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Home製品・サービス情報受託サービスマイクロアレイSNPアレイ受託解析>Affymetrix® Axiom® Array

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Affymetrix® Genome-Wide Human SNP Array
Affymetrix® Axiom® Array
+ DNAメチル化アレイ
+ ChIP-chipアレイ
+ RNAメチル化アレイ
  
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ハイスループットSNPジェノタイピングアレイ受託解析
Affymetrix
® Axiom® Array 受託解析サービス
フィルジェンでは、AKESOgen社との業務提携により、Affymetrix® Axiom® Array を用いた受託解析サービスをご提供致しております。


概要

本サービスで使用するAxiom® Genotyping Solutionは、検証済みのSNPで構成されるAxiom® Genomic Databaseからコンテンツを選択した、レディーメイド又はカスタムメイドのアレイプレート、専用の試薬キット、データ解析ツール及びGeneTitan® Multi-Channel(MC) Instrumentを利用して完全に自動化されたワークフローで構成されています。  


特長


◆Affymetrix®社のAxiom® Arrayを多数用意し、ヒト以外にも複数の動植物に対応
◆大規模受託解析プロバイダーであるAKESOgen社による、ハイコストパフォーマンス解析サービス
◆CLIA/CAP認定ラボでの解析
◆高品質かつ正確なデータを短納期で提供


【アレイラインナップ】
Axiom® Genome-Wide Human Array
Axiom® Genome-Wide Exsome 319 Array Plate 非同義SNPと同義SNP、ならびにスプライシングと停止コドンのバリアントを含めた30万を超えるコーディングSNPを搭載。1000ゲノムプロジェクトPhaseⅠのドラフトエクソームコールから得られた約3万のSNPとインデルを搭載。疾患関連の機能性バリアントをスクリーニングするための最適なアレイ。
Axiom® Genome-Wide Human Origins 1 Array Plate 11種の現代のヒト集団および初期のヒト科生物の62.9万個のSNPを搭載。ヒトや人種分布の起源・進化研究用にHarvard Medical School Dept of GeneticsのDr. David Reichと共同で開発されたアレイ。
Axiom® Genome-Wide CEU 1 Array Plate ヨーロッパ人集団にみられる頻度の低い変異(MAF>1%)のカバー率を最大化したGWAS用アレイプレート。
Axiom® Genome-Wide ASI 1 Array Plate 東アジア人(JPTおよびCHB)のゲノムの共通配列にみられる頻度の低いアレル(MAF>1%)のゲノムカバー率を最大化したGWAS用アレイプレート。
Axiom® Genome-Wide CHB 1 Array Plate 漢民族系中国人のゲノムに見られる頻度の高い変異(MAF>5%)の遺伝的カバレージを最大化したGWAS用アレイプレート。
Axiom® Genome-Wide CHB 2 Array Plate 漢民族系中国人のゲノムに見られる頻度の高い変異(MAF 2-5%)の遺伝的カバレージを最大化したGWAS用アレイプレート。
Axiom® Genome-Wide EUR 1 Array Plate(World Array1) 疾患に関連した頻度の高い変異および頻度の低い変異をカバーし、GWAS、レプリケーション、ファインマッピングを一度にできる様にデザインされたアレイプレート。北ヨーロッパ人種での遺伝的カバレージを最大化する様にマーカーを選択。
Axiom® Genome-Wide EAS 1 Array Plate(World Array2) 疾患に関連した頻度の高い変異および頻度の低い変異をカバーし、GWAS、レプリケーション、ファインマッピングを一度にできる様にデザインされたアレイプレート。ヨーロッパ人種と東アジア人種での遺伝的カバレージを最大化する様にマーカーを選択。
Axiom® Genome-Wide AFR 1 Array Plate(World Array3) 疾患に関連した頻度の高い変異および頻度の低い変異をカバーし、GWAS、レプリケーション、ファインマッピングを一度にできる様にデザインされたアレイプレート。アフリカ系アメリカ人種での遺伝的カバレージを最大化する様にマーカーを選択。
Axiom® Genome-Wide LAT 1 Array Plate(World Array4) 疾患に関連した頻度の高い変異および頻度の低い変異をカバーし、GWAS、レプリケーション、ファインマッピングを一度にできる様にデザインされたアレイプレート。西アフリカ、ヨーロッパ、アメリカ先住民人種での遺伝的カバレージを最大化する様にマーカーを選択。
Axiom® Genome-Wide PanAFR Array Plate ヨルバ族(西アフリカ人)のゲノムに見られる共通および頻度の低い変異(MAF>2%)の遺伝的カバレージが≧90%、ルイヤ族とマサイ族(東アフリカ人)のゲノムに見られる共通および頻度の低い変異(MAF>2%)の遺伝的カバレージが>85%である、全アフリカ人のゲノムカバレージを提供する最初のアレイ。
CarrierScanTM Assay 600の疾患に関する600遺伝子における6,000以上の構造および配列変異を評価。
PharmacoScanTM 遺伝的変異が薬剤のADMEにどの様な影響を与えるかを調べる理想的なプラットフォーム。単一のアッセイで約1,200個の遺伝子内の4,627個のhigh-evidenceからlow-evidenceのマーカーまで、正確かつ再現性よく解析。
Axiom® Precision Medicine Research Array(PMRA) アフリカ、アメリカ、東アジア、ヨーロッパ、南アジアの先住民での遺伝的カバレージを最大化する様にマーカーを選択。GWAS用マーカーに加え、Loss of function SNP, Pharmacogenomics, eQTLマーカーなどを搭載。
Axiom® Biobank Genotyping Array
Axiom® Biobank Genotyping Array バイオバンクサンプルなど、大規模なコホート研究に適する様にデザインされ、低コストな解析を可能にしたアレイプレート。GWAS用マーカー、Exomeマーカーに加え、Loss of function SNP, Pharmacogenomics, eQTLマーカーなどを搭載。
UK Biobank Axiom® Array UK Biobankで採用されたアレイ。約82万のマーカーを搭載。
Axiom® Transplant Genotyping Array 移植に関する研究用に、マーカーをセレクト。iGeneTRAiN Array Design Groupによってデザインされ、SNP、コピー数変異、indelマーカーを計782,000搭載。
Axiom® miRNA Target Site Genotyping Array
Axiom® miRNA Target Site Genotyping Array miRNAのターゲットサイトのジェノタイピングが可能な唯一の市販アレイ。miRNAプロモーター、miRNAシードサイト、miRNAターゲットバインディングサイトなどにある、既知および予測されるSNPやインデルマーカーを搭載。


