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Home製品・サービス情報受託サービス質量分析iTRAQ®タンパク質発現・相対定量解析サービス(概要)>実験の流れ

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受託サービス
サービス別ラインナップ
・質量分析
+ Biognosys AG社 次世代プロテオーム解析サービス
- iTRAQ®タンパク質発現・相対定量解析
概要・価格
実験の流れ
サンプルのご準備
QCシート
+ iTRAQ®リン酸化部位同定・相対定量解析
+ iTRAQ®/TMTプロテオーム解析
+ SILACタンパク質発現・相対定量解析
+ Label Free タンパク質発現・相対定量解析
+ 免疫沈降(IP)プロファイリング
+ SRM/MRM タンパク質定量解析
+ タンパク質翻訳後修飾プロファイリング
+ タンパク質リン酸化部位同定プロファイリング
+ タンパク質同定プロファイリング
+ タンパク質同定解析
+ タンパク質配列マッピング解析
+ タンパク質質量測定解析
+ PTM-Plus(翻訳後修飾)解析
+ Glyco-Screen 解析
Glyco-Screen Plus 解析
+ ペプチドミクス解析
+ メタボローム解析
+ MassARRAY®解析
(SNPジェノタイピング/変異解析/DNAメチレーション解析)
+ データマイニング
  
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質量分析サービス
iTRAQ®タンパク質発現・相対定量解析サービス

新開発テクノロジーを凝集したハードウェアにより、卓越した分解能、質量精度、ダイナミックレンジ、さらには高速MS/MSスキャンなど、最高の結果を得るために必要な機能が大きく強化された、「SCIEX社製 TripleTOF(TM) 5600 System」と、「iTRAQ®試薬」、「ProteinPilot® Software」を用いて、iTRAQ®タンパク質発現・相対定量解析サービスをご提供致します。
iTRAQ®試薬を用いれば、最大8種類までの生体サンプル中のタンパク質を相対定量することができ、バイオマーカー探索をハイスループットで行うことができます。二次元電気泳動などの煩わしい操作は不要です。


実験の流れ


1 組織や細胞からのタンパク質抽出精製(オプション)
血清、血漿からのタンパク質精製(標準サービス)


お送り頂いた組織や細胞から、タンパク質を抽出精製します。
これらは、オプション作業となります。
また、血清・血漿から、タンパク質精製を行います。(標準サービス)


(お客様ご自身でタンパク質を抽出する場合の注意点)
*タンパク質抽出の際、通常のチューブなどを用いると、PP又はPEなど、チューブ材質由来のピークが検出され、ペプチドのイオン化を阻害し、データ解析に重大な影響を及ぼす可能性がありますので、ご注意ください。

質量分析受託解析/プロテオーム解析/タンパク質抽出・タンパク質精製

2 質量分析用サンプルの調整

測定タンパク質の前処理(タンパク質精製・buffer置換など)を行います。
MWCO=5,000のフィルターを使用します。

測定可能なサンプル最低量が得られなかった場合、下記のいずれかをご選択頂きます。
別途ご送付頂くサンプルにて、再度実験を行う。
本工程までの作業費として、「8,000円(税別)/サンプル」を別途ご請求させて頂きます。
解析の中止(本工程までの作業費として、「8,000円(税別)/サンプル」をご請求させて頂きます。)
また、オプションのタンパク質抽出料金は、上記以外に別途作業回数分をご請求させて頂きます。
3 測定タンパク質のQCチェック

トリプシン消化した測定サンプルの一部を用いて、簡易MS測定によるQCチェックを行います。QCチェック結果に問題があると判断した場合のみ、サンプル受領翌日より、15~20営業日を目安にご報告致します。
*解析タンパク質量が十分でない場合は、本工程を行わない場合もございます。

