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Home製品・サービス情報バイオインフォマティクス・ソフトウェアCLC bio Bioinformatics Solution>CLC MLST Module


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- CLC bio
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BioSignature Discoverer
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MetaGeneMark
プラグイン一覧


 CLC bio社製品のソフトウェア単体販売からインテグレーションまで、すべて取り扱える正規販売代理店です。

CLC bio Bioinformatics Solution
CLC Genomics Workbench用プラグイン

フィルジェンでは、CLC bio社/QIAGEN社の日本における正規販売代理店として、CLC bio社の各種バイオインフォマティクスソリューションの販売とサポートを行っております。CLC bio社は、DNA、RNA、タンパク質をはじめとする各種配列解析に対応したソフトウェアの他、ドッキング予測・バーチャルスクリーニングや、最先端のテクノロジーである次世代シークエンシング分野においても世界を牽引するバイオインフォマティクスソリューションプロバイダーです。
CLC_bio_Bioinformatics_Solution / CLC_bio_Next_Generation_Sequencing_Solution / FAQ
Desktop Software(CLC Genomics Workbench / Biomedical Genomics Workbench / CLC Main Workbench / CLC Sequence Viewer / CLC Drug Discovery Workbench
High Performance Computing(CLC_Assembly_Cell
Enterprise Solutions(CLC Genomics Server / CLC Genomics Machine / CLC Genomics Factory / CLC Drug Discovery Server / CLC_Bioinformatics_Database
Plug-in(CLC MLST Module / CLC Genome Finishing Module / Blast2GO PRO / Bootstrapped ROC(bROC) / BioSignature Discoverer / CLC Microbial Genomics Module / MetaGeneMark / プラグイン一覧 / ソフトウェア-プラグイン対応表

以下にご紹介するソフトウェアは、以下のソフトウェアにPlug-inして使用するものです。従いまして、以下のソフトウェアも必要となります。
・CLC Genomics Workbench
・CLC Cancer Research Workbench(MLST Module, Microbial Finishing Module, Bootstrapped ROCなどは、使用できません。)
・CLC Main Workbench


遺伝子発現統計解析モジュール(BioFormatix社製)
   Bootstrapped ROC(bROC)

Bootstrapped ROC(bROC)では、マイクロアレイやRNA-Seq解析のデータから、発現変動したプローブや遺伝子を検出できます。
*Bootstrapped ROCプラグインを利用するためには、CLC Main Workbenchまたは、CLC Genomics Workbenchのソフトウェアが必要となります。

他の手法とは異なり、bROCは反復の少ない実験でも解析できます。
ユーザーがパラメーターを選択せずに、簡単に使うことのできるアルゴリズムです。
いくつかの測定基準によって、他のパラメトリック・ノンパラメトリックな手法と比較して、bROCはよりよく解析できます。

【価格】
商品名 対応ソフトウェア(*1) 数量 税別価格 Cat.#
Bootstrapped ROC(bROC) CLC Main Workbench
CLC Genomics Workbench
Biomedical Genomics Workbench
1固定永久ライセンス
(アカデミック)(*2)(*3)
お問合せ F-CLC-BROC-AS
1固定永久ライセンス
(コマーシャル)(*2)(*3)
お問合せ F-CLC-BROC-CS
1ネットワーク永久ライセンス
(アカデミック)(*2)
お問合せ F-CLC-BROC-AN
1ネットワーク永久ライセンス
(コマーシャル)(*2)
お問合せ F-CLC-BROC-CN
*1 本プラグインは、CLC Main Workbench/CLC Genomics Workbench/Biomedical Genomics Workbenchに対応しています。プラグイン単体では動作しませんので、ご注意ください。
*2 永久ライセンスには、購入後1年以内のソフトウェアのバージョンアップ及び、テクニカルサポートが含まれています。2年目以降のソフトウェアのバージョンアップ及び、テクニカルサポートにつきましては、別途保守契約(有償, 定価の20%)が必要となります。テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールでの対応のみとなります。2年目以降のサポート&バージョンアップを購入頂かなくてもソフトウェアは継続してご使用になれますが、メーカーサポートは受けられなくなりますので、ご注意ください。サポート&バージョンアップの有効期限が切れた後でも保守契約を更新することはかのうですが、有効期限の切れたところから遡ってご加入頂く必要がありますので、ご注意ください。
*3 固定ライセンスは、CPUのコア数が64コア以上(ハイパースレッドを含む)のコンピュータやリモート操作のコンピュータ上ではご使用できません。これらのコンピュータでの利用をご希望の場合は、ネットワークライセンスをご購入ください。


