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Home製品・サービス情報受託サービス質量分析>ラベルフリー定量プロテオーム解析サービス

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受託サービス
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・質量分析
+ Biognosys AG社 次世代プロテオーム解析サービス
+ iTRAQ® プロテオーム解析
+ TMTプロテオーム解析
+ SILACタンパク質発現・相対定量解析
- ラベルフリー定量プロテオーム解析サービス
+ 免疫沈降(IP)プロファイリング
+ タンパク質プロファイリング
+ タンパク質同定解析
+ タンパク質配列マッピング解析
+ 抗体シークエンス解析
+ タンパク質質量測定解析
+ PTM-Plus(翻訳後修飾)解析
+ LC-MS tRNA修飾解析
+ グライコーム解析
+ Glyco-Screen 解析
+ ペプチドーム解析
+ メタボローム解析
+ リピドーム解析
+ MassARRAY®解析
(SNPジェノタイピング/変異解析/DNAメチレーション解析)
+ MSイメージング解析
+ その他分析サービス
  
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質量分析サービス
ラベルフリー定量プロテオーム解析サービス

本サービスは、2つ以上の生体サンプル中のタンパク質の相対量を測定する方法ですが、他の定量方法とは異なり、タンパク質の化学結合とラベリングに安定同位体を使用しません。iTRAQ や TMT、あるいは SILAC解析では困難な多数サンプルの相対定量を行う場合に有用な方法です。ラベルフリーの定量的プロテオミクスアプローチは、複雑な生体サンプルから数千のタンパク質の同定・定量する強力なツールです。
ラベルフリーによる解析方法は、プロテオーム解析では最もシンプルかつ低コスト、かつ短時間で解析を行うことができるため、タンパク質の解析で最も主流の分析方法の1つとなっています。


ラベルフリーとラベルベースでの定量化の違い


ラベルフリーで行うタンパク質の定量法は、iTRAQやTMT、SILACなどのラベルベースでの定量法と様々な違いがあります。
- ラベルフリー ラベルベース
分析時間 長い 短い
サンプルの前処理時間 短時間で処理可能 処理に時間がかかる
サンプル間の比較 難しい場合がある 比較的簡単
データ解析 様々な解析が可能 様々な解析が可能
研究デザイン 柔軟に対応可能 制限がある


サービス内容


タンパク質はまずプロテアーゼでペプチド混合物に消化され、その後タンデムMS(MS/MS)によって分析され、データベース検索によって識別されます。相対タンパク質存在量は、スペクトルカウントまたはクロマトグラフィーのピーク強度測定のいずれかによって決定されます。他のプロテオミクス手法と比較して、ラベルフリーの定量アプローチは迅速で感度が高く、二次元電気泳動と比較して、タンパク質のダイナミックレンジが3~4倍に増加します。

1. サンプル調整:タンパク質抽出*、還元、アルキル化、およびプロテアーゼによる消化
2. サンプルの分離と分析:LCおよびMS/MS(Nano LC-MS/MS解析)
  Nanoflow UPLC システムと接続した Orbitrap Q Exactive HF mass spectrometry(Thermo Fisher Scientific)を使用
3. データ解析:タンパク質の同定、相対定量数値化、バイオインフォマティクス解析*
4. データの解釈
*タンパク質抽出、および、バイオインフォマティクス解析はオプションとなります。

図1. LC/MSベースのラベルフリータンパク質定量の典型的なワークフローチャート

なお、上記の通り、本サービスではオプションとしてバイオインフォマティクス解析もご用意しております。
ご依頼頂いた場合は、タンパク質アノテーション、GO/KEGG 機能エンリッチメント解析、クラスター解析、タンパク質間相互作用解析などを実施いたします。
⇒バイオインフォマティクス解析のデモレポートは、こちら(PDF)

【納品物】
・実験手順、機器パラメータなどを含む詳細なレポート(PDF形式)
・質量分析データ(Excel形式)


必要サンプル条件


解析サンプルは抽出タンパク質の状態でご準備ください。
組織・細胞からのタンパク質抽出、血清・血漿からのタンパク質精製・抽出につきましては、オプションとなっております。

◆タンパク質同定・発現相対定量の場合の1サンプル当たりの総タンパク質量
推奨量:>150μg、最低量:>60μg、濃度:>1μg/μl

◆抽出バッファー
推奨:8M Urea Buffer(尿素をddH2Oで溶解し8Mに調整してください。pH調整の必要が無い様に新鮮なバッファー(使用前に調整)をご使用ください。また、プロテアーゼおよびホスフォターゼ阻害剤なども追加することを推奨いたします。
利用可:RIPA Buffer
※その他のバッファーを使用してタンパク質抽出を実施する場合はご相談ください。

