製品・サービス情報
|
|
SNPジェノタイピングアレイ受託解析
illumina BeadChipアレイ受託解析サービス |
|
 |
| フィルジェンでは、DNA Link 社との業務提携により、illumina BeadChipアレイ受託解析サービスを提供しております。 |
 概要
|
Infiniumアッセイテクノロジーによるillumina社のジェノタイピングアレイは、優れたデータ品質と高密度のゲノムカバレッジを実現します。
専門家が選定したコンテンツを搭載する Ready-to-useなBeadChipや特定のアプリケーション向けにコンソーシアムで開発されたコンテンツアレイ、あるいはカスタムアレイなど、特定の研究ニーズに合わせたアレイをお選びいただけます。これらのBeadChipアレイは、大量サンプル研究用の高スループットマルチプレックス処理をサポートし、低コストで高品質のデータを提供します。
本サービスでは、各種ジェノタイピングアレイを用意し、高品質なデータを短期的かつハイコストパフォーマンスで提供します。
|
|
BeadChip |
 特長
|
◆illumina社の各種ジェノタイピングアレイを用意
◆大規模受託解析プロバイダー、DNA Link社によるハイコストパフォーマンスな解析サービス
◆高品質かつ正確なデータを短納期で提供
【ヒトジェノタイピングアレイの利点】
|
・サンプルあたりのコストを抑えた、再現性のある高品質のデータ
・迅速で高スループットなマルチプレックス処理
・専門家が選定した、又はコンソーシアムで開発されたコンテンツ
-世界中の多様な集団に対応
-一般的な疾患及び稀少疾患に対応
・カスタム及びセミカスタムフォーマット
・短縮されたラン実行時間 |
【ヒトジェノタイピング】
|
illumina社のマイクロアレイは、高スループット、マルチプレックス処理をサポートし、大規模集団研究を行う研究者や全ゲノム関連解析及び全表現型関連解析（GWAS及びPheWAS）を実施するバイオバンクに適しています。また、コピー数多型（CNV）、ヘテロ接合性欠失（LOH）、及び挿入・欠失の検出に必要な高解像度も提供します。illumina社のマイクロアレイは、全ゲノム及びターゲットアレイ製品を含め、研究者のニーズを満たすため、継続的な連携及び拡張に対応する様設計されています。 |
【ヒト以外の生物のジェノタイピング】
|
illumina社では、ヒト以外の生物のための包括的ジェノタイピングアレイ製品を提供しています。専門家が選択してコンソーシアムの開発したコンテンツを採用したReady-to-useのBeadChipが、作物、家畜及びモデル生物に利用可能です。遺伝学的に未だ調査されていない非ヒト生物では、既知又は疑わしいマーカーによるカスタムアレイの作製も可能です。 |
【Infiniumアッセイについて】
|
世界でも実績の高いイルミナのInfiniumアッセイと強固なBeadChipアレイを組み合わせることで、高精度のデータ品質、優れたコールレート、そして一定した高い再現性をもたらします。
Infiniumアッセイは、PCRやライゲーションステップを含まず、1本のチューブ内で反応が終了する特徴を有しています。これにより、実験作業やサンプルのハンドリングエラーを低減することができます。
SNP検出には、2つの識別ステップを採用しています。まず、注意深く設計された50merのオリゴプローブにサンプルDNAをハイブリダイゼーションさせます。次に酵素による1塩基伸長反応を行い、蛍光標識されたヌクレオチドを取り込みます。
BeadChipのスキャンは、iScanで行います。ここでは、各色のシグナル強度を測定します。SNPジェノタイピングの場合、緑と赤の色が各アリルに使われ、ホモザイガスSNPの場合は、赤/赤あるいは、緑/緑で、ヘテロザイガスSNPの場合は、赤/緑、緑/赤から得られる黄色のシグナルが測定されます。
illumina iScan |
|
 |
【ジェノタイピングアレイ】
|
アレイ名
（datasheet） |
生物種 |
サンプル数/アレイ |
最少受入数 |
マーカー数 |
カスタムマーカー数 |
詳細 |
| ユニット数 |
サンプル数 |
| Infinium Asian Screening Array |
Human |
24 |
2 |
48 |
650,000 |
50,000 |
インピュテーション精度とゲノムのカバレッジを最大化するSNP。9,000人のアジア人全ゲノム配列（カバレッジx15/30）を元に選択。アジア人最新研究に基づいた疾患関連SNP,
PGx, HLAコンテンツを搭載。 |
| Infinium Core |
24 |
2 |
48 |
307,000 |
300,000 |
この24サンプルのアレイは、高スループットな処理能力により、経済的な大規模ヒトジェノタイピング解析を可能とし、オプションとして最大30万のセミカスタムマーカーを追加できます。 |
| Infinium CoreExome |
24 |
2 |
48 |
552,000 |
100,000 |
このDNAマイクロアレイでは、大規模ヒトジェノタイピング解析をはじめとする遺伝学研究のための全ゲノムのSNPと遺伝子変異の情報が得られます。 |
