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次世代シークエンシング(NGS)サービス
PacBio SequelⅡ ロングリード 受託解析サービス

フィルジェンでは、PacBio SequelⅡ(次世代シークエンサー/次世代シーケンサー)を用いたロングリード受託解析サービスをご提供しております。
Novogene社との業務提携により、サービス提供いたしています。



概要


Pacific Biosciences of California (PacBio)社の基盤技術SMRT®(一分子リアルタイム)シークエンスは、PCR増幅工程が不要で、GC含有量に関わらず幅広いゲノム領域で均一なシークエンス結果を得ることができます。微生物などの新規ゲノム解析やコンティグ配列の整列などの解析に対応可能です。


特長


長いリード長:数十キロベース長のリードにより、新規ゲノムのアセンブルや転写産物の全長配列情報が得られます。
高いコンセンサス精度:系統誤差(規則的なエラー)のないシークエンシングにより、99.999%を超えるコンセンサス精度が達成されます。
均一なカバレッジ:GC含量に左右されず、シークエンス全体にわたって均一なデータカバレッジを得ることができます。
一分子の解像度:native DNA 分子からは、99.99%を超える高精度でロングリードシークエンスデータを得ることができます。


サービスの仕様


ご送付頂いたDNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)からシークエンスまで実施いたします。
シークエンスは、下記2種類のモードからご選択いただけます。

【シークエンスモード】

・CLR(Continuous long read)モード
-数十kbものロングリードを出力: 非モデル生物の複雑なゲノムのアセンブリに有効
-データ出力量: 約80Gb data/1 SMRT cell
※データ量は、1SMRT cell 単位の他、1サンプルあたり1Gb単位でもご指定いただけます。

・CCS(circular consensus sequencing)モード
-インサート領域を複数passシークエンスして高精度なリード取得
-データ出力量: 約280Gb data/1 SMRT cell
-HiFiリードへの変換にも対応(有償オプション)

さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたしますので、ご希望の方はご相談ください。


納品物


・サンプルQCレポート
・サプリードデータ(BAM形式)
・HiFiリードデータ(BAM形式)(CCSモードでデータ変換オプションをお申込み頂いた場合)
・バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合)
・プロジェクトレポート

※USBメモリ/HDD等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合もあります。


サンプル条件


サンプルタイプ Amount
(Qubit®)
液量 濃度
(Qubit®)
純度
(NanoDrop
TM/Agarose Gel)
Genomic DNA ≧20μg ≧50μL ≧100ng/μL Fragments should be longer than 20Kbp;
no contamination;
non-viscous;
no EDTA contained in DNA elution buffer;
0 < O.D.260/230 < 3,
no degradation,
no contamination
PCR Products ≧10μg ≧50μL ≧100ng/μL no color;
no contamination;
non-viscous;
Full-length Amplicon ≧400ng ≧20μL ≧10ng/μL no multiple or smearing bands on Gel
1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
※泳動条件は、次の条件を推奨します。
  1.0% agarose gel; 0.5%xTBE solution; 180V 16min.
2. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
3. TotalRNAは、RNase-free H2O に溶解し、-80℃で保存してください。
4. DNase処理を行うことを強く推奨します。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
7. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、あらかじめご了承ください。


価格・納期


【価格】
サービス内容 税別価格 *1 Cat.#
PacBio SequelⅡCLRシークエンシングサービス *2 お問合せ F-Novo-SIICLR-L(サンプル数)-SC(CELL数)
PacBio SequelⅡCCSシークエンシングサービス お問合せ F-Novo-SIICCS-L(サンプル数)-SC(CELL数)
HiFiリード変換サービス お問合せ F-Novo-cvHIFI-(サンプル数)-SC(CELL数)
1. 海外へのサンプル輸送費用およびハードディスク費用が別途必要です。
2. SMRT Cell 単位の他、1サンプルあたり1Gb単位でデータ量をご指定頂けます。
*1. 解析サンプルの生物種が、海洋生物/水生生物/昆虫の場合、データ量の保証はできかねますこと、ご了承ください。
*2. バイオインフォマティクス解析をご希望の方は、ご相談ください。

【納期】

約2.5ヶ月
*1. 納期は、QCチェック合格後となります。
*2. 年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。


サービスの流れ


受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


納品物


* 本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先(Novogene社)にて実施されます。
* 本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。
* やむを得ない理由でキャンセルする場合は、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。
* サンプルの品質チェック(QCチェック)の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。
* ご提供いただいたサンプルの返却は、致しておりません。(サンプルは、解析終了後に破棄されます。)
* 生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去されます。
* サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能、又は拒否されたりする場合があります。

 
お問い合わせ 受託解析部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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