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大規模プロジェクト用プロテオーム解析

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MRM/PRM ターゲットプロテオミクスサービス
低分子-タンパク質間相互作用プロファイリング
LiP-MS ターゲットデコンボリューション解析サービス
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+ ラベルフリー定量プロテオーム解析
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+ 免疫沈降(IP)プロファイリング
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+ タンパク質配列マッピング解析
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+ PTM-Plus(翻訳後修飾)解析
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Glyco-Screen Plus 解析
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+ メタボローム解析
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Biognosys社 大規模プロジェクト用 プロテオーム解析
HRM-MSTM ディスカバリープロテオミクスサービス
概要 / サービスプラットフォーム / ご依頼方法 / 価格 / ご注意事項(必ずご確認ください)


概要

トランスレーショナルリサーチを促進するために、あらゆる生物学的マトリックスおよび、あらゆる種からのハイコンテントタンパク質定量化のためのサービスを提供しています。本解析では、1回の処理または条件全体で最大9,000種類のタンパク質をプロファイリングすることができ、サンプル間において発現調節されたタンパク質を的確に同定することが可能です。
本サービスでは、Biognosys社で開発された独自の次世代プロテオミクス技術である Hyper Reaction Monitoring(HRM)を採用した、ラベルフリータンパク質による包括的なプロテオーム解析をご提供いたします。

本サービスは、30サンプル以上の大規模プロジェクト用の解析となります。
少数サンプルでの解析には対応しておりませんので、予めご了承ください。

カタログダウンロード
(PDF)
【Hyper Reaction Monitoring (HRM)とは?】

Hyper Reaction Monitoring (HRM) 法は、Biognosys社で開発された次世代プロテオミクス技術です。この技術は、イムノアッセイとMSショットガン解析の間にあるタンパク質分析のスケールと精度のギャップを埋めることが可能です。イムノアッセイ(ELISAなど)は、単一のタンパク質を正確に定量化できますが、1回の実験で複雑なサンプル中の複数のタンパク質を同時複数的に解析(多重化)することが困難です。逆にMSショットガン解析は、1回の実験で多くのタンパク質を同定できますが、再現性に乏しく、サンプル間で多くのタンパク質を確実に定量することが困難です。HRMは、ショットガン法(多重化)とMRM法(高い再現性と感度)の利点を組み合わせた技術です。



Biognosys社による技術情報はこちら

【特長】

TMTやiTRAQなどの同位体標識によるプロテオーム解析アプローチと比較した場合、1サンプルから1つのデータを得られる非常にシンプルなアプローチであるため、ラベリング効率によるバイアスを回避することができ、また、同位体標識によるアプローチで制限される比較サンプル数の問題などがありません。

・あらゆる生物種および様々な生物試料に対応
・少量のサンプルで解析可能
・培養細胞、血液、組織、尿、CSFなどのサンプル準備に合わせた専用プロトコールをご用意

【アプリケーション例】

・2つの患者群からのCSFサンプルにおける差動的に発現するタンパク質の探索
・抗体薬物治療時の一次細胞上清中の分泌タンパク質同定
・薬物治療の際のマウス肝臓サンプルにおける活性化経路の探索
・120検体以上の尿からの大規模バイオマーカー探索


サービスプラットフォーム

本サービスは、Biognosys社で開発されたハイパーリアクションモニタリング(HRM)法を採用した質量分析による網羅的なタンパク質定量解析サービスです。HRMは、データ独立取得(DIAまたはSWATH)を使用して、単一の機器で数千種類のタンパク質の同定が可能で、正確な定量を可能にしています。

【プラットフォーム情報】

お客様のプロテオミクスのニーズに合わせて、4種類のサービスプラットフォームをご用意しています。

【ID】 - 短期間で費用効率の良いデータ取得
本サービスは、高いプロテオームカバレッジが期待でき、典型的なプロジェクトに最適です。
・実績のあるHRMワークフロー
・ディープスペクトルライブラリー
・時間とコストの効率化
【ID+】 - 長いLC勾配による多くのデータ取得
本サービスは、IDと比較して、よりサンプルの包括的なプロテオーム解析を希望される場合に最適です。
・より詳細なタンパク質を用いた、より深い分析のための伸長勾配
・ディープスペクトルライブラリー
【HighD】 - 超長時間LC勾配を特長とし、最新の高分解能質量分析計で実施
本サービスは、各プラットフォームの中で最も広範なプロテオーム解析が可能で、広範かつより深いタンパク質のプロファイリング研究に最適です。
・分析の最大深度および最も長い勾配を有し、最大数のタンパク質の同定
・ディープスペクトルライブラリー
【SpeeD】 - 短いLC勾配で処理時間を短縮し、数百サンプル規模の解析に対応
本サービスは、各プラットフォームの名kあで最も費用対効果が高い解析で、96サンプル以上となる非常に大規模なプロジェクトに対して、すばやくスクリーニングを行うことが可能です。特に、血漿、尿などの生体液サンプルに最適です。
・大規模プロジェクトのハイスループットオプション
・ディープスペクトルライブラリー

【対応サンプル、および各プラットフォームのタンパク質同定数の比較】

本サービスでは、プラットフォームを問わず、様々な生物種および任意の生物試料に対して利用可能です。また、ご要望に応じて翻訳語修飾解析にも対応することができます。以下は頻繁に要求されるサンプルタイプの詳細情報とタンパク質同定数を示しています。

