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GeneChipTM Arrays
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- Microarray Data Analysis tool
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- スキャンニング
+ CNVアレイ
+ PSC(多能性幹細胞)核型解析アレイ
+ Non-coding RNAアレイ
+ SNPジェノタイピングアレイ
+ DNAメチル化アレイ
+ ChIP-chipアレイ
  
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遺伝子発現解析
GeneChip
TM Arrays 受託解析サービス -サンプルの準備と送付-
概要・価格/Performance/解析内容と実験の流れ/サンプルの準備と送付/QCシート

微量サンプルをお送り頂き、ご希望のアレイを用いて実験を行い、データ解析結果(EXCELシート上でのデータ解析結果)を、オリジナルデータ解析ソフトウェア「MicroArray Data Analysis tool」を添付して、ご返却するサービスです。
GeneChipTM Arrays(Thermo Fisher Scientific(applied biosystems/affymetrix))の豊富なラインナップから、ご必要なアレイをお選びいただけます。


  サンプルの準備と送付


サンプル種 真核生物 原核生物
微量RNAからの増幅作業
(オプション) *1
RNA増幅(標準) 
ご送付量 状態 ご送付量 状態 ご送付量 状態
組織 100ug以上 QIAzol
ペレット
50-100mg以上 TRIzol®
Isogen®
QIAzol
-
5-50mg以上 ペレット
QIAzol
細胞 1×104個以上 QIAzol
ペレット
5×106~1×107 TRIzol®
Isogen®
QIAzol
お問合せ お問合せ
1×106~1×107 ペレット
QIAzol
血液 - - 0.5~1mL以上 TRIzol® LS -
- - 2.5mL PAXgene® RNA採血管
FFPE
包埋組織
5~10μm切片
1~4枚
室温以下 20um切片4ヵ所、又は薄切していない35mg程度の中心部分のサンプル 室温以下 -
LCM - - - -
total RNA Recommended:
 5ng/μL以上
 5uL以上
Minimum:
 200pg/μL
 5uL以上
Nuclease-free Water 1ug以上
(0.1μg/uL程度)
Nuclease free Water 30ug以上
(0.1ug/μL程度)
Nuclease free Water
・O.D.260/O.D.280>1.6
・O.D.260/O.D.230>1.6
(O.D.値は、bufferによって大きく値が変わります。)

・RIN推奨値:7.0以上
・O.D.260/O.D.280>1.6
・O.D.260/O.D.230>1.6
(O.D.値は、bufferによって大きく値が変わります。)
・RIN推奨値:7.0以上
FFPE由来
Total RNA
(*1)
Recommended
 20ng/μL以上
 5μL以上
Minimum
 800pg/μL以上
 5μL以上
Nuclease-free
Water
-
・O.D.260/O.D.280>1.6
・O.D.260/O.D.230>1.6
(O.D.値は、bufferによって大きく値が変わります。)

・RIN推奨値:7.0以上
*1 Clariom D Assay, Gene ST Arrayでは、GeneChipTM WT Pico Reagent Kitを使用し、Clariom S Assay, 3' IVT Arrayでは、GeneChipTM Pico Reagent Kitを使用します。
TRIzol®」は、Thermo Fisher Scientific社製Cat.#15596-026です。ニッポンジーン社製「Isogen®」での受け入れも行っています。
その際、QCシート内「Lysis buffer」項にご記入ください。
 
