製品・サービス情報
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| データマイニングサービス（マイクロアレイ） / 解析内容の詳細 |
フィルジェンでは、大好評の解析ソフトウェア「Microarray Data Analysis tool」の無償提供に加え、マイクロアレイの各種データ解析をサポートする「データマイニングサービス」もご提供しています。
これまで、「データマイニングサービスは、内容･価格がわかりにくく、申し込みしづらい。」と感じていたお客様のために、内容がわかりやすく、さらに必要な解析項目だけ選択でき、加えて安価な価格でご利用頂けるサービスをご用意しました。
「解析フローチャート」をご参照頂ければ、どの解析項目を選択すればよいかを、ご理解頂くための手助けになると思います。
 生物学的な解釈を深めたい
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Gene Ontology/Pathway 解析サービスでは、マイクロアレイで抽出された変動遺伝子群（変動タンパク質群）、あるいはクラスター分類された遺伝子群（タンパク質群）の生物学的な解釈を深めるため、どの様なGene
Ontologyあるいは、、Pathwayに関連する遺伝子が多いかを統計的に解析します。
【Gene Ontology 解析サービス】
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Gene Ontology 解析では、お客様から提出していただいたリストに含まれる解析対象遺伝子群（例：発現変動遺伝子）とマイクロアレイ上の全遺伝子群に対し、機能分類情報である
GO Term を対応付けし、その該当遺伝子数の偏りを統計的に解析します。
Gene Ontology は、分子機能（molecular function)、生物学的プロセス（biological process）、細胞内構成要素（Cellular
component）、の3つのOntologyで構成され、階層構造で機能分類が行われています。
ご注文の際は、Gene Ontologyか、Gene Slimをご選択ください。
Gene Ontologyが詳細な機能分類であるのに対し、GO Slimは、より大まかな機能分類での解析となります。 |
【GO Term対応表】 |
【GO Term該当数ランキング】 |
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| 提出データ |
解析対象遺伝子を含むリスト |
| 解析結果 |
各GO Termの該当遺伝子数、および、該当遺伝子の実験データを含んだリスト形式で提出します。 |
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【GO Slim 機能分類サービス】
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GO Slim 機能分類解析サービスでは、お客様から提出していただいたリストに含まれる解析対象遺伝子群（例：発現変動遺伝子）とマイクロアレイ上の全遺伝子群に対し、機能分類情報である
GO SlimのGO Termを対応付けし、その該当遺伝子数の偏りを統計的に解析します。また、該当遺伝子をもとに円グラフを作成し、遺伝子群における機能分類の割合を解析します。GO
Slimでは、Gene Ontologyの分類をより大まかに機能分類しています。 |
【解析例1】
GO Slim機能分類解析の結果より、該当件数が10個以上のGO Termを抽出し、molecular function、biological
processについて、円グラフを作成しました。 |
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| 提出データ |
解析対象遺伝子を含むリスト |
| 解析結果 |
各GO Termの該当遺伝子数、および、該当遺伝子の実験データを含んだリスト形式で提出します。molecular function、biological
process、cellular component を機能分類別にまとめた円グラフ |
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ここがポイント
| 変動遺伝子群やクラスター分類された遺伝子群の機能的な役割を解釈するために最適なサービスです。遺伝子群のもつGO Termの出現頻度を統計的に導き、多くの論文でも行われている解析方法です。 |
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【Keyword遺伝子抽出解析サービス】
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本解析サービスでは、特定のキーワードに関連する遺伝子群を、ご指定の実験データから抽出します。遺伝子とキーワードの対応付けには、NCBIのEntreGeneデータベースを使用しているので、精度の高い検索が可能です。解析結果は、ご指定の実験データにキーワードに対するFLAGがつけられた形式で納品されます。このFLAGをもつ遺伝子を抽出することで、指定したキーワードをもつ遺伝子の実験データを容易に確認することができます。また、キーワードを含む遺伝子データのみによるスキャッタープロット図も添付いたします。
| 提出データ |
解析対象となる実験データセット
キーワード（例：Apoptosis、Neuroscience、高血圧、炎症、感染症 etc.） |
| 解析結果 |
実験データセットにキーワードFLAGをつけたリスト |
| グラフ |
キーワード関連遺伝子のみのスキャッタープロット |
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| 【Keywordリスト】 |
【Keywordを含む遺伝子のみのスキャッタープロット】 |
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【機能分類情報付加サービス】
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本サービスでは、ご使用のマイクロアレイの遺伝子情報やタンパク質の情報に対して、Gene Ontologyの機能分類情報や公共データベース等の情報を付加するサービスです。Human、Mouse、Rat以外のアノテーション情報の少ない生物種のアレイなどをご使用の場合にご利用ください。生物種によって、機能分類情報が異なりますので、詳細については、お問い合わせください。本サービスをご利用頂くことで、Gene
