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質量分析サービス
4D-DIA プロテオーム解析サービス

本サービスは、海外業務提携先である Creative Proteomics社(アメリカ)で実施するプロテオミクスです。timsTOF Pro をベースに、スペクトルの複雑さを低減し、イオン利用率を向上させながら、高速スキャンと高感度を実現しています。


概要

質量分析によるプロテオミクスの基本的な原理は、サンプルからイオンの物理的、化学的特性を分析し、質量スペクトルに従って定性的および定量的な結果を取得することです。現在のプロテオミクスは、一般的に保持時間(Retention time)、質量電荷比(m/z)、およびイオン強度(Intensity)の3次元的な情報に基づいて、タンパク質/ペプチドの同定と定量を行っています。本サービスでは、これらの情報にイオンモビリティー(Collision cross-section; CCS)を加えた4次元的プロテオミクスを実現しています。主にイオンの形状と断面に基づいてイオンを分離し、m/zが非常に小さいペプチドを区別できるため、存在量の少ないタンパク質シグナルを区別して同定することができます。
4Dプロテオミクスは、timsTOF Pro 質量分析計に基づき、検出されたすべてのイオン衝突断面積(CCS)を繰り返し測定して、プロテオームの特徴付けと定量化を行うことができ、より広い範囲、より優れた再現性、および、より速い取得速度を実現しています。


特長

本サービスの特長は、timsTOF Pro 質量分析計に基づく次世代のDIAテクノロジーです。従来のDIAテクノロジーに比べて高速かつ高感度で解析できます。4次元のイオン分離を追加することで、ウィンドウサイクルの速度を犠牲にすることなくDIAデータを取得することができ、同時にスペクトルの複雑さを軽減し、イオンの利用率を向上させることで、カバレッジの深度、感度、およびスループットを包括的に改善しています。

【DIAの原理】

現在のプロテオミクスの技術は、データの取得方法によりデータ依存型取得(DDA)とデータ非依存型取得(DIA)の2つの戦略に分けることができます。

DDA戦略: 一次質量分析(MS1)の各時間枠で強度の高い限られた数のペプチドイオンが取得され、フラグメンテーション分析のために二次質量スペクトル(MS2)に入ります。
DIA戦略: 質量スペクトルのフルスキャン範囲全体がいくつかのウィンドウに分割され、各ウィンドウ内のすべてのイオンが選択、断片化され、周期的に検出されます。
DIAテクノロジーは、サンプル内のすべてのイオンのフラグメンテーション情報を取得できます。そのため、より定量的な情報を得ることができ、MS2スペクトルに基づく定量化はより正確で再現性があります。



ワークフロー

本サービスは、サンプル調整からデータ解析までをトータルでサポートしています。

1. サンプル調整
タンパク質抽出
*、およびプロテアーゼによる消化等(スペクトルライブラリー構築用とサンプル分析用にそれぞれ調整されます)。
*基本的なタンパク質抽出は無償でご対応可能ですが、特別な抽出/精製条件等がある場合は、別途費用が発生する場合があります。
2. スペクトルライブラリーの構築
Ultimate 3000 system (Thermo Scientific) によるペプチドの分画、EASY-nLC 1200 system (Thermo Scientific) を接続した timsTOF Pro (Bruker) による Nanospray LC-MS/MS 解析
3. サンプル分析
EASY-nLC 1200 system (Thermo Scientific) を接続した timsTOF Pro (Bruker) による Nanospray LC-MS/MS 解析
4. データ解析
タンパク質の同定、および相対定量数値化まで対応可能
5. バイオインフォマティクス解析*
*バイオインフォマティクス解析は別途有償オプションとなります。

ご依頼頂いた場合は、タンパク質アノテーション、GO/KEGG 機能エンリッチメント解析、クラスター解析、タンパク質間相互作用解析などを実施いたします。


サンプル条件

以下のサンプル条件は目安となります。解析に必要な量の確保を保証するものではありませんので、必要量よりも余分にご準備いただくことを推奨いたします。

サンプルタイプ 必要量
抽出タンパク質/精製タンパク質 総タンパク質量>100μg (1μg/μL)
培養細胞 >1x107
動物組織 >200mg
植物組織 >1g
血清/血漿 >200μL
尿 >2mL
微生物類 乾燥重量で>200mg


