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Home製品・サービス情報試薬・材料・消耗品>GeneFirst社製品(NGS ライブラリー調製キット/がん関連リアルタイムPCRキット)

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※初回購入者限定 cfDNA 次世代シークエンスライブラリー調整キット
  35%OFFキャンペーン実施中!

 ⇒キャンペーンチラシ(PDF)
GeneFirst 社製品
NGS ライブラリー調製キット
がん関連リアルタイムPCRキット
<NGS関連試薬>
 ATOMSeqとは?/Targeted cfDNA/Targeted RNA/Whole Genome
/XCeloSeq Indexing Kits
<qPCRキット> OncoPlex Mutation Test Kit/Papilloplex HPV

GeneFirst社は、特許取得済みの新しいテクノロジー ATOMSeq® を使用し、cfDNAなどを対象とした次世代シークエンス用のライブラリー調製キットを販売しています。その他にもがん関連のマルチプレックス変異検出を目的としたリアルタイムPCRベースのキットも販売しています。

カタログダウンロード(PDF)
ATOMSeq®とは?

ATOMSeq®とは、「
Adaptor Template Oligo Mediated Sequencing」 の略です。
この独自のテクノロジーは、PCRやライゲーションに依存しないアプローチを使用して、非常に高い効率でDNAの3´末端に直接、個別に分子識別子(UMI)を追加することができます。これにより、サンプル中のDNAの変異を高感度で検出します。リキッドバイオプシーで解析対象となるctDNAやcfDNAに加えて、一本鎖または二本鎖の断片化されたゲノムDNA、FFPE(ホルマリン固定パラフィン包埋)組織由来のDNAにも対応しています。また、RNAから合成されたcDNAにもUMIを追加することが可能です。

【ATOMSeq® の利点】

・リキッドバイオプシーサンプルにおいて、超高感度で変異の検出が可能
・競合製品と比較して迅速なプロトコル
・ビーズ精製が少ないプロトコルにより、高いサンプル保持力を実現
・センス鎖とアンチセンス鎖をUMIにより独立して識別するため、変異解析の感度と信頼性が向上
・UMIが直接追加されるため、ポリメラーゼによるバイアスを回避
・UMIによりインデックスホッピング等のエラー修正が可能

(ATOMSeq®テクノロジーに関する参考文献)
Dunwell, T.L., Dailey, S.C., Ottestad, A.L. et al. Adaptor Template Oligo-Mediated Sequencing (ATOM-Seq) is a new ultra-sensitive UMI-based NGS library preparation technology for use with cfDNA and cfRNA. Sci Rep 11, 3138 (2021).

【ATOMSeq® ワークフロー】
サンプルDNAまたはRNAから合成されたcDNAを、Adapter Template Oligo(ATO)と混ぜ合わせます。
サンプルDNAは、ATOの3´末端にアニーリングします。
アニーリング後、ポリメラーゼはATO配列をテンプレートとして使用して、サンプルDNA分子を伸長します。
ATOテンプレートを使用して、ポリメラーゼは、Unique Molecular Identifier(UMI)とユニバーサルプライミングサイトの両方をサンプルDNAに組み込みます。
UMIとユニバーサルプライミングサイトを組み込んだ配列をテンプレートとしてライブラリーの調整をします。
Downstream Protocol
Targeted cfDNA
Protocol Time:5h 40m
Hands-on:1h 20m
Input Amount:5-50ng(推奨)
1ng(最少量)
Allele frequency:≧0.1%
Targeted cfDNA
Protocol Time:7h 20m
Hands-on:1h 55m
Input Amount:5-200ng(推奨)
1ng(最少量)
Detects:既知と未知の融合遺伝子
Targeted cfDNA
Protocol Time:4h 45m
Hands-on:2h
Input Amount:5-50ng(推奨)
1ng(最少量)


Targeted cfDNA


【XCeloSeq cfDNA Library Prep Kit】

本キットは、cfDNA、酵素で断片化されたgDNA、FFPEなどを対象として、次世代シークエンシングサー(Illumina)での使用に適した高品質なライブラリーを生成することが可能です。サンプル中の一本鎖と二本鎖DNAを網羅的に解析することが可能です。