サービス内容


ご送付頂いたDNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)からAxiom Arrayのアッセイ・スキャンニングまで実施いたします。これらの作業は、CLIA/CAP認定を受けた弊社海外提携先のラボにて実施されます。

【作業内容】
1. サンプルQCチェック
2. Axiom Arrayのアッセイ
3. スキャニング

(サンプルQCチェックについて)
QC結果が良好な場合、作業は継続されますが、そうでない場合、解析の進め方について、ご連絡させて頂きます。通常、以下の中からご選択いただきます。
 A. 追加の精製・濃縮を行う。(本作業で問題の解決が見込まれる場合): 別途作業費用を請求させて頂きます。
 B. 代替サンプルをお送り頂く: 別途海外提携先へのサンプル輸送費が必要となります。
 C. お客様の同意の上、作業を継続します。: 結果如何によらず、通常料金を請求させて頂きます。


納品物


・Raw data(CEL file)
CD-R等の記録メディアにて納品いたします。
プロジェクトによって、納品物が変更される場合もあります。


サンプル条件


サンプルタイプ 輸送温度 サンプル量
濃度(※1) 液量
ゲノムDNA 冷凍保存の場合: ドライアイス詰めで冷凍便 800ng以上 200ng/μL以上 40μL以上
4℃保存の場合: アイスパックと共に冷蔵便
※1 Picogreen、Qubitなど、蛍光ベースの装置で測定してください。
DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
DNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE Bufferにて保存してください。
長期保存の場合は、-20℃又は-80℃で保存してください。


価格・納期


【価格】
サービス名 アレイ
フォーマット
数量(サンプル数) 税別価格 カタログ番号
最少受入数 ご注文単位
Axiom® Genome-Wide Human Array
Axiom® Genome-Wide Exsome 319 Array Plate
受託解析サービス
96 96 96 お問合せ F-AKS-902106
Axiom® Genome-Wide Human Origins 1 Array Plate
受託解析サービス
96 96 96 お問合せ F-AKS-901853
Axiom® Genome-Wide CEU 1 Array Plate
受託解析サービス
96 96 96 お問合せ F-AKS-901608
Axiom® Genome-Wide ASI 1 Array Plate
受託解析サービス
96 96 96 お問合せ F-AKS-901640
Axiom® Genome-Wide CHB 1 Array Plate
受託解析サービス
96 96 96 お問合せ F-AKS-901764
Axiom® Genome-Wide CHB 2 Array Plate
受託解析サービス
96 96 96 お問合せ F-AKS-901842
Axiom® Genome-Wide EUR 1 Array Plate(World Array1)
受託解析サービス
96 96 96 お問合せ F-AKS-901787
Axiom® Genome-Wide EAS 1 Array Plate(World Array2)
受託解析サービス
96 96 96 お問合せ F-AKS-901847
Axiom® Genome-Wide AFR 1 Array Plate(World Array3)
受託解析サービス
96 96 96 お問合せ F-AKS-901848
Axiom® Genome-Wide LAT 1 Array Plate(World Array4)
受託解析サービス
96 96 96 お問合せ F-AKS-901849
Axiom® Genome-Wide PanAFR Array Set
受託解析サービス
1)
96 96 96 お問合せ F-AKS-901788
CarrierScanTM Assay 受託解析サービス 96 96 96 お問合せ F-AKS-931931
PharmacoScanTM 受託解析サービス 24 882) 223) お問合せ F-AKS-903010TS
Axiom® Precision Medicine Research Array(PMRA)
受託解析サービス
96 96 96 お問合せ F-AKS-902981
Axiom® Biobank Genotyping Array
Axiom® Biobank Genotyping Array
受託解析サービス
96 96 96 お問合せ F-AKS-902186
UK Biobank Axiom® Array
受託解析サービス
96 480 96 お問合せ F-AKS-902583
Axiom® Transplant Genotyping Array
受託解析サービス
96 96 96 お問合せ F-AKS-902865
Axiom® miRNA Target Site Genotyping Array
Axiom® miRNA Target Site Genotyping Array
受託解析サービス
96 96 96 お問合せ F-AKS-903010TS
1) 3種類のアレイプレートで1セットです。
2) 4プレート96アレイの内、コントロールサンプルとして8アレイを使用します。
3) 1プレート24アレイの内、コントロールアレイとして2アレイを使用します。
アレイに搭載されている遺伝子群は、事前の予告無くバージョンアップされる場合があります。
サンプル最少受け入れ数やご注文単位は、事前の予告無く変更される場合があります。