Buffer RLT」は、QIAGEN社製Cat.#79216です。サンプルご送付の際、「β-Mercaptoethanol」を添加されることをお勧めします。詳細は、試薬添付資料をご参照ください。
TRIzol® LS」は、Thermo Fisher Scientific社製Cat.#10296-010です。
QIAzol Lysis Reagent」(QIAGEN, Cat.#79306)です。
「PAXgene RNA採血管」は、BD社製Cat.#762165です。
オプションの「真核生物由来の微量RNAからの増幅」では、GeneChip® WT Pico Reagent Kit(Clariom D Assay, Gene ST Array の真核生物にのみ対応)および、GeneChipTM Pico Reagent Kit(Clariom S Assay, 3' IVT Array の真核生物にのみ対応)を使用します。
オプションお申し込み時の標準追加納期は、6~11営業日です。キット社内在庫切れ時の入荷(通常2~3週間程度)やサンプル数などにより、納期にお時間を頂戴する場合があります。 
微量RNAのため、DNase処理されたサンプルをご用意ください。
RNA濃度測定において、UVスペクトルを用いた方法では、dsDNA、ssDNA、RNA、遊離ヌクレオチドなど、多くの核酸関連分子を同時に検出するため、濃度が不正確になる場合があります。蛍光アッセイによるRNA濃度測定方法で確認して頂くことをお勧めします。
弊社では、Agilent2100 Bioanalyzerを用いた品質チェック(RIN)のみを行います。ご送付サンプルの濃度やO.D.比などのチェックは行いませんので、サンプルご発送前に予めご確認の上、QCシートに必ずご記入ください。QCシートに未記入の項目がある場合、作業の着手が遅れる場合がありますので、ご注意ください。
オプションの「真核生物由来の微量RNAからの増幅」は、ポジティブコントロール(HeLa RNA:キット付属)も同時に増幅を行うことにより、作業工程の良否を判断いたします。
本追加オプションは、微量RNAからの増幅作業であり、増幅されたRNAの収量を保証しているものではありません。増幅されたRNAの収量に関わらず、作業料金をご請求いたします。
*1 FFPE由来のTotal RNAは、分解したピーク形状となり、この様なサンプルを用いて、実験~解析することになります。プロトコールに従って増幅作業を行いますが、増幅を保証するものではございません。増幅がかからない場合でも、作業費として全額をご請求させて頂きますので、予めご了承ください。


 RNA抽出サービスをお申込み頂いた場合のサンプル準備・調整方法
 (組織・細胞をご送付頂く場合)

RNA抽出サービスをご利用の方は、以下のプロトコール(参考例)に従って、サンプルをご準備ください。

ペレット状態でご準備頂く場合
組織 新鮮な組織片をチューブ(液体窒素耐性のあるもの)に移し、直ちに液体窒素で凍結する。
液体窒素中で保存するか、-80℃以下に保存する。
細胞 細胞1×106個~1×107個に対し、ご使用の培養液1mLを添加し、2,000rpm,2分遠心し、上清を除去する。
1×PBS 1mLをいれて洗浄し、2,000rpmで2分遠心し、上清除去を2回繰り返し、ペレットにしてチューブ底に集める。
液体窒素にて凍結後、液体窒素中で保存するか、-80℃以下に保存する。
TRIzol Reagent(Thermo Fisher Scientific, cat.#155596026)をご利用の上、ご準備頂く場合
組織 新鮮な組織50~100mgに対し、1mL TRIzol Reagent を添加し、Homogenizationを行う。
-80℃で保存する。
細胞 細胞5×106個~1×107個(真核生物の場合)に対し、ご使用の培養液1mLを添加し、2,000rpm,2分遠心し、上清を除去する。
1×PBS 1mLをいれて洗浄し、2,000rpm,2分遠心,上清を除去する(2回行う)。
ペレット(細胞5×106個~1×107個(真核生物の場合))に対し、1mL TRIzol Reagent をいれ、18~23Gの針をつけたプラスチックシリンジ(滅菌済みのものを使用)、あるいは、ピペット(滅菌済みチップを使用)を使い、サラサラの液になるまで、何回も針を通過させて液を上下させる。
-80℃で保存する。
備考: 血液やウイルス含有物など液体系サンプルの場合は、TRIzol LS Reagent(Invitrogen,cat.No.10296-010)をご利用ください。
Buffer RLT(QIAGEN,Cat.#79216)をご利用の場合
組織 新鮮な組織5~30mgに対し、600uLのBuffer RLTを添加し、ホモジナイズする。
-80℃で保存する。
細胞 細胞にご使用の培養液を適量添加し、2,000rpm,2分遠心し、上清を除去する。
1×PBS 1mLをいれて洗浄し、2,000rpm,2分遠心,上清を除去する(2回行う)。
細胞数に対して、以下のBuffer RLTを入れ、18Gの針をつけた滅菌済みプラスチックシリンジを使い、サラサラにした液になるまで何回も針を通過させて液を上下させる。
  5×10e6個~1×10e7個(真核生物の場合) ⇒ 600uL Buffer RLT
  1×10e6個~5×10e6個(真核生物の場合) ⇒ 350uL Buffer RLT
-80℃で保存する。