| Infinium Exome |
24 |
2 |
48 |
240,000 |
400,000 |
Infinium Exome-24 Kitアレイは、多様な集団やありふれた疾患で見られる予測機能領域のエクソン上のバリアントについて、極めて高いカバレッジをもたらします。 |
| Infinium Global Screening Array |
24 |
2 |
48 |
640,000 |
50,000 |
GSAは、集団規模の遺伝子研究、変異スクリーニング、及び個別化医療研究のための次世代ジェノタイピングアレイです。 |
| Infinium ImmunoArray |
24 |
2 |
48 |
254,000 |
390,000 |
免疫システムの遺伝的変異を検出するための次世代ジェノタイピングアレイです。 |
Infinium Multi-Ethnic
AMR/AFR |
8 |
2 |
16 |
1,431,000 |
245,000 |
ヒスパニック系及びアフリカ系アメリカ人の集団に絞った多様なヒト集団における複雑な疾患を理解するためのコスト効率の高いアレイ。 |
Infinium Multi-Ethnic
EUR/EAS/SAS |
8 |
2 |
16 |
1,476,000 |
245,000 |
ヨーロッパ系、東アジア系及び南アジア系集団を中心に、様々なヒト集団にみられる複雑な疾患を理解するためのコスト効率のよいアレイ。 |
| Infinium Multi-Ethnic Global |
8 |
2 |
16 |
1,780,000 |
245,000 |
様々なヒト集団にみられる複雑な疾患を理解するためのコスト効率のよいアレイ |
| Infinium Omni2.5-8 |
8 |
2 |
16 |
2,339,000 |
200,000 |
この8サンプルフォーマットのBeadChipアレイは、約250万のマーカーを搭載しており、カスタムマーカーの追加機能によって、多様な集団において極めて高いゲノムカバレッジレートを提供します。 |
| Infinium Omni2.5Exome |
8 |
2 |
16 |
2,609,000 |
N/A |
次世代ジェノタイピング、GWAS、及びCNV解析のための包括的なカバレッジと機能領域のエクソンコンテンツ。 |
| HumanOmni5-4 BeadChip |
4 |
4 |
16 |
4,285,000 |
N/A |
この4サンプルフォーマットのBeadChipアレイは、全ゲノムジェノタイピング及びCNV解析に最適化されており、430万以上のバリアントを網羅します。 |
| Infinium Omni5Exome |
4 |
4 |
16 |
4,549,000 |
N/A |
このBeadChipアレイは、1％までのマイナーアリル頻度（MAF）の430万以上の全ゲノムのバリアント及び新規機能領域のエクソン上のバリアントを網羅します。 |
| Infinium OmniExpress |
24 |
2 |
48 |
710,000 |
30,000 |
24サンプルフォーマットのBeadChipアレイは、1週間で数千サンプルの比類ないスループットを達成し、強力なヒト全ゲノム関連解析（GWAS）を実現します。 |
| Infinium OmniExpressExome |
8 |
2 |
16 |
959,000 |
30,000 |
最適化されたtag SNPと機能領域のエクソンコンテンツを使った新しい形質や疾患関連性の発見を手頃な価格で提供します。 |
| Infinium OmniZhongHua |
8 |
2 |
16 |
879,000 |
N/A |
中国人集団のGWASを前進させます。このマイクロアレイでは、中国人集団に特異的な高頻度バリエーション、中等度のバリエーション、及び稀なバリエーションを網羅しています。 |
| Infinium OncoArray-500K |
24 |
2 |
48 |
500,000 |
120,000 |
Infinium OncoArray-500K BeadChipは、がん罹患の素因及びリスクを調べることのできる最も包括的で高密度のBeadChipです。 |
| Infinium PsychArray-24 |
24 |
2 |
48 |
590,000 |
60,000 |
精神医学関連の素因及びリスクにフォーカスした大規模遺伝学研究に適した経済的な高密度マイクロアレイ。 |
| XT-Custom Array |
96 |
12 |
1152 |
- |
50,000 |
Infinium XTは、5万もの単一生物種または複数生物種のカスタム変異を対象とする生産規模のジェノタイピングを可能にする包括的なマイクロアレイソリューションです。 |
| MaizeLD |
Plant |
24 |
2 |
48 |
3,000 |
70,000 |
Essentially Derived Variety(EDV)の評価及びトウモロコシ育種のアプリケーションで使用できるコンテンツです。コンテンツの検証に使用されたサンプルには、Plant
