製品・サービス情報
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ArrayStar社 遺伝子発現制御機構解析
non-coding RNA マイクロアレイ受託解析サービス |
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Arraystar社の各種アレイを用いた受託解析サービスをご提供いたします。ベストセラーである LncRNA マイクロアレイをはじめ、CircRNA
マイクロアレイ、T-UCR マイクロアレイ、piRNA マイクロアレイ、DoG RNA マイクロアレイ、GlycoRNA マイクロアレイの受託サービスを提供しています。
 Downstream-of-Gene Transcript (DoG RNA) Array 受託解析サービス
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本サービスは、ヒト DoG RNA（遺伝子の下流転写物）のプロファイリングと研究のために設計されたマイクロアレイ技術を利用して、DoG RNA、ホスト遺伝子の
pre-mRNA および潜在的な調節標的としての下流の重複転写産物を同時に検出および定量します。
なぜ Downstream-of-Gene Transcripts(DoG RNAs)を研究するのか？
・DoG RNA とは？
・DoG RNA は疾患における遺伝子転写を調節する
・がん・疾患における DoG 由来キメラ RNA と circular RNA
・DoG RNA のエピジェネティックおよびエピトランスクリプトーム制御
・DoG RNA 研究の道筋
【特長】
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◆DoG の制御標的の包括的なカバレッジ
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1）DoG下流隣接遺伝子からのセンスオーバーラップ lncRNA、または circRNA
2）DoG およびその下流隣接遺伝子転写産物のシス-スプライシングによるキメラ RNA
3）DoG とそのリードスルー下流隣接遺伝子転写産物のバック-スプライシングによる rt-circRNA
4）アンチセンスオーバーラップ mRNAs および lncRNA |
◆DoG とその全標的 RNA を検出
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スプライスジャンクションに特異的な、シンプルで高感度なアレイプローブ（表1）により、1つのアレイで DoG とその全ての標的 RNA を検出可能です。また、シークエンシング法で必要とされる様な大変な計算やバイオインフォマティクス解析は不要です。 |
◆低存在量の転写物にも有効な高感度
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1転写物/細胞という低濃度でも高感度で、低存在量な転写物にも有効です（例：ほとんどの DoG 由来の circular RNA や chimera
RNA）
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表1．DoG RNA アレイプローブ設計法
| RNA Type |
Array Probe Design Method (Fig.1) |
| DoGs |
3kb beyond the 3'-terminal PAS |
| Pre-mRNA from DoG host genes |
exon-intron junction |
| DoG downstream targets |
mRNAs/LncRNAs |
exon-exon junction |
| Downstream circRNAs |
back-splicing junction |
| Read-through circRNAs(rt-circRNAs) |
back-splicing junction |
| Chinera RNAs |
cis-splicing junction |
図1．Arraystar DoG RNA マイクロアレイのプローブ設計
| ・DoG 領域プローブ： |
DoG ホスト遺伝子の 3'末端ポリアデニル化シグナルの 3kb 先の DoG 検出用。
ホスト遺伝子自体とは重複しない。 |
| ・ホスト遺伝子プローブ： |
exon-intron junction または intron 内での DoG ホスト遺伝子の pre-mRNA 検出用。 |
| ・下流転写プローブ： |
成熟 linear RNA の exon-exon junction または 成熟 circular RNA の back-splicing
junction
における DoG 下流 mRNA/lncRNA/circular RNA/Chimera RNA/rt-circRNA の検出用。 |
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【データベース】
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Arraystar Human Downstream-of-Gene Transcript (DoG RNA) Arrayには、13,000 以上のプローブが含まれており、DoG RNA、ホスト遺伝子の pre-mRNA、およびその潜在的な制御標的である下流のオーバーラップ転写産物を同時に高精度かつ特異的に検出および定量することが可能です。
◆Human Downstream-of-Gene Transcript (DoG RNA) マイクロアレイの仕様
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| プローブ数 |
14,707 |
| プローブ部位 |
DoG RNA（遺伝子下流転写産物）：ホスト遺伝子の 3'末端ポリアデニル化シグナルから 3kb 先
DoG ホスト遺伝子由来 pre-mRNA：ホスト遺伝子由来 pre-mRNA のエクソン-イントロンジャンクション
DoG RNA の下流センスオーバーラップ LncRNA：lncRNA のエクソン-エクソンジャンクション
DoG RNA の下流センスオーバーラップ CircRNA：circRNA のバックスプライシングジャンクション
キメラ RNA（DoG のリードスルー転写産物および下流のリードキメラ遺伝子の成熟シス-スプライシング産物）：キメラ RNA のシス-スプライシングジャンクション
rt-circRNA（リードスルー転写産物のバックスプライシングによって産生される circular RNA）：rt-circRNA のバックスプライシング
下流アンチセンスオーバーラップ lncRNA または DoG のコーディング RNA：転写産物のエクソン-エクソンジャンクション
ショウジョウバエのスパイクイン RNA ：コントロールとしてのショウジョウバエのコーディング RNA をコードに特異的なプローブ |
| プローブ特異性 |
転写産物特異的 |
| DoG RNA のカバレッジ |
4,460 |
| ホスト遺伝異由来の pre-mRNA のカバレッジ |
4,460 |
| lncRNA（センス）のカバレッジ |
480 |
