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Home製品・サービス情報バイオインフォマティクス・ソフトウェア>SAMSON conect 機能拡張用アドオン/SAMSON connect extensions(ナノサイエンス向け)(OneAngstrom社)

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OneAngstrom社製品 SAMSON connect 機能拡張用アドオン
SAMSON connect extensions(ナノサイエンス向け)

SAMSON connect/ SAMSON connect extensions(バイオサイエンス向け) / SAMSON connect extensions(ナノサイエンス向け)

分子モデリングプラットフォーム SAMSON connect の機能拡張用アドオンです。
こちらのアドオンを用いることで、GROMACS による分子動力学シュミレーションや、各種力場を用いた分子構造のシュミレーションをすべて SAMSON connect のGUI 上で行うことができます。また、TEM 画像からの 2次元結晶構造の読み込みや、3次元結晶構造の作成にも対応し、幅広い分子モデリングをサポートします。


主な機能


GROMACS Wizard


GROMACS Wizard では、分子動力学シュミレーションツール GROMACS を SAMSON connect に実装し、力場等の選択、エネルギー最小化、NVT・NPT 平衡化・実際のシュミレーションまで一連のプロセスを GUI 上で実行することができます。また、計算リソースが要求される平衡化やシュミレーションのプロセスに関しては、別途コンピューティングクレジットをご購入いただくことで、クラウド環境を利用して計算を行うこともできます。

≫解析例はこちら
Conformer Creator


Universal Force Field(UFF)を用いたエネルギー計算により、安定なコンフォーマーの探索が可能です。
Pepsi-SAXS


選択した分子からの小角X線散乱パターンをGUI上で計算できます。
Pepsi-SAXSは、従来のアルゴリズムである Crysol, FoXs や 3D-Zernike と同様に正確な計算が可能ですが、大幅に計算速度が向上しています。
Graphen Image Analyzer


Graphen Image Analyzer では、グラフェンの TEM 画像を読み込むことで、グラフェンのモデルを生成することが可能です。生成したモデルから論文発表用の図を作成したり、各種シュミレーションを行うことが可能です。
TMD Image Analyzer


TMD Image Analyzer では、遷移金属ジカルコゲナイド(TMD)のTEM画像を読み込むことで、TMDのモデルを生成することが可能です。生成したモデルから論文発表用の図を作成したり、各種シュミレーションを行うことが可能です。遷移金属は、モリブデン、タングステン、カルコゲンは、硫黄、セレンに対応しています。
SMILES Manager


数千の分子のSMILES記法を読み込み、目的の分子をフィルタリングによって抽出することができます。抽出した分子を 2次元の構造データとして出力したり、3Dモデルとして GUI 上に表示することができます。
IM-UFF


分子構築の際、力場として IM-UFF(Interactive Modeling Universal Force Field)を実装できます。
IM-UFFでは、実際の化学反応を模した結合の形成、結合の切断をシュミレーションすることができます。
GROMACS interaction models


分子構築の際、力場として GROMACS力場を実装できます。
Brenner interaction models


Brenner ポテンシャルに基づいて、カーボンナノチューブ、グラフェン、および炭化水素の分子構築が可能となります。
Crystal Creator
Crystal Creator では、数クリックで結晶構造モデルを構築することができます。また、CIF ファイルのインポート、ユニットセルの定義、格子欠陥や不純物の再現、結晶の切断などが可能になります。


デモ版ダウンロード

弊社(biosupport@filgen.jp)までお問合せください。


価格

商品名 区分 税別価格 型番
GROMACS Wizard アカデミック ¥35,000 F-OA-EB4-A
コマーシャル ¥295,000 F-OA-EB4-C
Conformer Creator アカデミック ¥35,000 F-OA-EN1-A
コマーシャル ¥103,000 F-OA-EN1-C
Pepsi-SAXS アカデミック ¥54,000 F-OA-EN2-A
コマーシャル ¥180,000 F-OA-EN2-C
Graphene Image Analyzer アカデミック ¥25,000 F-OA-EN3-A
コマーシャル ¥161,000 F-OA-EN3-C
TMD Image Analyzer アカデミック ¥35,000 F-OA-EN4-A
コマーシャル ¥295,000 F-OA-EN4-C
SMILES Manager アカデミック ¥35,000 F-OA-EN5-A
コマーシャル ¥161,000 F-OA-EN5-C
IM-UFF アカデミック 無料利用可 F-OA-EN6-A
コマーシャル ¥295,000 F-OA-EN6-C
GROMACS interaction models アカデミック ¥25,000 F-OA-EN7-A
コマーシャル ¥200,000 F-OA-EN7-C
Brenner interaction models アカデミック ¥35,000 F-OA-EN8-A
コマーシャル ¥295,000 F-OA-EN8-C
Crystal Creator アカデミック ¥25,000 F-OA-EN9-A
コマーシャル ¥103,000 F-OA-EN9-C
* 上記は年間ライセンスです。
* 上記の使用には、SAMSON connect ライセンスおよびインターネット接続が必要です。
* サポートは、電話または電子メールで対応いたします。

お問い合わせ バイオインフォマティクス部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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