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次世代シークエンシングサービス
PacBio RSⅡ ロングリード 受託解析サービス

平均4Kb以上のロングリード解析!

フィルジェンでは、PacBio RSⅡ(次世代シークエンサー/次世代シーケンサー)を用いたロングリード受託解析サービスをご提供しております。ワールドスタンダードとなった次世代シークエンスデータ解析用ソフトウェア”CLC Genomics Workbench(CLC bio社)”も販売いたしております。


概要


PacBio RSⅡは、平均リードが約4kbを実現し、リアルタイムに1分子シークエンス機能を備えた革新的な第三世代DNAシークエンサーです。これまでの次世代シークエンサーに必要とされるPCR増幅が不要で、GC含有量に関わらず幅広いゲノム領域で均一なシークエンス結果を得ることができます。微生物などの新規ゲノム解析やコンティグ配列の整列などの解析に対応可能です。


サービスの仕様


使用機種 Pacific Bioscience社 PacBio RSⅡ
ライブラリー種類 ゲノムDNA Insert size: up to 10kb, 10-20kb

納品データ fastq, bas.h5, metadata.xml など
納期(標準) 約2ヶ月
* 本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受け出来ません。やむを得ない理由でキャンセルする場合は、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。QC結果やライブラリー作製等の問題で、再度サンプルを海外メーカーへ発送する場合は、別途送料をご請求させて頂きます。

【PacBio RSⅡのライブラリー作製手順】

1. サンプルとして2本鎖DNAを準備する。
2. DNAを断片化
3. SMRTbellアダプター(ヘアピン状のアダプター)を2本鎖DNAの両端に付加。
4. アダプターの一方の末端には、DNA合成開始に必要なプライマーが付加されている。
5. 分子のDNAポリメラーゼは、ライブラリーのSMRTbellアダプターに結合し、DNA配列を順に合成していきます。

【PacBio RSⅡのシークエンスについて】
PacBio RSⅡでは、上図のSMRT Cellにサンプルをアプライし、シークエンスを行います。このSMRT Cellには、150,000のZMW(穴)があり、この中で、1分子のDNAポリメラーゼによるDNA合成を行います。右図は、ZMWの拡大図です。穴の下方に固定されているものが、1分子のDNAポリメラーゼです。ヌクレオチドが取り込まれるときに、リン酸についた蛍光が自動的に切り離され、そのときレーザーで励起されて、A,T,G,Cに特徴的な波形データが得られます。これらの反応をリアルタイムに継続的に動画として記録していきます。最大の録画時間は120分です。長い配列をリードするためには、長い録画時間が必要となります。
より長い配列が必要な場合は、インサート長を長くし、精度を上げて読みたい場合は、インサート長が短いライブラリーを選択してください。

左図:SMRT Cell 右図:ZMWの拡大図  


必要サンプル量

サンプル ・ゲノムDNA(up to 10kb insert):10ug以上(40ng/uL以上)
・ゲノムDNA(10-20kb insert):20ug以上(200ng/uL以上)
O.D.260/280=1.8~2.0
O.D.260/230=1.8以上
1. 電気泳動写真を必ず添付してください。
必ず、RNase処理を行い、DNAの分解がされていないことを確認してください。
2. DNase、RNaseフリーのスクリューキャップ式の1.5mLエッペンチューブをご使用ください。
3. ゲノムDNAは、凍結融解をできる限り避け、保存してください。また、高温や極端なpH環境下(<pH6または>pH9 )にさらしたり、UV照射や蛍光標識をしない様にしてください。
4. UVスペクトルベースの方法では、RNA、dsDNA、ssDNA、フリーの核酸などの多くの核酸も同時に検出するため、ゲノムDNAの測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
5. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


価格

サービス内容 数量 税別価格 Cat.#
PacBio RSⅡ用 ライブラリー作製サービス
PacBio RSⅡ library(up to 10kb insert) 1サンプル お問合せ F-DL-PBLP10
PacBio RSⅡ library(10-20kb insert) 1サンプル お問合せ F-DL-PBLP20
PacBio RSⅡ用 シークエンスサービス
SMRT cell sequencing  1-7 SMRT cell お問合せ F-DL-PBSC
8 SMRT cell 以上 お問合せ F-DL-PBSC-8

 
お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 filgen.jp
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