製品・サービス情報
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マトリックス形式の発現量データ（マイクロアレイ・RNA-seq・プロテオミクス）をご提供頂き、各種プロットで解析結果を可視化するサービスを行っております。データ可視化のプラットフォームとして、BigOmics社製
Omics Playground を使用します。
本サービスは、弊社受託解析サービスをご利用頂いた方、ご自身で実験されたデータをお持ちの方、他社の受託解析サービスデータをお持ちの方がご利用頂けます。 |
カタログダウンロード（PDF） |
 サービス概要
 サービスの特長
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一般的な遺伝子発現データ解析で利用されているクラスタリング解析、発現変動解析、パスウェイ解析などに加えて、以下の様な解析結果・機能にもアクセスできます。
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Gene/Geneset UMAP
各遺伝子/遺伝子セットを2次元平面上にプロット。2点間の距離として共分散を使用しており、同調して発現変動する遺伝子/遺伝子セットは辺縁部にまとまってプロットされます。 |
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公共データベースとの比較
GEOデータベースに登録されている発現データの中から、お客様の実験と同様の発現変動が起きているデータをリスト化して提示します。 |
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バイオマーカーの発見
各グループで特徴的な発現する遺伝子を発見したり、遺伝子発現状況からグループを特定するための決定木を作成したりすることができます。 |
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Drug Connectivity 解析
L1000 データベースを参照しながら、お客様のデータと同様の発現変動もしくは反対の発現変動をもたらす薬剤を探索することが出来ます。 |
作成されるプロットの一例
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ヒートマップ
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ヒートマップに含める遺伝子の数や遺伝子の選抜基準、クラスター数を調整可能 |
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カラースキームやフォントサイズを調整可能 |
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ボルケーノプロット/MAプロット
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特定の遺伝子のみをハイライトが可能 |
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カットオフ値、各点の色、ラベル位置などを調整可能 |
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バーチャート
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遺伝子ごとに作図可能 |
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対数変換の有無を選択可能 |
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GSEAプロット
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遺伝子セットごとに作図可能 |
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ユーザー定義の遺伝子セットに関するプロットも作成可能 |
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パスウェイ図
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WikiPathway および Reactome のそれぞれのデータベースに基づくパスウェイ図を作図可能 |
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その他100以上のプロットを生成 |
 対象となるデータ
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マイクロアレイ、RNA-seq、プロテオミクスで得られた発現量マトリックスが対象です。また、データによってはお引き受けいたしかねる場合がございます。 |
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発現量マトリックスには、遺伝子情報（NSEMBL, ENSEMBLTRAN, UNIGENE, REFSEQ, ACCNUM, UNIPROT
ID もしくは GENE SYMBOL）および発現量（カウントデータ もしくは、ノーマライズ済みカウントデータ）の情報を持つ列をそれぞれ含んでいる必要があります。 |
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1群あたり2サンプル（replicate）以上のデータを対象とします。 |
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遺伝子数が200以上のデータが対象です。 |
【対象となる弊社受託サービス例】
＜マイクロアレイ＞
＜NGS＞
＜プロテオミクス＞
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価格表
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| 品名 |
区分 |
型番 |
税別価格 |
データマイニングサービス
［1プロジェクト］ |
アカデミック |
F-DVA |
￥150,000 |
| コマーシャル |
F-DVC |
￥250,000 |
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サーバー上ｊでのデータの保存期間は 1 年間です。1 年経過後は、データの閲覧や出力ができません。 |
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同じプロジェクトに属する群やその replicate をまとめて 1 プロジェクトとして扱います。 |
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結果へのアクセスには、インターネット接続が必要です。 |
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Omics Playground のアカウントを作成いただく必要があります。（お申込み後にご案内します。） |
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データをアップロードしたプラットフォームへのアクセス権が納品物となります。 |
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