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Home製品・サービス情報試薬・材料・消耗品>GeneFirst社製品(cfDNA NGS ライブラリー調製キット)

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GeneFirst 社製品
cfDNA NGS ライブラリー調製キット
がん関連リアルタイムPCRキット
<NGS関連試薬>
 ATOMSeqとは?/XCeloSeq cfDNA Library Prep Kit/XCeloSeq Target cfDNA Enrichment Kit/XCeloSeq Indexing Kit
<qPCRキット> OncoPlex Mutation Test Kit/Papilloplex HPV

GeneFirst社は、特許取得済みの新しいテクノロジー ATOMSeq® を使用し、cfDNAなどを対象とした次世代シークエンス用のライブラリー調製キットを販売しています。その他にもがん関連のマルチプレックス変異検出を目的としたリアルタイムPCRベースのキットも開発中です。


ATOMSeq®とは?


ATOMSeq®とは、「
Adaptor Template Oligo Mediated Sequencing」 の略です。

【ATOMSeq® の特長】
ATOMSeq® は、PCRやライゲーションに依存しないアプローチを使用して、非常に高い効率でDNAサンプルの3'末端に直接、独自の分子識別子(UMI)を追加することができます。これにより、サンプル中のDNAの変異を超高感度で検出します。リキッドバイオプシーで解析対象となる ctDNA や cfDNA に加えて、一本鎖または二本鎖の断片化されたゲノムDNA、FFPE(ホルマリン固定パラフィン包埋)組織由来のDNAにも対応しています。



【ATOMSeq® の利点】
・リキッドバイオプシーにおいて、超高感度で変異の検出が可能
・競合製品と比較して迅速なプロトコル
・ビーズ精製が少なくて済む高いサンプル保持力
・センス鎖とアンチセンス鎖をUMIにより独立して識別するため、変異解析の感度と信頼性が向上
・全てのDNA鎖をターゲットとするため、未知のDNAの検出が可能
・UMIが直接追加されるため、ポリメラーゼによるバイアスを回避
・UMIにより、エラー修正可能であり、インデックスホッピングを回避


XCeloSeq cfDNA Library Prep Kit


本キットは、cfDNA、酵素で断片化されたgDNA、FFPEなどを対象として、次世代シークエンシングサー(Illumina)での使用に適した高品質なライブラリーを生成することが可能です。サンプル中の一本鎖と二本鎖DNAを網羅的に解析することが可能です。

【XCeloSeq cfDNA Library Prep Kit を用いたライブラリー調整後のDNAフラグメント解析の結果】

▲QiAMP MinElute cfDNA 抽出キット(QIAGEN)を使用して凍結したヒト血漿から抽出した4ng cfDNA を用いてライブラリーを調整した結果。 ▲酵素により200~300bpに断片化し、バイサルファイト処理したgDNAを用いてライブラリー調製した結果。
断片化され、損傷したDNAにも対応可能 !!

【XCeloSeq cfDNA Library Prep Kit のプロトコルの概要】

試薬 内容物
ATO-1 Adaptor Template Oligo 1
ATO Reaction Mix dNTPs/buffer
ATO Treatment Proproetary Enzyme
Amplification Primers DNA oligos
Universal Enzyme Mix Proprietary 2x Master Mix
ATO Purification Beads Proprietary purification beads
ATO-2 Adaptor Template Oligo 2
i5 Index Primer i5-002
i7 Index Primer i7-002


【その他の準備しておくもの】
・検体採取、ろ過、核酸抽出用の試薬と機器
・蒸留水(分子生物学グレード)
・100%エタノール(分子生物学グレード)
・DNaseおよびRNaseフリーのエアゾールバリア付きピペットチップ
・反応ミックスを調整するためのDNaseおよびRNaseフリーのチューブ
・Agencourt® AMPure® XP 磁気ビーズ
・適切なマグネットプレート(Thermo Fisher Scientific, Magnetic Stand-96, AM10027, その他の適切な代替品)
・調整可能なピペット(P10、P20、P200およびP1000、または同様のもの)
・ボルテックスミキサー
・マイクロ遠心機
・標準PCRサーマルサイクラー
・PCRチューブ、プレート
・氷

【参考資料】

【価格】
製品名 容量 税別定価 Cat.#
XCeloSeq cfDNA Library Prep Kit 8 rxns ¥120,000 SEQ001
※本キットに含まれるIndexは、1種類となっているので、追加のIndexの購入を希望される場合はお問合せください。


XCeloSeq Targeted cfDNA Enrichment Kit


本キットは、優れた性能を有するリキッドバイオプシーベースの腫瘍プロファイリングアッセイです。XCeloSeq Targeted cfDNA Enrichment Primers を使用してセンス鎖とアンチセンス鎖を独立して解析することができます。


試薬 内容物
ATO Adaptor Template Oligo
ATO Reaction Mix Reaction Mix
Amplification One Mix Proproetary 2x Master Mix
Primers DNA oligos
Master Mix Proprietary 2x Master Mix
i5 Index Primer i5-002
i7 Index Primer i7-002
Pool1-OUTER DNA-Oligos enriching for sense DNA stand
Pool1-INNER DNA-Oligos enriching for sense DNA stand
Pool2-OUTER DNA-Oligos enriching for antisense DNA stand
Pool2-INNER DNA-Oligos enriching for antisense DNA stand