(ワークフロー)
ネステッド ターゲット特異的PCR
マルチプレックスターゲット特異的プライマーは、ATO反応によって追加されたプライミングサイトに結合するユニバーサルプライマーとペアになっています。これらはPCRによってがん関連の変異遺伝子を特異的に増幅します。
デュアルインデックスサンプルバーコード(i5およびi7)が組み込まれ、Illumina社次世代シークエンサー用のライブラリーが調整されます。

XCeloSeq Pan Cancer cfDNA Kit

本キットは、優れた性能を有するリキッドバイオプシーベースの腫瘍プロファイリングアッセイです。570を超える領域をターゲットにすることで、100遺伝子にわたって4000を超える変異を検出できる様に設計されたがんパネルです。20ngのDNAで0.1%のAllele Frequency(AF)検出につながる高いキャプチャ効率を有します。

 推奨リード数:17,000,000

(ターゲット遺伝子)

ABL1 BRCA1 CHEK2 ESR1 GNAQ KEAP1 MSH2 NTRK3 RHOA SMO
AKT1 BRCA2 CSF1R EZH2 GNAS KIT MSH6 PDGFRA RLT1 SRC
ALK CASP8 CTNNB1 FBXW7 HNF1A KLF5 MTOR PIK3CA RNF43 STK11
AMER1 CCND1 DDR2 FGFR1 HRAS KRAS MYC PTCH1 ROS1 TCF7L2
APC CCND2 DMD FGFR2 IDH1 MAP2K1 NF1 PTEN SETD2 TP53
AR CCND3 EGFR FGFR3 IDH2 MAP2K2 NFE2L2 PTPN11 SF3B1 TSC1
ARAF CDH1 EP300 FGFR4 JAK2 MET NOTCH1 RAF1 SMAD2 TSC2
ARID1A CDK4 ERBB2 FLT3 JAK3 MGA NPM1 RB1 SMAD4 UA2F1
ATM CDK6 ERBB3 GATA3 KDM6A MLH1 NRAS RBM10 SMARCA4 VHL
BRAF CDKN2A ERBB4 GNA11 KDR MPL NTRK1 RET SMARCB1 ZFP36L2

(変異の対立遺伝子頻度(AF)ごとの変異同定率)

▼AFが5.0、1.3、0.1%になる様に、Horizon Discovery社のリファレンススタンダードを調整し、試験した結果です。


(18の肺がんFFPEおよびcfDNAサンプルを用いた臨床試験の結果)

▲サンプルから検出された変異数とその変異頻度を示しています。
すべてのFFPEサンプルで変異が検出され、そのうち15サンプル(83%)はcfDNAサンプルと一致する変異が確認できました。この結果は、希少なリキッドバイオプシーサンプルを用いた場合のATOM-Seqのパフォーマンスの高さを示しています。

XceloSeq Colon Cancer cfDNA Kit

結腸がんに関連する23遺伝子にわたって変異を検出できる様に設計されたがんパネルです。
推奨リード数:4,700,000


(ターゲット遺伝子)
AMER1 APC ARAF BRAF CTNNB1 DMD DPYD EP300 ERBB3 FBXW7
FGFR4 GNAS HRAS KRAS MAP2K1 MAP2K2 NRAS PDGFRA PIK3CA ROS1
SMAD4 TCF7L2 TP53* - - - - - - -
*Whole Coding Region Coverage
※詳細な情報はデータシートからご確認いただけます。

XceloSeq Lung Cancer cfDNA Kit


肺がんに関連する17遺伝子にわたって変異を検出できる様に設計されたがんパネルです。
推奨リード数:4,500,000

(ターゲット遺伝子)
AKT ALK BRAF EGFR ERBB2 ESR1 HRAS KEAP1 KRAS MAP2K1
MET NRAS PIK3CA RET ROS1 STK11 TP53* - - -
*Whole Coding Region Coverage
※詳細な情報はデータシートからご確認いただけます。

XceloSeq Breast Cancer cfDNA Kit

乳がんに関連する12遺伝子にわたって変異を検出できる様に設計されたがんパネルです。
推奨リード数:3,500,000

(ターゲット遺伝子)
AKT CCND1 EGFR ERBB2 ERBB3 ESR1 FBXW7 FGFR1 KRAS PIK3CA
SF3B1 TP53* - - - - - - - -
*Whole Coding Region Coverage
※詳細な情報はデータシートからご確認いただけます。

【参考資料】
XCeloSeq Targeted cfDNA Enrichment Kit 製品マニュアル
XCeloSeq Pan Cancer Kit 参考データ

