製品情報・受託サービス情報 What's New!　製品・サービス情報　ダウンロード　e-mail_news登録　　　　 会社情報 概要　ミッション　アクセス　リクルート　連絡先　ビジネスパートナー　ライセンス　個人情報保護方針 Home＞製品・サービス情報＞受託サービス＞マイクロアレイ＞Arraystar社 Small RNA Modification Array V2.0 受託解析 製品・サービス情報 　　 受託サービス サービス別ラインナップ ・マイクロアレイ + 遺伝子発現解析 + CNVアレイ + PSC(多能性幹細胞）核型解析アレイ + Non-coding RNAアレイ + SNPジェノタイピングアレイ + DNAメチル化アレイ + RNAメチル化アレイ ・ Epitranscriptomic Array ・ m6A Single Nucleotide Array ・ Small RNA Modification Array 　　 科学機器 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 試薬・材料・消耗品 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 ソフトウェア 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ Arraystar社　RNAメチル化アレイ Small RNA Modification Array V2.0 (m6A/o8G/m7G/m5C/m1A/ψ） 受託解析サービス 概要 本サービスは、miRNA、pre-miRNA、tRNA および tRNA由来の small RNA（tsRNA、tRNA-derived fragments（tRFs）および tRNA halves（tiRNAs）を含む）における、8-オキソグアニン（o8G）、7-メチルグアノシン（m7G）、N6-メチルアデノシン（m6A）、シュードウリジン（ψ）、N1-メチルアデノシン（m1A） または 5-メチルシチジン（m5C） のいずれかの修飾を 1 アレイ上で定量化します。 カタログダウンロード(PDF) 特長 本サービスには以下の特長があります。 ◆ miRNA、pre-miRNA、tRNA、tsRNA（tRFs および tiRNAs） を含む複数の small RNA クラスをカバーしています。 ◆ RNAを直接ラベリングすることにより、RNA-seq のライブラリー調整中に、修飾による cDNA 合成阻害などの影響を受けることがなく、修飾された small RNA をより正確に解析することができます。 ◆ シークエンス技術の限界を克服し、低発現レベルまたは低修飾レベルの small RNA に対して優れた解析感度を実現します。 ◆ 少量サンプルでの解析が可能で、2μg の total RNA から解析が可能です。 Small RNA 修飾のプロファイリングにおける課題と解決策 詳細は、こちら マイクロアレイデータベース Arraystar 社では、tRNA 修飾プロファイリング向けに、tRNA Modification Seq (m1A/m3C/m1G/m2,2G) および Small RNA Modification Microarray を提供しています。研究目的に最も適したツールのご選択に、以下の表をお役立てください。 tRNA Modification Seq (m1A/m3C/m1G/m2,2G) Small RNA Modification Microarray tRNA のみに対応 miRNA、pre-miRNA、tRNA、tsRNA（tRF および tiRNA）を含む複数の small RNA クラスに対応 修飾部位の一塩基分解能 アンチコドンや本体領域の特定塩基位置における tRNA 修飾の重要な情報 小型 RNA における修飾部位を問わない修飾検出 複数のメチル化タイプ（m1A/m3C/m1G/m2,2G）の同時検出 通常、複数種類の修飾を受ける tRNA を対象 プロジェクトごとに1種類の修飾 マイクロアレイデータベース 本サービスで使用するマイクロアレイのスライドコンテンツは以下の通りです。解析を希望される修飾の内容にかかわらず、同じ構成のアレイスライドを使用いたします。本サービスは、ヒト、マウスに対応しています。 Human Small RNA Modification Array V2.0 プローブ総数 14,706 プローブデザイン すべてのプローブは、5'キャップ断片、small RNA 特異的、および3'リンカー配列から構成されています。 