Biognosys社次世代DIAプロテオミクス受託解析サービス| TrueDiscovery HRM-MS ディスカバリープロテオミクス受託解析サービス　：：フィルジェン株式会社：：

トランスレーショナルリサーチを促進するために、あらゆる生物学的マトリックス、および生物種からハイコンテントタンパク質を定量化するためのサービスを提供しています。本解析では、1回の処理または条件全体で数千種類のタンパク質をプロファイリングすることができ、サンプル間において発現調節されたタンパク質を的確に同定することが可能です。
本サービスでは、Biognosys社が共同開発し特許を取得した高度なデータ独立取得（DIA）ベースのタンパク質定量化テクノロジーである Hyper Reaction Monitoring(HRM^TM) を採用した、ラベルフリータンパク質による包括的なプロテオーム解析をご提供いたします。

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【Hyper Reaction Monitoring (HRM)とは？】

HRM 法は、Biognosys社が開発した Data Independent Acquisition (DIA) ベースのタンパク質定量ワークフローで、サンプルあたり最大13,000個のタンパク質を再現可能かつ正確に定量することで、比類のないプロテオームカバレッジを提供します。この技術は、イムノアッセイとMSショットガン解析の間にあるタンパク質分析のスケールと精度のギャップを埋めることが可能です。イムノアッセイ（ELISAなど）は、単一のタンパク質を正確に定量化できますが、1回の実験で複雑なサンプル中の複数のタンパク質を同時複数的に解析（多重化）することが困難です。逆にMSショットガン解析は、1回の実験で多くのタンパク質を同定できますが、再現性に乏しく、サンプル間で多くのタンパク質を確実に定量することが困難です。HRMは、ショットガン法（多重化）とMRM法（高い再現性と感度）の利点を組み合わせた技術です。

⇒Biognosys社による技術情報はこちら

【特長】

TMTやiTRAQなどの同位体標識によるプロテオーム解析アプローチと比較した場合、1サンプルから1つのデータを得られる非常にシンプルなアプローチであるため、ラベリング効率によるバイアスを回避することができ、また、同位体標識によるアプローチで制限される比較サンプル数の問題などがありません。

・あらゆる生物種および様々な生物試料に対応
・少量のサンプルで解析可能
・培養細胞、血液、組織、尿、CSFなどのサンプル準備に合わせた専用プロトコールをご用意

サービスアプリケーション

本サービスは、Biognosys社で開発された HRM 法を採用した質量分析による網羅的なタンパク質定量解析サービスです。HRMは、データ独立取得（DIA）を使用して、単一の機器で数千種類のタンパク質の同定が可能で、正確な定量を可能にしています。

【アプリケーション情報】

お客様のプロテオミクスのニーズに合わせて、5 種類のアプリケーションをご用意しています。（下記の同定数は目安です。サンプルの品質により同定数は変動する可能性があります。）

	【生体液バイオマーカー探索】高深度な分析により、血漿/血清中の 4,200 タンパク質、その他の生体液中の 11,000 以上のタンパク質を同定することが可能です。脳脊髄液（CSF）、尿、房水など、様々な生体液用に最適化されています。また、血漿/血清蛋白質の絶対定量解析用の専用パネル「PQ500」と組み合わせて解析（別途有償オプション）を実施することも可能です。
	【組織バイオマーカー探索】高深度な分析により、13,800 以上のタンパク質を同定することが可能です。新鮮な凍結組織、凍結乾燥組織、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）切片、細胞培養物など、あらゆる種類の固形生体サンプル用に最適化されています。
	【作用機序研究】分子標的の同定と生物学的経路の特性評価が可能です。様々な種類の生体サンプルに最適化されています。最小限のサンプル量で再現性の高い同定と定量を提供するハイスループットのパイプラインとなっています。
	【リン酸化プロテオームプロファイリング】高深度な分析により、数千種類のリン酸化タンパク質を同定することが可能です。生体サンプルとして多く利用される細胞や組織など、幅広い生物学的サンプルに最適化されています。
	【免疫ペプチドームプロファイリング】高深度な分析により、10,000 種類の MHC クラス I およびクラス II ペプチドを同定することができます。ヒト組織や細胞サンプル向けに最適化されています。最小限のサンプル量で再現性の高い同定と定量を提供するハイスループットのパイプラインとなっています。

【解析プラットフォーム】

本サービスは、2 タイプのプラットフォームをご用意しております。ご希望に合わせて解析プランをご選択いただくことが可能です。

プラットフォーム名	一般的なタンパク質プロファイリングにおけるタンパク質同定数
DeepHT	標準的な DIA 解析プラットフォームです。一般的な細胞/組織サンプルにおいて、一度の解析で 7,000～9,000 種のタンパク質を同定・定量化
UltraDeepHT	高深度な解析プラットフォームです。一般的な細胞/組織サンプルにおいて、一度の解析で 10,000 種のタンパク質を同定・定量化

【サンプル条件】

本サービスでは、様々な生物種および任意の生物試料に対して利用可能です。以下のサンプル条件はあくまでもこれまでのプロジェクトの経験を踏まえた目安となります。また、サンプルの種類はこれらの生物学的マトリックスに限定されているわけではございません。様々な種類の生物学的サンプルに対して、柔軟にプロテオミクスサービスをご対応させて頂きますので、お気軽にお問合せください。

