製品情報・受託サービス情報
What's New! 製品・サービス情報 ダウンロード e-mail_news登録   
会社情報
概要 ミッション アクセス リクルート 連絡先 ビジネスパートナー ライセンス 個人情報保護方針
Home製品・サービス情報バイオインフォマティクス・ソフトウェア>BioTuring社製 シングルセルRNA-Seq解析ソフトウェア

製品・サービス情報
  
受託サービス
サービス別ラインナップ
  
科学機器
製品別ラインナップ
メーカー別ラインナップ
  
試薬・材料・消耗品
製品別ラインナップ
メーカー別ラインナップ
  
ソフトウェア
製品別ラインナップ
メーカー別ラインナップ
+ BioTuring


BioTuring社製品 シングルセル RNA-Seq 解析ソフトウェア
BioTuring Single Cell Browser

最もシンプルなインターフェース

BioTuring Single Cell Browser(BBrowser)は、シングルセルRNA-Seqデータの探索と視覚化のための直感的で強力なソフトウェアです。
プログラミングの知識が無くても生データからクラスター分析に素早く解析できます。さらに膨大な量のキュレーションされた公開されたデータセットに簡単にアクセスできるため、研究に非常に役立ちます。

 
【ここがPOINT!】
生のシークエンスファイルから定量化・比較などの下流分析に対応
公開されたシングルセルRNA-Seqデータセットにアクセスし、解析結果を閲覧できます。
プログラミングの経験がなくても、すばやく解析できます。
幅広いOSに対応(Windows、macOS、Linux)


主要な機能

 
様々なファイルのインポート(FASTQ、MTX、TSV/CSV、Seurat、scanpyに対応)
FASTQファイルを使用した転写産物の定量化(10X Chromium Chemistry V2およびV3対応)
バッチ効果の補正(MNN、CCA、Harmony)
次元削減(t-SNE、UMAP)とクラスタリング(k-means、グラフベース)
アノテーションと細胞組成予測
Differential expression、サブクラスタリング
シングルセルマルチオミクス(TCR-seq、CITE-Seq)
公開されたデータセットへのアクセス・解析データの閲覧


解析データの定量化から比較まで


BBrowserは、End to Endのソリューションです。
様々なデータのインポート・グラフ化・下流分析に対応しています。

【ファイルインポート・定量化】

≫FASTQ
メーカー開発の定量化プログラムHera-Tを使用して生のFASTQファイルを処理します。より少ない計算リソースを使用しながら、Cell Rangerよりも正確で30~100倍高速です。
⇒迅速かつ正確に転写を定量化

≫MTX

10X Cell Rangerの標準ファイルgene/features.tsv、barcodes.tsv、matrix.mtxのインポートが可能です。

≫カウントデータ
TSV/CSVのタブ区切りカウントデータに対応しています。複数のMTX、TSV、またはCSVファイルを選択した場合、バッチ効果の補正により、実験間のばらつきを補正できます。
⇒MNN、CCA、Harmonyの計算ツールを使用して技術的なエラーを補正できます。

≫Seurat、scanpyオブジェクト
Seurat(.rds)とScanpyオブジェクト(.h5ad/h5)による処理済みscRNA-seqおよびCITE-seqデータのインポートをサポートします。

(クリックして拡大)



(クリックして拡大)


BBrowserとCell Rangerの定量化の比較
上図:実行時間とメモリ消費を大幅に削減します。
下図:より正確に定量化できます。

【データの視覚化】

インポートされたデータは一度に最大130万個のシングルセルをt-SNEおよびUMAPで視覚化する様に最適化されています。2D/3Dの切り替え、プロットの色わけカスタマイズ直感的に操作することができます。

≫ターゲット遺伝子の可視化
単一または複数のターゲット遺伝子を検索するだけで発現強度が視覚化できます。各クラスターまたは様々なアノテーションにおける発現比をバイオリンプロットやヒートマップで視覚化できます。


UMAP of Mouse organogenesis cell atlas(MOCA)-Cao et al., 2019 (クリックして拡大)

(クリックして拡大)



(クリックして拡大)


検索した遺伝子の各クラスターごとの発現比

(クリックして拡大)


(クリックして拡大)


検索した遺伝子のアノテーションごとの発現比

【細胞集団の視覚化】


≫細胞型をリアルタイムで予測
データ内の細胞集団にマーカーで丸を付けるたびに、細胞タイプの予測結果を確認できます。予測のナレッジペースはカスタマイズできます。


(クリックして拡大)
≫研究構成
異なる処理で細胞組成がどの様に変化するか、またはどの処理が異なる細胞タイプを濃縮するかを簡単に視覚化できます。
 
(クリックして拡大)
≫マーカー遺伝子とエンリッチメントプロセスを見つける
残りの細胞集団と比較して、選択したグループで異なって発現される遺伝子とプロセスを確認することに役立ちます。
この情報は、クラスターが属するセルタイプを定義するために不可欠です。

