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Home製品・サービス情報バイオインフォマティクス・ソフトウェアCLC bio Bioinformatics Solution>CLC Genomics Workbench Premium Module

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CLC Genomics Workbench Premium Module

(注目製品)

 QIAGEN社/CLC bio製品のソフトウェア単体販売からインテグレーションまで、すべて取り扱える正規販売代理店です。

NGS Bioinformatics Solution
CLC Genomics Workbench Premium Module

CLC Genomics Workbench Premium Module は、CLC bio ソフトウェア用の機能拡張用プラグインです。以下3種類のプラグインの機能が利用可能です。
・CLC Microbial Genomics Module
・CLC Genome Finishing Module
・CLC Single Cell Analysis Module


微生物ゲノム解析用モジュール
   CLC Microbial Genomics Module


CLC Microbial Genomics Moduleは、次世代シークエンサーを用いた微生物ゲノム解析用のプラグインです。16S rRNAやショットガンメタゲノムデータを用いた菌種組成解析と、メタゲノムデータによる病原菌のタイピングや疫学解析ツール、遺伝子機能解析ツールが利用可能になります。バクテリアやウイルスなど、解析に使用するリファレンスゲノムデータの専用のダウンロードツールも搭載し、また解析パイプラインのワークフローが最初から組み込まれているため、簡単な操作で解析を行うことができます。

【搭載アプリケーション】


Amplicon-Based OTU Clustering
16S rRNAなどアンプリコンシークエンスデータの各種QCチェックおよびOTUクラスタリングによる菌種組成解析
Taxonomic Analysis
ショットガンメタゲノムデータを用いた、宿主ゲノム配列データの除去および菌種組成解析
Functional Analysis
メタゲノムシークエンスデータのDe Novoアセンブル
BLAST検索、Pfamドメイン検索による遺伝子機能アノテーション付けと組成解析
Abundance Analysis
菌種組成データからのα多様性とβ多様性の計算
菌種または遺伝子機能組成データからの、サンプル間比較やヒートマップ作成
Typing and Epidemiology(ベータ版)
NGS-MLST(Multi Locus Sequence Typing)解析による病原菌のタイピングおよび薬剤耐性の確認
K-mer Treeによる複数菌種のゲノム配列の類似度の比較
SNP Treeによる分子系統樹の作成
Databases
NCBIからの、バクテリアやウイルスなどのゲノム配列データの一括ダウンロード
Greengenes、SILVA、UNITEなどのOTU配列データ、MLSTスキーマや薬剤耐性遺伝子配列データのダウンロード
 
(クリックして拡大)
 

ゲノムフィニッシング解析用モジュール
   CLC Genome Finishing Module


主にスモールサイズゲノムにおける、高品質な完全長ゲノム配列を得ることを目的としたGenome Finishingを行うためのプラグインです。De Novoアセンブルによって作成されたコンティグ配列をもとに、コンティグ同士の結合、近縁種ゲノムへのマッピング、プライマー設計などを行うための各種ツールが搭載されています。また、このプラグインを導入することで、PacBio SMRTのロングリードを使用した、リード配列のエラー補正とアセンブルが実行できる様になり、PacBioロングリードによるDe Novoアセンブル用の解析パイプラインも標準搭載されています。

【主な特長】
コンティグ配列における、リファレンス配列または、コンティグ配列自身へのアライメント
コンティグ配列同士の結合
コンティグ配列におけるミスアセンブル、低カバレッジ領域、ペアリード配列のマッピング状況などの確認
PCRプライマーの自動設計
PacBioリングリード配列データのインポート
PacBioロングリード配列データのエラー補正およびアセンブル
PacBio De Novoアセンブル用の解析パイプライン


シングルセルRNA-Seq解析用モジュール
   CLC Single Cell Analysis Module


シングルセルRNA-Seq(scRNA-Seq)サンプルの分析を目的としたプラグインです。品質管理と正規化、ノイズリダクションと特徴選択、クラスタリング、細胞型予測、および差次的発現ツールを搭載しています。QIAGEN Cell Ontology に基づいて分類された、独自のヒトとマウスの大規模なシングルセルプロジェクトを用いて、個々の細胞にアノテーションを行うことが可能です。

◆matrixデータの作成
◆データのQC/正規化
◆UMAPまたはtSNEによる発現データの視覚化
◆クラスタリング
◆細胞型の予測
◆Differential Expression

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価格


商品名 ライセンスタイプ 税別価格 カタログ#
CLC Genomics Workbench Premium module 固定年間ライセンス/アカデミック お問合せ お問合せ
固定年間ライセンス/コマーシャル お問合せ お問合せ
ネットワーク年間ライセンス/アカデミック お問合せ お問合せ
ネットワーク年間ライセンス/コマーシャル お問合せ お問合せ
* 本商品は、CLC Genomics Workbenchの機能拡張用モジュールです。本商品単独では使用できませんので、ご注意ください。
* テクニカルサポートは、電話あるいは電子メールで対応いたします。
* 固定ライセンスは、搭載CPUの論理コア数が64コアを超えるコンピュータへのインストールと、リモート操作による使用はできません。
* データベースからのデータのダウンロードを行う際に、インターネット接続が必要です。

お問い合わせ バイオインフォマティクス部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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