製品・サービス情報
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BioTuring社製品 シングルセル RNA-Seq 解析ソフトウェア
BBrowserX |
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 BBrowserX
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【個人データを使用したシングルセル RNA-Seq データ解析】
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BBrowserX は、シングルセル RNA-Seq データ解析のエンドツーエンドのソリューションです。様々なデータのインポート・グラフ化・下流分析に対応しています。計算・データ保存は、メーカーのクラウド上で行われます。 |
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≫データインポート
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10X CellRanger の CellRanger マトリックス（features.tsv、barcodes.tsv、matrix.mtx）、,h5ファイル、Seurat（.rds）、Scanpy（.h5ad）、TSV/CSVオブジェクトのインポートに対応
高品質のセルのみを保持するためのフィルタリングパラメーター設定や複数サンプルを読み込むことも可能です。 |
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≫次元削減まで自動化＋クラスタリング
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BBrowserX は、解析がパイプライン化されているので、データのインポートだけで UMAP が作成されます。
さらに、 Louvain clustering ツールを使用すると、クリック操作だけでクラスタリングが行われ、スムーズに解析することができます。
また、バッチ効果の補正（Harmony）を適応することで、実験間のばらつきを補正できます。 |
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≫細胞種アノテーションのための優れた機能を多数搭載
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◆Gene query
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単一または複数のターゲット遺伝子を検索するだけで、発現強度が視覚化できます。各クラスターまたは様々なアノテーションにおける発現比をバイオリンプロットやヒートマップで視覚化できます。 |
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◆Cell type prediction
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BioTuring社の包括的なデータベースに基づいて構築された自動 Cell Type 予測機能です。クリックだけで Cell Type の予測を行うことが可能です。 |
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◆Marker genes
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Marker genes は、ある細胞集団を他の細胞集団と区別するのに役立つ遺伝子パネル（発現量の異なる遺伝子のセット）を見つけることが出来る機能です。多くの場合、1つの遺伝子のみの発現では、特にサブタイプレベルでは集団を見つけるのに十分ではありません。従って、複数の遺伝子を組み合わせることが、この問題に取り組むための有効な解決策となります。 |
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◆Cell search
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Cell search 機能は、数百万の細胞のデータベース全体を参照して、選択した集団と類似した特性または生物学的シグネチャーを共有する細胞集団を引き出すことができます。
アルゴリズムは、著者によるアノテーションではなく、数百万の細胞の中から各細胞の発現プロファイルに基づいており、手元にあるデータを最大限活用するのに役立ちます。 |
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≫充実した下流分析ツール
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◆Differential expression
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特定の2つのクラスターとそれらに関連付けられているプロセスの間で差異を引き起こす遺伝子を見つけることができます。ボルケーノプロットを備えたインタラクティブなダッシュボードで比較できます。 |
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◆サブクラスタリング
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セルのグループを取り出し、それらを新しいデータのセットとして扱う高度な機能です。元のセルよりもセルが少ないデータのサブセットに焦点を合わせると、より多くの主成分と、このセルのグループにのみ重要なコンポーネントを特定することができます。 |
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◆AUCell enrichment
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AUCell（Aibar et al., 2017）は、シングルセルデータセットにおいて、アクティブな遺伝子セットを持つ細胞を特定するアルゴリズムです。
入力された遺伝子セットに対して、AUCell は、全遺伝子のランキングに基づいて各細胞における遺伝子セットの活性を評価し、スコアを返します。AUCell
のスコアが高いということは、その遺伝子セットが細胞内で高度に濃縮されていることを意味します。 |
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◆Clonotype（TCR または BCR）
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BBrowserX は、Tリンパ球とBリンパ球の受容体をコードする遺伝子中のV、D、J遺伝子セグメントのシークエンスデータに基づき、クロノタイプの多様性解析をサポートしています。BBrowserX
は、10X Chromium シングルセルプロファイリングによる TCR および BCR データの解析に対応しています。Cell RangerV(D)J
の出力”All contig annotations”ファイルが必要です。 |
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◆パスウェイ解析
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パスウェイ解析は、AUCell enrichment スコアに基づいて潜在的な生物学的プロセスを特定するために使用される機能です（Aibar
et al., 2017）。この機能は、生物学的パスウェイデータベース WikiPathways が使用されます。 |
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◆Pseudotime anlaysis（擬似時間解析）
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Pseudotime analysis は、遺伝子発現プロファイルの動的な変化をモデル化することで、細胞の発生軌跡を再構築する計算アプローチです。この分析では、Monocle
2（Qiu, Xiaojie, et al., 2017）が使用されます。 |
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≫多彩な視覚化
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●Bar chart
●Violon plot
●Bubble heatmap
●Circos plot
●Intersection plot |
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 デモ版ダウンロード
システム要件/サポートされる生物種
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ウェブブラウザ上で動作します。
計算・データ保存は、メーカーのクラウド上で行われます。
インターネット接続を必要とします（Google Chrome 推奨）
接続について、デモ版にてテストすることを推奨しております。
生物種は、ヒトおよびマウスがサポートされています。 |
 価格
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アカデミックライセンス
| 商品名 |
ライセンスタイプ |
税別価格 |
カタログ＃ |
| BBrowserX |
アカデミック、1年間 1ユーザー 指定ライセンス |
お問合せ |
F-BTX |
コマーシャル
| 商品名 |
ライセンスタイプ |
税別価格 |
カタログ＃ |
| BioTuring ecosystem |
コマーシャル、年間ライセンス |
お問合せ |
お問合せ |
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本ソフトウェアは、年間ライセンスです。 |
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解析にはインターネット接続が必要です。 |
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テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールでの対応のみです。 |
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30GBストレージ制限があります（アカデミックライセンス）。 |
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アカデミックライセンスには、グループ共有機能は付属しません。 |
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共通機器利用向けの同時ユーザーライセンスもございます。詳細はお問合せください。 |
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コマーシャルライセンスの仕様については、お問合せください。 |
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