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+ Taqman® Gene Expression Assays
+ Taqman® MicroRNA Assays
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+ TaqMan® Copy Number Assays
+ TaqMan® Array Cards
(384-well Micro Fludic Card)
+ TaqMan® Array Gene Signature 96-Well Plate
+ RT2ProfilerTM PCR Array
- RT2 lncRNA PCR Array
+ miScript miRNA PCR Array
+ EpiTect® Methyl Ⅱ PCR Array
  
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リアルタイムPCR受託解析サービス<lncRNA発現定量解析>
RT
2 lncRNA PCR Array 受託解析
微量サンプルをお送りいただければ、SABiosciences/QIAGEN社製 RT2 lncRNA PCR Arrayシステムを用いて実験を行い、データ解析結果をご返却するサービスです。

概要


リアルタイムPCR法により、RT2 lncRNA PCR Arrayシステム(SABiosciencesTM/QIAGEN社製)によるlncRNAに特化した発現受託解析サービスです。
lncRNA(long non-coding RNA)は、200nt以上の長さをもつRNAで、転写制御、翻訳後修飾、smallRNAプロセッシング、足場などの生物学的機能において、重要な役割を果たしています。いくつかのlncRNAは、治療に対する反応の予測、予後、疾病の診断のための新しいバイオマーカーとして、有用であることが示唆されています。<Peng W, Gao W, Feng J., Med Oncol. 2014 Dec;31(12):346.>。
リアルタイムPCRは、遺伝子発現解析のための高感度かつ信頼できる方法です。RT2 lncRNA PCR Arrayは、リアルタイムPCR性能と、特異的な84種類のlncRNAの発現を組み合わせた、lncRNAプロファイリングです。

リアルタイムPCR受託解析/パスウェイ遺伝子発現解析/Applied Biosystems社製 ABI7500
ABI7500

RT2 lncRNA PCR Arrayは、ウェット検証に基づいたデジタルアルゴリズムに基づきデザインされています。検証では、33サイクルPCRでダイマーや非特異的増幅もない、特異的PCR増幅産物が得られるプライマーであることが確認されています。(操作手順は、右下図参照)
また、アッセイは、100±10%増幅効果を実証されており、SYBR® Green RT-PCR検出に最適な選択性の高いプライマー配列です。
RT2 lncRNA PCR Arrayは、ヒト、マウスを対象にGENCODE、NCBIにアノテートされた、ほとんど全てのlncRNAを網羅しています。


RT2 lncRNA PCR Arrayのラインナップ


以下のSpecies欄の[Catarogue No.]をクリックして頂くと、メーカーの各PCR Arrayの詳細情報(lncRNAリスト、Referenceなど)を閲覧することができます。
Product Discription Catarogue No.
Major Functional Gene Grouping
RT2 lncRNA PCR Array
Human IncFinder
the expression of 84 well-characterized lncRNAs LAHS-001Z
Cancer-Associated lncRNAs, Other Desease-Related lncRNAs, Cell Differentiation & Development-Related lncRNAs, etc.
RT2 lncRNA PCR Array
Human Cancer PathwayFinder
defferentially expressed in tumors versus normal tissue LAHS-002Z
Oncogenes, Tumor Suppressor Genes, Cancers, etc.
RT2 lncRNA PCR Array
Human Cell Development & Differentiation
differentially expressed during cellular differentiation and organism development LAHS-003Z
Adult Neural Stem Cells, Cell-Fate Programming & Reprogramming, Dendritic Cell Differentiation, etc.
RT2 lncRNA PCR Array
Human Inflammatory Response & Autoimmunity
validated or predicted to regulate the expression of pro-inflammatory and anti-inflammatory genes and microRNA LAHS-004Z
Acute-Phase Response, Autoimmunity, Humoral Immune Response, etc.
RT2 lncRNA PCR Array
Mouse IncFinder
the expression of 84 well-charanterized lncRNAs LAMM-001Z
Cancer-Associated lncRNAs, Other Desease-Related lncRNAs, Cell Defferentiation & Development-Related lncRNAs, etc.
RT2 lncRNA PCR Array
Mouse Cancer PathwayFinder
differentially expressed in tumors versus normal tissue LAMM-002Z
Oncogenes, Tumor Suppressor Genes, Cancers, etc.
RT2 lncRNA PCR Array
Mouse Cell Development & Differentiation
differentially expressed in tumors versus normal tissue LAMM-003Z
Adult Neural Stem Cells, Cell-Fate Programming & Reprogramming, Dendritic Cell Differentiation, etc.
RT2 lncRNA PCR Array
Mouse Inflammatory Response & Autoimmunity
validated or predicted to regulate the expression of pro-inflammatory and anti-inflammatory genes and microRNA LAMM-004Z
Acute-Phase Response, Antoimmunity, Humoral Immune Response, etc.


