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次世代シークエンシング(NGS)サービス
動植物全ゲノムシークエンシング 受託解析サービス

フィルジェンでは、Novogene社との業務提携により、次世代シークエンシング(次世代シーケンシング)/ゲノムシークエンシング受託解析サービスをご提供しております。
ワールドスタンダードとなった次世代シークエンス(NGS)データ解析用ソフトウェア”CLC Genomics Workbench(QIAGEN社/CLC bio)”も販売しております。



概要
  

動植物全ゲノムシークエンシング受託解析サービスは、illumina NovoSeq6000 にて、ゲノムDNAをシークエンスいたします。シークエンス量は、1Gb単位でご指定いただくことが可能であり、有償オプションとして、バイオインフォマティクス解析も用意しています。バイオインフォマティクス解析には、リファレンスが既知のサンプルの場合は、ゲノムに対するアライメント及び変異検出を行います。ゲノム未知のサンプルでバイオインフォマティクス解析を希望される場合は、ご相談ください。


特長


・次世代シークエンステクノロジーによるゲノムシークエンス
・シークエンス量は、1Gb単位で調整可能
・バイオインフォマティクス解析にも対応(有償オプション)


サービス内容


ご送付いただいたDNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)からシークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。バイオインフォマティクス解析(提携先であるNovogene社が用意する解析パッケージ)もご用意しています。

【シークエンスプラットフォーム】
illumina NovaSeq6000, PE150

【シークエンス量】
ご指定のデータ量(1Gb~raw data)/sample
※QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
※保証量は、お申し込みいただいたシークエンス量の98%となります。

【作業内容】
1. サンプルQCチェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作業
4. バイオインフォマティクス解析(有償オプション)
※ライブラリーについて、PCR-freeタイプにも対応いたします(別途有償)。
※De Novo解析の場合、サービス内容は、プロジェクト内容に依存して変更される場合があります。

【バイオインフォマティクス解析】
<解析パッケージ>
リファレンスゲノムが公開されているサンプルの場合、マッピング、変異検出、検出された変異へのアノテーションの各解析をまとめたパッケージをご用意しております(ゲノムリシークエンシング)。リファレンスが未知のサンプルの場合、ご相談ください。

ゲノムリシークエンシング

変異検出は、SNP/InDelの解析と、SNP/InDel/SV/CNVの解析の2種を用意しています。
※パッケージに解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。
デモレポートを用意しておりますので、ご希望される場合はご連絡をください(biosupport@filgen.jp)。

<データマイニングサービス(次世代シークエンシングデータ解析サービス)>
次世代シークエンシングデータ解析サービス」のページをご参照ください。
 


納品物


・サンプルQCレポート
・FASTQ形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合)
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。


サンプル条件


サンプルタイプ Amount(Qubit)® 液量 濃度 純度(NanoDropTM
推奨量 最小量
ゲノムDNA ≧2μg ≧1μg ≧20μL ≧50ng/μL O.D.260/280=1.8~2.0
no degradation, no contamination
DNAがFFPE由来の場合、及びPCR・freeライブラリーの場合は条件が異なりますので、お知らせください。
1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
※電気泳動は、次の条件で実施してください。1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40min.
2. RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
3. DNase, RNaseフリーの1.5mL又は2mLのチューブを使用してください(スクリューキャップ式を推奨します)。
4. DNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE bufferにて保存してください。
※長期保存の場合は、-20℃又は-80℃で保存してください。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースでの測定を強く推奨します。
※UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いサンプルを準備してください。
6. サンプル送付先および注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」を参照してください。
7. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、あらかじめご了承ください。
プロジェクト内容によって、条件が変わる場合があります。


価格・納期


【価格】

サービス内容 サンプル数 税別価格 *1 Cat.#
動植物全ゲノムシークエンシング受託解析サービス 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-WGSap(データ量)-(サンプル数)
動植物ゲノムシークエンス受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-WGSap(データ量)D-(サンプル数)
*1 海外へのサンプル輸送費用およびHDD/USB費用が別途必要です。

【納期】
約1.5ヶ月(バイオインフォマティクス解析付: 約2~2.5ヶ月)
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝祭日、解析状況等により、上記より日数をいただく場合がございますこと、予めご了承ください。


サービスの流れ


受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


ご注意事項


本サービスの解析は、弊社の海外提携先(Novogene社)にて実施されます。
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。
品質チェック(QCチェック)等の問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、提携先への再送料金をご負担いただきます。
余ったサンプルの返却は致しておりません(サンプルは解析終了後に破棄されます)。
生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたしますので、必ずバックアップをお取りください。
動物検疫・国際条約等に該当するサンプルの場合、輸送手続きに日数を要する、又はお取扱いできないことがあります。
※こうしたサンプルは、弊社提携先にて受け入れが不能、又は拒否されたりする場合もあります。

 
お問い合わせ 受託解析部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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