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Home製品・サービス情報バイオインフォマティクス・ソフトウェア遺伝子変異データ解析ソフトウェア(Golden Helix社製)>Sentieon Genomics Tools

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+ GoldenHelix
SNP & Variation Suite
VarSeq
Premium Annotation Database
Sentieon Genomics Tools


Sentieon社(Golden Helix社)製品 次世代シークエンサー2次解析ソフトウェア
Sentieon Genomics Tools


Lineup / SNP & Variation Suite / VarSeq / Premium Annotation Database / Sentieon Genomics Tools

Sentieon Genomics Toolsは、Sentieon社(アメリカ)が開発した、次世代シークエンサーによる遺伝子変異解析における、ゲノムへのマッピングや変異検出を行うソフトウェアです。次世代シークエンサーにおけるバイオインフォマティクス解析のゴールドスタンダードである、BWA-GATKおよびMuTect、MuTect2と同じ数字モデルの解析パイプラインを、より高速に実行することが可能です。


【特長】


Sentieon Genomics Toolsでは、Broad Instituteが開発した遺伝子変異検出用のバイオインフォマティクス解析パイプラインBWA-GATK Best Practiceと同じ数学モデルを使用した「Sentieon DNAseq」と、腫瘍/正常のペアサンプルデータを使用した、体細胞変異検出用のパイプラインMuTect、MuTect2に対応した「Sentieon TNseq」の2種類の解析パイプラインが使用可能です。
どちらのパイプラインも、一般的なCPUベースのシステムで動作し、またFASTQファイルからVCFファイル作成までに必要とする計算時間の、10倍以上の高速化を実現しています。また、コマンドライン型インターフェイスを採用しており、複数サンプルデータの一括処理や、ユーザー独自の解析パイプラインの構築に適しています。

カタログダウンロード(PDF)


(クリックして拡大)


【Sentieon DNAseq】
Sentieon DNAseqは、Broad InstituteのBWA-GATK HaplotypeCaller Best Practiceのバイオインフォマティクスパイプラインをもとに開発されており、同パイプラインと同じ数学モデルを用いて、リファレンスゲノム配列へのリード配列のマッピングから、変異の検出までを行うことが可能です。ただし、計算アルゴリズムの効率化が行われており、FASTQファイルからVCFファイル作成の計算処理の場合は10倍、BAMファイルからVCFファイル作成の場合は20~50倍の高速化を実現しています。また、100,000ものサンプルデータのジョイントコールを行う場合でも、中間ファイルのマージをせずに実行できるため、時間と労力の節約が可能です。




【Sentieon TNseq】
Sentieon TNseqは、Broad Instituteの体細胞変異検出用パイプラインMuTect(SNV)、MuTect2(SNVとINDEL)と同じ数学モデルを使用した解析パイプラインです。腫瘍/正常の各サンプルのシークエンスデータを用いて、効率化された計算アルゴリズムで、MuTectおよびMuTect2の10倍以上の計算速度で、体細胞変異の抽出を効率的に行います。




【サンプルスクリプト】

Sentieon Genomics Tools では、様々な種類の解析パイプラインを簡単に実行するためのサンプルスクリプトが提供されています。下記は、現在提供されているスクリプトの一例です。

-Germline サンプル用パイプライン
 ・Joint calling     ・WES/WGS        ・RNA-Seq calling
-Somatic サンプル用パイプライン
 ・Tumor only     ・Tumor+normal    ・Hybridization panel
 ・Amplicon panel   ・ctDNA with UMI    ・ctDNA without UMI


【受賞実績】

Sentieon Genomics Toolsは、「ICGC-TCGA Dream Mutation Calling Challenge」「precisionFDA Consistency Challenge」「precisionFDA Truth Challenge」の3つのコンテストにおいて、解析結果データの一致率や正確性の評価で、トップの成績を収めています。

PrecisionFDA Consistency Challenge Reproducibility F1-score(%) between runs and between samples


precisionFDA Consistency Challenge Accuracy F1-score(%) to NIST truth set
*Sentieon standard pipeline results from Jeremy Edwards(University of New Mexico) submission
**Edico, Genalice(MAP 2.2.0) and Isaac(aligner v01.14.07.14 & variant caller v2.0.13) run results from Changh Kim's(Macrogen Clinical Laboratory) submission


【Golden Helix社ソフトウェアとの連携】

 Sentieon Genomics Toolsで作成したBAMファイルとVCFファイルは、Golden Helix社VarSeqなどの3次解析用ソフトウェアにインポートし、データの閲覧や、変異データへのアノテーション付加とフィルタリングといった、各種のバイオインフォマティクス解析に用いることが可能です。
【ライセンスタイプ】

Sentieon Genomics Toolsでは、解析を行うサンプル数に合わせて、3種類のライセンスタイプがあります。
下記の表は、ライセンス毎の1年間に解析を実行できるおよそのサンプル数です。


商品名 Whole Genome Suquencing Whole Exome Sequencing Gene Panel Sequencing
Tier1 500 2,500 25,000
 Tier2 2,000 8,000 75,000
 Tier3 4,000 16,000 N/A


【System Requirements】

・16GB+ of RAM(32GB for Servers)
・8+ CPU Cores
・64-bit Windows 10 or later(WSL2上で使用可),
 Linux Ubuntu 18.04 (64-bit only),
 RedHat/CentOS 7.x, Debian 7.7, OpenSUSE-13.2
・インターネット接続


【価格】
商品名 ライセンスタイプ 価格(税別) Cat.#
Sentieon Genomics Tools Tier1 お問合せ ST-T1-AF
Tier2 お問合せ ST-T2-AF
Tier3 お問合せ ST-T3-AF
*本ソフトウェアは、年間ライセンスとなります。
*テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールでの対応のみとなります。

お問い合わせ バイオインフォマティクス部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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