分子データにおける予測的特徴や
    診断的特徴を同定・解釈するための統計解析パイプライン
   BioSignature Discoverer



【特徴】

BioSignature Discovererは、分子データにおける予測的特徴や診断的特徴を同定・解釈するための統計解析パイプラインです。アルツハイマー病を予測する最良の遺伝子、作物品質を予測する最良の代謝物、または、がん生存率を予測する最良の遺伝子発現を確実に、迅速かつ簡単に発見します。BioSignature Discovererでは、長年のバイオメディカルデータ解析ノウハウと、独自の新規アルゴリズムが連動されていますので、ユーザーはデータをロードしてクリックすることで簡単に解析結果を得ることができます。また、特徴の解釈に必要な全ての測定基準および情報、そして科学的または技術的論文の公開に必要な一切の情報(p-value、信頼区間、分散)を出力します。大きいサイズのデータ解析にも簡単にスケールアップできます。

(データ例)

もっとも予測的な特徴を発見し、それぞれに含まれる要素の妥当性を評価します。

その予測的特徴が、外部のバリデーションセットにおいて達成する予測性能を推定します。


 
いくつかの診断的プロットと比較することで、そのモデルがどの程度データに一致するか確認します。

(簡単操作)

1. サンプルデータ、または、実験データを選択します。



  2. 以下の中から選択します。
 ・Classification
 ・Regression
 ・Time-to-event analysis

3. 結果が得られました。


 

(バージョン別機能一覧)



【価格】
商品名 対応ソフトウェア 仕様 税別価格 Cat.#
BioSignature Discoverer
Basic Version
CLC Genomics Workbench
Biomedical Genomics Workbench
CLC Main Workbench
1固定永久ライセンス
(アカデミック)(*2)
お問合せ F-CLC-BDB-AS
1固定永久ライセンス
(コマーシャル)(*2)
お問合せ F-CLC-BDB-CS
BioSignature Discoverer
Professional Version
1固定永久ライセンス
(アカデミック)(*2)
お問合せ F-CLC-BDP-AS
1固定永久ライセンス
(コマーシャル)(*2)
F-CLC-BDP-CS
BioSignature Discoverer
Full Version
1固定永久ライセンス
(アカデミック)(*2)
お問合せ F-CLC-BDF-AS
1固定永久ライセンス
(コマーシャル)(*2)
F-CLC-BDF-CS
*1: 本プラグインは、CLC Genomics Workbench/Biomedical Genomics Workbench/CLC Main Workbenchに対応しています。プラグイン単体では動作しませんのでご注意ください。
*2: 永久ライセンスには、購入後1年以内のソフトウェアの「バージョンアップ及びテクニカルサポート」が含まれています。2年目以降の「バージョンアップ及びテクニカルサポート」は、別途保守契約(有償、定価の20%)が必要となります。テクニカルサポートは、電話または電子メールでの対応のみとなります。2年目以降の「バージョンアップ&テクニカルサポート」をご購入頂かなくてもソフトウェアは継続してご使用頂けますが、メーカーサポートを受けられなくなりますので、ご注意ください。「バージョンアップ&テクニカルサポート」の有効期限が切れた後でも、保守契約を更新することは可能ですが、有効期限の切れたところから遡ってご加入頂く必要がありますので、予めご了承ください。


微生物ゲノム解析用モジュール
   CLC Microbial Genomics Module
CLC Microbial Genomics Moduleは、次世代シークエンサーを用いた微生物ゲノム解析用のプラグインです。16S rRNAやショットガンメタゲノムデータを用いた菌種組成解析と、メタゲノムデータによる病原菌のタイピングや疫学解析ツール、遺伝子機能解析ツールが利用可能になります。バクテリアやウイルスなど、解析に使用するリファレンスゲノムデータの専用のダウンロードツールも搭載し、また解析パイプラインのワークフローが最初から組み込まれているため、簡単な操作で解析を行うことができます。