プローブの結合部位 5-p-miRNA および 5'tsRNA： small RNA の3'領域 3-p-miRNA および 3'tsRNA： small RNA の5'領域 tRNA：　mature tRNA のアンチコドンループ配列 pre-miRNA： pre-miRNA のループ領域 プローブの特異性 small RNA 特異的 miRNA のカバレッジ 2,627（1,318 の 5-p-miRNA と 1,309 の 3-p-miRNA） Pre-miRNA のカバレッジ 1,745 mature-tRNA のカバレッジ 346 tsRNAのカバレッジ 4,254 small RNA ソース miRNA： miRBase（v22） pre-miRNA： miRBase（ｖ22） tRNA： GtRNADb（Updated to 18.1 2019.08）, ENSEMBL(v99) tsRNA： tRFdb, GtRNADb（Updated to 18.1 2019.08） Literatures： Scientific publications up to 2019［1-40］ アレイフォーマット 8x15K Mouse Small RNA Modification Array V2.0 プローブ総数 14,895 プローブデザイン すべてのプローブは、5'キャップ断片、small RNA 特異的、および3'リンカー配列から構成されています。 プローブの結合部位 5-p-miRNA および 5'tsRNA： small RNA の3'領域 3-p-miRNA および 3'tsRNA： small RNA の5'領域 tRNA： mature tRNA のアンチコドンループ配列 pre-miRNA： pre-miRNA のループ領域 プローブの特異性 small RNA 特異的 miRNA のカバレッジ 1,949（966 の 5-p-miRNA と 983 の 3-p-miRNA） Pre-miRNA のカバレッジ 1,122 mature-tRNA のカバレッジ 270 tsRNAのカバレッジ 1,767 small RNA ソース miRNA： miRBase（v22） pre-miRNA： miRBase（ｖ22） tRNA： GtRNADb(Updated to 18.1 2019.08), ENSEMBL(v99) tsRNA： tRFdb, GtRNADb（Updated to 18.1 2019.08） Literatures： Scientific publications up to 2019［1-40］ アレイフォーマット 8x15K Rat Small RNA Modification Array V2.0 プローブ総数 14,895 プローブデザイン すべてのプローブは、5'キャップ断片、small RNA 特異的、および3'リンカー配列から構成されています。 プローブの結合部位 5-p-miRNA および 5'tsRNA： small RNA の3'領域 3-p-miRNA および 3'tsRNA： small RNA の5'領域 tRNA： mature tRNA のアンチコドンループ配列 pre-miRNA： pre-miRNA のループ領域 プローブの特異性 small RNA 特異的 miRNA のカバレッジ 749（355 の 5-p-miRNA と 394 の 3-p-miRNA） Pre-miRNA のカバレッジ 448 mature-tRNA のカバレッジ 197 tsRNAのカバレッジ 1,135 small RNA ソース miRNA： miRBase（v22） pre-miRNA： miRBase（ｖ22） tRNA： GtRNADb(Updated to 18.1 2019.08), ENSEMBL(v99) tsRNA： tRFdb, GtRNADb（Updated to 18.1 2019.08） Literatures： Scientific publications up to 2019［1-40］ アレイフォーマット 8x15K 【References】 リファレンス一覧（PDF）は、こちら 解析の流れ 本サービスは、免疫沈降、RNA標識、アレイ実験、アノテーションおよびデータ解析まで、フルパッケージされています。 【ワークフロー】 1. RNAサンプルの受け取り 2. RNAのQCチェック 3. ご選択いただいた抗体（o8G、m7G、m6A、ψ、m5C または m1A）による免疫沈降 4. 2色標識（IP-RNA（修飾された small RNA）、および上清RNA（未修飾RNA）のラベリング） 5. アレイハイブリダイゼーション、洗浄、およびスキャニング 6. データ抽出、アノテーション、解析および要約 【バイオインフォマティクス解析の一例】 差次的に修飾されたmiRNA、pre-miRNA、tRNA および tsRNA（tRF および tiRNA） MatureID： miRBase ID for the mature miRNA Group m7G miRNA level (normalized, log2)： Group averaged, log2 transformed, normalized m7G modified miRNA level, based on the Cy5 signal intensities of the m7G-IP RNA in the sample group. Treated, Control： The "treated" and "Control" sample groupes. FC： The fold change comparing the sample groups. P： p-value by t-test, for the statistical significance of the difference. Regulation： Up- or down-regulation by omparing the sample groups. Group m7G %modified miRNA： Group averaged percentage of m7G modified miRNA for the sample group. miRNA family： miRNA family members having the same seed sequence. m7G_motif： "RAm7GGT" motif sequence of the m7G site, where R represents G or A. 