製品情報・受託サービス情報
What's New! 製品・サービス情報 ダウンロード e-mail_news登録   
会社情報
概要 ミッション アクセス リクルート 連絡先 ビジネスパートナー ライセンス 個人情報保護方針
Home製品・サービス情報受託サービスマイクロアレイ遺伝子発現解析>解析内容と実験の流れ

製品・サービス情報
  
受託サービス
サービス別ラインナップ
・マイクロアレイ
+ 遺伝子発現解析
GeneChipTM Arrays
- 概要・価格
- Performance
- 解析内容と実験の流れ
- サンプルの準備と送付
- QCシート
- Microarray Data Analysis tool
- データマイニング
- スキャンニング
+ CNVアレイ
+ PSC(多能性幹細胞)核型解析アレイ
+ Non-coding RNAアレイ
+ SNPジェノタイピングアレイ
+ DNAメチル化アレイ
+ ChIP-chipアレイ
  
科学機器
製品別ラインナップ
メーカー別ラインナップ
  
試薬・材料・消耗品
製品別ラインナップ
メーカー別ラインナップ
  
バイオインフォマティクス
ソフトウェア
製品別ラインナップ
メーカー別ラインナップ

遺伝子発現解析
GeneChip
TM Arrays 受託解析サービス -解析内容と実験の流れ-
概要・価格/Performance/解析内容と実験の流れ/サンプルの準備と送付/QCシート

微量サンプルをお送り頂き、ご希望のアレイを用いて実験を行い、データ解析結果(EXCELシート上でのデータ解析結果)を、オリジナルデータ解析ソフトウェア「MicroArray Data Analysis tool」を添付して、ご返却するサービスです。
GeneChipTM(Thermo Fisher Scientific(applied biosystems/affymetrix))の豊富なラインナップから、ご必要なアレイをお選びいただけます。


 解析内容と実験の流れ


1
Affymetrix GeneChipの選択

(GeneChipTM Arrays から、使用するDNAマイクロアレイをご選択頂きます。
2
組織や細胞からのTotalRNA抽出

QCシートとともにお送りいただいた、組織や細胞から、TotalRNAを抽出します。
オプション作業(税別¥15,000/サンプル)となります。
DNAマイクロアレイ受託解析のtotalRNA抽出
3
サンプルの品質チェック

お送り頂いたサンプルは、Agilent2100バイオアナライザと分光光度計により、品質(QC;Quality Control)チェックを行います。
RNA QCチェック結果が基準値以下の場合は、サンプルの再提出をお願いすることがあります。再RNA抽出は、有償となります。また、再QCチェックは、基本的には無料ですが、3回目以降は有償(「30,000円/1回・12サンプル」までとなります。実験を中止する場合は、そこまでにかかったRNA抽出費用やQCチェック費用をご請求させて頂きます。
DNAマイクロアレイ受託解析のRNA検定
4 サンプルの増幅、蛍光標識、品質チェック


ClariomTM D Assay/ClarionTM S Assay/Exon ST Array/Gene ST Array

GeneChipTM WT PLUS Reagent Kit で、cDNAを合成・精製し、In vitro transcriptionとT7RNA増幅を行い、GeneChipTM Hybridization, Wash, and Stain Kitで、cRNAのフラグメント処理とラベリングを行います。

オプションの「真核生物由来の微量RNAからの増幅作業」をお申し込み頂いた場合は、GeneChipTM WT Pico Reagent Kitを使用して、RNAの増幅を行います。

3'IVT Array

(真核生物の場合)
GeneChipTM 3'IVT PLUS Reagent Kit で、cDNAを合成・精製し、In vitro transcriptionとT7RNA増幅及びラベリングを行い、GeneChipTM Hybridization, Wash, and Stain Kitで、aRNAのフラグメント処理を行います。
5
ハイブリダイゼーション

調整したサンプルを、自動化されたシステム(GeneChipTM
Scanner 3000 7G System)を用いて、ハイブリダイゼーション、洗浄・染色を行います。
単色法のみの対応となります。

GeneChip® Scanner 3000 7G System
for Affymetrix GeneChip® Array
6
スキャンニング・データ解析(数値化)