【搭載アプリケーション】

Amplicon-Based OTU Clustering
16S rRNAなどアンプリコンシークエンスデータの各種QCチェックおよびOTUクラスタリングによる菌種組成解析
Taxonomic Analysis
ショットガンメタゲノムデータを用いた、宿主ゲノム配列データの除去および菌種組成解析
Functional Analysis
メタゲノムシークエンスデータのDe Novoアセンブル
BLAST検索、Pfamドメイン検索による遺伝子機能アノテーション付けと組成解析
Abundance Analysis
菌種組成データからのα多様性とβ多様性の計算
菌種または遺伝子機能組成データからの、サンプル間比較やヒートマップ作成
Typing and Epidemiology(ベータ版)
NGS-MLST(Multi Locus Sequence Typing)解析による病原菌のタイピングおよび薬剤耐性の確認
K-mer Treeによる複数菌種のゲノム配列の類似度の比較
SNP Treeによる分子系統樹の作成
Databases
NCBIからの、バクテリアやウイルスなどのゲノム配列データの一括ダウンロード
Greengenes、SILVA、UNITEなどのOTU配列データ、MLSTスキーマや薬剤耐性遺伝子配列データのダウンロード
カスタムデータからのデータベース作成
*Functional Analysis を使用する場合、別途有償プラグイン「MetaGeneMark」が必要です。

 
(クリックして拡大)
 

(アプリケーションの詳細)

・Amplicon-Based OTU Clustering

16S/18S rRNAやITS、さらにQIIMEフォーマットで作成されたカスタムメイドのFASTA配列データをリファレンスとして使用し、アンプリコンシークエンスデータによる、サンプル中の菌種組成解析を行います。アダプター配列の除去や、ペアリード配列のマージ、さらにリード配列のトリミングなどの各種QCチェックを行い、最終的にOTU(Operational Taxonomical Units)クラスタリングによって、菌種の組成データを得ます。菌種組成データは、テーブル形式の表示の他、バーチャートやエリアチャート、さらにサンバースト図など様々な形式で表示でき、またサンプルのメタデータの情報に基づき、各サンプルをグループごとに統合して表示することも可能です。
   
(クリックして拡大)

・Taxonomic Analysis

ショットガンメタゲノムデータを使用し、サンプル中の菌種などの生物分類の組成を解析します。専用のダウンロード用ツールを用いることで、細菌やウイルスなど、リファレンスとなるゲノム配列データを容易にダウンロードでき、またカスタムメイドで作成したリファレンスデータを使用して、解析を行うことも可能です。また、サンプルの宿主ゲノム配列データを登録することで、シークエンスデータから宿主ゲノム由来の配列の除去を行っての解析が可能です。Amplicon-Based OTU Clusteringと同様に、テーブル形式の表示の他、バーチャートやエリアチャート、さらにサンバースト図での解析結果の表示が可能です。

(クリックして拡大)

・Functional Analysis


ショットガンメタゲノムデータを使用し、サンプル中に含まれるシークエンスデータの、遺伝子機能組成の解析を行います。メタゲノムデータ専用のDe Novoアセンブリツールを搭載し、サンプルごとのコンティグ配列データの作成や、別途有償プラグインの「MetaGeneMark」によるたんぱく質コード領域のアノテーション付け、さらにBLASTによる相同性検索に基づいた、Gene Ontologyの遺伝子機能情報やPfam domein情報の付加を実行することが可能です。

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・Avandance Analysis


「Amplicon-Based OTU Clustering」「Taxonomic Analysis」「Functional Analysis」により作成した、菌種や遺伝子機能の組成データを基に、サンプル間比較の統計処理やα多様性/β多様性の計算、さらにグラフ作成による各種ビジュアライゼーションを行います。グラフ表示の際は、サンプルのメタデータによるグループ情報のラベル表示が可能で、サンプルの分類情報などを視覚的に確認することが可能です。

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・Typing and Epidemiology

次世代シークエンサーを利用したMLST(Multi Locus Sequence Typing)解析による病原菌の菌種を決定するタイピングを行います。タイピングと同時に、サンプルの薬剤耐性遺伝子の有無も同時に確認することができ、公共データベースに登録されている薬剤耐性遺伝子のデータ以外にも、カスタムメイドの遺伝子データを用いることも可能です。また、サンプルのシークエンスデータと、データベースに登録されている微生物ゲノム配列データを比較したK-mer Tree、サンプルのSNP検出による遺伝子型データに基づいたSNP Treeを作成することができ、これらの系統樹解析用のツールを使用して、微生物ゲノムデータを用いた疫学研究を行うことも可能です。

(クリックして拡大)

(クリックして拡大)

・Databases


本プラグインで使用するリファレンスデータを取得するための、様々なダウンロード用ツールが利用できます。公共データベースに登録されている、細菌やウイルスなどのゲノム配列データ、アンプリコンデータ、各種遺伝子データなどを、希望のデータセットなどを指定するだけで簡単にダウンロードでき、各アプリケーションで使用可能です。また、ユーザー独自作成のデータファイルをインポートし、本プラグインで使用できるフォーマットに変換を行うためのツールも搭載しており、ユーザーカスタムメイドのリファレンスデータを使用したデータ解析に利用することが可能です。

