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Home製品・サービス情報受託サービス>PSC核型解析アレイ>KaryoStat HD Assay(概要)

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PSC(多能性幹細胞)核型解析アレイ受託解析サービス
KaryoStatTM HD Assay 受託解析サービス

概要 / 解析内容と実験の流れ / サンプルの準備と送付 / QCシート


  概要


近年ではES細胞、iPS細胞などを始めとした再生医療研究が大きな注目を集めております。KaryoStat HDアッセイは、PSC(多能性幹細胞)解析用のアプリケーションとして開発されたアレイで、総数260万個を超えるコピー数解析用マーカーを搭載しており、うち約75万個は99%を上回る精度で遺伝子型を完全に同定できるSNPを搭載しているため、染色体異常を正確に検出し、全ゲノムカバレッジなジェノタイピングが行えるアッセイです。多能性幹細胞株のゲノム安定性をコスト効率よく解析でき、Gバンド染色核型解析の代替法としてもご利用いただけます。
本サービスでは、微量ゲノムサンプルをお送り頂き、ThermoFisher Scientific社のPSC(多能性幹細胞)核型解析アレイ「KaryoStat
TM HD Assay」を用いた解析を行い、データ解析結果をご返却するサービスです。Chromosome Anlaysis Suite(ChAS)ソフトウェアを無償でお使い頂き、お客様独自の用件に基づくデータ解析とカスタムレポート作成をシンプルに行っていただくことができます。


  特長・利点


260万以上のマーカーを搭載(75万SNPマーカーを含む)
全てのマーカーを3000検体を用いて検証済み
業界最大のマーカー密度(最短マーカー間距離)
最高のデータベースカバレッジ
無償提供の解析ソフトウェア: ChAS(Chromosome Analysis Suite)
CytoScan® HD Chromosome Analysis Suite(ChAS)ソフトウェアは、細胞遺伝学の専門家からの情報提供を受けて開発されたため、細胞遺伝学研究の解析とレポートに適合しています。合理化され、直感的に利用できる解析ワークフロー、多重グラフィックビュー、理解しやすいグラフィックインターフェースで表示される柔軟性の高い解析オプションなどを特長としています。簡単に使用できるCytoScan HD Chromosome Suiteで、お客様独自の要件に基づくデータ解析とカスタムレポート作成をシンプルに行うことができます。


  仕様


約75万個のジェノタイピング可能なSNPにより、Genotype callを可能とし、さらには正確な切断点の推定、高解像度のヘテロ接合性消失(LOH)の決定、片親性イソダイソミー(UPD)および同組的領域の検出、低レベルのモザイク現象の可視化、トリプロイディーの検出促進、および不均一性の測定も可能です。また、Constitutional、Cancer、OMIM、RefSeq遺伝子が1枚のアレイに搭載されているため、包括的な解析が可能です。

核型分析 vs マイクロアレイ 核型分析 Array-CGH Karyo Stat HD
解像度 >10Mb 50-100kb 25kb
LOH(ヘテロ接合性欠失) - SNP数に依存 +++
Copy neutral LOH
(コピー数変化のないLOH)
- SNP数に依存 +++
CN(コピー数) gain/loss +(大きな異常) +++ +++
モザイク ++ +++
コピー数マーカーの数
コピー数マーカーの総数 2,696,550
 非多型マーカーの数 1,953,246
 SNPマーカーの数 743,304
遺伝子型を同定可能なSNPマーカー総数 749,157
ゲノムビルド Hg19
常染色体マーカー 2,491,915
偽常染色体マーカー 4,624
遺伝子内マーカー 1,410,535
遺伝子間マーカー 1,286,015
マーカー間隔の平均(塩基対)
遺伝子内(以下のすべての遺伝子内) 880
ISCA constitutional genes 384
Cancer genes 553
OMIM Morbid genes 659
X Chromosome OMIM Morbid genes 486
RefSeq genes 880
遺伝子間(非遺伝子バックボーン) 1,737
全体(遺伝子及び非遺伝子バックボーン) 1,148

  受託解析サービスの流れ


実験の流れ、納品データ等の詳細につきましては、「解析内容と実験の流れ」をご覧ください。


  サンプルの準備と送付


サンプルの準備方法、必要量、送付方法などにつきましては、「サンプルの準備と送付」をご覧ください。


  メーカー提供のマニュアル/カタログ


 User Guide:KaryoStatTM HD Assay



  価格


サービス名 サンプル数 単価(税別) カタログナンバー
KaryoStatTM HD Assay 受託解析サービス お問合せ お問合せ F-905404-(サンプル数)
オプション
ゲノムDNA抽出作業/1サンプル DNA・RNA抽出受託サービス」のページをご参照ください。
* 上記受託解析の価格には、アレイの価格も含んでいます。
* 上記価格には、ゲノムDNAの品質チェックの費用は含まれておりません。
品質チェックをご希望の場合は、「5,000円(税別)/サンプル」の追加料金が必要となります。
ゲノムDNA量が少ない場合は、アガロース電気泳動による品質チェックをご希望の場合でも、チェックができませんので、予めご了承ください。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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