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Home製品・サービス情報受託サービスアレイCGH受託解析>Affymetrix® CytoScan® HD Array(概要)

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・マイクロアレイ
+ 遺伝子発現解析
- CNVアレイ
Affymetrix®
CytoScan HD Array

概要
解析内容と実験の流れ
サンプルの準備と送付
QCシート
Affymetrix®
OncoScan FFPE Assay
Oxford Gene Technology
CytoSure Arrays
+ PSC(多能性幹細胞)核型解析アレイ
+ Non-coding RNAアレイ
+ SNPジェノタイピングアレイ
+ DNAメチル化アレイ
+ ChIP-chipアレイ
  
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CNV(Copy Number Variation)アレイ受託解析
Affymetrix® CytoScan® HD Array 受託解析サービス

概要 / 解析内容と実験の流れ / サンプルの準備と送付 / QCシート

  概要


Affymetrix® CytoScan® HD Arrayは、細胞遺伝学研究において、重要な染色体異常の検出と解析を、他のどの技術よりも高い信頼性で行うことができるCNV解析用アレイです。本アレイを用いて、微量ゲノムサンプルをお送り頂き、染色体のコピー数解析実験を行い、データ解析結果をご返却するサービスです。
CNV解析、複製の起点やタイミングなどの染色体機能解析などを行っています。
Affymetrix社製
専用解析ソフトウェア「CytoScan® HD Chromosome Analysis Suite」で、お客様自身の要件に基づくデータ解析とカスタムレポート作成をシンプルに行うことができます。


  CytoScan® HD Arrayの提供内容


最高のカバー率
先天性疾患に関与する遺伝子、癌遺伝子、OMIM遺伝子、RefSeq遺伝子が最大のカバー率で1枚のアレイに搭載されており、もっとも包括的かつ重要な細胞遺伝学的解析が可能。
最高レベルの性能
ゲノム全体にわたって細胞遺伝学コミュニティーのガイドラインを上回る特異性、感度、解像度を実現。
最多のSNP
的確な切断点の決定、コピー数の変化したアレル遺伝子の確認、高解像度LOH、遺伝子レベルのホモ接合性マッピング、低レベルのモザイク、サンプルの不均一性、トリプロイディーの検出促進。


  特長・利点


アレイ
CytoScan® HD Arrayは、ヒトゲノム全体にわたる既知及び新規の染色体異常を検出できます。このアレイは、偏りのない全ゲノムカバー率、ゲノム全体を対象とする優れた性能(400kbを超えるコピー数変化に対する感度および特異性99%超)、最高密度のプローブ(75万個のSNPを含む260万個超のマーカー)で、遺伝子レベルのコピーニュートラルLOH、片親性イソダイソミー(UPD)、同祖的領域、低レベルのモザイク現象とサンプルの不均一性を検出することを特長としています。
試薬
完成され最適化されたCytoScan® HD Reagent Kitは、細胞遺伝学コミュニティーのガイドラインを上回る性能を提供できる様にデザインされています。単純化され合理化されたアッセイプロトコールにより、一貫した高質な結果を得ることができます。
ソフトウェア
CytoScan® HD Chromosome Analysis Suite(ChAS)ソフトウェアは、細胞遺伝学の専門家からの情報提供を受けて開発されたため、細胞遺伝学研究の解析とレポートに適合しています。合理化され、直感的に利用できる解析ワークフロー、多重グラフィックビュー、理解しやすいグラフィックインターフェースで表示される柔軟性の高い解析オプションなどを特長としています。簡単に使用できるCytoScan HD Chromosome Suiteで、お客様独自の要件に基づくデータ解析とカスタムレポート作成をシンプルに行うことができます。


  デザイン(アレイの仕様)


コピー数マーカーの数
コピー数マーカーの総数 2,696,550
 非多型マーカーの数 1,953,246
 SNPマーカーの数 743,304
遺伝子型を同定可能なSNPマーカー総数 749,157
ゲノムビルド hg19
常染色体マーカー 2,491,915
偽常染色体マーカー 4,624
遺伝子内マーカー 1,410,535
遺伝子間マーカー 1,286,015
マーカー間隔の平均(塩基対)
遺伝子内(以下のすべての遺伝子内) 880
 ISCA constitutional genes 384
 Cancer genes 553
 OMIM Morbid genes 659
 X Chromosome OMIM Morbid genes 486
 RefSeq genes 880
遺伝子間(非遺伝子バックボーン) 1,737
全体(遺伝子及び非遺伝子バックボーン) 1,148
遺伝子カバー率(25マーカー/100kb)
ISCA constitutional genes(340) 100%
Cancer genes(526) 100%
OMIM Morbid genes(2,640) 98%
X Chromosome OMIM Morbid genes(177) 100%
Refseq genes(36,121) 96%


  受託解析サービスの流れ


実験の流れ、納品データ等の詳細につきましては、「解析内容と実験の流れ」をご覧ください。


  メーカー提供のマニュアル/カタログ


CytoScan® HD Cytogenetics Solution Data Sheet (PDF)
CytoScan Assay User Manual (PDF)
CytoScan® HD Array カタログ (PDF)
Chromosome Analysis Suite(ChAS) Software(Affymetrix homepage)
Chromosome Analysis Suite Software Data Sheet (PDF)
Chromosome Analysis Suite 2.1 Software Manuals (PDF)


  価格


サービス名 サンプル数 単価(税別) カタログナンバー
Affymetrix® CytoScan® HD 受託解析 お問合せ お問合せ Cat.#F-901835-(サンプル数)
オプション
ゲノムDNA抽出作業/1サンプル DNA・RNA抽出受託サービス」のページをご参照ください。
* 上記受託解析の価格には、アレイの価格も含んでいます。
* 上記価格には、ゲノムDNAの品質チェックの費用は含まれておりません。
品質チェックをご希望の場合は、「5,000円(税別)/サンプル」の追加料金が必要となります。
ゲノムDNA量が少ない場合は、アガロース電気泳動による品質チェックをご希望の場合でも、チェックができませんので、予めご了承ください。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 filgen.jp
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