(クリックして拡大)

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【メーカー提供資料】

Tutorial
Manual(PDF)


【セミナー資料(PDFファイル)】
CLC Microbial Genomics Module ウェブトレーニングセミナー(2017年7月21日)
・病原菌タイピング解析編
CLC Microbial Genomics Module ウェブトレーニングセミナー(2017年6月1日)
・微生物プロファイル解析編
CLC bio プラグインを用いた微生物ゲノム配列決定とアノテーション解析(2016年12月12日)
CLC Genomics Workbench ハンズオントレーニング名古屋(2016年7月22日)
・微生物ゲノム編
Whole Genome Functional Profile
Microbiome Genomics Module
新製品 Microbial Genomics Module を使ったメタゲノム解析(2015年7月30日)
NGS MLSTを使った病原菌タイピングと今後の微生物ゲノム解析開発プランについて
(2016年2月16日)


【価格】
商品名 対応ソフトウェア(*1) 仕様 税別価格 Cat.#
CLC Microbial Genomics Module CLC Genomics Workbench
Biomedical Genomics Workbench
1固定永久ライセンス
(アカデミック)(*2)
お問い合わせ F-CLC-MGM-AS
1固定永久ライセンス
(コマーシャル)(*2)
お問い合わせ F-CLC-MGM-CS
1ネットワーク永久ライセンス
(アカデミック)(*2)
お問い合わせ F-CLC-MGM-AN
1ネットワーク永久ライセンス
(コマーシャル)(*2)
お問い合わせ F-CLC-MGM-CN
*1: 本プラグインは、CLC Genomics Workbench/Biomedical Genomics Workbenchに対応しています。プラグイン単体では動作しませんのでご注意ください。
*2: 永久ライセンスには、購入後1年以内のソフトウェアの「バージョンアップ及びテクニカルサポート」が含まれています。2年目以降の「バージョンアップ及びテクニカルサポート」は、別途保守契約(有償、定価の20%)が必要となります。テクニカルサポートは、電話または電子メールでの対応のみとなります。2年目以降の「バージョンアップ&テクニカルサポート」をご購入頂かなくてもソフトウェアは継続してご使用頂けますが、メーカーサポートを受けられなくなりますので、ご注意ください。「バージョンアップ&テクニカルサポート」の有効期限が切れた後でも、保守契約を更新することは可能ですが、有効期限の切れたところから遡ってご加入頂く必要がありますので、予めご了承ください。


メタゲノム遺伝子予測モジュール
   MetaGeneMark
MetaGeneMarkは、短い配列断片からなる、微生物のメタゲノム配列データに対して、遺伝子とCDS領域の検出を行うプラグインです。ブートストラップ類似のアルゴリズムを用いて、外部データリソースや細かいパラメータの設定なしに、高感度な予測が可能です。有償プラグイン「CLC Microbial Genomics Module」と組み合わせて使用することで、メタゲノムデータの遺伝子機能プロファイル解析を効率的に行うことが可能になります。

【セミナー資料(PDFファイル)】
CLC bio プラグインを用いた微生物ゲノム配列決定とアノテーション解析(2016年12月12日)

【価格】
商品名(*1) 対応ソフトウェア(*2) 仕様 税別価格 Cat.#
MetaGeneMark CLC Genomics Workbench
Biomedical Genomics Workbench
1固定年間ライセンス
(アカデミック)(*3)
お問合せ F-CLC-MTG-AS
1固定年間ライセンス
(コマーシャル)(*3)
お問合せ F-CLC-MTG-CS
1ネットワーク年間ライセンス
(アカデミック)
お問合せ F-CLC-MTG-AN
1ネットワーク年間ライセンス
(コマーシャル)
お問合せ F-CLC-MTG-CN
*1 テクニカルサポートは、電話あるいは電子メールでの対応のみとなります。
*2 本プラグインは、CLC Genomics Workbench/Biomedical Genomics Workbenchに対応しています。プラグイン単体では動作しませんので、ご注意ください。
*3 固定ライセンスは、CPUのコア数が64コア以上(ハイパースレッドも含む)のコンピュータやリモート操作のコンピュータ上では使用できません。これらのコンピュータでの利用をご希望の場合は、ネットワークライセンスをご購入ください。


プラグイン一覧

プラグイン一覧(キアゲン社該当サイト)

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