製品・サービス情報
|
|
QIAGEN社/CLC bio製品のソフトウェア単体販売からインテグレーションまで、すべて取り扱える正規販売代理店です。
NGS Bioinformatics Solution
CLC Genomics Workbench用プラグイン |
|
 |
以下にご紹介するソフトウェアは、以下のソフトウェアにPlug-inして使用するものです。従いまして、以下のソフトウェアも必要となります。
・CLC Genomics Workbench
・CLC Biomedical Genomics Workbench(MLST Module, Microbial Finishing Module
などは、使用できません。)
・CLC Main Workbench |
 微生物ゲノム解析用モジュール
CLC Microbial Genomics Module
|
 |
|
CLC Microbial Genomics Moduleは、次世代シークエンサーを用いた微生物ゲノム解析用のプラグインです。16S rRNAやショットガンメタゲノムデータを用いた菌種組成解析と、メタゲノムデータによる病原菌のタイピングや疫学解析ツール、遺伝子機能解析ツールが利用可能になります。バクテリアやウイルスなど、解析に使用するリファレンスゲノムデータの専用のダウンロードツールも搭載し、また解析パイプラインのワークフローが最初から組み込まれているため、簡単な操作で解析を行うことができます。 |
【搭載アプリケーション】
Amplicon-Based OTU Clustering
| ・ |
16S rRNAなどアンプリコンシークエンスデータの各種QCチェックおよびOTUクラスタリングによる菌種組成解析 |
Taxonomic Analysis
| ・ |
ショットガンメタゲノムデータを用いた、宿主ゲノム配列データの除去および菌種組成解析 |
Functional Analysis
| ・ |
メタゲノムシークエンスデータのDe Novoアセンブル |
| ・ |
BLAST検索、Pfamドメイン検索による遺伝子機能アノテーション付けと組成解析 |
Abundance Analysis
| ・ |
菌種組成データからのα多様性とβ多様性の計算 |
| ・ |
菌種または遺伝子機能組成データからの、サンプル間比較やヒートマップ作成 |
Typing and Epidemiology（ベータ版）
| ・ |
NGS-MLST（Multi Locus Sequence Typing）解析による病原菌のタイピングおよび薬剤耐性の確認 |
| ・ |
K-mer Treeによる複数菌種のゲノム配列の類似度の比較 |
| ・ |
SNP Treeによる分子系統樹の作成 |
Databases
| ・ |
NCBIからの、バクテリアやウイルスなどのゲノム配列データの一括ダウンロード |
| ・ |
Greengenes、SILVA、UNITEなどのOTU配列データ、MLSTスキーマや薬剤耐性遺伝子配列データのダウンロード |
| ・ |
カスタムデータからのデータベース作成 |
|
|
（クリックして拡大） |
|
|
| |
（アプリケーションの詳細）
・Amplicon-Based OTU Clustering
16S/18S rRNAやITS、さらにQIIMEフォーマットで作成されたカスタムメイドのFASTA配列データをリファレンスとして使用し、アンプリコンシークエンスデータによる、サンプル中の菌種組成解析を行います。アダプター配列の除去や、ペアリード配列のマージ、さらにリード配列のトリミングなどの各種QCチェックを行い、最終的にOTU（Operational
Taxonomical Units)クラスタリングによって、菌種の組成データを得ます。菌種組成データは、テーブル形式の表示の他、バーチャートやエリアチャート、さらにサンバースト図など様々な形式で表示でき、またサンプルのメタデータの情報に基づき、各サンプルをグループごとに統合して表示することも可能です。 |
|
（クリックして拡大） |
| |
・Taxonomic Analysis
ショットガンメタゲノムデータを使用し、サンプル中の菌種などの生物分類の組成を解析します。専用のダウンロード用ツールを用いることで、細菌やウイルスなど、リファレンスとなるゲノム配列データを容易にダウンロードでき、またカスタムメイドで作成したリファレンスデータを使用して、解析を行うことも可能です。また、サンプルの宿主ゲノム配列データを登録することで、シークエンスデータから宿主ゲノム由来の配列の除去を行っての解析が可能です。Amplicon-Based
OTU Clusteringと同様に、テーブル形式の表示の他、バーチャートやエリアチャート、さらにサンバースト図での解析結果の表示が可能です。 |
|
（クリックして拡大） |
|
・Functional Analysis