受託解析サービスの流れ


1.組織や細胞からのtotalRNA抽出

QCシートとともに、totalRNA、組織、細胞などをご送付頂きます。
組織や細胞をご送付頂く場合は、当社にてtotalRNAを抽出致します。(オプション)。

リアルタイムPCR受託解析/SuperArray社製 RT2 Profiler PCR Array/totalRNA抽出

2.サンプルの品質チェック及び濃度測定

totalRNAサンプルを、Agilent 2100バイオアナライザー及び分光高度計により、品質チェック及び濃度測定を行います。
サンプルが、品質チェックした結果、リアルタイムPCR実験に適さない場合には、下記のいずれかをご選択頂くことになります。

  ● サンプルの再送付
  ● 解析中止
解析を中止する場合は、totalRNA抽出作業料金をご請求させて頂きます。

リアルタイムPCR受託解析/SuperArray社製 RT2 Profiler PCR Array/BioAnalyzerによるRNA検定

3.サンプルの調整

RT2 First Strand cDNA合成キットを使用し、RNAサンプルからcDNAを調整します。
RT2 マスターミックス(SYBR GreenとリファレンスDyeを含む)とcDNAを混合します。
PCRアレイ各ウェルに混合した試薬を添加します。
4.リアルタイムPCR反応

ご指定のPCRアレイを用いて、「Applied Biosystems 7500 リアルタイムPCRシステム」により、リアルタイムRT-PCR反応を行います。

リアルタイムPCR受託解析/SuperArray社製 RT2 Profiler PCR Array/Applied Biosystems社製 ABI7500
ABI7500

5.データ解析

SABiosciences(QIAGEN)社製データ解析テンプレート(英語表記のみ)を使用し、得られたCt値をスプレッドシートにコピー&ペーストすることで、ΔΔCt法により、発現のFold Changeを解析します。

サンプルQCチェック
リアルタイムPCR受託解析/SuperArray社製 RT2 Profiler PCR Array/増幅曲線
増幅曲線

解析数値データ

スキャッタープロット
(解析データのご報告)
データ解析結果を、CD-ROMに収めて、ご報告いたします。
納期は、PCRアレイキット入手及び、サンプル到着後、15~20営業日程度です。
*PCRアレイキット納期(通常3~4週間程度)・解析サンプル数・オプション作業の追加などにより、標準納期に加え、お時間を頂戴する場合があります。詳しくは、担当までお問い合わせ下さい。

