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Arraystar社 RNAメチル化アレイ
Small RNA Modification Array 受託解析サービス


概要


本サービスは、miRNA、pre-miRNA および tRNA由来の small RNA(tsRNA、tRNA-derived fragments(tRFs)および tRNA halves(tiRNAs)を含む)における、8-オキソグアニン(o8G)、7-メチルグアノシン(m7G)、N6-メチルアデノシン(m6A)、シュードウリジン(ψ)、または 5-メチルシチジン(m5C)の修飾を定量化します。



カタログダウンロード(PDF)
特長


本サービスには以下の特長があります。

o8G、m7G、m6A、ψ、または m5C を含む small RNA 修飾の検出および定量化を行うことが可能です。
miRNA、pre-miRNA、および tsRNA(tRFs および tiRNAs)を含む複数の small RNA クラスをカバーしています。
RNAを直接ラベリングすることができるため、RNA-seq のライブラリー調整中に、修飾によるcDNA合成阻害などの影響を受けることがなく、修飾された small RNA をより正確に解析することができます。
少量サンプルでの解析が可能で、1μg の total RNA から解析が可能です。


マイクロアレイデータベース


本サービスで使用するマイクロアレイのスライドコンテンツは以下の通りです。解析を希望される修飾の内容にかかわらず、同じ構成のアレイスライドを使用いたします。本サービスは、ヒト、マウスに対応しています。


Human Small RNA Modification Array V1.0
プローブ総数 14,706
プローブデザイン すべてのプローブは、5'キャップ断片、small RNA 特異的、および3'リンカー配列から構成されています。
プローブの結合部位 5-p-miRNA および 5'tsRNA: small RNA の3'領域
3-p-miRNA および 3'tsRNA: small RNA の5'領域
pre-miRNA: pre-miRNA のループ領域
プローブの特異性 small RNA 特異的
miRNA のカバレッジ 2,628(1,319 の 5-p-miRNA と 1,309 の 3-p-miRNA)
Pre-miRNA のカバレッジ 1,745
tsRNAのカバレッジ 5,128
small RNA ソース miRNA: miRBase(v22)
pre-miRNA: miRBase(v22)
tsRNA: tRFdb, GtRNADb(Updated to 18.1 2019.08)
Literatures: Scientific publications up to 2019[1-40]
アレイフォーマット 8x15K

Mouse Small RNA Modification Array V1.0
プローブ総数 14,895
プローブデザイン すべてのプローブは、5'キャップ断片、small RNA 特異的、および3'リンカー配列から構成されています。
プローブの結合部位 5-p-miRNA および 5'tsRNA: small RNA の3'領域
3-p-miRNA および 3'tsRNA: small RNA の5'領域
pre-miRNA: pre-miRNA のループ領域
プローブの特異性 small RNA 特異的
miRNA のカバレッジ 1,949(966 の 5-p-miRNA と 983 の 3-p-miRNA)
Pre-miRNA のカバレッジ 1,122
tsRNAのカバレッジ 1,809
small RNA ソース miRNA: miRBase(v22)
pre-miRNA: miRBase(v22)
tsRNA: tRFdb, GtRNADb(Updated to 18.1 2019.08)
Literatures: Scientific publications up to 2019[1-40]
アレイフォーマット 8x15K


解析の流れ


本サービスは、免疫沈降、RNA標識、アレイ実験、アノテーションおよびデータ解析まで、フルパッケージされています。

【ワークフロー】
1. RNAサンプルの受け取り
2. RNAのQCチェック
3. ご選択いただいた抗体(o8G、m7G、m6A、または m5C)による免疫沈降
4. 2色標識(IP-RNA(修飾された small RNA)、および上清RNA(未修飾RNA)のラベリング)
5. アレイハイブリダイゼーション、洗浄、およびスキャニング
6. データ抽出、アノテーション、解析および要約

【バイオインフォマティクス解析の一例】

差次的に修飾されたmiRNA、pre-miRNA、および tsRNA(tRF および tiRNA)