差次的に修飾されたmiRNA、pre-miRNA、tRNA および tsRNA（tRFおよびtiRNA） の階層クラスタリングヒートマップ 図1． 差次的に修飾された small RNA の階層クラスタリングヒートマップです。修飾されたRNAレベルは、左上のカラーキーで参照される赤色と青色で表示されます。上部の樹状図は、サンプル間の修飾プロファイルにおける相対的な近さを表しています。サンプルグループはヒートマップ上部にあるカラーバーで表示されています。 サンプル条件 品質条件 詳細 対応生物種 ヒト、マウス、ラット サンプルタイプ total RNA 必要量 推奨量：＞10μg、最低量：＞5μg 濃度（Nanodropに基づく） 推奨＞100ng/μl、最低＞20ng/μl 純度（Nanodropに基づく） O.D.260/280： ＞1.7～2.1 O.D.260/230： ＞1.7～2.1 RNA Integrity ゲル電気泳動： 18S および 28S ｒRNA のバンドが確認でき、28S および 18S rRNA のバンド比が2:1程度であること。 BioAnalyzer： RIN＞7.0 ※血清、血漿、エクソソームおよびFFPEなど、分解や断片化による品質低下がよく知られているサンプルに由来するRNAについては、解析結果の品質が低い可能性があります。お客様の同意があれば、ご提出いただいたサンプルで解析を行うことは可能ですが、データ品質が悪い、あるいはデータが取得できない可能性もあり、データ取得の保証はできませんので、予めご注意ください。 ※ DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。（スクリューキャップ式を推奨） ※ ヌクレアーゼフリーの分子生物学グレードの水に溶解し、-80℃で保存してください。 ※ サンプルは、DNase処理を行うことを推奨いたします。 価格 本サービスのご依頼方法、注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご一読ください。 サービス名 生物種 税別価格 カタログ＃ N6-メチルアデノシトシン（m6A）修飾 Small RNA Modification Array （m6A）受託解析サービス ヒト ￥180,000 F-AS-RMH1-［サンプル数］ マウス ￥180,000 F-AS-RMM1-［サンプル数］ ラット ￥180,000 F-AS-RMR1-［サンプル数］ 7-メチルグアノシン（m7G）修飾 Small RNA Modification Array （m7G）受託解析サービス ヒト ￥180,000 F-AS-RMH2-［サンプル数］ マウス ￥180,000 F-AS-RMM2-［サンプル数］ ラット ￥180,000 F-AS-RMR2-［サンプル数］ 8-オキソグアニン（o8G）修飾 Small RNA Modification Array （o8G）受託解析サービス ヒト ￥180,000 F-AS-RMH3-［サンプル数］ マウス ￥180,000 F-AS-RMM3-［サンプル数］ ラット ￥180,000 F-AS-RMR3-［サンプル数］ シュードウリジン（ψ）修飾 Small RNA Modification Array （ψ）受託解析サービス ヒト ￥180,000 F-AS-RMH4-［サンプル数］ マウス ￥180,000 F-AS-RMM4-［サンプル数］ ラット ￥180,000 F-AS-RMR4-［サンプル数］ 5-メチルシチジン（m5C）修飾 Small RNA Modification Array （m5C）受託解析サービス ヒト ￥180,000 F-AS-RMH5-［サンプル数］ マウス ￥180,000 F-AS-RMM5-［サンプル数］ ラット ￥180,000 F-AS-RMR5-［サンプル数］ N1-メチルアデノシトシン（m1A）修飾 Small RNA Modification Array （m1A）受託解析サービス ヒト ￥180,000 F-AS-RMH6-［サンプル数］ マウス ￥180,000 F-AS-RMM6-［サンプル数］ ラット ￥180,000 F-AS-RMR6-［サンプル数］ ※この他、サンプルの海外輸送費が別途必要となります。 ＊本サイトの情報は、Arraystar社のHomepageの情報を一部引用しております。 【お問合せ】 受託解析部 Phone 052-624-4388 https://filgen.jp/ Copyright (C) Filgen, Inc.　All Rights Reserved.