リアルタイムPCR受託解析/SuperArray社製 RT2 Profiler PCR Array/データCD



ご準備頂くサンプル

ご送付量 状態
組織 50mg~100mg TRIzol®, Isogen®
5~30mg ペレット, RNAlater®
細胞 5×106~1×107 TRIzol®, Isogen®, ペレット
totalRNA 500ng以上(min.250ng) Nuclease-free Water
O.D.260/O.D.280=1.6以上(*2)
RIN推奨値 7.0以上
40ng/uL程度
血液 0.5~1mL TRIzol® LS(*1)
2.5mL PAXgene® RNA採血管
* RNA抽出作業は、オプション(¥15,000(税別)/サンプル)となります。
* 組織・細胞・全血からのtotalRNA抽出は、抽出1回あたりのサンプル量です。
  ご希望の解析内容に応じたプレートの種類やプレート数によっては、複数回になる場合があります。
* 必要なtotalRNA量
  totalRNA推奨量は、1プレートあたりの必要量です。
  ご希望の解析内容(プレート種類)に応じたプレート数を乗じたサンプル量をご準備下さい。
   計算例 totalRNA推奨量(ug)=0.5×解析プレート数×1.2
* 本受託解析サービスに用いるtotalRNAの推奨抽出精製キットは、「miRNeasy Mini Kit(QIAGEN, Cat.#217004)」です。
* 複数回にまたがるアッセイ間や使用キットのロットが異なる場合、解析結果に差が生じる場合があります。
*1 全血をご準備の際、予め「全血:RNase-free water=1:1」に混合したものをご準備ください。
  詳細は、試薬プロトコールをダウンロードの上、ご参照ください。
  この混合溶液(最大)2mLを抽出1回とカウントさせて頂きます。
*2 O.D.値は、bufferによって大きく値が変わります。


 ご使用頂くチューブ及びマーキングについて
RNAをご送付頂く場合、1.5mLエッペンドルフ型チューブをご使用ください。
組織や細胞をご送付頂く場合、適当な大きさのチューブ類をご利用ください。
チューブには、蓋上面と本体サイド面の両方に、油性マジックでサンプル名(QCシート内のTubeラベル項目)をご記入ください。また、シールを貼る場合、剥がれにくいシールを使用してください。なお、シールを貼る前に、チューブ自身にもサンプル名を油性マジックなどで記入してください。(これは、万一シールが剥がれた場合、サンプルを特定するために必要となります。)

 totalRNAをご送付頂く場合のサンプルの準備・調整方法
totalRNA調製は、miRNeasy Mini Kit(QIAGEN, Cat.#217004)をご使用頂くことを推奨しています。なお、TRIzolをご使用される場合は、含フェノール等を除くために、miRNeasyにてクリーンナップすることをお勧めします。
高品質なRNAを調整するため、ご送付頂く組織・細胞は、できるだけ新鮮なものをご用意ください。
totalRNAは、必ずRNase‐free H2Oに溶解してください。界面活性剤・DEPC・高イオン強度(>10mM TE,>10mM NH4 Acetateなど)を含んだバッファを使用されますと、正確なQCチェックが行えなかったり、逆転写反応を阻害しますので、使用しないでください。

 RNA抽出サービスをお申し込み頂いた場合のサンプル準備・調整方法
RNA抽出サービスをご利用の方は、以下のプロトコールに従って、サンプルをご準備ください。
高品質なRNAを調整するため、ご送付頂く組織・細胞は、できるだけ新鮮なものをご用意ください。
ペレット調製方法
組織 新鮮な組織に液体窒素を入れ、粉状になるように粉砕する。
粉末をチューブ底に集め、-80℃で保存する。
細胞 細胞5×105個~1×107個に対し、ご使用の培養液1mLを添加し、2,000rpm,2分遠心し、上清を除去する。
1×PBS 1mLをいれて洗浄し、2,000rpmで2分遠心し、上清除去を2回繰り返し、ペレットにしてチューブ底に集める。
液体窒素にて凍結後、-80℃で保存する。
TRIzol Reagent(Thermo Fisher Scientific, cat.#155596026)をご利用の場合
組織 新鮮な組織に液体窒素を入れ、粉状になるように粉砕する。
粉状組織10~100mgに対し、1mL TRIzol Reagent を添加し、Homogenizationを行う。
-80℃で保存する。
細胞 細胞5×105個~1×107個に対し、ご使用の培養液1mLを添加し、2,000rpm,2分遠心し、上清を除去する。
1×PBS 1mLをいれて洗浄し、2,000rpm,2分遠心,上清を除去する(2回行う)。
ペレット(細胞5×105~1×107個)に対し、1mL TRIzol Reagent をいれ、18~23Gの針をつけたプラスチックシリンジ(滅菌済みのものを使用)、あるいは、ピペット(滅菌済みチップを使用)を使い、サラサラの液になるまで、何回も針を通過させて液を上下させる。
-80℃で保存する。
備考: 血液やウイルス含有物など液体系サンプルの場合は、TRIzol LS Reagent (Thermo Fisher Scientific, cat.No.10296-010)をご利用ください。