ショットガンメタゲノムデータを使用し、サンプル中に含まれるシークエンスデータの、遺伝子機能組成の解析を行います。メタゲノムデータ専用のDe Novoアセンブリツールを搭載し、サンプルごとのコンティグ配列データの作成や、別途有償プラグインの「MetaGeneMark」によるたんぱく質コード領域のアノテーション付け、さらにBLASTによる相同性検索に基づいた、Gene Ontologyの遺伝子機能情報やPfam domein情報の付加を実行することが可能です。
|
|
（クリックして拡大） |
|
・Avandance Analysis
「Amplicon-Based OTU Clustering」「Taxonomic Analysis」「Functional Analysis」により作成した、菌種や遺伝子機能の組成データを基に、サンプル間比較の統計処理やα多様性/β多様性の計算、さらにグラフ作成による各種ビジュアライゼーションを行います。グラフ表示の際は、サンプルのメタデータによるグループ情報のラベル表示が可能で、サンプルの分類情報などを視覚的に確認することが可能です。
|
|
（クリックして拡大） |
（クリックして拡大） |
（クリックして拡大） |
|
・Typing and Epidemiology
次世代シークエンサーを利用したMLST（Multi Locus Sequence Typing）解析による病原菌の菌種を決定するタイピングを行います。タイピングと同時に、サンプルの薬剤耐性遺伝子の有無も同時に確認することができ、公共データベースに登録されている薬剤耐性遺伝子のデータ以外にも、カスタムメイドの遺伝子データを用いることも可能です。また、サンプルのシークエンスデータと、データベースに登録されている微生物ゲノム配列データを比較したK-mer
Tree、サンプルのSNP検出による遺伝子型データに基づいたSNP Treeを作成することができ、これらの系統樹解析用のツールを使用して、微生物ゲノムデータを用いた疫学研究を行うことも可能です。 |
|
（クリックして拡大） |
|
（クリックして拡大） |
|
・Databases
本プラグインで使用するリファレンスデータを取得するための、様々なダウンロード用ツールが利用できます。公共データベースに登録されている、細菌やウイルスなどのゲノム配列データ、アンプリコンデータ、各種遺伝子データなどを、希望のデータセットなどを指定するだけで簡単にダウンロードでき、各アプリケーションで使用可能です。また、ユーザー独自作成のデータファイルをインポートし、本プラグインで使用できるフォーマットに変換を行うためのツールも搭載しており、ユーザーカスタムメイドのリファレンスデータを使用したデータ解析に利用することが可能です。
|
|
（クリックして拡大） |
（クリックして拡大） |
（クリックして拡大） |
【メーカー提供資料】
【セミナー資料（PDFファイル)】
|
CLC Microbial Genomics Module ウェブトレーニングセミナー（2018年12月7日）
・微生物プロファイル解析編 |
 |
| CLC bio プラグインを用いた微生物ゲノム配列決定とアノテーション解析（2018年11月30日） |
|
フィルジェン Webセミナー（2018年2月2日）
・2017年11月 CLC bio製品バージョンアップ情報 |
|
CLC Microbial Genomics Module ウェブトレーニングセミナー（2017年7月21日）
・病原菌タイピング解析編 |
|
CLC Genomics Workbench ハンズオントレーニング名古屋（2016年7月22日）
・微生物ゲノム編 |
|
| 新製品 Microbial Genomics Module を使ったメタゲノム解析（2015年7月30日） |
|
NGS MLSTを使った病原菌タイピングと今後の微生物ゲノム解析開発プランについて
（2016年2月16日） |
|
|
【価格】
|
| 商品名 |
ライセンスタイプ |
税別価格 |
カタログ# |
| CLC Microbial Genomics Module |
固定年間ライセンス/アカデミック |
￥260,000 |
F-CLC-MGM1Y |
| 固定年間ライセンス/コマーシャル |
￥396,000 |
F-CLC-MGM1Y-C |
| ネットワーク年間ライセンス/アカデミック |
￥396,000 |
F-CLC-MGMN1Y |
| ネットワーク年間ライセンス/コマーシャル |
￥660,000 |
F-CLC-MGMN1Y-C |
| * |
本商品は、CLC Genomics Workbenchの機能拡張用モジュールです。本商品単独では使用できませんので、ご注意ください。 |
| * |
テクニカルサポートは、電話あるいは電子メールで対応いたします。 |
| * |
固定ライセンスは、搭載CPUの論理コア数が64コアを超えるコンピュータへのインストールと、リモート操作による使用はできません。 |
| * |
データベースからのデータのダウンロードを行う際に、インターネット接続が必要です。 |
|
|
 プラグイン一覧
|