Ontologyサービスにも対応が可能となります。
| 提出データ |
GenBank、RefSeq、UniGeneなどのIDを含む遺伝子リスト |
| 解析結果 |
ご提出して頂いた遺伝子リストに対して、Gene Ontologyや公共データベース等の情報を付加したリスト |
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【Pathway解析サービス】
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Pathway解析サービスでは、お客様から提出していただいたリストに含まれる解析対象遺伝子群（例：発現変動遺伝子）とマイクロアレイ上の全遺伝子群に対し、Pathway情報の対応付けを行い、その該当遺伝子数の偏りを統計的に解析します。さらに、有意性の高い3つのPathwayに発現比のデータを反映させた図を作成します。Pathway解析には、分子間パスウェイ解析に広く用いられている「GenMAPP」のパスウェイ情報を用います。
| 提出データ |
解析対象遺伝子を含むリスト |
| 解析結果 |
各Pathwayの該当遺伝子数、Z-score、P-value、該当遺伝子の実験データを含んだリスト |
| グラフ |
発現比のデータを反映させたPathway図 |
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上記Pathway解析サービスをご依頼の方で、追加でPathway図を作成します。
（解析例1）
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下記は、マイクロアレイの薬剤投与のある場合とない場合での比較で、2倍以上のUp変動を示した250遺伝子に対してPathway解析を行った例です。解析の結果「ｃell
cycle」に関するPathwayが特に重要であることがわかりました。つまり、アレイ全体（3万遺伝子）で「cell cycle」に属する遺伝子が80個該当するのに対し、変動遺伝子250個の中では、12個が該当し、cell
cycle のネットワークに関する遺伝子が多く変動していることがわかります。この様に漠然とした250個の遺伝子がPathwayの情報へと置き換わることで、生物学的な解釈がより理解しやすくなりました。さらに、Pathway図を参照することで遺伝子の相互関係についても理解しやすくなります。 |
【Pathway図 cell cycle】 |
【Pathway解析結果】 |
（解析例2） 複数実験のPathway解析
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下記は、薬剤投与時間が異なる実験で得られた変動遺伝子について、Pathway解析を行った例です。マイクロアレイの薬剤投与のある場合とない場合での比較で、2倍以上のUp変動を示した遺伝子群に対してPathway解析を行った例です。 |
【薬剤投与1時間のPathway解析結果】
【薬剤投与24時間のPathway解析結果】
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| 同じPathwayにおいてもPathway図で比較すると、投与時間の経過によって、どの遺伝子が変動したかを確認することができます。 |
| 共通なPathway |
Mm_Krebs-TCA_Cycle |
| energy_derication_by_oxidation_of_organic_compounds |
| coenzyme_metabolism etc. |
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【薬剤投与1時間のPathway図】 |
【薬剤投与24時間のPathway図】 |
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（解析例3）】
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A,B,C,D,E,Fと異なる6種類の薬剤を投与した実験において、2倍以上の変動遺伝子を抽出し、それぞれについてPathway解析を行った。右図は、P-valueが0.05以下の有意差の認められたPathwayを選択し、クラスタリング解析を行った結果です。
異なる薬剤の影響を遺伝子レベルでなくPathwayレベルで解釈することができます。クラスタリング解析により、各Pathwayの特異性を視覚的に判断することができます。
右記クラスタリング図作成をご希望の場合は、「階層クラスタリングサービス」を合わせてお申し込みください。 |
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【microRNA機能推定サービス】
本解析サービスでは、特定のmicroRNAにおけるターゲット候補遺伝子群の抽出を行い、さらにこれら遺伝子群の中でどの様なGene Ontologyあるいは、Pathwayに関連する遺伝子が多いかを統計的に解析します。数百から数千もあるターゲット遺伝子群の機能を解析することで、microRNA機能的な解釈を深めることができます。
ご注文の際は、Gene Ontology あるいは、Pathwayかをご選択ください。
| 提出データ |
解析対象となるmiRNAの名前もしくは、miRBase ID |
| 解析結果 |
miRNAのターゲット遺伝子リスト
各GO Term/Pathwayの該当遺伝子数、Z-score、P-value、該当遺伝子の実験データを含んだリスト |
ここがポイント
| miRNAの多さは、その機能的な役割がわかっていないため、サンプルとの関連を考察することが難しいことがあります。本サービスをご利用頂くことで、microRNAの機能的な役割を深めることができます。 |
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【ターゲット遺伝子リスト】 |
【P-valueリスト】 |
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