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 CLC bio社製品のソフトウェア単体販売からインテグレーションまで、すべて取り扱える正規販売代理店です。

CLC Bioinformatics Solution
CLC Main Workbench

フィルジェンでは、CLC bio社/QIAGEN社の日本における正規販売代理店として、CLC bio社の各種バイオインフォマティクスソリューションの販売とサポートを行っております。CLC bio社は、DNA、RNA、タンパク質をはじめとする各種配列解析に対応したソフトウェアの他、ドッキング予測・バーチャルスクリーニングや、最先端のテクノロジーである次世代シークエンシング分野においても世界を牽引するバイオインフォマティクスソリューションプロバイダーです。

概要


CLC Main Workbenchには、DNA、RNA、Proteinの配列解析機能が搭載されています。次世代シークエンスデータ解析には、対応しておりません。(次世代シークエンスデータ解析には、CLC Genomics Workbench」をご利用ください。)また、高度なコンピュータ技術は必要ありません。CLC Main Workbenchは、独自のグラフィカルユーザーインターフェイスにより、簡単でわかりやすい操作性を実現しています。また、詳細をすべて網羅した包括的なユーザーマニュアルもご利用いただけます。さらに、CLCの各種Workbenchと互換性があり、すべての研究者が配列データや研究結果を簡単に共有でき、研究グループ内での効果的な連携を強力にサポートします。

主な機能とメリット


【アセンブリ】
CLC Main Workbenchでは、シーケシング装置の結果をインポート、表示、編集、解析することができます。次の図は、3つのシーケンシングリードをコンティグ配列に自動的にアセンブルしたものです。4つのヌクレオチドの各蛍光強度は、読み取られた各シーケンシングリードの配列の下にトレースグラフで示されます。リード間の配列の不一致箇所には赤色の注釈が付けられます。

【プライマーデザイン】

このMain Workbenchのプライマー設計機能は、プライマー選択プロセスにおいて、これまでにないようなグラフィカルかつインタラクティブな操作性を実現しています。プライマーは、さまざまな実験条件設定で設計することができます。プライマーエディタでは、領域を選択することによってプライマーセットを簡単に設計したり、様々な条件で使用する時のプライマーの詳細な特性をすぐに表示することができます。また、融解温度や自己アニーリング値といったプライマーの選択基準を調整すると、その結果を即座に確認することができます。このWorkbenchでは、その統合的特性によって、特定の遺伝子に対応するプライマーを簡単に設計することができます。下の図は、エクソンの既知の遺伝的変異に対応するプライマーのデザインで、ここでは18〜22塩基のものを指定しています。各プライマーの有効性については、ドットで表示されます。緑色のドットは、すべての選択基準を満たすプライマーを表し、赤色のドットは1つまたは複数の選択基準を満たなかったプライマーを表します。

【RNA二次構造解析】
tRNA分子に最適な2次構造を予測します。予測される構造は右の図のようになります。構造のレイアウトは、軸回転を行って手動で編集することができます。色付きの不対塩基は、分配関数に基づき、これらの塩基が対にならない可能性があることを示しています。同様に、塩基対となる可能性についても確認することができます。CLC Workbenchでは、複雑な各種アルゴリズムやRNA解析のためのオプションを簡単にご利用いただけます。最先端の自由エネルギー最小化アルゴリズムを使用したRNA2次構造の予測や、パラメータ、熱力学、統計詳細の抽出、および、実験情報の解析への取り込みも簡単に行うことができます。Workbenchでは、高度にグラフィカルかつ機能性に優れたユーザーインターフェイスを使用して、RNA2次構造情報を表示したり、操作することができます。指定したRNAの配列や構造を同時に線や表、または2次元図で表すことができます。2次構造の熱力学的および統計的特性についても、簡単に知ることができます。説明資料や論文用に2次構造の編集をすることも可能です。

【タンパク質生化学】
CLC Main Workbenchには、PDB形式とmmCIF形式の3次元構造をまとめて表示する機能が装備されています。また、BLASTのホモロジー検索と連携して、3次元構造をProtein DataBankから直接取得することもできます。構造は、さまざまな方法でビジュアル化することができます。効果的な図形を作成して、プレゼンテーションやレポートにご利用いただけます。

【Local PFAM Domain Search】
機能未知のタンパク質を、PFAMデータベースに対して検索を行うことによって、例えば酵素の触媒活性の様な、機能性のある部位を予測することができます。

【Secondary Protein Structure Prediction】
Hidden Markov Model(HMM)アルゴリズムに基づく、αへリックスとβシートを予測することができます。タンパク質配列は、各々の配列に沿って描かれる予測されたαへリックスとβシートによって、視覚的に表示されます。

【Reverse Translation】
タンパク質の配列をヌクレオチドに逆翻訳することが可能です。遺伝暗号の性質が異なるため、あらゆるアミノ酸はいくつかのコドン(20アミノ酸に対して64の異なるコドン)に逆翻訳されます。

【Proteolytic cleavage detection】
ディテクションパラメーターに従って、タンパク質分解切断部位を見つけ、その部位を注釈として配列の上に表示することができます。