【納期】
サンプル受領及びアレイ・試薬入荷後から、5~6週間程度
海外提携先にアレイの在庫が無い場合、アレイの入荷に別途3週間~1ヶ月程度かかることがあります。
年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。


サービスの流れ


フィルジェン株式会社 受託解析部 2グループ

1. お見積もり
ご希望されるサンプル数などの情報を基に、価格・必要サンプル量などをご連絡いたします。
正式なお見積もりは、代理店よりご提出させて頂きます。

 
 ↓

2. サンプル送付
弊社宛てに、解析サンプル及びQCシートをご送付ください。
送料は、お客様負担となります。(着払いではお受け取りできませんので、ご注意ください。)
ご送付いただいた内容物を弊社で確認し、弊社から、AKESOgen社(アメリカ)にサンプルを送付いたします。
本サービスは、海外での解析という性質上、サンプルを受け取った以降のキャンセルはお引き受けできませんので、ご注意ください。

(サンプル送付先)
フィルジェン株式会社 受託解析部 宛
〒459-8011 名古屋市緑区定納山1丁目1409番地
Tel 052-624-4388 / Fax 052-624-4389 / E-mail biosupport@filgen.jp

(注意点)
サンプルの発送は、必ず、「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。
送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れが起きない様にしてください。
サンプルの入ったチューブに油性マジックでサンプル名を明記し、砕いたドライアイスとともに梱包し、冷凍便にてお送りください。
弊社営業日は、土日祝日や年末年始などを除く平日9時~18時までとなっておりますので、サンプルの弊社到着日にご注意ください。また、休日を挟まない様にご発送ください。
サンプル送付の際は、QCシート及び免責同意書を同封してお送りください。これらが同封されていない、あるいは、記入漏れ等がある場合、解析サービスに着手できませんので、ご注意ください。
組織・細胞をご送付の際は、ペレット状態にし、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍便にて凍結状態にてご送付ください。
お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティレベル2)までのものに限らせて頂きます。感染性が著しく高いサンプル(HIV, HCV, HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お受けできませんので、ご注意ください。
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。
ご提供いただくサンプル及び本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社では一切の責を負いかねます。
ご提供いただいたサンプルの返却は致しておりません。実験後のサンプルは、基本的に、弊社又は弊社業務提携先にて破棄いたしますこと、予めご了承ください。
本確認事項を満たさない事で、別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。

AKESOgen社

3. 解析作業の実施
 ↓

4. 納品
解析終了後、CD/DVD-Rなどにより、解析データを納品いたします。
納品物は、基本的に代理店を介してお送りいたします。
納品データは、必ずお客様にてバックアップをお取りください。
弊社での保管期間を経過したデータは、破棄されます。(弊社データ保管期間は、発送から3ヶ月間です。)


ご注意事項


本サービスの解析は、弊社の海外提携先(AKESOgen社(アメリカ))にて実施します。
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。
品質チェック(QCチェック)等の問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、提携先への再送料金をご負担いただきます。
・  余ったサンプルの返却はできません。(サンプルは、解析終了後に破棄されます。)
・  生データを含む解析結果は、発送から3ヵ月後に消去されるため、必ずバックアップをお取りください。
・  動物検疫・国際条約等に該当するサンプルの場合、輸送手続きに日数を要する、又はお取扱いできないことがあります。
※こうしたサンプルは、弊社提携先にて受け入れが不能、又は拒否されたりする場合もあります。


本ページは、AKESOgen社のホームページに掲載されている情報を引用させて頂いております。

お問い合わせ 受託解析部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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