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Home製品・サービス情報バイオインフォマティクス・ソフトウェア>BioTuring社製 シングルセル研究パブリックデータ閲覧ソフトウェア

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BioTuring社製品 シングルセル研究パブリックデータ閲覧ソフトウェア
Talk2Data
ラインアップ / BBrowserX Pro / SpatialX / Talk2Data


Talk2Data
 
【公開されたシングルセル研究データの閲覧・再解析】
 
Talk2Data では、公開されたシングルセル RNA-Seq データセットや空間オミックスデータセットを簡単に閲覧・再解析することができます。

細胞種などの情報は、論文情報などをもとにキュレーションされているため、論文を再現するためにアノテーションを作成する必要がありません。また、ダウンロードしたデータセットに対し、お客様側で新たにアノテーションを付与することも可能です。

さらに、閲覧データは、BBrowserX Pro や SpatialX と同じ様に下流分析まで実行することが可能です。これらの機能については、BBrowserX ProSpatialX の項目をご参照ください。計算・データ保存は、メーカークラウド上で行われます。
 
 
メーカーの収集したパブリックデータの一覧

一覧から研究を選択すると、データセットへアクセスします。すでに著者の作成したアノテーションが紐づいています。
 
【クロススタディ解析】
 
BioTurning データベース全体における、複数の関心のある研究データをサブセット化して、カスタムアトラス(プロジェクト)を作成できます。データベースまたはアトラス作成後は、希少細胞集団の構成、DEG、パスウェイエンリッチメント解析、相関関係、マーカー遺伝子の検出といった下流解析を実行できます。

例)
パーキンソン病データセットにおいて、あらゆる細胞種および脳領域組織における SNCA 発現の特徴を明らかにする。
パーキンソン病とレビー小体型認知症(DLB)の脳のニューロンにおける DEG を検出する。
原発腫瘍部位の大腸がん T 細胞と隣接する正常組織の大腸がん T 細胞で、PDCD1 と共発現している遺伝子を見つける。
大腸がんの T 細胞と正常な大腸の T 細胞を区別するマーカー遺伝子を見つける。
 
 
オントロジーグラフ
細胞種や組織に含まれる遺伝子(群)の発現レベルを確認できます。各オントロジーより個別の研究データセットへのアクセスも可能です。

Differential expression analysis
2 つの細胞集団の発現プロファイルを比較し、発現レベルが異なる遺伝子(DEG)を特定します。高度なフィルタリングを活用することで、注目したい細胞群同士を比較できます。


デモ版ダウンロード


弊社()までお問合せください。


システム要件/サポートされる生物種


ウェブブラウザ上で動作します。
計算・データ保存は、メーカーのクラウド上で行われます。
インターネット接続を必要とします(Google Chrome 推奨)
接続について、デモ版にてテストすることを推奨しております。

生物種は、ヒトおよびマウスがサポートされています。


技術資料・セミナー


フィルジェンWEBセミナー
公開シングルセル RNA-Seq データの再解析「皮膚がんのリスクとしての結節性痒疹の探索」(2024年11月14日)
公開シングルセルデータ・空間オミックスデータセットのインタラクティブな探索(2023年11月29日)


価格


アカデミックライセンス
商品名 ライセンスタイプ 税別価格 カタログ#
Talk2Data アカデミック、1年間 1ユーザー 指定ライセンス お問合せ F-BTD

コマーシャル
商品名 ライセンスタイプ 税別価格 カタログ#
BioTuring ecosystem コマーシャル、年間ライセンス お問合せ お問合せ

* 本ソフトウェアは、年間ライセンスです。
* 解析にはインターネット接続が必要です。
* テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールでの対応のみです。
* データセットのエクスポートやアトラス作成に一部制限があります。
例)アカデミックライセンスの場合: 1年間で最大100,000のエクスポート、セルアトラス機能で最大30,000細胞/1解析のカスタムアトラスを作成
* BioTuring社製品を複数モジュール組み合わせてご購入の場合ディスカウントがございます。
* 共通機器利用向けのライセンスもございます。詳細はお問合せください。
* コマーシャルライセンスの仕様については、お問合せください。

【お問合せ】
バイオインフォマティクス部 052-624-4388
https://filgen.jp/
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