 備考、注意事項
  サンプルの発送は、必ず、「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。
以下の作業は、以下のオプション料金が必要となります。
totalRNA抽出作業(組織・細胞・PAXgene RNA採血管の場合):\15,000(税別)/サンプル
totalRNA抽出作業(TRIzol LSに入った血液の場合):\30,000(税別)/サンプル
ご使用頂くチューブ及びマーキングについて
RNAをご送付頂く場合、1.5mLエッペンドルフ型チューブをご使用ください。
組織や細胞をご送付頂く場合、適当な大きさのチューブ類をご利用ください。
チューブには、蓋上面と本体サイド面の両方に、油性マジックでサンプル名(QCシート内のTubeラベル項目)をご記入ください。また、シールを貼る場合、剥がれにくいシールを使用してください。なお、シールを貼る前に、チューブ自身にもサンプル名を油性マジックなどで記入してください。(これは、万一シールが剥がれた場合、サンプルを特定するために必要となります。)
サンプルは、必ずRNase-free/DNase-free H2Oに溶解してください。
界面活性剤・DEPC・高イオン強度(>10mM TE,>10mM NH4 Acetateなど)を含んだバッファを使用すると、正確なQCチェックが行えなかったり、逆転写反応を阻害する場合がありますので、使用しないでください。
RNAサンプル調整には、RNeasy Mini Kit(QIAGEN)、または、TRIzol(Invitorogen)をご使用頂くことを推奨しています。
なお、TRIzolをご使用される場合は、含フェノール等を除くために、RNeasyにてクリーンナップすることをお勧めします。
真核生物由来のRNA増幅の際、3'末端のPoly A tail を利用します。
遺伝子導入などにより、同配列が除かれている場合には、RNA増幅を行えませんので、ご注意ください。
お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティレベル2)までのものに限らせていただきます。感染性が著しく高いサンプル(HIV, HCV, HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お受けできませんので、ご了承ください。
ご提供頂くサンプルが、ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てください。
本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社では一切の責を負いかねます。
RNA抽出サービスをお申し込み頂く際は、高品質のtotalRNAを調整するため、ご送付頂く組織・細胞は、できるだけ新鮮なものをご用意ください。
本RNA抽出サービスは、解析に必要なRNA量の確保を保証するものではありません。
解析に必要なRNA量が確保できない場合、サンプルの再送をお願いする場合がございます。
再調整が困難な貴重なサンプルの場合などは、ご注意ください。(サンプルの補償・保険制度はありません。)
また、抽出結果の如何に関わらず、2回目以降は、追加RNA抽出料金(\15,000/回・サンプル)をご請求させて頂きます。
脂肪組織や脂肪細胞をご送付頂く場合は、QIAzol Lysis Reagent(200ml)(QIAGEN社製 cat.no.79306)に20mg以上を入れて凍結し、冷凍便(-20℃)にてご送付ください。
お送り頂いたサンプルは、ご返却いたしかねます。
実験後のサンプルにつきましては、基本的には、弊社側にて破棄させて頂きますので、ご了承下さい。
リアルタイムPCRや再実験などのご依頼の予定がある場合は、事前にお申し付けください。
ご送付の際には、十分量のドライアイスを同梱し、冷凍宅急便をご指定の上、ご送付ください。
輸送時のトラブルに関しては、弊社ではその責任を負いかねます。
弊社では、QCシートに基づき、作業を行います。同シートが弊社にご送付されていない場合、またはご記入漏れがある場合、解析サービスを行えない場合がございますので、ご了承ください。
弊社営業日は、土日祝日や年末年始などを除く、平日9時から17時までとなっておりますので、サンプルの弊社到着日にご注意ください。


 サンプル及びQCシートのご送付先
 フィルジェン株式会社 受託解析部 1グループ 宛
 〒459-8011 名古屋市緑区定納山1丁目1409番地
 Tel 052-624-4388  Fax 052-624-4389  E-mail biosupport@filgen.jp

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