製品・サービス情報
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遺伝子発現解析
GeneChipTM Arrays 受託解析サービス -解析内容と実験の流れ- |
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微量サンプルをお送り頂き、ご希望のアレイを用いて実験を行い、データ解析結果（EXCELシート上でのデータ解析結果）を、オリジナルデータ解析ソフトウェア「MicroArray Data Analysis tool」を添付して、ご返却するサービスです。
GeneChipTM(Thermo Fisher Scientific(applied biosystems)の豊富なラインナップから、ご必要なアレイをお選びいただけます。 |
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 解析内容と実験の流れ
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GeneChip の選択
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組織や細胞からのTotalRNA抽出
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QCシートとともにお送りいただいた、組織や細胞から、TotalRNAを抽出します。
オプション作業(税別￥15,000/サンプル）となります。 |
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サンプルの品質チェック
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お送り頂いたサンプルは、Agilent2100バイオアナライザと分光光度計により、品質（QC;Quality
Control）チェックを行います。
RNA QCチェック結果が基準値以下の場合は、サンプルの再提出をお願いすることがあります。再RNA抽出は、有償となります。また、再QCチェックは、基本的には無料ですが、3回目以降は有償（「30,000円/1回・12サンプル」までとなります。実験を中止する場合は、そこまでにかかったRNA抽出費用やQCチェック費用をご請求させて頂きます。 |
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サンプルの増幅、蛍光標識、品質チェック
・ClariomTM D Assay/ClarionTM S Assay/Exon ST Array/Gene ST Array
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GeneChipTM WT PLUS Reagent Kit で、ｃDNAを合成・精製し、In vitro transcriptionとT7RNA増幅を行い、GeneChipTM Hybridization, Wash, and Stain Kitで、ｃRNAのフラグメント処理とラベリングを行います。
オプションの「真核生物由来の微量RNAからの増幅作業」をお申し込み頂いた場合は、GeneChipTM WT Pico Reagent Kitを使用して、RNAの増幅を行います。
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・3'IVT Array
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（真核生物の場合）
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GeneChipTM 3'IVT PLUS Reagent Kit で、ｃDNAを合成・精製し、In vitro transcriptionとT7RNA増幅及びラベリングを行い、GeneChipTM Hybridization, Wash, and Stain Kitで、aRNAのフラグメント処理を行います。
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ハイブリダイゼーション
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調整したサンプルを、自動化されたシステム（GeneChipTM Scanner 3000 7G System）を用いて、ハイブリダイゼーション、洗浄・染色を行います。
単色法のみの対応となります。 |
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GeneChip® Scanner 3000 7G System
for Affymetrix GeneChip® Array |
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スキャンニング・データ解析（数値化）
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GeneChipTM Scanner 3000 7Gにて、ハイブリダイゼーション後のGeneChipTMをスキャンニングし、画像ファイルを数値データに変換し、バックグラウンド減算、ノーマライズ、発現比の算出などを行い、Microarray Data Analysis tool（弊社オリジナル解析ソフトウェア）で読み込める形式に変換します。また、グループ比較の場合、統計検定データ（P-value）も標準で添付しています。（ClariomTM D Assay について、Exon Level の解析は、専用解析ソフトウェア「Transcriptome Analysis Console(TAC)
Software（Thermo Fisher Scientific Inc.）」をご使用ください。）
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| RNA品質チェックデータ（BioAnalyzer） |
数値解析データ（EXCEL）/スキャッタープロット図 |
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解析データのご報告
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データ解析結果を、CD-ROMに収めて、ご報告致します。
納期は、以下の通りとなります。
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アレイ在庫が社内にある場合は、サンプル到着後、15～20営業日程度。
（Human, Mouse の「Clariom S Array」「Gene ST Array」、Humanの「3'IVT Array」については、常時社内に在庫を保有しております。） |
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アレイ在庫が社内にない場合は、別途アレイの入荷に2週間程度かかります。 |
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データの見方や考え方など、ご不明な点については、お電話やメールのやり取りをご納得頂けるまでさせて頂いております。
また、ユーザーのご要望を集めて開発した当社オリジナルのアレイデータ解析ソフトウェア「Microarray Data Analysis tool」を無償で同送しております。（ClariomTM D Assay について、Exon Level の解析は、専用解析ソフトウェア「Transcriptome Analysis Console(TAC) Software（Thermo Fisher Scientific Inc.）」をご使用ください。）
本ソフトウェアを用いれば、簡単にお客様の必要なデータ抽出やGene Ontology解析（機能別遺伝子解析）やPathway解析、統計検定、公共データベースへのハイパーリンク機能による遺伝子情報取得が可能です。
Human, Mouse, Rat以外は、Gene Ontology解析（機能別遺伝子解析）やPathway解析は非対応となります。必要な際には、データマイニングサービスをご利用ください。
また、「Cluster、Treeview（統計解析フリーソフトウェア）」に準拠したフォーマットデータの出力も可能で、統計解析まで簡単にご自分で行っていただけます。
*オプション抽出サービスをお申し込み頂いた場合は、別途抽出サービスの納期（通常、キット及びサンプル受け入れ後、5～10営業日）が追加となります。
*サンプル数、オプション作業の追加などにより、標準納期より、お時間を頂戴する場合があります。
詳しくは、担当までお問い合わせください。 |
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データマイニング
・ご自身でデータ解析や統計解析される方のために・・・（無償サービス）
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当社の受託解析データに対応した専用ソフトウェア「Microarray Data Analysis tool」を無償でご提供いたしております。
遺伝子機能別解析や、各公共データベースへのハイパーリンクや、便利なグラフィック機能、統計検定機能、フィルタリング機能、外部データマッチング機能、Gene
Ontology解析機能、Pathway機能分類表示機能などを、ユーザーフレンドリーにお使い頂けます。本ソフトウェアで排出したデータは、スタンフォード大学から提供されているフリーソフト「Cluster」及び「Tree
View」で読み込むことができ、研究者自身で統計解析を行うことができます。
ソフトウェアを用いてご自身のPC（Windows）で解析していただけるため、インターネット上における解析に比べ、スピードやインターネット環境によるストレスなく、解析を行って頂けます。
（ClariomTM D Assay について、Exon Level の解析は、専用解析ソフトウェア「Transcriptome Analysis Console(TAC)
Software（Thermo Fisher Scientific Inc.）」をご使用ください。） |
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詳細は、こちら ≫≫≫ MicroArray Data Analysis Tool のご提供について（無償） |
・データマイニングサービスをご希望の方のために・・・（有償サービス）
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DNAマイクロアレイ実験から得られた膨大なデータをもとに、当社内のバイオインフォマティクス専門担当者によるデータマイニングサービスを有償提供しています。必要な解析項目をご選択頂き、作業を進めていくため、作業内容が明瞭でわかりやすく、安価にサービスをご利用頂けます。
詳細は、こちら ≫≫≫ データマイニングサービスのご提供について（有償） |
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