Variety Protection Actパネルが含まれています。 |
| MaizeSNP50 |
24 |
2 |
48 |
55,000 |
N/A |
このアレイでは、トウモロコシ系列の遺伝的変異解析を行うことができます。トウモロコシB73 系列の参照シーケンスから得られた5万個以上の検証済みマーカー搭載されています。 |
| BovineHD |
Animal |
8 |
6 |
48 |
770,000 |
N/A |
BovineHD BeadChipは、最も包括的なウシ全ゲノムのジェノタイピングアレイで、あらゆる肉牛種及び乳牛種の777,000個を超えるSNPが搭載されています。 |
| BovineLD |
24 |
2 |
48 |
8,000 |
80,000 |
経済的な価格で拡張性のあるコンテンツを使って、群れ全体のゲノミックセレクションを拡大。 |
| BovineSNP50 v3 |
24 |
2 |
48 |
50,000 |
N/A |
このBeadChipマイクロアレイは、主要な乳牛品質や肉牛品種のゲノム特性解析のための高密度なウシジェノタイピングを提供します。 |
| CanineHD Whole-Genome |
12 |
4 |
48 |
170,000 |
N/A |
あらゆるイヌ種の遺伝的バリアント解析が可能で、強力な種内関連解析及びCNV解析に十分なSNP密度があります。 |
| OvineSNP50 |
12 |
4 |
48 |
54,000 |
N/A |
このアレイには、54,241個を超える等間隔のSNPプローブが搭載されており、全ゲノム関連解析、全ゲノム選抜、遺伝的利点の決定などに適しています。 |
| PorcineSNP60 |
24 |
2 |
48 |
64,000 |
N/A |
この24サンプルフォーマットの全ゲノムジェノタイピングアレイでは、複数のブタ品種の遺伝的変異を詳細に解析するために、64,000個を超える均一に分布したSNPを検出できます。 |
| ShrimpLD-24 |
24 |
2 |
48 |
6,500 |
80,000 |
このBeadChipマイクロアレイは、バナメイエビの養殖プログラムを進めるための強力な遺伝子型解析ソリューションです。 |
|
|
 サービス内容
|
送付して頂いたDNAサンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）からジェノタイピングアレイのInfiniumアッセイ・スキャンニングまで実施いたします。これらの作業は、CLIA/CAP認定を受けた弊社海外提携先のラボにて実施されます。
【作業内容】
|
1. サンプルQCチェック
2. Infiniumアッセイ
3. スキャンニング |
※サンプルQCチェックについて
|
QC結果が良好な場合、作業は継続されますが、そうでない場合、解析の進め方についてご相談の連絡をさせて頂きます。
通常、以下の中からご選択頂きます。
A. 追加の精製・濃縮を行う（本作業で問題の解決が見込まれる場合）。 ：別途作業費用を請求させて頂きます。
B. 代替サンプルをお送りいただく。 ：別途海外提携先へのサンプル輸送費が必要となります。
C. お客様の同意の上、作業を継続します。 ：結果の如何によらず、通常料金を請求させて頂きます。 |
|
 納品物
|
・Raw data（idat files）
・GenomeStudioのprojectファイル
※CD-R等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合もあります。 |
サンプル条件
|
| サンプルタイプ |
輸送温度 |
サンプル量 |
| ゲノムDNA |
冷凍保存の場合： ドライアイス詰めで冷凍便 |
お問合せ |
| 4℃保存の場合： アイスパックと共に冷蔵便 |
| 1. |
DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。（スクリューキャップ式を推奨します。） |
| 2. |
DNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE Bufferにて保存してください。
※長期保存の場合は、-20℃又は、-80℃で保存してください。 |
| 3. |
UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースでの測定を強く推奨します。 |
|
価格/納期
|
【価格】
| サービス名 |
数量
（受入れ単位） |
税別単価 |
Cat.# |
| Human Array |
| Infinium Asian Screening Array 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-ASA |
| Infinium Core 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-WG-330-2001 |
