆位
(Heterotaxy and Situs Inversus)
・肥大型心筋症
(Hypertrophic Cardiomyopathy)
・左室心筋緻密化障害
(Left Ventricular Noncompaction)
・ヌーナン症候群/RAS病
(Noonan Syndrome/RASopathies Comprehensive)
・大動脈症/膠原病
(Pan Aortopathy and Connective Tissue Disorders)
・不整脈
(Pan Arrhythmia)
・肺動脈性肺高血圧症
(Pulmonary Arterial Hypertension)
・家族性高コレステロール血症
(Famillial Hypercholesterolemia)


皮膚科学
(Dermatology)

・CFC症候群
(Cardio-Facio-Cutaneous Syndrome)
・無汗性外胚葉形成不全症
(Ectodermal Dysplasia)
・リンチ症候群
(Lynch Syndrome)


遺伝性がん
(Hereditary Cancer)

・遺伝性がん全般
(Comprehensive Hereditary Cancer)
・遺伝性乳がん卵巣がん
(Hereditary Breast and Ovarian Cancer)
・遺伝性大腸がん
(Hereditary Colorectal Cancer)
・遺伝性胃がん
(Hereditary Gastric Cancer)
・遺伝性メラノーマ
(Hereditary Melanoma)
・骨髄異形成症候群/白血病
(Hereditary Myelodysplastic Syndrome/Leukemia)
・遺伝性神経系/脳がん
(Hereditary Nervous System and Brain Cancer)
・遺伝性膵臓がん
(Hereditary Pancreatic Cancer)
・遺伝性前立腺がん
(Hereditary Prostate Cancer)
・遺伝性腎臓/泌尿器がん
(Hereditary Renal/Urinary Cancer)
・遺伝性肉腫
(Hereditary Sarcoma)
・遺伝性甲状腺がん
(Hereditary Thyroid Cancer)
・小児がん
(Pediatric Cancer)


免疫学
(Immunology)

・無ガンマグロブリン血症
(Agammaglobulinemia)
・自己免疫性リンパ増殖症候群
(Autoimmune Lymphoproliferative Disorders)
・自己炎症症候群
(Autoinflammatory Syndrome)
・分類不能型免疫不全症
(Common Variable Immunodeficiency)
・早期発症型炎症性腸疾患
(Early Onset Inflammatory Bowel Disease)
・遺伝性血球貧食性リンパ組織症
(Hereditary Hemophagocytic Lymphohistiocytosis)
・高IgE症候群
(Hyper-IgE Syndrome)
・高IgM症候群
(Hyper-IgM Syndrome)
・周期性発熱症候群
(Periodic Fever Syndromes)
・原発性免疫不全症候群
(Primary Immunodeficiency)
・重症複合免疫不全症
(Severe Combined Immunodeficiency)


血液学
(Hematology)

・骨髄不全症候群
(Bone Marrow Failure Syndromes)
・先天性赤芽球癆

(Diamond-Blackfan Anemia)
・先天性角化異常症
(Dyskeratosis Congenita)
・ファンコーニ貧血
(Fanconi Anemia)
・遺伝性ヘモクロマトーシス
(Hereditary Hemochromatosis)


代謝、新生児
(Metabolic or Newborn)

・リソソーム蓄積症
(Lysosomal Strage Disorders)
・ムコ多糖症
(Mucopolysaccharidoses)
・神経セロ井戸リポフスチン症
(Neuronal Ceroid Lipofuscinoses)
・先天性グリコシル化異常症
(Congenital Disorders of Glycosylation)
・脂肪酸代謝異常症
(Disorders of Fatty Acid Oxidation)
・糖原病
(Glycogen Strage Disease)
・ホモシスチン尿症
(Homocystinuria)
・高アンモニア/尿素サイクル異常症
(Hyperammonemia and Urea Cycle Disorder)
・フェニルケトン尿症
(Hyperphenylalaninemia)
・低リン血症性くる病
(Hypophosphatemic Rickets)
・小児神経伝達物質病
(Neurotransmitter Disorders)
・有機酸血症/酸尿症
(Organic Acidemia/)Aciduria
・ペルオキシソーム形成異常症
(Peroxisomal Disorders)
・ポルフィリン症
(Porphyria Disorders)
・プリン/ピリジン代謝異常
(Purine and Pyrimidine Metabolism Disorders)
・ピルビン酸脱水素酸素欠損症
(Pyruvate Dehydrogenase Deficiency


腎臓学
(Nephrology)

・バルデー・ビードル症候群
(Bardet-Biedl Syndrome)
・繊毛関連疾患
(Cilliopathies)
・ジュベール/メッケル症候群
(Joubert and Meckel-Gruber Syndromes)
・腎結石症
(Nephrolithiasis)
・ネフロン癆
(Nephronophthisis)
・原発性線毛運動不全症
(Primary Cilliary Dyskinesia)
・網膜色素変性症
(Senior-Loken Syndrome)


神経学
(Neurology)

・アルツハイマー/認知症
(Alzheimer and Dementia Disease)
・筋萎縮性側索硬化症
(Amyotrophic Lateral Sclerosis)
・自閉症スペクトラム障害
(Autism Spectrum Disorders)
・中心核ミオパチー
(Centronuclear Myopathy)
・シャルコー・マリ―・トゥース病
(Charcot-Marie-Tooth Disease)
・てんかん
(Comprehensive Epilepsy)
・筋ジストロフィー
(Comprehensive Muscular Dystrophy)
・神経筋疾患
(Neuromuscular Disorders)
・ニューロパチー
(Conprehensive Neuropathy)
・先天性筋無力症候群
(Congenital Myasthenic Syndrome)
・先天性ミオパチー
(Congenital Myopathy)
・遠位型ミオパチー
(Distal Myopathy)
・ジストニア
(Systonia Comprehensive)
・ジストログリカン病
(Dystroglycanopathy)
・早期乳児てんかん性脳症
(Early Infantile Epiletic Encephalopathy)
・遺伝性運動性ニューロパチー
(Hereditary Motor Neuropathy)
・遺伝性感覚性/自立神経性ニューロパチー
(Hereditary Sensory and Autonomic Neuropathy)
・遺伝性痙性対麻痺
(Hereditary Spastic Paraplegia Comprehensive)
・全前脳胞症
(Holoprosencephaly)
・肢帯型筋ジストロフィー
(Limb-Girdle Muscular Dystrophy)
・ネマリンミオパチー
(Nemaline Myopathy)
・脳内鉄沈着を伴う神経変性症
(Neurodegeneration with Brain Iron Accumulation)
・パーキンソン病
(Parkinson Disease)
・レット/アンジェルマン症候群
(Rett and Angelman Syndromes)


眼科学
(Opthalmology)

・先天性白内障
(Congenital Cataracts)
・レーバー先天性黒内障
(Leber Congenital Amaurosis)
・小眼球/無眼球症
(Microphthalmia/Anaphthalmia Disorders)
 


健康全般
(General health)

・遺伝性健康全般
(Comprehensive Genetic Health)
・遺伝的健康
(Gene-determined Health)


小児科学
(Pediatrics)

・慢性膵炎
(Chronic Pancreatitis)
・コルネリア・デ・ランゲ症候群
(Cornelia de Lange Syndrome)
・頭蓋骨縫合早期癒合症
(Craniosynostosis)
・性分化疾患
(Disorders of Sex Development)
・巨頭症/過成長症候群
(Macrocephaly and Overgrowth Syndrome)
・骨系統繊毛関連疾患
(Skeletal Cilliopathies)

お問い合わせ 試薬部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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