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Arraystar社 質量分析サービス
LC-MS tRNA修飾受託解析サービス

フィルジェンでは、Arraystar社(アメリカ)との業務提携により、質量分析(LC-MS)によるtRNA修飾の解析サービスをご提供しております。


概要


ArraystarのLC-MS tRNA修飾解析サービスは、36ヌクレオシド修飾を解析することで、tRNAの全体的な修飾プロファイルを明らかにします。
tRNAは、mRNAデコーディング及びタンパク質翻訳の基礎となる要素です。tRNAは、化学的に多様な転写後修飾を多く受けます。これらの修飾は、tRNA機能(フォールディング、安定性及びデコーディング[1])にとって重要です。一般的に、tRNA本体における修飾は、tRNA構造のフォールディング、安定性、剛性及び柔軟性にとって重要である一方、アンチコドンループにおける修飾は、オープンループ構造、コドン・アンチコドンペアリング、ゆらぎ、及び翻訳フレームシフト防止によって、デコーディングに影響します。さらに、修飾ヌクレオチドは、追加のアミノ酸認識精度のアミノアシル-tRNAシンターゼ(AARS)のアイデンティティー決定因子として機能する[2]。一般的に、修飾の少ないtRNAは、分解の対象となります。tRNA修飾の研究は、おそらくtRNA発現プロファイリングと同じくらい重要です。
tRNA修飾及び修飾酵素の欠損は、がん、糖尿病、神経学的症状、循環器疾患、及びミトコンドリア関連疾患といった、ヒト疾患とリンクしています。(Fig.1)[3]。tRNA修飾プロファイルの解析は、疾患、tRNA修飾酵素、及びtRNA分子機能の関連を確立する鍵となります。
ArraystarのLC-MS tRNA修飾解析サービスは、totalRNAをサンプルとし、tRNAにとって重要な36ヌクレオシドの修飾を一度にプロファイリングする sample-to-data なソリューションを提供します。本サービスには、totalRNAからtRNAの単離、完全な加水分解、及びシングルヌクレオチドを調整するための脱リン酸化が含まれています。最新のウルトラ・ハイ・パフォーマンスLC-MSシステムは、新しいレベルの感度、精度、確度、ダイナミックレンジ、及び定量結果の堅牢性をお届けします。
【References】
1. Kirchner S. and Z. Ignatova(2015) “Emerging roles of tRNA in adaptive translation, sig-nalling dynamics and disease.” Nat. Rev. Genet. 16(2):98-112[PMID:25534324]
2. El Yacoubi B. et al. (2012) “Biosynthesis and function of posttranscriptional modifications of transfer RNAs.” Annu. Rev. Genet. 46:69-95[PMID: 22905870]
3. Torres A. G. et al.(2014) “Roles of tRNA modifications in human diseases.” Trends Mol Med 20(6):306-14[PMID:24581449]


特長

・Total RNAサンプルを用いた複雑なtRNA修飾の定量解析
・サンプルからデータまでのフルサービス
・高度に最適化された実験手順、最新のLC-MSシステム等による高いパフォーマンス
・tRNAにおける36ヌクレオシド修飾を一度にプロファイリング


サービス内容

ご送付いただいたRNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)、質量分析及びデータ解析を実施します。これらの作業は、弊社海外提携先であるArraystar社にて実施されます。

【ワークフロー】
1. RNAのQCチェック
2. DNase処理
3. tRNAのエンリッチメント
4. エンリットメントされたtRNAのシングルヌクレオシドへの消化
5. 質量分析(LC-MS/MS)による修飾ヌクレオシドの定量化
6. データ出力及びデータ解析
7. プロジェクトレポートの作成

【検出する修飾】
 Table 1. Nucleoside modifications profiled by Arraystar LC-MS tRNA Modification Analysis
Number Nucleoside Symbol Number Nucleoside Symbol
01 3'-O-methyladenosine 3'-OMeA 19 1-methylguanosine m1G
02 2'-O-methylcytidine Cm 20 7-methylguanosine m7G
03 5-methylcytidine m5C 21 N2-methylguanosine m2G
04 N6-isopentenyladenosine i6A 22 3'-O-methylinosine 3'-OMel
05 5,2'-O-dimethylcytidine m5Cm 23 2-thiouridine 52U
06 1-methyladenosine m1A 24 4-thiouridine 54U
07 2-thiocytidine s2C 25 5-methyluridine m5U
08 N2,N2,7-trimethylguanosine m2,2,7G 26 N4-acetylcytidine ac4C
09 N4-acetyl-2'-O-methylcytidine ac4Cm 27 3'-O-methyluridine 3'-OMeU
10 N6-methyladenosine m6A 28 5-methyl-2-thiouridine m5s2U
11 3-methylcytidine m3C 29 5-methoxyuridine mo5U
12 3'-O-methylcytidine 3'-OMeC 30 pseudouridine -
13 2'-O-methyladenosine Am 31 2'-O-methylinosine lm
14 N2,N2-dimethylguanosine m22G 32 3-methyluridine m3U
15 5'-O-methylthymidine 5'-OMeT 33 3'-O-methylguanosine 3'-OMeG
16 2'-O-methyluridine Um 34 1-methylpseudouridine -
17 inosine l 35 5-hydroxymethylcytidine hm5C
18 2'-O-methylguanosine Gm 36 5,2'-O-dimethyluridine m5Um