| Infinium CoreExome 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-WG-331-1101 |
| Infinium Exome 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-WG-358-1001 |
| Infinium Global Screening Array 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-20005132 |
| Infinium ImmunoArray 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-WG-357-1001 |
| Infinium Multi-Ethnic AMR/AFR 受託解析サービス |
16 |
お問合せ |
F-DN-20001090 |
| Infinium Multi-Ethnic EUR/EAS/SAS 受託解析サービス |
16 |
お問合せ |
F-DN-20001100 |
| Infinium Multi-Ethnic Global 受託解析サービス |
16 |
お問合せ |
F-DN-WG-316-1001 |
| Infinium Omni2.5-8 受託解析サービス |
16 |
お問合せ |
F-DN-20001112 |
| Infinium Omni2.5Exome 受託解析サービス |
16 |
お問合せ |
F-DN-20003583 |
| HumanOmni5-4 BeadChip 受託解析サービス |
16 |
お問合せ |
F-DN-20005150 |
| Infinium Omni5Exome 受託解析サービス |
16 |
お問合せ |
F-DN-20005140 |
| Infinium OmniExpress 受託解析サービス |
16 |
お問合せ |
F-DN-20001122 |
| Infinium OmniExpressExome 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-20004207 |
| Infinium OmniZhongHua 受託解析サービス |
16 |
お問合せ |
F-DN-20004337 |
| Infinium OncoArray-500K 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-WG-355-1001 |
| Infinium PsychArray-24 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-WG-356-1101 |
| Plant Array |
| MaizeLD 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-WG-455-1001 |
| MaizeSNP50 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-WG-500-1001 |
| Animal Array |
| BovineHD 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-WG-450-1002 |
| BovineLD 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-WG-451-2001 |
| BovineSNP50 v3 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-20000766 |
| CanineHD Whole-Genome 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-WG-440-1001 |
| OvineSNP50 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-WG-420-1001 |
| PorcineSNP60 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-WG-410-2001 |
| ShrimpLD-24 受託解析サービス |
48 |
お問合せ |
F-DN-20013012 |
【納期】
|
サンプル受領及びアレイ・試薬入荷後から、5-6週間程度です。
| ※ |
海外提携先にアレイの在庫が無い場合、アレイの入荷に別途3～1ヶ月程度かかる場合があります。 |
| ※ |
年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 |
|
|
サービスの流れ
|
1. お見積もり
|
ご希望されるサンプル数などの情報を基に、価格・必要サンプル量などをご連絡いたします。
※正式なお見積もりは、代理店よりお送りいたします。 |
↓
2. サンプル送付
|