GeneChipTM
Scanner 3000 7Gにて、ハイブリダイゼーション後のGeneChipTMをスキャンニングし、画像ファイルを数値データに変換し、バックグラウンド減算、ノーマライズ、発現比の算出などを行い、Microarray Data Analysis tool(弊社オリジナル解析ソフトウェア)で読み込める形式に変換します。また、グループ比較の場合、統計検定データ(P-value)も標準で添付しています。(ClariomTM D Assay について、Exon Level の解析は、専用解析ソフトウェア「Transcriptome Analysis Console(TAC) Software(Thermo Fisher Scientific Inc.)」をご使用ください。)
DNAマイクロアレイ受託解析のExcel数値データとスキャッタープロット図
RNA品質チェックデータ(BioAnalyzer) 数値解析データ(EXCEL)/スキャッタープロット図
7
解析データのご報告

データ解析結果を、CD-ROMに収めて、ご報告致します。

納期は、以下の通りとなります。

・アレイ在庫が社内にある場合は、サンプル到着後、15~20営業日程度。
 (Human, Mouse の「Clariom S Array」「Gene ST Array」、Humanの「3'IVT Array」については、常時社内に在庫を保有しております。)
・アレイ在庫が社内にない場合は、別途アレイの入荷に2週間程度かかります。

データの見方や考え方など、ご不明な点については、お電話やメールのやり取りをご納得頂けるまでさせて頂いております。
また、ユーザーのご要望を集めて開発した当社オリジナルのアレイデータ解析ソフトウェア「Microarray Data Analysis tool」を無償で同送しております。(Clariom
TM D Assay について、Exon Level の解析は、専用解析ソフトウェア「Transcriptome Analysis Console(TAC) Software(Thermo Fisher Scientific Inc.)」をご使用ください。)
本ソフトウェアを用いれば、簡単にお客様の必要なデータ抽出やGene Ontology解析(機能別遺伝子解析)やPathway解析、統計検定、公共データベースへのハイパーリンク機能による遺伝子情報取得が可能です。
Human, Mouse, Rat以外は、Gene Ontology解析(機能別遺伝子解析)やPathway解析は非対応となります。必要な際には、データマイニングサービスをご利用ください。
また、「Cluster、Treeview(統計解析フリーソフトウェア)」に準拠したフォーマットデータの出力も可能で、統計解析まで簡単にご自分で行っていただけます。
*オプション抽出サービスをお申し込み頂いた場合は、別途抽出サービスの納期(通常、キット及びサンプル受け入れ後、5~10営業日)が追加となります。
*サンプル数、オプション作業の追加などにより、標準納期より、お時間を頂戴する場合があります。
 詳しくは、担当までお問い合わせください。
8 データマイニング
ご自身でデータ解析や統計解析される方のために・・・(無償サービス)
当社の受託解析データに対応した専用ソフトウェア「Microarray Data Analysis tool」を無償でご提供いたしております。
遺伝子機能別解析や、各公共データベースへのハイパーリンクや、便利なグラフィック機能、統計検定機能、フィルタリング機能、外部データマッチング機能、Gene Ontology解析機能、Pathway機能分類表示機能などを、ユーザーフレンドリーにお使い頂けます。本ソフトウェアで排出したデータは、スタンフォード大学から提供されているフリーソフト「Cluster」及び「Tree View」で読み込むことができ、研究者自身で統計解析を行うことができます。
ソフトウェアを用いてご自身のPC(Windows)で解析していただけるため、インターネット上における解析に比べ、スピードやインターネット環境によるストレスなく、解析を行って頂けます。
(Clariom
TM D Assay について、Exon Level の解析は、専用解析ソフトウェア「Transcriptome Analysis Console(TAC) Software(Thermo Fisher Scientific Inc.)」をご使用ください。)
    詳細は、こちら ≫≫≫ MicroArray Data Analysis Tool のご提供について(無償)
データマイニングサービスをご希望の方のために・・・(有償サービス)
DNAマイクロアレイ実験から得られた膨大なデータをもとに、当社内のバイオインフォマティクス専門担当者によるデータマイニングサービスを有償提供しています。必要な解析項目をご選択頂き、作業を進めていくため、作業内容が明瞭でわかりやすく、安価にサービスをご利用頂けます。
  詳細は、こちら ≫≫≫ データマイニングサービスのご提供について(有償)

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
Copyright (C) 2004-2019 Filgen, Inc. All Rights Reserved.