MatureID: miRBase ID for the mature miRNA
Group m7G miRNA level (normalized, log2): Group averaged, log2 transformed, normalized m7G modified miRNA level, based on the Cy5 signal intensities of the m7G-IP RNA in the sample group.
Treated, Control: The "treated" and "Control" sample groupes.
FC: The fold change comparing the sample groups.
P: p-value by t-test, for the statistical significance of the difference.
Regulation: Up- or down-regulation by omparing the sample groups.
Group m7G %modified miRNA: Group averaged percentage of m7G modified miRNA for the sample group.
miRNA family: miRNA family members having the same seed sequence.
m7G_motif: "RAm7GGT" motif sequence of the m7G site, where R represents G or A.

差次的に修飾されたmiRNA、pre-miRNA、およびtsRNA(tRFおよびtiRNA)の階層クラスタリングヒートマップ


図1.
差次的に修飾された small RNA の階層クラスタリングヒートマップです。修飾されたRNAレベルは、左上のカラーキーで参照される赤色と青色で表示されます。上部の樹状図は、サンプル間の修飾プロファイルにおける相対的な近さを表しています。サンプルグループはヒートマップ上部にあるカラーバーで表示されています。


サンプル条件


品質条件 詳細
対応生物種 ヒト、マウス
サンプルタイプ total RNA
必要量 推奨量:>10μg、最低量:>5μg
濃度(Nanodropに基づく) 推奨>100ng/μl、最低>20ng/μl
純度(Nanodropに基づく) O.D.260/280: >1.8
O.D.260/230: >1.8
RNA Integrity ゲル電気泳動: 18S および 28S rRNA のバンドが確認でき、28S および 18S rRNA のバンド比が2:1程度であること。
BioAnalyzer: RIN>7.0

※血清、血漿、エクソソームおよびFFPEなど、分解や断片化による品質低下がよく知られているサンプルに由来するRNAについては、解析結果の品質が低い可能性があります。お客様の同意があれば、ご提出いただいたサンプルで解析を行うことは可能ですが、データ品質が悪い、あるいはデータが取得できない可能性もあり、データ取得の保証はできませんので、予めご注意ください。
DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨)
ヌクレアーゼフリーの分子生物学グレードの水に溶解し、-80℃で保存してください。
サンプルは、DNase処理を行うことを推奨いたします。
UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの測定を強く推奨します。
UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いRNAを準備してください。
UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いRNAを準備してください。


価格


本サービスのご依頼方法、注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご一読ください。

サービス名 生物種 税別価格 カタログ#
N6-メチルアデノシトシン(m6A)修飾
Small RNA Modification Array
(m6A)受託解析サービス
ヒト ¥241,000 F-AS-RMH1-[サンプル数]
マウス ¥241,000 F-AS-RMM1-[サンプル数]
7-メチルグアノシン(m7G)修飾
Small RNA Modification Array
(m7G)受託解析サービス
ヒト ¥241,000 F-AS-RMH2-[サンプル数]
マウス ¥241,000 F-AS-RMM2-[サンプル数]
8-オキソグアニン(o8G)修飾
Small RNA Modification Array
(o8G)受託解析サービス
ヒト ¥241,000 F-AS-RMH3-[サンプル数]
マウス ¥241,000 F-AS-RMM3-[サンプル数]
シュードウリジン(ψ)修飾
Small RNA Modification Array
(ψ)受託解析サービス
ヒト ¥241,000 F-AS-RMH4-[サンプル数]
マウス ¥241,000 F-AS-RMM4-[サンプル数]
5-メチルシチジン(m5C)修飾
Small RNA Modification Array
(m5C)受託解析サービス
ヒト ¥241,000 F-AS-RMH5-[サンプル数]
マウス ¥241,000 F-AS-RMM5-[サンプル数]
※この他、サンプルの海外輸送費が別途必要となります。


*本サイトの情報は、Arraystar社のHomepageの情報を一部引用しております。
お問い合わせ 受託解析部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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