QCチェックにて測定可能なサンプルでない場合、下記のいずれかをご選択いただきます。

別途ご送付頂くサンプルにて、再度実験を行う。
本工程までの作業費として、「20万円(税別)/サンプル」を、別途ご請求させて頂きます。
解析の中止(本工程までの作業費として、「20万円(税別)/サンプル」をご請求させて頂きます。)
結果如何によらず、お預かりしたサンプルにて、解析を進める。(正規料金をご請求させて頂きます。)

質量分析受託解析/プロテオーム解析/iTRAQ試薬

4 測定タンパク質の調整

測定タンパク質(~150ug, min.30ug)のトリプシン消化、iTRAQ®試薬を用いた標識、測定サンプル混合など、測定準備を行います。
SCXのフラクションは、組織・細胞抽出タンパクの場合で、4~8程度です。血清・血漿の場合は、4~12程度です。
  
5 サンプル測定

nanoLCシステム及び、TripleTOF
TM 5600 Systemを用いて、測定データを確認しながら、最大下記の繰り返し数にて分析を行ないます。
TripleTOF5600 System: N=2~3

使用装置
・DiNa System(KYA TECH Corp.)
 (Column=HiQ sil C18 W-3, 0.15mm×50mm)
TripleTOFTM 5600 System(SCIEX)
  
6 データ解析

測定結果より、データ解析を行い、ProteinPilot®を用いて解析結果をまとめます。

De novoシークエンシング
・データベースサーチ
・FDR解析
・相対定量解析(iTRAQ®試薬を使用した場合に限る)
・Threshold(cut-off)>20%

注意)
1.データベースサーチにてヒットしなかった場合は、分析したMS/MSデータを解析結果とさせて頂きます。
2.データベースサーチは、設定1条件のみにて行います。異なる条件設定によるデータベースサーチ結果をご希望の方は、追加オプションを別途お申し込みください。
3.解析ファイルが16GBを超えた場合は、解析ソフトの対応ファイル容量を超えてしまい、データファイルが開かない可能性があります。その際には、解析対象となるMS測定ファイルを減らすか、thresholdを高めに設定するなどの再解析を行います。その際は、事前連絡納期よりもお時間をいただくことになりますが、ご了承ください。

質量分析受託解析/プロテオーム解析/ProteiPilot

7 追加データベースサーチ(オプション)

ご希望により、検索するソフトウェア及び、データベースを変更して、解析を行います。

・ProteinPilot®
 Human/Mouse/Ratの場合
 Human Protein, Mammalian_KBMS5.0, NCBInr, UniProt
 Human/Mouse/Rat以外の場合
 Mammalian_KBMS5.0
質量分析受託解析/プロテオーム解析/Mascot
8 データマイニングサービス(オプション)

ご希望により、データマイニングサービスを行います。
質量分析受託解析/プロテオーム解析/データマイニングサービス
9 解析データのご報告

データ解析結果を、CD-ROMまたは、DVD-ROMに収めて、ご報告致します。
・ProteinPilot解析結果ファイル(.group)
・同定されたタンパク質一覧表(Excel形式)
・FDR解析結果(英語表記のみ, Excel形式)
*同定されたペプチドは、膨大な数となるため、ProteinPilotのViewerにて閲覧してください。また、修飾検索情報につきましても、ProteinPilotのViewerにて閲覧してください。

通常の納期は、サンプル及び試薬キット入荷後、30~50営業日程度です。
しかしながら、本サービスは、混みあっている場合、納期が大幅に長くなる場合がありますので、当社までお問い合わせください。

*解析サンプル数・オプション作業の追加などにより、納期が標準よりも長くなる場合があります。
詳しくは、担当までお問い合わせください。

10 解析データ閲覧用ソフトウェアのダウンロード

解析データ詳細の閲覧には、「ProteinPilot® Software」が必要となりますので、ご使用のパソコン(Windowsのみ対応、16GB前後のファイルに対応できるもの)にて、「SCIEX社Webサイト(http://www.absciex.jp/)-サポート-ダウンロード」より、ProteinPilot® Softwareをご選択ください。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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