【Protein Charge】
タンパク質配列のためのpH機能として1つの電荷のグラフを作成することができます。これは特に、pHを与えられたタンパク質の正の電荷を見つけるのに役立ちます。この知識を、例えば二次元電気泳動の一次元の上で、等電点電気泳動に関して用いることができます。

【Antigenicity】
異なるアルゴリズムを用いて、異なる方法でタンパク質配列中の抗原性領域を特定することができます。配列の抗原性は、同時に1つ以上の配列のためのプロットを含むことができる抗原性プロットとして表示されます。

【アライメント】
他の多くのアラインメントプログラムとは異なり、CLC Main Workbenchで
は、複数の配列アラインメントにおいて個々の配列のアノテーションを表示することができます。これにより、特定の領域がアラインメントを通じて保存されているかどうかを簡単に確認できます。また、アラインメントの情報内容についても、シークエンスロゴで表示することができます。シークエンスロゴにより、高度に保存された領域の情報を確認できます。アラインメントの個々の残基の保存については、アラインメントの下にヒストグラムで表示されます。

【クローンニング】
CLC Main Workbenchには、様々な目的に対応した高度にグラフィカルなインシリコクローニングとベクター設計機能が搭載されています。当社が取り組んでいるクローニングのビジュアル化は、他の多くのソフトウェアツールとは別の考え方に基づいています。つまり、他のアプリケーションのような、事実上管理不可能な自動化されたクローニングプロセスではなく、ユーザーがクローニングプロセスを完全管理できるよう設計されています。配列のオーバーハングは、インシリコのヌクレアーゼ処理、またはベクターと挿入配列のオーバーハングを埋めることによって簡単に調整でき、結果の確認も視覚的に行うことができます。

使用可能な拡張機能
・シグナルペプチド予測(SignalP)
・膜貫通へリックス予測(TMHMM)
・配列リーダー
・注釈の抽出
・最近使用したアイテム
・ブックマーク
・Vector NTIのインポート

使用可能なモジュール
・追加のアライメント機能
・MLST


【BLAST/DB検索】
CLC Main Workbenchでは、NCBIまたはローカルデータベースに対して、タンパク質配列、DNA配列、またはこれらを組み合わせてBLAST検索を実行することができます。BLAST検索の結果については、概略がグラフィック表示され、結果の詳細は表で示されます。ヒットした配列は簡単にダウンロードでき、より詳細な解析も可能です。上部にはヒットしたすべての配列のアラインメントが表示され、クエリ配列のアノテーションも示されます。下部の表にはヒットしたすべての配列が表示され、ソートや検索を実行することができます。さらに、独自のデータを相同検索することもできます。このとき、最初にBLASTデータベースを作成する必要はありません。相同検索はオンザフライで実行でき、大規模な配列にプライマーを照合する場合にも使用できます。

【ドットプロット】
ドットプロットでは、2つの配列をグラフィカルに比較することができます。これにより、DNAまたはタンパク質の配列の中で、類似している2つの領域を比較することができます。プロットの各々の軸は、それぞれの配列を表し、配列が一致する場合に直線が引かれます。これは、関心のある配列の中で、一致する部位を見つけるのに用いることもできます。

【パターンディスカバリー】
パターンディスカバリーを使用することによって、1つまたは複数のヌクレオチドとアミノ酸配列にわたって、未知の配列パターンを発見できます。発見の規則は、隠れマルコフモデルに基づいており、一度にいくつかの配列において解析が実行される場合、すべての配列の間で共通のパターンが検索されます。

【プラグイン】
CLC bio社の柔軟かつ最新のITアーキテクチャにより、当社の提供するオープンAPIを使用して、すべてのCLC bio社製バイオインフォマティクスワークベンチに対応するプラグインを簡単に開発することができます。1つまたは複数のプラグインをコンピュータにインストールすると、CLCのワークベンチと完全統合し、1つの(拡張した)アプリケーションのように動作します。
当社のDeveloper Kitを使用して独自のプラグインを開発することもできます。また、当社あるいはサードパーティの開発したプラグインを使用することも選択できます。

【インポート/エキスポート形式】
CLC Main Workbenchには、バイオインフォマティクスデータをインポートおよびエクスポートするための、極めて柔軟な機能が搭載されています。配列、アラインメント、系統樹をさまざまな形式でインポート/エクスポートすることができます。高度で使いやすいグラフィカルなエクスポート機能を活用して、研究のプレゼンテーションや資料にハイエンドなグラフィック表示をご利用いただけます。グラフや色など、Workbenchの要素のレイアウトを調整し、[Graphics export(グラフィックのエクスポート)]を押します。ファイル形式は、png、jpg、tiffの3つのビットマップ形式と、pdf、svg、ps、epsの4つのベクターグラフィック形式から選択できます。ビットマップをエクスポートする場合は、解像度を調整して、非常に高品質なグラフィックを作成することができます。下の図は、インポートしたabiファイルを示しています。

