Bioturing社製空間トランスクリプトーム解析ソフトウェア/SpatialX　：：フィルジェン株式会社：：

製品情報・受託サービス情報

What's New!　製品・サービス情報　ダウンロード　e-mail_news登録　

会社情報

概要　ミッション　アクセス　リクルート　連絡先　ビジネスパートナー　ライセンス　個人情報保護方針

Home＞製品・サービス情報＞バイオインフォマティクス・ソフトウェア＞BioTuring社製空間トランスクリプトーム解析ソフトウェア/SpatialX

製品・サービス情報

受託サービス

科学機器

試薬・材料・消耗品

ソフトウェア

メーカー別ラインナップ

+	BioTuring/ラインアップ
・	BBrowserX Pro
・	SpatialX
・	Talk2Data
・	SmartBulk

BioTuring社製品　空間オミックス解析ソフトウェア
SpatialX

ラインアップ / BBrowserX Pro / SpatialX / Talk2Data / SmartBulk

SpatialX

SpatialX は、空間トランスクリプトーム、または空間プロテオミクスデータを読み込み、データを簡単に視覚化および解析することができます。計算・データ保存は、メーカーのクラウド上で行われます。

どなたでも、複数の空間テクノロジーを 1つプロジェクト内で統合し、空間データの比較・解析を直感的かつ効率的に行うことができます。豊富なツールとアルゴリズムにより、複雑なデータ解析もスムーズに進められます。

特長

◆様々なプラットフォームに対応

SpatialX は現在、幅広い空間オミクス技術をサポートしており、さらに多くの技術を開発中です。

Sequencing-based technologies	Imaging-based technologies	Spatial Proteomics	Processed Spatial Data
10x Genomics Visium	Nanostring CosMx(V1, V2)	OME Tiff (Lunaphore COMET)	SpatialData (Zarr format)
10x Genomics Visium HD	Vizgen MERSCOPE(V1, V2)	QPTiff (Akoya Phenocycler CODEX)	Squidpy SpatialData (Spatial AnnData)
Takara Seeker	10x Genomics Xenium	MCD (STTARR Fluidigm Imaging Mass Cytometry)	Seurat SpatialData (Spatial Seurat Object)
Takara Trekker	10x Genomics Xenium H&E	Nanostring Proteomics CosMx Ver 2	-
NanoString GeoMx DSP	-	-	-
STOmics Stereo-seq (bins, cell bins)	-	-	-

◆複数画像やマルチテクノロジーの表示

複数の画像を 1 枚のスライド上で統合して解析することで、サンプルを横断した比較や解析をスムーズに行うことができます。また、1 つのプロジェクト内で複数の空間テクノロジーを同時に表示できるため、異なる技術間の比較も可能です。異なる手法で取得された画像を一度に可視化することで、空間データの特徴を最大限に引き出すことができます。

複数画像の表示（クリックして拡大）		マルチテクノロジーの表示（クリックして拡大）
SpatialX は画像を並べて視覚化することをサポートしており、ユーザーはサンプルをスムーズに比較できます。		1つのプロジェクト内で複数の空間テクノロジーを統合的に分析します、例：10x Genomics Visium HD データと Xenium を同時に表示し、比較する。

◆細胞種の自動予測

セルまたはスポットのクラスターがどの様な細胞種であるかを自動でアノテーションします。

細胞種の自動予測（クリックして拡大）

◆Distance Query

標的細胞の周囲にある特定の半径内の細胞集団を識別・解析します。　　　　　　　　　　　　　　　　

Distance Query（クリックして拡大）

◆Differential expression

特定の 2 つのクラスターとそれらに関連付けられているプロセスの間で発現に差異のある遺伝子を特定できます。ボルケーノプロットを備えたインタラクティブなダッシュボードで視覚的な比較が可能です。

◆サブクラスタリング

特定のセル/スポットを抽出し、それらの新たなデータセットとして再解析する高度な手法です。元のデータ全体では見落とされがちな、細胞群に特有の構成要素や重要な特徴をより詳細に捉えることが可能です。

◆Region Segmentation

本手法は、空間座標上での遺伝子の共局在パターンをもとに、機能的に異なる領域を自動的に分類します。これにより、各領域に特有の遺伝子モジュールを同定し、その領域で起こっている生物学的プロセスの理解が深まります。

Region Segmentation（クリックして拡大）

◆Neighborhood Analysis

セルやスポットのアノテーション後、空間エンリッチメントと近接クラスタリングを解析することで、細胞同士の位置関係から新たな知見が得られます。特定の細胞種の共在傾向や、同種細胞の局在的な集積に注目します。

Neighborhood Analysis（クリックして拡大）

◆細胞間コミュニケーションの検出（Cell-cell communication）

細胞シグナル伝達は、細胞間レベルと細胞内レベルの両方で極めて複雑なネットワークがあり、細胞周期の活性化、プログラム細胞死、細胞移動、分化といった様々な細胞プロセスを理解する上で極めて重要な役割を果たしています。SpatialX では、ヒートマップやネットワーク図の他、画像上に相互作用を表示することが可能です。

Cell-cell communicaton（クリックして拡大）

◆次元削減

SpetialX は、空間画像データから 2D Embedded の切り替えが可能です。データのアップロード時に scVI、UMAP、t-SNE の埋め込みを個別に自動的に適用します。

◆セグメンテーション（TurningSegment）

Cellpose モデルを最適化し、高速かつメモリ効率に優れた細胞セグメンテーションを実現します。

※空間プロテオミクス解析は、一部の解析のみサポートされています。詳細はお問合せください。

デモ版ダウンロード

弊社（

）までお問合せください。

システム要件/サポートされる生物種

ウェブブラウザ上で動作します。
計算・データ保存は、メーカーのクラウド上で行われます。
インターネット接続を必要とします（Google Chrome 推奨）
接続について、デモ版にてテストすることを推奨しております。

生物種は、ヒトおよびマウスがサポートされています。

技術資料・セミナー

WEB セミナー

はじめてでもできる空間トランスクリプトームデータ解析（2023年12月5日）

価格

アカデミックライセンス

商品名	ライセンスタイプ	税別価格	カタログ＃
SpatialX	アカデミック、1年間 1ユーザー指定ライセンス	お問合せ	お問合せ

コマーシャルライセンス

商品名	ライセンスタイプ	税別価格	カタログ＃
BioTuring ecosystem	コマーシャル、年間ライセンス	お問合せ	お問合せ

*	本ソフトウェアは、年間ライセンスです。
*	解析にはインターネット接続が必要です。
*	テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールでの対応のみです。
*	ストレージ制限があります。詳しくはお問合せください。
*	アカデミックライセンスには、グループ共有機能は付属しません。
*	BioTuring社製品を複数モジュール組み合わせてご購入頂く場合は、ディスカウント致します。
*	共通機器利用向けのライセンスもございます。詳細はお問合せください。
*	コマーシャルライセンスの仕様については、お問合せください。

【お問合せ】

バイオインフォマティクス部 052-624-4388

https://filgen.jp/