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+ CLC bio
CLC bio Bioinformatics Solution
CLC bio Next Generation Sequencing Solution
Desktop Software
CLC Genomics Workbench
CLC Main Workbench
Enterprise Solutions
CLC Genomics Server
Plug-in
CLC MLST Module
CLC Genome Finishing Module
CLC Microbial Genomics Module
プラグイン一覧


 QIAGEN社/CLC bio製品のソフトウェア単体販売からインテグレーションまで、すべて取り扱える正規販売代理店です。

CLC bio Bioinformatics Solution
フィルジェンでは、QIAGEN社/CLC bioの日本における正規販売代理店として、CLC bioの各種バイオインフォマティクスソリューションの販売とサポートを行っております。CLC bio社は、DNA、RNA、タンパク質をはじめとする各種配列解析に対応したソフトウェアの他、最先端のテクノロジーである次世代シークエンシング(NGS)分野においても世界を牽引するバイオインフォマティクスソリューションプロバイダーです。


【CLC bio Bioinformatics Solution一覧】

以下の製品名をクリックして、詳細情報をご参照ください。
CLC bio Next Generation Sequencing Solution
最先端テクノロジーである次世代シークエンシング(NGS)解析では、従来のサンガー法と比べて読取りリードが短く、これまでにない膨大な配列情報が得られることがその特徴になります。そして、これまでの配列解析という位置づけだけでなく、ゲノムスケールでの豊富なアプリケーション解析にも対応可能であり、これらのデータ解析にも対応した解析ソリューションが求められています。
CLC bio社は、次世代シークエンシング解析の分野において、包括的な解析ソリューションを提供している世界的なリーディングカンパニーです。この次世代シークエンシングソリューションの核となるのが、”CLC Genomics Workbench”です。このソフトウェアはあらゆる次世代シークエンサー(次世代シーケンサー)のプラットフォームデータに対応し、アセンブルやマッピング各種データ解析が可能です。また、次世代シークエンシングデータに対応した発現解析モジュールを搭載しており、Digital Gene Expressionなどのアプリケーション解析も行うことが可能です。さらに、CLC bio社で提供されているDNA, RNA, Proteinなどすべての解析モジュールも搭載されたマルチな統合配列解析ソフトウェアです。その他にも、膨大なデータの高速アセンブルやデータの共有化をはじめとする各種ソリューションをご提供しています。
Desktop Software CLC Genomics Workbench
CLC Genomics Workbenchは、CLC Main Workbenchの機能に加え、サンガー、Roche GS FLX、illumina Genome Analyzer、Helicos、およびSOLiDなどの次世代シークエンシングのデータ解析にも対応した統合配列解析ソフトウェアです。ショートリード、ペアエンドリードなどの各種リードに対応し、膨大なデータのアセンブルが可能です。SNP解析やDigital Gene Expressionなどにも対応しています。
また、2018年12月時点で、「Biomedical Genomics Workbench」の機能を統合しました。
CLC Main Workbench
CLC Main Workbenchは、DNA、RNA、Proteinなどの配列解析機能に加え、マイクロアレイなどのExpression Analysisにも対応した統合配列解析ソフトウェアです。

【DNA配列解析機能】
円滑なデータ管理、グラフィカルな視覚・出力オプションを搭載した、多種類の高度なDNA配列解析ができるソフトウェア環境を提供します。CLC Sequence Viewerの機能に加え、プライマーデザイン、DNA配列データのアセンブル、分子クローニングなどの機能を多数搭載しています。

【RNA配列解析機能】
RNAの構造を予測するためのハイパフォーマンスなソフトウェアで、RNA二次構造の予測/編集や構造におけるエネルギー分布の可視化、RNA構造部分の表示などの機能を多数搭載しています。

【Protein配列解析機能】
タンパク質の二次構造予測、三次元分子ビュー、抗原性解析、ローカルデータベースに対するBLASTなどの機能を多数搭載しています。
Enterprise Solutions

CLC Genomics Server
次世代シークエンシング解析を強力にサポートするサーバー用ソフトウェアです。
Plug-in CLC MLST Module
バクテリアや微生物の亜種決定及び解析を行うためのMLST(Multi Locus Sequense Typing)専用の解析モジュールです。グラフィカルなユーザーインターフェイスで容易に解析を行うことができます。
CLC Genome Finishing Module スモールゲノム解析のためのフィニッシングモジュールです。
微生物などにおける高品質なゲノム配列決定や完全配列を得ることを目的としたGenome Finishingのためのプラグインです。De Novo アセンブル後、作成されたコンティグをつなげたり、間違ってつながっている様なところを修正するリシークエンスのためのプライマー設計などが行えるツールです。作成されたコンティグを近縁種にマップして、つなげていくアプローチと、コンティグ同士の類似度を比較してつなげていくなどのアプローチが可能です。
プラグイン一覧 CLC Genomics Workbenchに搭載されていない様々な解析ツールやサードパーティーのソフトウェアとの連携を行うための無償プラグインをご提供しております。


【CLC Workbench搭載機能比較一覧】
CLC Genomics Workbenchには、CLC Main Workbenchに含まれるすべての配列解析機能が搭載されています。各CLC Workbenchの主要な機能につきましては、下記の「CLC Workbench搭載機能比較一覧」をご覧ください。
各CLC Workbenchの詳細につきましては、以下の個別のページをご覧ください。
 *CLC Genomics Workbench