タンパク質抽出の際に使用するチューブによっては、PPまたはPEなど、チューブ材質由来のピークが検出され、ペプチドのイオン化を阻害し、データ解析に重大な影響を及ぼす可能性がありますので、ご注意ください。また、過剰にボルテックスなどをかけない様にご注意ください。
タンパク質に界面活性剤など(ポリマー)が多量に残留していると、ポリマーがサンプル由来のペプチドのイオン化を阻害し、データ解析に重大な影響を及ぼす可能性がありますので、ご注意ください。
動物検疫・国際条約等に該当するサンプルの場合、輸送手続きに日数を要する、またはお取り扱いできないことがあります。こうしたサンプルは、弊社提携先にて受け入れが不能または拒否されたりする場合もございますので、事前にお問合せください。
その他、アセトン、トリクロロ酢酸(TCA)、メタノール/クロロホルムを利用したタンパク質沈殿法によるサンプル調整法もご利用頂けます。


価格


サービス名 税別価格/サンプル Cat.#
ラベルフリー定量プロテオーム解析サービス ¥63,000 F-CPM-LFQ-[サンプル数]
オプション
タンパク質抽出・精製 お問合せ -
バイオインフォマティクス解析(1比較目) ¥300,000 -
バイオインフォマティクス解析(2比較目以降) ¥103,000 -
3サンプル未満でご依頼頂いた場合は、解析のセットアップ費用として別途¥25,000(税別)の費用が発生します。
オプションのバイオインフォマティクス解析をご依頼頂く場合は、統計的優位性を保つため、1グループ n=3~5 で構成して頂く必要があります。
本サービスは、海外業務提携先で実施する解析のため、上記の解析料金の他、サンプルの海外輸送費が別途発生します。


ご注意事項(必ずご確認ください)


1. 解析サービスに関して
本サービスの解析は、弊社の海外提携先(Creative Proteomics社)にて実施されます。

2. サンプルの送付および取り扱いに関して
2.1 サンプルの発送は、必ず、「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行って下さい。送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れが起きない様にしてください。サンプルの入ったチューブには、油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバッグ等に入れてください。十分量の砕いたドライアイスとともに梱包してください。
2.2 サンプルは、なるべく休日を挟まない様に、弊社営業時間内(土日祝日、年末年始等を除く、平日9時~18時)に到着する様にご発送ください。なお、ご発送時の送料は、お客様負担となります。着払いではお受け取りできませんので、あらかじめご注意ください。
2.3 サンプル送付の際は、受託解析サービスQCシート及び免責事項同意書を同封してください。これらが同封されていない、または記入漏れがある場合、解析サービスに着手できませんので、ご注意ください。
2.4 解析元による抽出作業の結果、解析に必要な量が確保できなかった場合、サンプルの再送をお願いする場合があります。なお、再度サンプルをお送り頂く場合、提携先への再送料金をご負担頂きます。
2.5 オプションのタンパク質抽出をご依頼頂いた場合、ご送付頂く組織・細胞などは、できるだけ新鮮なものをご用意ください。本抽出サービスでは、解析に必要な量の確保を保証するものではありません。解析に必要な量が確保できない場合、サンプルの再送をお願いする場合がございます。再調整が困難な貴重なサンプルの場合などは、ご注意ください。
2.6 タンパク質の場合は、凍結状態にして、組織・細胞などの場合はペレット状態にして、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍宅急便にて、凍結状態にてご送付ください。
2.7 サンプル喪失等に対する補償・保険制度はありませんので、貴重なサンプルをご提供頂く際はご注意ください。
2.8 お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティレベル2)までのものに限られます。感染性が著しく高いサンプル(HIV、HCV、HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お預かりできませんので、予めご了承ください。ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。また、動物検疫・国際条約等に該当するサンプルの場合、輸送手続きに日数を要する、又はお取り扱いできないことがあります。こうしたサンプルは、弊社提携先にて受け入れが不能、又は拒否されたりする場合があります。
2.9 ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。(サンプルは解析終了時に破棄されます。)
2.10 本確認事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。
2.11 サンプル・業務等から生じた知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題について、弊社は一切の責任を負わないものとします。

◆サンプル、QCシートおよび免責事項同意書のご送付先
フィルジェン株式会社 受託解析部 宛
〒459-8011 名古屋市緑区定納山一丁目1409番地
Phone:052-624-4388 Fax:052-624-4389 E-mail:biosupport@filgen.jp

3. キャンセルに関して
本サービスは、海外提携先(Creative Proteomics社)での解析という性質上、サンプル受領後のキャンセルはお引き受けできません。やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。

4. 納品物に関して
納品物は、代理店経由でのお取引の場合、基本的に代理店を介してお送りします。納品データのバックアップは、必ずお客様にてお取りください。弊社でのデータ保管期間は、発送日から3か月間です。弊社での保管期間を経過したデータは破棄されます。


本ページは、Creative Proteomics社のホームページに掲載されている情報を引用させて頂いております。

お問い合わせ 受託解析部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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