サンプルタイプ 培養細胞 血液(血漿) 組織(凍結) 尿 CSF
プラットフォーム別
同定タンパク質数
ID: 4000-6000
ID+: 5000-7000
HighD: 6000-8000
SpeeD: 3000-5000
ID: 300-600
ID+: 400-700
HighD: 500-800
SpeeD: 300-500
ID: 4000-6000
ID+: 5000-7000
HighD: 6000-8000
SpeeD: 3000-5000
ID: 400-600
ID+: 500-800
HighD: 700-1200
SpeeD: 300-500
ID: 400-600
ID+: 500-800
HighD: 700-1200
SpeeD: 300-500
必要サンプル量 105~106 5~10μL 5~10mg 100~200μL 50~100μL
PTM解析
対応/非対応
リン酸化
グリコシル化
アセチル化
リン酸化
グリコシル化
アセチル化
リン酸化
グリコシル化
アセチル化
非対応 非対応
※SpeeDのみ翻訳語修飾解析には対応していません。


ご依頼方法
1. 解析内容の打ち合わせ
大まかなサンプルの種類、サンプル数などの内容をお知らせください。
本サービスは大規模プロジェクト用のサービスとなっており、プロジェクト内容について、解析元であるBiognosys社とお客様の間でWeb会議が必ず必要になります。プルジェクト内容がまとまり次第、弊社からお見積りをご案内させて頂きます。
2. ご注文およびサンプル送付
ご注文を頂いた後、解析サンプルとQCシート/免責事項同意書をお送りください。ご送付頂いた内容物を確認後、Biognosys社にサンプルを発送いたします。
3. サンプル調整
細胞、または組織の溶解、並びにタンパク質抽出を行います。タンパク質のトリプシン消化、精製、QCチェックを行います。
[オプション - サンプル特異的なタンパク質に特化したアッセイライブラリーの拡張]
リファレンスライブラリーに含まれていないタンパク質が見つかった場合、そのカバーを行います。ご要望に応じてアミノ酸修飾のペプチドの追加も可能です。
4. HRMデータ取得
サンプルは、試料注入ごとにBiognosys社が提供するHRMマップ内の全イオンシグナルを可視化的に記録する「data independent acquisition(DIA)法」を用いて、LC-MS/MSシステムで分析を行います。標的サンプルに特化した条件、勾配、通過口サイズ、サイクル数で解析が行われます。各HRMマップは、内部標準により出来る限り高い質量精度と保持時間で正規化されます。シグナル強度は様々なレベルの信号処理アルゴリズムを用いて正規化されます。
5. タンパク質プロファイリング
アッセイライブラリーによりペプチドを同定し、Biognosys社製ソフトウェアSpectronaut
TMにより、全HRMマップを定量化します。差動的発現解析、またはその他の適用可能な統計的手法によって、条件間のタンパク質発現差情報をご提供いたします。
6. 納品
解析結果は解析元とお客様間でセミナーまたはウェビナーで提示および議論された後、最終的にPDFやExcel形式で納品いたします。
納期は、サンプル到着後1~1.5か月程度となります。
・エクゼクティブサマリー
・Material & Methods(論文投稿に適した形式)
・正規化されたデータ
 検出されたすべてのタンパク質とその相対的なタンパク質強度
 タンパク質注釈(Uniprotのナレッジベースに基づく)
・データ解析
 変動タンパク質の因子と有意差
 変動係数
 主成分分析(PCA)
 部分的最小二乗回帰(PLS-DA)
 クラスター解析/ヒートマップ
 パスウェイ解析


価格

サービス名 プラットフォーム 税別価格 カタログ#
HRM-MS ディスカバリープロテオミクスサービス iD お問合せ F-BGS-ID-[サンプル数]
iD+ F-BGS-IDP-[サンプル数]
HighD F-BGS-HID-[サンプル数]
SpeeD F-BGS-SPD-[サンプル数]
※より精度の高いデータを取得するために、必ず生物学的レプリケート数を3以上で構成していただくことをお願いしております。


ご注意事項(必ずご確認ください)


【解析サービスに関して】
本サービスは、弊社の海外提携先(Biognosys社)にて解析を実施いたします。
お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティレベル2)までのものに限らせていただきます。感染性が著しく高いサンプル(HIV, HCV, HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お受けできませんので、ご了承ください。
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得たサンプルをご提供ください。
ご提供頂くサンプルおよび本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社では一切の責を負いかねます。
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。やむを得ない理由でキャンセルされる場合は、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。QC結果等の問題でサンプルを再送する場合は、別途送料をご請求させて頂きます。
本確認事項を満たさない事で、別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。

【サンプルの送付および取り扱いに関して】
サンプルの発送は、必ず、「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。
送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れがおきない様にしてください。
サンプルの入ったチューブに油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバック等に入れ、砕いたドライアイスとともに梱包してください。
QCシートおよび免責事項同意書をご記入の上、サンプルと同封してご送付ください。これらのシートが同封されていない場合、またはご記入漏れがある場合、解析サービスの着手が遅れる場合がございますのでご注意ください。
新鮮サンプルの場合、上記必要量のペレットを液体窒素凍結後、-80℃保存し、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍宅急便にて、凍結状態にてご送付ください。
本サービスは、海外での解析となりますので、お送り頂いたサンプルのご返却はできません。貴重なサンプル等はあらかじめご注意ください。

◆サンプル送付先 
※土日祝祭日および営業時間外のサンプル受け取りは不可
 フィルジェン株式会社 受託解析部 1グループ 宛
 〒459-8011 名古屋市緑区定納山1丁目1409番地
 Tel 052-624-4388 Fax 052-624-4389
 営業時間:9:00~18:00


本ページは、Biognosys社のウェブサイトの情報を一部引用しています。

(サービス) MRM&PRM ターゲットプロテオミクスサービス / LiP-MS ターゲットデコンボリューション解析サービス
(試薬) iRT Kit / HRM Calibration Kit / PQ500 Reference Peptides / Sample Preparation Kit

(関連ソフトウェア) SpectronautTM / SpectroDiveTM / SpectroMine

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