サンプルタイプ	培養細胞	血漿/血清	組織（凍結）	尿およびCSF
必要サンプル量	2x10⁶個	100μL	5～10mg	尿：200μL CSF：100μL

※	一般的な翻訳語修飾（PTM）を分析することができます。PTMの化学量論以下の検出には、濃縮条件等の検討が必要です。そのため、PTM プロファイリング（リン酸化（pSTY および pY）、N-グリコシル化、アセチル化、メチル化、ユビキチン化、複数のヒストン修飾など）では、より多くのサンプル量を必要とします。また、血漿/血清サンプルは、豊富に含まれるタンパク質（IgG、アルブミンなど）の除去が必要となる場合があり、この場合もより多くのサンプル量を必要とします。

ご依頼方法

1.	解析内容の打ち合わせ大まかなサンプルの種類、サンプル数などの内容をお知らせください。本サービスはプロジェクト内容により、解析元である Biognosys 社とお客様の間で Web 会議が必要になる場合があります。プロジェクト内容がまとまり次第、弊社からお見積りをご案内させて頂きます。
2.	ご注文およびサンプル送付ご注文を頂いた後、解析サンプルとQCシート/免責事項同意書をお送りください。ご送付頂いた内容物を確認後、Biognosys社にサンプルを発送いたします。
3.	サンプル調製細胞、または組織の溶解、並びにタンパク質抽出を行います。タンパク質のトリプシン消化、精製、QCチェックを行います。［オプション - サンプル特異的なタンパク質に特化したアッセイライブラリーの拡張］リファレンスライブラリーに含まれていないタンパク質が見つかった場合、そのカバーを行います。ご要望に応じてアミノ酸修飾のペプチドの追加も可能です。
4.	HRMデータ取得サンプルは、試料注入ごとにBiognosys社が提供するHRMマップ内の全イオンシグナルを可視化的に記録する「data independent acquisition(DIA)法」を用いて、LC-MS/MSシステムで分析を行います。標的サンプルに特化した条件、勾配、通過口サイズ、サイクル数で解析が行われます。各HRMマップは、内部標準により出来る限り高い質量精度と保持時間で正規化されます。シグナル強度は様々なレベルの信号処理アルゴリズムを用いて正規化されます。
5.	タンパク質プロファイリングアッセイライブラリーによりペプチドを同定し、Biognosys社製ソフトウェアSpectronaut^TMにより、全HRMマップを定量化します。差動的発現解析、またはその他の適用可能な統計的手法によって、条件間のタンパク質発現差情報をご提供いたします。
6.	納品解析結果は解析元とお客様間でセミナーまたはウェビナーで提示および議論された後、最終的にPDFやExcel形式で納品いたします。納期は、サンプル到着後1.5～2 か月程度となります。・エクゼクティブサマリー・Material ＆ Methods（論文投稿に適した形式）・正規化されたデータ　検出されたすべてのタンパク質とその相対的なタンパク質強度　タンパク質注釈（Uniprotのナレッジベースに基づく）・データ解析（プロジェクト内容やご選択いただいたアプリケーションにより、集録内容が変わる場合があります。）　変動タンパク質の因子と有意差　変動係数　主成分分析（PCA）　部分的最小二乗回帰（PLS-DA）　クラスター解析/ヒートマップ　パスウェイ解析

価格

サービス名	アプリケーション	税別価格	カタログ＃
TrueDiscovery^TM ディスカバリープロテオミクス受託解析サービス	生体液バイオマーカー探索	お問合せ	F-BGS-BBD-［サンプル数］
	組織バイオマーカー探索		F-BGS-TBD-［サンプル数］
	作用機序研究		F-BGS-MOA-［サンプル数］
	リン酸化プロテオームプロファイリング		F-BGS-PHP-［サンプル数］
	免疫ペプチドームプロファイリング		F-BGS-IPP-［サンプル数］

※より精度の高いデータを取得するために、必ず生物学的レプリケート数を3以上で構成していただくことをお願いしております。

ご注意事項（必ずご確認ください）

【解析サービスに関して】

・	本サービスは、弊社の海外提携先（Biognosys社）にて解析を実施いたします。
・	お預かりできるサンプルは、BSL2（バイオセーフティレベル2）までのものに限らせていただきます。感染性が著しく高いサンプル（HIV, HCV, HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など）は、お受けできませんので、ご了承ください。
・	ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得たサンプルをご提供ください。
・	ご提供頂くサンプルおよび本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社では一切の責を負いかねます。
・	本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。やむを得ない理由でキャンセルされる場合は、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。QC結果等の問題でサンプルを再送する場合は、別途送料をご請求させて頂きます。
・	本確認事項を満たさない事で、別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。

【サンプルの送付および取り扱いに関して】

・	サンプルの発送は、必ず、「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。
・	送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れがおきない様にしてください。サンプルの入ったチューブに油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバック等に入れ、砕いたドライアイスとともに梱包してください。
・	QCシートおよび免責事項同意書をご記入の上、サンプルと同封してご送付ください。これらのシートが同封されていない場合、またはご記入漏れがある場合、解析サービスの着手が遅れる場合がございますのでご注意ください。
・	新鮮サンプルの場合、上記必要量のペレットを液体窒素凍結後、-80℃保存し、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍宅急便にて、凍結状態にてご送付ください。
・	本サービスは、海外での解析となりますので、お送り頂いたサンプルのご返却はできません。貴重なサンプル等はあらかじめご注意ください。
	◆サンプル送付先　※土日祝祭日および営業時間外のサンプル受け取りは不可　フィルジェン株式会社　受託解析部　宛　〒459-8011　名古屋市緑区定納山1丁目1409番地　Tel 052-624-4388　Fax 052-624-4389 　営業時間：9：00～18：00

本ページは、Biognosys社のウェブサイトの情報を一部引用しています。

お問い合わせ　受託解析部： biosupport@filgen.jp　P.052-624-4388

https://filgen.jp/