 注意事項
サンプル準備について
サンプルの発送は、必ず、「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。
送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、中身の漏れがないようにしてください。
サンプルの入ったチューブ(-80℃以下で凍結した状態)に油性マジックやシールなどでサンプル名が明記されていることを確認し、ビニールバックなどにいれ、砕いたドライアイスと共に梱包してください。(右図をご参照ください。)
解析に必要なRNA量が確保できない場合は、サンプルの再送をお願いすることがあります。
RNA抽出サービスは、リアルタイムPCR解析に必要なRNA量の確保を保証するものではありません。
再調整が困難な貴重なサンプルの場合などは、ご注意ください。(サンプルの補償・保険制度はありません。)
ご送付頂くサンプルが、ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てください。
ご提供頂くサンプルおよび本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社では一切の責を負いかねます。
お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティレベル2)までのものに限らせていただきます。感染性が著しく高いサンプル(HIV, HCV, HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お受けできませんので、ご了承ください。
RNA抽出サービスは、抽出結果の如何に関わらず、3回目以降は作業実施回数分をご請求させていただきます。
サンプル送付について
弊社営業日は、土日祝日や年末年始などを除く、平日9時から18時までとなっておりますので、サンプルの弊社到着日にご注意ください。
QCシートをサンプルと同送してください。
弊社では、QCシートに基づき、作業を行います。
「解析PCRアレイ名」「PCRアレイCat.#」をQCシートにご記入ください。
かならず、ご記入漏れがない状態で、サンプルとを同送してください。
お送り頂くサンプルは、必ず所定量になる様調整してください。所定量と異なる場合、解析サービスを行えない場合がございますので、ご了承ください。
ご送付の際には、十分量のドライアイスを同梱し、冷凍宅急便をご指定の上、ご送付ください。
輸送時のトラブルに関しては、弊社ではその責任を負いかねます。
お送り頂いたサンプルは、ご返却いたしかねます。
実験後のサンプルにつきましては、弊社側にて破棄させて頂きますので、ご了承下さい。
お送り頂くサンプルを用いた、関連解析や再実験などをご依頼頂くご予定がある場合は、事前にお知らせ下さい。

 サンプル及びQCシートのご送付先


フィルジェン株式会社 受託解析部 1グループ 宛
〒459-8011 名古屋市緑区定納山1丁目1409番地
Tel 052-624-4388  Fax 052-624-4389  E-mail biosupport@filgen.jp


価格


商品名 数量 税別価格 Cat.#
RT2 lncRNA PCR Array 受託解析 1プレート
*2プレート以上で受注受付
¥250,000 Cat.#F-QPCR-LNC-(プレートCat.#)-(プレート数)
 *上記価格には、PCRアレイキットの価格も含まれております。
 *アレイに搭載されている遺伝子群は、事前の予告無くバージョンアップされる場合があります。
  同一種類の特異的な遺伝子を搭載したプレートであっても、Cat.#やバージョンが異なるPCRアレイ間の解析結果を比較することはできません。過去の解析結果との比較をご検討される際には、ご注意ください。
 *複数回にまたがるアッセイ間や使用キットのロットが異なる場合、解析結果に差が生じる場合があります。


オプション
商品名 数量 税別価格 Cat.#
totalRNA抽出作業 1 DNA・RNA抽出受託サービス」のページをご参照ください。


メーカーハンドブック


 ⇒QIAGEN社のハンドブック(PDF)


本ページは、QIAGEN社(SABioscience)のHomepageの内容を一部引用しております。
お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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