【価格】
製品名 容量 税別定価 データシート Cat.#
XCeloSeq Pan Cancer Kit 8 rxns ¥436,000 SEQ002
XCeloSeq Colon Cancer cfDNA Kit 8 rxns ¥346,000 SEQ009
XCeloSeq Lung Cancer cfDNA Kit 8 rxns ¥346,000 SEQ010
XCeloSeq Breast Cancer cfDNA Kit 8 rxns ¥346,000 SEQ011
※本キットに含まれるIndexは、1種類となっているので、追加のIndexの購入を希望される場合はお問合せください。


Targeted RNA

【XceloSeq Targeted RNA Enrichment Kits】


本キットは、優れた性能を有する腫瘍プロファイリングアッセイであり、FFPEサンプルからがん関連の融合遺伝子を検出するための高品質のシークエンスライブラリーを調整可能です。ATOMseqテクノロジーを用いて調整されたシークエンスライブラリーには、固有の分子識別子(UMI)が組み込まれているため、シークエンスエラーを回避し、既知および未知の融合遺伝子の解析を高感度に行うことができます。

(ワークフロー)
ネステッド ターゲット特異的PCR
マルチプレックスターゲット特異的プライマーは、ATO反応によって追加されたプライミングサイトに結合するユニバーサルプライマーとペアになっています。単一のターゲット特異的プライマーのみを使用することにより、既知および未知の融合遺伝子を増幅します。
デュアルインデックスサンプルバーコード(i5およびi7)が組み込まれ、Illumina社の次世代シークエンサー用のライブラリーが調整されます。

XceloSeq Fusion Research Kit

448の特異的プライマーにより、74遺伝子にわたって既知および未知の融合遺伝子を検出できる様に設計されたがんパネルです。推奨されるDNAサンプル量は、FFPE RNAで 5-200ng、高品質RNAで 5-100ng です。
推奨リード数:35,000,000/sample

(ターゲット遺伝子)
ABL1 ABL2 AKT1 AKT2 AKT3 ALK ARHGAP26 AXL BRAF BRD3
BRD4 CRLF2 CSF1R EGFR EPOR ERBB2 ERBB4 ERG ESR1 ESRRA
ETV1 ETV4 ETV5 ETV6 EWSR1 FGFR1 FGFR2 FGFR3 FGR IL2RB
INSR JAK1 JAK2 JAK3 KIT MAML2 MAST1 MAST2 MET MSMB
MUSK MYB MYC NOTCH1 NOTCH2 NRG1 NTRK1 NTRK2 NTRK3 NUMBL
NUT PDGFRA PDGFRB PIK3CA PKN1 PPARG PRKCA PRKCB PTK2B RAF1
RARA RELA RET ROS1 RSPO2 RSPO3 SYK TERT TFE3 TFEB
THADA TMPRSS2 TSLP TYK2 - - - - - -
※詳細な情報はデータシートからご確認いただけます。

XceloSeq Lung Cancer Fusion Kit

159の特異的プライマーにより、215遺伝子にわたって既知および未知の肺がん関連の融合遺伝子を検出できる様に設計されたがんパネルです。推奨されるDNAサンプル量は、FFPE RNAで 5-200ng、高品質RNAで 5-100ng です。
推奨リード数:2,000,000/sample

(ターゲット遺伝子)
ALK BRAF EGFR ERG ETV1 FGFR1 FGFR2 FGFR3 MET NRG1
NTRK1 NTRK2 NTRK3 RET ROS1 - - - - -
※詳細な情報はデータシートからご確認いただけます。

XceloSeq Solid Cancer Fusion Kit

352の特異的プライマーにより、53遺伝子にわたって既知および未知の固形がん関連の融合遺伝子を検出できる様に設計されたがんパネルです。推奨されるDNAサンプル量は、FFPE RNAで 5-200ng、高品質RNAで 5-100ng です。
推奨リード数:3,000,000/sample

(ターゲット遺伝子)
AKT3 ERG FGFR2 MSMB NTRK3 PRKCA TERT ALK ESR1 FGFR3
MUSK NUMBL PRKCB TFE3 ARHGAP26 ETV1 FGR MYB NUT RAF1
TFEB AXL ETV4 INSR NOTCH1 PDGFRA RELA THADA BRAF ETV5
MAML2 NOTCH2 PDGFRB RET TMPRSS2 BRD3 ETV6 MAST1 NRG1 PIK3CA
ROS1 BRD4 EWSR1 MAST2 NTRK1 PKN1 RSPO2 EGFR FGFR1 MET
NTRK2 PPARG RSPO3 - - - - - - -
※詳細な情報はデータシートからご確認いただけます。