(インポート形式)
ACEファイル .ace コンティグ
Phylip Alignment .phy アライメント
GCG Alignment .msf アライメント
Clustal Alignment .aln アライメント
Newick .nwk ツリー
FASTA .fsa/.fasta 配列
GenBank .gbk/.gb/.gp 配列
GCG配列 .gcg 配列(インポートのみ)
PIR(NBRF) .pir 配列(インポートのみ)
Staden .sdn 配列(インポートのみ)
DNAstrider .str/.strider 配列
Swiss-Prot .swp タンパク質配列
Lasergene配列 .pro タンパク質配列(インポートのみ)
Lasergene配列 .seq ヌクレオチド配列(インポートのみ)
Embl .embl ヌクレオチド配列
Nexus .nxs/.nexus 配列、ツリー、アラインメント、配列リスト
CLC .clc 配列、ツリー、アラインメント、レポート
テキスト .txt テキスト形式のあらゆるデータ
CSV .csv 表、セミコロンで区切られた各セル(エキスポートのみ)
ABI .abi トレースファイル(インポートのみ)
AB1 .ab1 トレースファイル(インポートのみ)
SCF2 .scf トレースファイル(インポートのみ)
SCF3 .scf トレースファイル(インポートのみ)
Phred .phd トレースファイル(インポートのみ)
mmCIF .cif 構造(インポートのみ)
PDB .pdb 構造(インポートのみ)
BLAST Databese .phr/.nhr BLASTデータベース(インポート)
Vector NTI Database - 配列(データベース全体のインポート)
VectorNTIアーカイブ .ma4/.pa4/.oa4 配列(インポートのみ)
Gene Construction Kit .gcc 配列(インポートのみ)


その他の機能


【Scatter Plot・Volcano Plot】
マイクロアレイのデータ解析に役立つScatter PlotやVolcano Plotを簡単に作成することができます。

【hypergeometric tests on annotations】
Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)やGene OntologyやPathway情報を用いた解析ツールを搭載。どの機能カテゴリーに含まれる遺伝子が有意に発現しているかを知ることができます。

【実験データインポート】
Affymetrixとillumina及び、各種単色マイクロアレイの実験データとアノテーションデータを読み込みことができます。

【GEOデータインポート】
NCBIのGEO(Gene Expression Omnibus)の実験データを読み込み、解析を行うことができます。

【ノーマライゼーション機能】
Scaling, Quantileの2種類のノーマライゼーションを選択できます。ノーマライズ後のデータをBox Plotにて確認することができ、データの品質管理にも役立たせることができます。

-test/ANOVA】
2グループ間であれば、t-検定、2グループ以上であれば、ANOVA検定を行うことができ、P-valueやFDRを求めることが可能です。

【階層型クラスタリング】
実験テーブル下のアイコンで、階層型クラスタリングを行うことができます。


【PCA/k-means/medoids clustering】
PCA/K-means/medoids clusteringなどの各種クラスタリングに対応しています。


 CLC Workbench搭載機能比較一覧


CLC Workbench搭載機能比較一覧へジャンプ


トライアル版ライセンス・メーカー資料の取得


下記サイトより、本ソフトウェアのトライアル版ライセンスやユーザーマニュアル、データ解析のチュートリアル資料などを取得できます。

 https://www.qiagenbioinformatics.com/products/clc-main-workbench/#Downloads


 バージョンアップ履歴、システム要件


下記サイトより、本ソフトウェアのバージョンアップ履歴やシステム要件を確認できます。

 Latest Improvements: https://www.qiagenbioinformatics.com/products/clc-main-workbench/latest-improvements/current-line/
 System Requirements:
https://www.qiagenbioinformatics.com/system-requirements/


 価格


商品名 型式 数量 税別価格
CLC Main Workbench Cat.#F-CLC-MW 1固定永久ライセンス(*1) アカデミック:¥41,300
Cat.#F-CLC-MW-C 1固定永久ライセンス(*1) コマーシャル:¥258,500
Cat.#F-CLC-MWN 1ネットワーク永久ライセンス(*1) アカデミック:¥82,500
Cat.#F-CLC-MWN-C 1ネットワーク永久ライセンス(*1) コマーシャル:¥517,000
CLC Main Workbench
現地取扱説明・インストール作業
実施しておりません。
*1: 永久ライセンスには、購入後1年以内のソフトウェアのバージョンアップ及び、テクニカルサポートが含まれています。2年目以降のソフトウェアのバージョンアップ及び、テクニカルサポートにつきましては、別途保守契約(有償、定価の20%)が必要となります。テクニカルサポートは、電話、あるいは電子メールでの対応のみとなります。2年目以降のサポート&バージョンアップをご購入頂かなくても、ソフトウェアは継続してご使用になれますが、メーカーサポートは受けられなくなりますので、ご注意ください。サポート&バージョンアップの有効期間が切れた後でも、保守契約を更新することは可能ですが、有効期限の切れたところからさかのぼってご加入頂く必要がございますので、ご注意ください。
*2: ネットワークライセンスは、複数のPCにソフトウェアをインストールすることができます。ただし、複数のPCで同時に使用することはできず、1ユーザーのみで使用できます。

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