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GeneChip の選択
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組織や細胞からのTotalRNA抽出
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QCシートとともにお送りいただいた、組織や細胞から、TotalRNAを抽出します。
オプション作業(税別￥15,000/サンプル）となります。 |
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サンプルの品質チェック
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お送り頂いたサンプルは、Agilent 4150 TapeStation または Agilent 2100 Bioanalyzer により、品質（QC;Quality
Control）チェックを行います。
RNA QCチェック結果が基準値以下の場合は、サンプルの再提出をお願いすることがあります。再提出分は、基準値以下のサンプル数分無償対応いたしますが、それ以降は有償となりますので、予めご了承ください。実験を中止する場合は、そこまでにかかったRNA抽出費用やQCチェック費用をご請求いたします。 |
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サンプルの増幅、蛍光標識、品質チェック
・ClariomTM D Assay/ClarionTM S Assay/Exon ST Array/Gene ST Array
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GeneChipTM WT PLUS Reagent Kit で、ｃDNAを合成・精製し、In vitro transcriptionとT7RNA増幅を行い、GeneChipTM Hybridization, Wash, and Stain Kitで、ｃRNAのフラグメント処理とラベリングを行います。
オプションの「真核生物由来の微量RNAからの増幅作業」をお申し込み頂いた場合は、GeneChipTM WT Pico Reagent Kitを使用して、RNAの増幅を行います。
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・3'IVT Array
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（真核生物の場合）
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GeneChipTM 3'IVT PLUS Reagent Kit で、ｃDNAを合成・精製し、In vitro transcriptionとT7RNA増幅及びラベリングを行い、GeneChipTM Hybridization, Wash, and Stain Kitで、aRNAのフラグメント処理を行います。
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ハイブリダイゼーション
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調整したサンプルを、自動化されたシステム（GeneChipTM Scanner 3000 7G System）を用いて、ハイブリダイゼーション、洗浄・染色を行います。
単色法のみの対応となります。 |
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GeneChip® Scanner 3000 7G System
for Affymetrix GeneChip® Array |
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スキャンニング・データ解析（数値化）
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GeneChipTM Scanner 3000 7G にて、ハイブリダイゼーション後のGeneChipTMをスキャンニングし、画像ファイルを数値データに変換し、バックグラウンド減算、ノーマライズ、発現比の算出などを行います。また、グループ比較の場合、統計検定データ（P-value）も標準で添付しています。（ClariomTM D Assay について、エクソンレベルの解析データは、「Transcriptome Analysis Console(TAC) Software」にて解析、閲覧を行ってください。
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| RNA品質チェックデータ（BioAnalyzer） |
数値解析データ（EXCEL）/スキャッタープロット図 |
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解析内容と実験の流れ