【その他の準備しておくもの】
・検体採取、ろ過、核酸抽出用の試薬と機器
・蒸留水(分子生物学グレード)
・TEバッファー(10mM Tris-HCL、1mL EDTA; 分子生物学グレード)
・100%エタノール(分子生物学グレード)
・DNaseおよびRNaseフリーのエアゾールバリア付きピペットチップ
・DNaseおよびRNaseフリーのチューブ
・Agencourt® AMPure® XP 磁気ビーズ
・適切なマグネットプレート(Thermo Fisher Scientific, Magnetic Stand-96, AM10027, その他の適切な代替品)
・調整可能なピペット(P10、P20、P200およびP1000、または同様のもの)
・ボルテックスミキサー
・マイクロ遠心機
・標準PCRサーマルサイクラー
・PCRチューブ、プレート
・氷

◆XCeloSeq Pan Cancer cfDNA Kit

本キットは、優れた性能を有するリキッドバイオプシーベースの腫瘍プロファイリングアッセイです。570を超える領域をターゲットにすることで、100遺伝子にわたって4000を超える変異を検出できる様に設計されたがんパネルです。20ngのDNAで0.1%のAllele Frequency(AF)検出につながる高いキャプチャー効率を有します。

【ターゲット遺伝子】
ABL1 BRCA1 CHEK2 ESR1 GNAQ KEAP1 MSH2 NTRK3 RHOA SMO
AKT1 BRCA2 CSF1R EZH2 GNAS KIT MSH6 PDGFRA RLT1 SRC
ALK CASP8 CTNNB1 FBXW7 HNF1A KLF5 MTOR PIK3CA RNF43 STK11
AMER1 CCND1 DDR2 FGFR1 HRAS KRAS MYC PTCH1 ROS1 TCF7L2
APC CCND2 DMD FGFR2 IDH1 MAP2K1 NF1 PTEN SETD2 TP53
AR CCND3 EGFR FGFR3 IDH2 MAP2K2 NFE2L2 PTPN11 SF3B1 TSC1
ARAF CDH1 EP300 FGFR4 JAK2 MET NOTCH1 RAF1 SMAD2 TSC2
ARID1A CDK4 ERBB2 FLT3 JAK3 MGA NPM1 RB1 SMAD4 UA2F1
ATM CDK6 ERBB3 GATA3 KDM6A MLH1 NRAS RBM10 SMARCA4 VHL
BRAF CDKN2A ERBB4 GNA11 KDR MPL NTRK1 RET SMARCB1 ZFP36L2

【変異の対立遺伝子頻度(AF)ごとの変異同定率】
▼AFが5.0、1.3、0.1になる様に Horizon Discovery 社のリファレンススタンダードを調整し、試験した結果です。



【20の肺がんFFPEおよびcfDNAサンプルを用いた臨床試験の結果】


▲サンプルから検出された変異数とその変異頻度を示しています。

◆XCeloSeq Colon Cancer cfDNA Kit
結腸がんに関連する23遺伝子にわたって変異を検出できる様に設計されたがんパネルです。

【ターゲット遺伝子】
AMER1 APC ARAF BRAF CTNNB1 DMD DPYD EP300 ERBB3 FBXW7
FGFR4 GNAS HRAS KRAS MAP2K1 MAP2K2 NRAS PDGFRA PIK3CA ROS1
SMAD4 TCF7L2 TP53* - - - - - - -
*Whole Coding Region Coverage

◆XCeloSeq Lung Cancer cfDNA Kit
肺がんに関連する17遺伝子にわたって変異を検出できる様に設計されたがんパネルです。

【ターゲット遺伝子】
AKT ALK BRAF EGFR ERBB2 ESR1 HRAS KEAP1 KRAS MAP2K1
MET NRAS PIK3CA RET ROS1 STK11 TP53* - - -
*Whole Coding Region Coverage

◆XCeloSeq Breast Cancer cfDNA Kit
乳がんに関連する12遺伝子にわたって変異を検出できる様に設計されたがんパネルです。

【ターゲット遺伝子】
AKT CCND1 EGFR ERBB2 ERBB3 ESR1 FBXW7 FGFR1 KRAS PIK3CA
SF3B1 TP53* - - - - - - - -
*Whole Coding Region Coverage

【参考資料】

【価格】
製品名 容量 税別定価 データシート Cat.#
XCeloSeq Pan Cancer Kit 8 rxns ¥423,000 SEQ002
XCeloSeq Colon Cancer cfDNA Kit 8 rxns ¥344,000 SEQ009
XCeloSeq Lung Cancer cfDNA Kit 8 rxns ¥344,000 SEQ010
XCeloSeq Breast Cancer cfDNA Kit 8 rxns ¥344,000 SEQ011
※本キットに含まれるIndexは、1種類となっているので、追加のIndexの購入を希望される場合はお問合せください。


XCeloSeq Indexing Kits

本キットは、複数のサンプルの同時解析を可能にするデュアルインデックスプライマーセットです。8種類の i5インデックスプライマー、または8種類の i7インデックスプライマーを、サンプル数に応じて個別にご購入頂けます。

製品名 容量 税別定価 データシート Cat.#
XCeloSeq i5 Indexing Kit 8 rxns ¥88,000 SEQ005-i5
XCeloSeq i7 Indexing Kit 8 rxns ¥88,000 SEQ005-i7
※いずれかのKitと同時購入時の価格です。

お問い合わせ 試薬部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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