| circRNA のカバレッジ |
1,546 |
| キメラ RNA のカバレッジ |
539 |
| rt-circRNA のカバレッジ |
356 |
| アンチセンス転写産物のカバレッジ |
1,866 |
ショウジョウバエの
スパイクインのカバレッジ |
1,000 |
| DoG と転写産物のソース |
DoG RNA：scientific publications［1-13］
ホスト遺伝子：GENCODE human V44［15］
下流コーディング/ノンコーディング RNA：GENCODE human V44［15］
下流 circular RNA：circBase［14, 20］
下流キメラ RNA：FusionGDB2［22］, GENCODE human V44［15］, and scientific publications［15,
17, 21］
下流 rt-circRNA：scientific publications［18, 19］
ショウジョウバエ RNA：ENSEMBL BDGP6.46［16］ |
| アレイフォーマット |
8ｘ15K |
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【バイオインフォマティクス解析の概要とその一例】
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Downstream-of-Gene Transcript (DoG RNA) マイクロアレイは、DoG RNA のプロファイリングのための最も高感度で、効果的かつ堅牢な手法です。プロファイリングデータには、DoG
RNA の豊富な解析とアノテーションが含まれています。
◆発現変動 DoG RNA、ホスト遺伝子の pre-mRNA、および体系的な lncRNA アノテーションを持つ下流転写産物
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【ワークフロー】
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本サービスは、Total RNA～データ解析までのフルパッケージです。
1. RNA サンプルの受け取り
2. RNA の QC チェック：濃度、純度、完全性（分解度）
3. cDNA 合成
4. ラベリング
5. アレイハイブリダイゼーション、洗浄、スキャンニング
6. データ抽出、解析、サマリーレポート作成
図2. Downstream-of-Gene Transcript (DoG RNA) マイクロアレイプロファイリングのワークフロー
T7 ポリメラーゼプロモーターを含むオリゴ（dT）プライマーとランダムプライマーの混合物を使用して、Total RNA をプライミングし、続いて逆転写酵素によって二本鎖
cDNA を合成する。二本鎖 cDNA の T7 プロモーターから in vitro T7 RNA ポリメラーゼ転写を用いてアンチセンス cRNA
を合成し、同時に 3'バイアスなしで転写産物の全長にわたって Cy3-CTP 蛍光色素で標識する。精製した cDNA を DoG RNA アレイにハイブリダイズし、DoG
RNA の発現解析を行う。 |
【納品物】
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解析終了後、弊社報告書の他、以下のデータを DVD 等の記録メディアに収録してご提供いたします。
1. 解析ソフトウェア上から精製された全てのマイクロアレイ生データファイル
2. Arraystar 社による実施プロジェクトの解析レポート（word 形式）
3. 以下に関する発現プロファイリングデータおよび発現変動解析結果（標準カットオフは |FC|≧2、p≦0.05）
・DoG RNAs
・DoG ホスト遺伝子の pre-mRNA
・センス-オーバーラップ lncRNA/circRNA、アンチセンス-オーバーラップ mRNA/lncRNA、
キメラ RNA および rt-circRNA を含む DoG 制御ターゲット
4. 階層クラスタリングヒートマップ、スキャッタープロットおよびボルケーノプロット
5. 発現変動 DoG RNA の Gene Ontology 解析
6. 発現変動 DoG RNA のパスウェイ解析
7. サンプル QC レポート |
【サンプル条件】
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| 品質条件 |
詳細 |
| サンプルタイプ |
Total RNA（small RNA を含む） |
| 必要量 |
推奨量：＞5μg、最低量：＞2μg |
| 濃度（Nanodrop に基づく） |
＞20ng/μL |
| 純度（Nanodrop に基づく） |
O.D.260/280：2.0（許容範囲：1.7～2.0）
O.D.260/230：＞1.8 |
| RNA Integrity |
ゲル電気泳動：18S および 28S rRNA のバンドが確認でき、28S および 18S rRNA のバンド比が 2：1 程度であること。
BioAnalyzer：RIN＞7.0
※血清、血漿、エクソソームおよび FFPE など、分解や断片化され品質低下がよく知られているサンプルに由来する RNA については、解析結果の品質が低い可能性があります。お客様の同意があれば、ご提出いただいたサンプルで解析を行うことが可能ですが、データ品質が悪い、あるいはデータが取得できない可能性もあり、データ取得の保証はできませんので、予めご注意ください。 |
| ※ |
DNase、RNase フリーの 1.5mL または 2mL マイクロチューブを使用してください（スクリューキャップ式を推奨）。 |
| ※ |
ヌクレアーゼフリーの分子生物学グレードの水に溶解し、-80℃で保存してください。 |
| ※ |
サンプルは、DNase 処理を行うことを推奨いたします。 |
| ※ |
UV スペクトルベースの濃度測定法では不正確になる場合がありますので、蛍光ベースでの測定を強く推奨します。 |
| ※ |
UV スペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いサンプルをご準備ください。 |
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【価格】
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| サービス名 |
生物種 |
受注受付 |
税別価格
（1サンプル） |
品番 |
Downstream-of-Gene Transcript
（DoG RNA） Array 受託解析サービス |
ヒト |
1サンプルから
受注受付 |
￥150,000 |
F-AS-DoGRH-［サンプル数］ |
| ※ |
上記の他、サンプルの海外輸送費が別途発生いたします。 |
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【納期】
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＊本サイトの情報は、Arraystar社のHomepageの情報を一部引用しております。
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