価格

サービス名 税別価格 カタログ#
4D-DIA 定量プロテオーム解析サービス お問合せ F-CPM-4DDIA
オプション
バイオインフォマティクス解析(1比較目) ¥250,000 -
バイオインフォマティクス解析(2比較目以降) ¥130,000 -
オプションのバイオインフォマティクス解析をご依頼頂く場合は、統計的優位性を保つため、各群の生物学的レプリケート数を3以上で構成していただく必要があります(例:対象群5サンプル vs 試験群5サンプル)。
本サービスは、海外業務提携先で実施するため、上記の解析料金の他、サンプルの海外輸送費が別途発生します。


ご注意事項(必ずご確認ください)

1.解析サービスに関して
本サービスの解析は、弊社の海外提携先(Creative Proteomics社)にて実施されます。

2.サンプルの送付および取り扱いに関して
2.1 サンプルのご発送は、必ず、サンプル送付方法およびご注意点の内容に従ってください。送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れが起きない様にしてください。サンプルの入ったチューブには、油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバック等に入れてください。十分量の砕いたドライアイスとともに梱包してください。
2.2 サンプルは、なるべく休日を挟まない様に、弊社営業時間内(土日祝日、年末年始等を除く、平日9時~18時)に到着する様にご発送ください。なお、ご発送時の送料は、お客様負担となります。着払いではお受け取りできませんので、あらかじめご注意ください。
2.3 サンプル送付の際は、受託解析サービスQCシート及び免責事項同意書を同封してください。これらが同封されていない、または記入漏れがある場合、解析サービスに着手できませんので、ご注意ください。
2.4 解析元による抽出作業の結果、解析に必要な量が確保できないかった場合、サンプルの再送をお願いする場合があります。なお、再度サンプルをお送り頂く場合、提携先への再送料金をご負担頂きます。
2.5 ご送付頂く組織・細胞などは、できるだけ新鮮なものをご用意ください。本抽出サービスでは、解析に必要な量の確保を保証するものではありません。解析に必要な量が確保できない場合、サンプルの再送をお願いする場合がございます。再調整が困難な貴重なサンプルの場合などは、ご注意ください。
2.6 タンパク質の場合は凍結状態にして、組織・細胞の場合はペレット状態にして、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍宅急便にて、凍結状態にてご送付ください。
2.7 サンプル喪失等に対する補償・保険制度はありませんので、貴重なサンプルをご提供頂く際はご注意ください。
2.8 お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティーレベル2)までのものに限られます。感染性が著しく高いサンプル(HIV、HCV、HBVウイルス)に感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お預かりできませんので、予めご了承ください。ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。また、動物検疫・国際条約等に該当するサンプルの場合、輸送手続きに日数を要する、又はお取り扱いできないことがあります。こうしたサンプルは、弊社提携先にて受け入れが不能、又は拒否されたりする場合があります。
2.9 ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。(サンプルは解析終了時に破棄されます。)
2.10 本確認事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。
2.11 サンプル・業務等から生じた知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題について、弊社は一切の責任を負わないものとします。

(サンプル、QCシートおよび免責事項同意書のご送付先
 フィルジェン株式会社 受託解析部 宛
 〒459-8011 名古屋市緑区定納山一丁目1409番地
 Tel: 052-624-4388 Fax: 052-624-4389 E-mail: biosupport@filgen.jp  

3.キャンセルに関して
本サービスは、海外提携先(Creative Proteomics社)での解析という性質上、サンプル受領後のキャンセルはお引き受け出来ません。やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。

4.納品物に関して
納品物は、代理店経由でのお取引の場合、基本的に代理店を介してお送りします。納品データのバックアップは、必ずお客様にてお取りください。弊社でのデータ保管期間は、発送日から90日間です。弊社での保管期間を経過したデータは破棄されます。

お問い合わせ 受託解析部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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