(クリックして拡大)
 
≫サブタイプを探す
セルのグループを取り出し、それらを新しいデータのセットとして扱う高度な機能です。元のセルよりもセルが少ないデータのサブセットに焦点を合わせると、より多くの主成分と、このセルのグループにのみ重要なコンポーネントを特定することができます。

(クリックして拡大)

【データの比較】

≫異なって発現する遺伝子を見つける
特定の2つのクラスターとそれらに関連付けられているプロセスの間で差異を引き起こす遺伝子を見つけることができます。
ボルケーノプロット、ボックスプロット、バイオリンプロット、遺伝子オントロジーを備えたインタラクティブなダッシュボードで比較できます。

(クリックして拡大)

【マルチオミックス】


≫機能バーコーティング/CITE-Seqデータ分析
発現レベルのクエリ、タンパク質情報によるデータのクラスタリングから機能プロットまで、様々な分析および視覚化オプションを使用して細胞表面タンパク質を研究します。
・タンパク質情報に基づくt-SNE
・すべての細胞にわたるタンパク質発現のクエリ
・Feature plot

(クリックして拡大)
≫クロノタイプデータと発現データのペアリング
TCRのシークエンスは、T細胞応答レパートリーの複雑さと多様化を分析するための強力な手段です。TCRを遺伝子発現と関連付けることにより、BBrowserは対象の集団の偏りのない分類と、各細胞の転写ランドスケープとそのTCRとの関連付けを行うことができます。
・クロノタイプの豊富さを探索する。
・抗原情報を見る。
・2つのクロノタイプ間で差次的に発現する遺伝子を見つける。

(クリックして拡大)

【プロットを柔軟にカスタマイズ】
BBrowserで作成されたプロットは柔軟な編集(例えば、プロットサイズ、カラースケール、マージンなどの変更)、解像度の向上を行うことができます。

(クリックして拡大)


公開されたデータセットへのアクセス各モジュールの説明


BBrowserでは、公開されたシングルセルRNAシークエンスデータを複数のフォーマットからプラットフォームにインデックス付けして、簡単に閲覧ができます。
それに加えて、200を超える細胞型のマーカー遺伝子セットを開発し、その遺伝子リストを使用して著者のアノテーションを検証し、細胞型を再度ラベル付けして、データベースで利用可能な細胞型を体系化しています。
ユーザーは、データベース内のすべてのデータセットにわたって単一または複数の遺伝子発現を検索し、異なるクラスターでどの様に発現したかを確認することもできます。

公開されたデータセットのダウンロードにはスコアを消費します。スコアはライセンス購入時に付属し購入するライセンスタイプにより値が決定します。

クリックして拡大


デモ版ダウンロード


弊社(biosupport@filgen.jp)までお問合せください。


システム要件


【OS】
Windows: 7以降(64bitのみ)
MacOS: OS X El Capitan(10.11)以降
Linux: Ubuntu 18.04のみ
CentOS 7
【ハードドライブ】
最小10GB、20GB以上を推奨
【メモリ】
最小8GB、16GB以上を推奨

インターネット接続を必要とします。
10,000を超えるセルを含む大規模なデータセットを使用したり、生データ(FASTQファイル)から分析を実行したりする場合には、推奨構成のコンピューターを使用してください。


解析条件


【生物種】
ヒト(Homo sapiens)、マウス(Mus musculus)
上記以外の種のデータを入力した場合でも、ソフトウェアはデータを処理できます(FASTQファイルからの分析を除く)。ただし、遺伝子セットエンリッチメント分析や遺伝子機能リマインダーなど、遺伝子情報に関連する一部の機能は無効になります。
【FASTQファイルからの定量化】
10X Chromium Chemistry V2およびV3で作成された生データをサポートします。
BBrowserは、マウスmm10およびヒト88.p12/GRCh37を参照ゲノムとしてサポートしています。


価格

商品名 ライセンスタイプ 税別価格 カタログ#
BioTuring Single Cell Browser お問合せ お問合せ お問合せ
* 本ソフトウェアは、年間ライセンスです。
* 解析にはインターネット接続が必要です。
* テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールでの対応のみです。


技術資料・セミナー資料・カタログ


【Webセミナー】
シングルセルRNA-Seqデータ解析(2020年10月15日)

【メーカー資料】
BBrowserシングルセルデータベースを用いた免疫腫瘍学研究(日本語)

【カタログ】

カタログダウンロード(PDF)

お問い合わせ バイオインフォマティクス部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
Copyright (C) 2004-2020 Filgen, Inc. All Rights Reserved.