弊社宛てに、解析サンプルとQCシート及び免責同意書を合わせてご送付ください。
| ※ |
送料はお客様負担となります。（着払いではお受け取りできませんので、ご注意ください。）
ご送付いただいた内容物を弊社で確認し、弊社から、DNA Link 社にサンプルを送付いたします。 |
| ※ |
本サービスは、海外での解析という性質上、サンプルを受領後からのキャンセルはお引き受けできませんので、ご注意ください。 |
（サンプル送付先）
|
フィルジェン株式会社 受託解析部 宛
〒459-8011 名古屋市緑区定納山1丁目1409番地
Tel 052-624-4388 / Fax 052-624-4389 |
（注意点）
|
・ |
サンプルの発送は、必ず、「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。 |
| ・ |
送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れが起きない様にしてください。 |
| ・ |
サンプルの入ったチューブに油性マジックでサンプル名を明記し、砕いたドライアイスとともに梱包し、冷凍便にてお送りください。 |
| ・ |
弊社営業日は、土日祝日や年末年始などを除く平日9時～18時までとなっておりますので、サンプルの弊社到着日にご注意ください。また、休日を挟まない様にご発送ください。 |
| ・ |
サンプル送付の際は、QCシート及び免責同意書を同封してお送りください。これらが同封されていない、あるいは、記入漏れ等がある場合、解析サービスに着手できませんので、ご注意ください。 |
| ・ |
組織・細胞をご送付の際は、ペレット状態にし、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍便にて凍結状態にてご送付ください。 |
| ・ |
お預かりできるサンプルは、BSL2（バイオセーフティレベル2）までのものに限らせて頂きます。感染性が著しく高いサンプル（HIV, HCV, HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など）は、お受けできませんので、ご注意ください。 |
| ・ |
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。 |
| ・ |
ご提供いただくサンプル及び本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社では一切の責を負いかねます。 |
| ・ |
ご提供いただいたサンプルの返却は致しておりません。実験後のサンプルは、基本的に、弊社又は弊社業務提携先にて破棄いたしますこと、予めご了承ください。 |
| ・ |
本確認事項を満たさない事で、別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。 |
（ご送付サンプルについて）
|
解析サンプルを、QCシートと同封の上、弊社までお送り下さい。
送付された内容物を弊社で確認し、弊社から DNA Link 社にサンプルを送付します。
| ※ |
本サービスは、海外での解析という性質上、サンプルを受け取った以降のキャンセルはお引き受けできません。 |
ご発送は、代理店へご依頼いただくか、直送願います。
発送の際の送料は、お客様負担となります。（着払いは受け取りできませんので、ご注意ください。） |
|
3. 解析作業の実施
↓
4. 納品
|
解析終了後、CD/DVD-Rなどにより、解析データを納品いたします。
| ※ |
納品物は、基本的に代理店を介してお送りいたします。 |
| ※ |
納品データは、必ずお客様にてバックアップをお取りください。 |
| ※ |
弊社での保管期間を経過したデータは、破棄されます。（弊社データ保管期間は、発送から3ヶ月間です。） |
|
|
ご注意事項
|
・ |
本サービスの解析は、弊社の海外提携先（DNA Link 社にて実施されます。 |
| ・ |
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。 |
| ・ |
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
| ・ |
品質チェック（QCチェック）等の問題から、再度サンプルをお送りいただく場合、提携先への再送料金をお客様にご負担いただきます。 |
| ・ |
余ったサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） |
| ・ |
生データを含む解析結果は、発送から3ヶ月後に消去されますため、必ずバックアップをお取りください。 |
| ・ |
動物検疫・国際条約等に該当するサンプルの場合、輸送手続きに日数を要する、又はお取扱いできないことがあります。
※こうしたサンプルは、弊社提携先にて受入れが不能、又は拒否されたりする場合もございます。 |
本ページは、illumina社, DNA Link 社のホームページに掲載されている情報を引用させて頂いております。
|