XceloSeq Sarcoma Fusion Kit

146の特異的プライマーにより、26遺伝子にわたって既知および未知の肉腫(サルコーマ)関連の融合遺伝子を検出できる様に設計されたがんパネルです。推奨されるDNAサンプル量は、FFPE RNAで 5-200ng、高品質RNAで 5-100ng です。
推奨リード数:1,500,000/sample

(ターゲット遺伝子)
ALK GLI1 PLAG1 USP6 CAMTA1 HMGA2 ROS1 YWHAE CCNB3 JAZF1
SS18 CIC MEAF6 STAT6 EPC1 MRTFB TAF15 EWSR1 NCOA2 TCF12
FOXO1 NTRK3 TFE3 FUS PDGFB TFG - - - -
※詳細な情報はデータシートからご確認いただけます。

XceloSeq Myeloid Fusion Kit

310の特異的プライマーにより、39遺伝子にわたって既知および未知の血液がん・骨髄性がん関連の融合遺伝子を検出できる様に設計されたがんパネルです。推奨されるDNAサンプル量は、FFPE RNAで 5-200ng、高品質RNAで 5-100ng です。
推奨リード数:2,750,000/sample

(ターゲット遺伝子)
ABL1 ETV6 MECOM NUP214 RBM15 BCR FGFR1 MLLT10 NUP98 ROS1
CBFB GLIS2 MLLT4 PDCD1LG2 RUNX1 CHD1 IKZF1 MRTFA PDGFRA RUNX1T1
CHIC2 IKZF3 MYC PDGFRB SETD2 CREBBP JAK2 MYH11 PICALM TCF3
CSF1R KAT6A NF1 PML TFG ERG KMT2A NOTCH1 RARA -
※詳細な情報はデータシートからご確認いただけます。

XceloSeq Lymphoma Fusion Kit

241の特異的プライマーにより、33遺伝子にわたって既知および未知の悪性リンパ腫関連の融合遺伝子を検出できる様に設計されたがんパネルです。推奨されるDNAサンプル量は、FFPE RNAで 5-200ng、高品質RNAで 5-100ng です。
推奨リード数:2,500,000/sample

(ターゲット遺伝子)
ALK CDK6 FGFR1 NFKB2 TP63 BCL2 CHIC2 JAK2 NOTCH1 BCL6
CIITA KMT2A P2RY8 BCR CREBBP MALT1 PDCD1LG2 BIRC3 DEK MLF1
PDGFRA CBFB DUSP22 MLLT10 PRDM16 CCND1 EIF4A1 MRTFA STIL CCND3
ETV6 MYC TCF3 - - - - - - -
※詳細な情報はデータシートからご確認いただけます。

XceloSeq Acute Lymphoblastic Leukaemia Fusion Kit

317の特異的プライマーにより、44遺伝子にわたって既知および未知の急性リンパ性白血病関連の融合遺伝子を検出できる様に設計されたがんパネルです。推奨されるDNAサンプル量は、FFPE RNAで 5-200ng、高品質RNAで 5-100ng です。
推奨リード数:2,750,000/sample

(ターゲット遺伝子)
ABL1 CRLF2 IKZF3 NTRK3 PDGFRA TAL1 ABL2 CSF1R JAK2 NUP214
PDGFRB TCF3 BCL11B EBF1 KLF2 NUP98 PICALM TYK2 BCL2 EPOR
KMT2A P2RY8 PTK2B ZCCHC7 BCL6 ETV6 MLLT4 PAG1 RUNX1 BCR
FGFR1 MYC PAX5 SEMA6A CHD1 IKZF1 NF1 PBX1 SETD2 CREBBP
IKZF2 NOTCH1 PDCD1LG2 STIL - - - - - -
※詳細な情報はデータシートからご確認いただけます。

