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次世代シークエンシング(NGS)サービス
ナノポアシークエンシング 受託解析サービス

フィルジェンでは、Novogene社との業務提携により、次世代シークエンス(次世代シーケンス)/ナノポアシークエンス受託解析サービスをご提供しております。


概要


本サービスは、Oxford Nanopore社製のPromethIONを採用した次世代シークエンスサービスです。PromethIONは、同社製品であるMinIONやGridIONの様にリアルタイム、ロングリード、ダイレクトなDNAおよびRNAシークエンスを行う技術を採用し、それらをより大規模に行うことのできる、最も高出力な装置です。群集規模のシークエンスや植物ゲノミクスの様な大規模プロジェクトに最適です。

【ナノポアシークエンスについて】

PromethIONの採用するシークエンステクノロジーは、電気泳動により一分子ずつナノポアを通過させるシークエンス技術です。ナノポアは超微細なサイズであるため、一度に1つの核酸重合体しか通過することができません。並んだ塩基がナノポアを通過する際、ポア内に置かれた2つのナノ電極対の間を通る電流が1塩基ずつ異なるため、その違いを測定し、シークエンスを行っていきます。
   

特長


リードが少ない場合や、大きな構造異変の検出が困難な場合、ゲノムが複雑でアセンブリが難しい場合などにナノポアシークエンスが有用なツールとなります。


統合計算により、リアルタイムのベースコール、およびそれ以降の解析が可能
48個のフローセルを搭載し、ハイスループットな実験が可能
最大1メガバイトまでの超ロングリードが可能

PromethION
チャンネル数 144,000
サンプル量 10pg~1μg
データ出力 6.2Tb(理論値)
リード長 最大1Mb(サンプル品質に依存)
所要時間 48時間(平均時間)
 
【ライブラリーの構築について】

本サービスでは、1D Ligation Sequencing Kit(Oxford Nanopore Technologies)を使用し、ライブラリー調整を行います。この方法はバーコードの有無で2つのライブラリー構築方法に利用することができます。
 

サービス内容


ご送付いただいたDNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。

【シークエンスプラットフォーム】
PromethION

【シークエンス量】
最大1Mb raw data/sample

【作業内容】
1. サンプルQCチェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作業
4. バイオインフォマティクス解析(ご希望の場合のみ)


納品物 


・FASTQ形式のシークエンスデータ


サンプル条件


サンプルタイプ 必要量 濃度 純度(NanoDropTM
ゲノムDNA
(メインフラグメント>40K)
3~5μg/ライブラリー NC/QC:<1.5
QC:>80ng/μL
O.D.260/280=1.8~2.0
O.D.260/230=2.0~2.2
* NC=Nanodrop Concentration, QC=Qubit Concentration
*NC/QC=NC÷QCで算出された濃度比。Nanodropの測定値は、塩分などの影響を受けやすく、NanodropとQubitの両方の測定結果を用いてコンタミを予測しています。
* NC/QC=NC÷QCで算出された濃度比。Nanodropの測定値は、塩分などの影響を受けやすく、NanodropとQubitの両方の測定結果を用いてコンタミを予測しています。
1. EDTA、Mg2+、変性剤(グアニジン塩、フェノールなど)、洗浄剤(SDS、Triton-X100など)、組織からのコンタミ(ヘム、フミン酸、ポリフェノールなど)が無いものをご準備ください。
※TrisAc、Tris-HCl、またはddH2Oは問題ありません。
2. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
※電気泳動は、次の条件を推奨します。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
3. RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
4. DNase、RNaseフリーの1.5mL又は2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
5. DNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE bufferにて保存してください。
※長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。
6. UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの測定を強く推奨します。
※UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いサンプルを準備してください。
7. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
8. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、あらかじめご了承ください。
9. プロジェクト内容によって、条件が変わる場合があります。


価格・納期


価格は、プロジェクトごとに異なりますので、詳しくは弊社までお問合せください。
お見積りの際は、以下の情報が必要です。
・生物種
・サンプル数
・データ量
・ご希望のインサートサイズ
・抽出方法
・解析をご希望の場合、解析目的をお知らせください。


ご注意事項


本サービスの解析は、弊社の海外提携先(Novogene社)にて実施されます。
本サービスは海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。
品質チェック(QCチェック)等の問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、提携先への再送料金をご負担頂きます。
余ったサンプルの返却は致しておりません。(サンプルは解析終了後に破棄されます。)
生データを含む解析結果は、発送から3ヵ月後に消去いたしますので、必ずバックアップをお取りください。
動物検疫・国際条約等に該当するサンプルの場合、輸送手続きに日数を要する、又はお取扱いできないことがあります。
※こうしたサンプルは、弊社提携先にて受け入れが不能、又は拒絶されたりする場合もございます。

 
お問い合わせ 受託解析部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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