 *CLC Main Workbench

CLC Workbench 搭載機能比較一覧
Next Generation Sequencing analysis
De novo assembly /Reference assembly(Next Generation sequencing data) -
Advanced SNP detection / SNP reporting / Advanced DIP detection / DIP reporting -
ChIP Sequence/small・microRNA Analysis -
Quality reporting and statistics on raw data(Next Generation Sequencing data) -
Tag-based Read Separation -
mRNA Sequence / Expression Profiling by Tags(Digital Gene Expression) -
Gene Expression analysis
GEO・Affymetrix Microarray・immumina Data Import
Transformation and Normalization / T-tests・ANOVA・FDR corrected
Heat map / Histogram / Scatter plot・MA plot・Box plot・Volcano plot
Clustering algorithms
(hierarchical clustering, k-means, Partitioning Around Medoids(PAM))
Gene Set Enrichment Analysis(GSEA) / Annotation tests(the Gene Ontology or KEGG)
Traditional Expression Arrays Analysis / Digital Gene Expression Analysis
RNA secondary structure
Secondary structure prediction / Graphical view and editing of secondary structure
Tabular view of structures and energy contributions
Symbolic representation in sequence view
BLAST searches
BLAST searches / Web-based sequence search using BLAST / Create lacal BLAST databeses
Table view of BLAST results / Graphical view of BLAST search
Database searches
GenBank Entrez searches
PubMed lookup / Web-based lookup of sequence data
UniProt searches(Swiss-Prot / TrEMBL)
Protein analysis

Integrated 3D molecule viewer1 / Simultaneous view of sequences in 2D and 3D
Hydrophobicity analysis
Antigenicity analysis / Protein charge analysis / PEAM domain search
Reverse translation from protein to DNA
Proteolytic cleavage detection, Prediction of signal peptides(SignalP)
Transmembrane helix prediction(TMHMM) / Secondary protein structure prediction
Primer design
Advanced and automated primer design tools / Detailed primer and probe parameters
Support for Standard PCR / Nested PCR / TaqMan® PCR / Sequencing primers
Alignment based primer design / TaqMan® probe design
Assembly of sequencing data
Advanced contig assembly / Importing, viewing, and editing trace data
Trim sequences, Assemble without use of reference sequence
Assemble to an existing contig / Viewing contigs, Editing contigs
Molecular cloning
Advanced molecular cloning
Graphical display of in silico cloning
Advanced sequence manipulation
General sequence analysis

Linear sequence view / Circular sequence view / Text based sequence view
Adding and editing sequence annotations
Sequence statistics
Local complexity region analysis
Advanced protein statistics
Comprehensive protein characteristics report
Nucleotide analysis
Basic gene finding / Reverse complement without loss of annotation
Advanced interactive restriction site analysis / Translation of sequences from DNA to proteins
G/C content analysis and graphs
Sequence alignment

Multiple sequence alignments(Two proprietary algorithms)
ClustalW / Muscle / T-Coffee / MAFFT /Kalign
Advanced re-alignment and fix-point alignment options
Advanced alignment editing options
Consensus sequence determination and management / Conservation score along sequences
Sequence logo graphs along DNA, RNA, and Protein alignments/ Gap fraction graphs
Pattern discovery
Search for sequence match
Search for sequence match / Pattern discovery
Motif search for basic patterns / Motif search with regular expressions / PROSITE patterns


【System requirements】
下記のCLC Bio(QIAGEN)のホームページをご参照下さい。
https://www.qiagenbioinformatics.com/system-requirements/


【トライアル版のダウンロード】
下記のCLC bio社のHomepageより、CLC bio製各種ソフトウェアのトライアル版をダウンロードすることができます。
https://www.qiagenbioinformatics.com/product-downloads/


【ライセンスの種類】 *固定ライセンスとネットワークライセンス
CLC bio Workbenchシリーズのソフトウェアには、固定ライセンスとネットワークライセンスの2種類があります。固定ライセンスは、使用するコンピュータが限定されるタイプです。ネットワークライセンスは、社内(あるいは学内)LANの環境下で付属のLicense Server(ソフトウェア)を使ってライセンスを管理するタイプで、LANに接続しているコンピュータであれば、どのコンピュータにもWorkbenchソフトウェアをインストールしてお使い頂けます。ただし、同時に使用できるのは、1ライセンスにつき1ユーザーとなります。ネットワークライセンスを複数ライセンスお持ちの場合は、同時に使用できるライセンス数が増えます。
また、このネットワークライセンスには、「Borrow License」という機能があり、ノートパソコンでこの設定を行えば、一定期間オフラインでソフトウェアをご使用になることができます。こちらは、出張・外出先などでソフトウェアをお使いになりたい時に、大変便利な機能です。また、リモートデスクトップやVPN-Gatewayを利用するとWeb経由でソフトウェアを利用することが可能です。


【サポート体制】
安心・充実のサポート体制

ソフトウェアの価格には、購入後1年間のテクニカルサポートとアップグレードの費用が含まれております。この期間中は、ソフトウェアに関するご質問をメールまたはお電話にて承ります。
さらに、ソフトウェアをよりご活用いただくために、お客様のコンピューターを使用して、「CLC Genomics Workbench」の現地取り扱い説明会を有償で実施しております。
ご希望の場合は、弊社までお問合せください。

安心・充実のサ
インテグレーション&サポートサービス

CLC Genomics Workbenchなどを、研究の目的に合致したコンピューターへプレインストールして販売しています。
 ⇒詳細情報


お問い合わせ バイオインフォマティクス部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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