【参考資料】
XCeloSeq Targeted RNA Enrichment Kit 製品マニュアル

【価格】
製品名 容量 税別定価 データシート Cat.#
XCeloSeq Fusion Research Kit 8 rxns ¥365,000 SEQ007
XCeloSeq Lung Cancer Fusion Kit 8 rxns ¥334,000 SEQ008
XCeloSeq Solid Cancer Fusion Kit 8 rxns ¥344,000 SEQ012
XCeloSeq Sarcoma Fusion Kit 8 rxns ¥392,000 SEQ014
XCeloSeq Myeloid Fusion Kit 8 rxns ¥392,000 SEQ017
XCeloSeq Lymphoma Fusion Kit 8 rxns ¥392,000 SEQ018
XCeloSeq Acute Lymphoblastic Leukaemia Fusion Kit 8 rxns ¥392,000 SEQ019
※本キットに含まれるIndexは、1種類となっているので、追加のIndexの購入を希望される場合はお問合せください。


Whole Genome


【XceloSeq cfDNA Library Prep Kit】


本キットは、cfDNA、酵素で断片化されたgDNA、FFPEなどを対象として、次世代シークエンシング(Illumina)機器での使用に適した高品質なライブラリーを生成し、サンプル中の一本鎖と二本鎖DNAを網羅的に解析することが可能です。ATOMseqテクノロジーを用いて調整されたシークエンスライブラリーには、固有の分子識別子(UMI)が組み込まれているため、シークエンスエラーを回避し、全ゲノムシークエンスを高感度におこpなうことができます。20bpの短いDNAをキャプチャすることも可能です。

(XCeloSeq cfDNA Library Prep Kit を用いたライブラリー調整後のDNAフラグメント解析の結果)
▲QiAMP MinElute cfDNA 抽出キット(QIAGEN)を使用して凍結したヒト血漿から4ng cfDNAを用いてライブラリーを調整した結果。 ▲酵素により200~300bpに断片化し、バイサルファイト処理したgDNAを用いてライブラリー調整した結果。
断片化され、損傷したDNAにも対応可能!

(XCeloSeq cfDNA Library Prep Kitのプロトコルの概要)
Whole Genome Sequence

サンプルDNAとアダプターテンプレートオリゴ(ATO)を混合することで、サンプルDNAはATOの3'末端にアニーリングします。
アニーリング後、ポリメラーゼはATO配列をテンプレートとして使用して、サンプルDNAを伸長し、Unique Molecular Identifier(UMI)とユニバーサルプライミングサイトの両方をサンプルDNAに組み込みます。
UMIとユニバーサルプライミングサイトを組み込んだサンプルDNAをテンプレートに線形増幅を行います。
線形増幅DNAに2か所目のUMIとユニバーサルプライミングサイトが追加されます。
デュアルインデックスサンプルバーコード(i5およびi7)が組み込まれます。

【その他の準備しておくもの】

・検体採取、ろ過、核酸抽出用の試薬と機器
・蒸留水(分子生物学グレード)
・100%エタノール(分子生物学グレード)
・DNaseおよびRNaseフリーのエアゾールバリア付きピペットチップ
・反応ミックスを調整するためのDNaseおよびRNaseフリーのチューブ
・AMPure XP 磁気ビーズ
・適切なマグネットプレート(Thermo Fisher Scientific, Magnetic Stand-96, AM10027, その他適切な代替品)
・調整可能なピペット(P10、P20、P200およびP1000、または同様のもの)
・ボルテックスミキサー
・マイクロ遠心機

・標準PCRサーマルサイクラー
・PCRチューブ、プレート
・氷

【参考資料】
XCeloSeq cfDNA Library Prep Kit 製品マニュアル
XCeloSeq cfDNA Library Prep Kit 参考データ


【価格】
製品名 容量 税別定価 Cat.#
XCeloSeq cfDNA Library Prep Kit 8 rxns ¥131,000 SEQ001


XCeloSeq Indexing Kits


本キットは、複数のサンプルの同時解析を可能にするデュアルインデックスプライマーセットです。8種類のi5または8種類のi7インデックスプライマーをサンプル数に応じて個別に購入いただけます。インデックスプライマーは、各20μlずつ含まれているので、複数回使用可能です。

【価格】
製品名 容量 税別定価 データシート Cat.#
XCeloSeq i5 Indexing Kit 8 rxns ¥98,000 SEQ005-i5
XCeloSeq i7 Indexing Kit 8 rxns ¥98,000 SEQ005-i7
※いずれかのKitと同時購入時の価格です。

お問い合わせ 試薬部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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