製品・サービス情報
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OneAngstrom社製品 SAMSON connect 機能拡張用アドオン
SAMSON connect extensions
（バイオサイエンス向け） |
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分子モデリングプラットフォーム SAMSON connect の機能拡張用アドオンです。
世界中で幅広く利用されているドッキングプログラム AutoDock Vina や分子動力学シュミレーションプログラム GROMACS を SAMSON
connect 上に実装し、パラメータの選択から実際のシュミレーションまでをすべて SAMSON connect の GUI 上で実行することができます。また、シュミレーション結果は、高品質なグラフィックスでアニメーションとして出力することができます。 |
 主な機能
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AutoDock Vina Extended
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AutoDock Vina Extended では、GUI 上で AutoDock Vina に基づく受容体-リガンド間のドッキングシュミレーションをはじめとした、以下の様な操作が可能です。
≫解析例はこちら
・受容体内の flexible な側鎖の指定
・リガンド内の分子結合ごとに回転可能性を指定
・リガンドの構造最適化
・ドッキング結果の比較
・立体構造ファイルや、結果一覧表の出力 |
Ligand Pathway Finder
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Ligand Pathway Finder では、ART-RRT 法に基づいた計算により、受容体中の活性部位からのリガンド解離パスウェイを探索できます。
さらに、出力結果を用いて、p-NEB法による最小エネルギー経路の探索や、トラジェクトリー上のリガンド構造の立体構造データを出力することも可能です。 |
Protein Pathway Finder
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Protein Pathway Finder では、ART-RRT法に基づいて、タンパク質構造変化の際の遷移パスウェイを探索できます。 |
GROMACS Wizard
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GROMACS Wizard では、分子動力学シュミレーションツール GROMACS を SAMSON connect に実装し、エネルギー最小化、NVT・NPT平衡化・Production
Run に加え、アンブレラサンプリングや WHAM を、すべて GUI 上で実行することができます。また、計算リソースが要求される平衡化やシュミレーションのプロセスに関しては、別途コンピューティングクレジットをご購入いただくことで、クラウド環境を利用して計算を行うこともできます。
≫解析例はこちら |
Normal Modes Advanced
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Normal Modes Advanced では、タンパク質、RNA、DNAなどの生体高分子における基準振動モードを高速に計算することが可能です。スライダーを動かすことで、個々の基準振動の様子を表示することができる他、複数の基準振動を組み合わせた動きも表示できます。また、ポケット領域を指定することにより、指定したポケット領域の開閉への寄与が最大になる様な基準振動の組み合わせを計算し、それによるポケットの開閉をアニメーション表示することができます。 |
 デモ版ダウンロード
 価格
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| 商品名 |
区分 |
税別価格 |
型番 |
| AutoDock Vina Extended |
アカデミック |
￥35,000 |
F-OA-EB1-A |
| コマーシャル |
￥295,000 |
F-OA-EB1-C |
| Ligand Pathway Finder |
アカデミック |
無料利用可 |
F-OA-EB2-A |
| コマーシャル |
￥781,000 |
F-OA-EB2-C |
| Protein Pathway Finder |
アカデミック |
無料利用可 |
F-OA-EB3-A |
| コマーシャル |
￥490,000 |
F-OA-EB3-C |
| GROMACS Wizard |
アカデミック |
￥35,000 |
F-OA-EB4-A |
| コマーシャル |
￥295,000 |
F-OA-EB4-C |
| Normal Modes Advanced |
アカデミック |
￥35,000 |
F-OA-EB5-A |
| コマーシャル |
￥295,000 |
F-OA-EB5-C |
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上記は年間ライセンスです。 |
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上記の使用には、SAMSON connect ライセンスおよびインターネット接続が必要です。 |
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サポートは、電話または電子メールで対応いたします。 |
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