納品物


・サンプルQCレポート
・Rawデータ(.D形式)
・修飾リボヌクレオシドの定量結果(Excel形式)
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品します。


サンプル条件


サンプルタイプ 量(※) 濃度
Total RNA 10μg~15μg ≧20ng/μL
※記載量は最小量につき、倍量ご準備いただくことをお勧めいたします。

(備考)

1. DNase, RNaseフリーの1.5mL又は2mLエッペンチューブを使用してください(スクリューキャップ式を推奨します)。
2. Total RNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。
3. UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースでの測定を強く推奨します。
※UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いサンプルをご準備ください。


価格・納期

【価格】
サービス名 対応生物種1) サンプル数 税別単価2) Cat.#
tRNA-Seq受託解析サービス 真核生物 2~3 ¥70,000 F-AS-tRNALCMS-(サンプル数)
4~15 ¥63,000
≧16 ¥56,000
1)実際に作業可能か確認する必要がありますので、ご依頼前にご相談ください。
2)海外提携先への送料が別途必要になります。

【納期】
 約2ヶ月間
 ※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がありますこと、予めご了承下さい。


サービスの流れ


フィルジェン(株) 受託解析部 2グループ

1. お見積もり
 ↓ サンプルの数及び生物種をご連絡ください。(E-mail: biosupport@filgen.jp)。
 ↓ ご連絡いただいた内容を基に、価格・必要サンプル情報等をご案内します。
 ↓ ※正式なお見積もりは、代理店よりご提出させて頂きます。
 ↓
2. サンプル送付
 ↓ 弊社宛てに、サンプルとQCシート・免責事項同意書をお送り下さい。
 ↓ ※送料はお客様負担となります(着払いではお受け取りできませんので、ご注意下さい)。
 ↓
 ↓ ご送付頂いた内容物を弊社で確認し、弊社からArraystar社にサンプルをお送りいたします。
 ↓ ※本サービスは、海外での解析という性質上、サンプル受領後のキャンセルはお引き受け出来ませんので、ご注意ください。

 (サンプル送付先)
 フィルジェン株式会社 受託解析部 2グループ 宛
 〒459-8011 名古屋市緑区定納山一丁目1409番地
 Phone 052-624-4388 Fax 052-624-4389 E-mail biosupport@filgen.jp

 (注意点)
サンプルのご発送は、必ず、「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」の内容に従ってください。
送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れがおきない様にしてください。
サンプルに入ったチューブには、油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバック等に入れてください。
RNAサンプルは、砕いたドライアイスとともに梱包し、クール便でお送りください。
サンプルは、弊社営業時間内に到着する様にご発送ください。
※弊社営業日・営業時間は、土日祝祭日、年末年始等を除く、平日9時~18時です。
※なるべく休日をはさまない様にご発送ください。
サンプル送付の際は、受託解析サービスQCシート及び免責事項同意書をご同封ください。
※これらが同封されていない、又は記入漏れ等がある場合、解析サービスに着手できませんので、ご注意ください。
組織・細胞の送付の際は、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍宅急便にて、凍結状態にてご送付ください。
RNA抽出もご依頼頂いた場合、高品質のRNAを得るため、できるだけ新鮮な細胞・組織をご用意下さい。
RNA等の抽出作業の結果、解析に必要な量が確保できなかった場合、サンプルの再送をお願いする場合があります。
サンプルの喪失等に対する補償・保険制度はありませんので、貴重なサンプルをご提供いただく際はご注意ください。
お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティーレベル2)までのものに限られます。
感染性が著しく高いサンプルは、お預かりできませんので、予めご了承ください。
※HIV, HCV, HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。
ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません(サンプルは解析終了後に破棄されます)。
本確認事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。
サンプル・業務等から生じた知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題について、弊社は一切の責任を負わないものとします。

Arraystar社(アメリカ)

3. サンプルの品質確認
 ↓ サンプルの品質に問題が認められた場合、今後の解析の進め方について、ご連絡いたします。
 ↓
4. 質量分析による解析
 ↓
 ↓

フィルジェン(株) 受託解析部 2グループ

5. 納品
  USBなどの記録メディアにて、納品物をお届けいたします。
  ※納品物は、基本的に代理店を介してお送りします。
  ※納品データのバックアップは、必ずお客様にてお取りください(弊社でのデータ保管期間は、発送日から3ヶ月間です)。
  ※弊社での保管期間(3ヶ月)に達したデータは、破棄されます。


ご注意事項

本サービスの解析は、弊社の海外提携先(Arraystar社)にて実施されます。
本サービスは海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求させて頂きます。
品質チェック(QCチェック)等の問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、提携先への再送料金をご負担頂きます。
余ったサンプルの返却は致しておりません(サンプルは解析終了後に破棄されます)。
生データを含む解析結果は、発送から3ヶ月後に消去されますため、必ずバックアップをお取りください。
動物検疫・国際条約等に該当するサンプルの場合、輸送手続きに日数を要する、又はお取扱いできないことがあります。
※こうしたサンプルは、弊社提携先にて受け入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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