製品・サービス情報
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Arraystar社 次世代シークエンス(NGS)
エピトランスクリプトームシークエンス 受託解析サービス |
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Arraystar社（アメリカ）との業務提携による 次世代シークエンシング（次世代シーケンシング/NGS）サービスでは、サンプルからデータへのソリューションを提供します。エピトランスクリプトームシークエンスでは、RNA
免疫沈降シークエンシングにより、N6-メチルアデノシトシン（m6A）、1-メチルアデノシン（m1A）、5-メチルシチジン（m5C）、N4-アセチルチミジン（ac4C）、7-メチルグアノシン（m7G）、およびシュードウリジン（ψ）エピトランスクリプトーム修飾のいずれかをプロファイリングします。
m6A 修飾には、m6A 抗体免疫沈降による MeRIP 法と m6A リーダー GST-YTH 法によるプルダウンの 2 つの m6A-RNA
濃縮法をご用意しています。 |
 特長
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卓越した専門知識： DNA/RNA 修飾プロファイリングにおける10年以上の経験とスキル |
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サイトカバレッジ： 観察されたモチーフの適合性に限らず、転写産物中のあらゆる部位で修飾を検出 |
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高分解能： m6A サイトの100塩基以内の正確なピーク位置 |
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高精度： input コントロールの転写産物の存在量に基づいて修飾レベルを較正 |
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厳格なQC： MeRIP-PCR による高い MeRIP 効率の検証 |
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パブリケーション対応： メチル化変動解析、m6A ピーク分布、およびモチーフの同定 |
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 GST-YTH 法
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GST-HTH は、m6A RNA 濃縮用の GST タグを備えた、YTH-DF2 m6A リーダードメイン（a.a385-579）の組換え融合タンパク質です。YTH
は進化的に保存された構造ドメインであり、コンセンサス RRACH モチーフ内の m6A を選択的に「読み取り」、結合します［1］。構造的には、YTH
ドメインには 2～3 個のトリプトファン残基があり、m6A に対して芳香族ケージと結合ポケットを形成し、さらに m6A の前後のヌクレオチドとも相互作用することで、RRACH
モチーフに配列優先性を与えています［2-4］（図1）。すなわち、GST-YTH は m6A 構造および RRACH 配列モチーフに依存的に m6A
を含む RNA と結合する［1］が、そのいずれも m6Am や他の類似の RNA 修飾とは異なります。したがって、GST-YTH のプルダウン法は、m6A
抗体 MeRIP による様な他の構造的に類似した RNA 修飾［5］、特に m6Am［6］との交差反応性を示すことなく、m6A に対して高度に特異的です。
図1. YTHは、m6A 構造およびRRACH 配列モチーフ依存的に m6A 修飾 RNA に結合し、m6Am などの他の類似の RNA 修飾に対する交差反応性なしに、m6A
に対してより高い特異性を示します。
【Reference】
| 1. |
Wang X et al: N6-methyladenosine-dependent
regulation of messenger RNA stability. Nature 2014, 505(7481):117-120.[PMID:
24284625] |
| 2. |
Luo S, Tong L: Molecular basis for the recognition
of methylated adenines in RNA by the eukaryotic YTH domain. Proc Natl Acad Sci
U S A 2014, 111(38):13834-13839.[PMID: 25201973] |
| 3. |
Theler D et al: Solution structure of the YTH
domain in complex with N6-methyladenosine RNA: a reader of methylated RNA.
Nucleic Acids Res 2014, 42(22):13911-13919.[PMID: 25389274] |
| 4. |
Xu C et al: Structural basis for selective binding
of m6A RNA by the YTHDC1 YTH domain. Nat Chem Biol 2014, 10(11):927-929.[PMID:
25242552] |
| 5. |
Linder B et al: Single-nucleotide-resolution
mapping of m6A and m6Am throughout the transcriptome. Nat Methods 2015,
12(8):767-772.[PMID: 26121403] |
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 解析の流れ
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本サービスは、Total RNA～データ解析までのフルパッケージとなっています。
【解析ワークフロー】
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1. |
RNA サンプルの受け取り |
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RNA の QC チェック（濃度、純度、完全性：分解度）および Poly(A) 選択による Total RNA からの mRNA 単離 |
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mRNA の断片化 |
| 4. |
m6A, m1A, m5C, ac4C, m7G, Pseudouridine 抗体のいずれかによる免疫沈降 |
| 5. |
qPCR による IP 効率 QC |
| 6. |
ライブラリー調製 |
| 7. |
クラスター形成 |
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Illumina プラットフォームによるシークエンシング |
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データ抽出と解析： アライメント、ピークコールおよびアノテーション、モチーフ解析、メチル化ピーク変動解析、GO およびパスウェイ解析 |
【バイオインフォマティクス解析】
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本サービスのバイオインフォマティクス解析では、以下のデータを提供します。
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サンプル QC 結果 |
| ・ |
FASTQ および FASTA 形式のシークエンスデータ（Clean reads, Trimmed reads および Aligned reads） |
| ・ |
データ解析：
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シークエンスデータのQC |
| - |
ゲノム参照データベースへのリードマッピングとアライメント |
| - |
メチル化ピークのアノテーション |
| - |
メチル化ピークの変動解析（fold change≧2 and p-values≦0.05） |
| - |
変動メチル化ピークのボルケーノプロット図 |
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有意差のあるピークを含む遺伝子の GO/Pathway 解析 |
| - |
モチーフの同定 |
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| ・ |
プロジェクトサマリーレポート |
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【データ例】
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・トランスクリプトームにおける RNA 修飾のピーク分布
・m6A ピークの視覚化
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図1. ヒト ADAR1 および UBE2Q1 mRNA の m6A ピークを、提供されたトラックファイルをゲノムブラウザにロードすることによって視覚化 |
・mRNA 領域全体の修飾ピークリードの分布
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図2. mRNA の 5'UTR、CDS、および 3'UTR 領域における修飾ピークのピーク統計(a)および密度分布(b)。 |
・修飾ピーク配列のモチーフ解析
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図3. RNA修飾ピークの配列モチーフは、DREME アルゴリズムで同定され、配列ロゴ表現で示されます。 |
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 参考文献
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| 1. |
m6A modification of HSATIII lncRNAs regulates
temperature-dependent splicing. Ninomiya K, et al. The EMBO Journal, 2021
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| 2. |
A defined N6-methyladenosine (m6A) profile
conferred by METTL3 regulates muscle stem cell/myoblast state transitions.
Gheller B J, et al. Cell Death Discovery, 2020
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| 3. |
MTHFD2 links RNA methylation to metabolic
reprogramming in renal cell carcinoma. Green N H, et al. Oncogene, 2019
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サンプル条件
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| 品質条件 |
詳細 |
| 対象生物種 |
Human/Mouse/Rat |
| サンプルタイプ |
Total RNA |
| 必要量 |
推奨量：＞200μg、最小量：＞100μg |
| 濃度（Nanodropに基づく） |
＞20ng/μL |
| 純度（Nanodropに基づく） |
O.D.260/280：1.7～2.0
O.D.260/230：＞1.8 |
| RNA Integrity |
・ホルムアルデヒド変性 1 ％アガロースゲル電気泳動：
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18S および 28S rRNA のシャープなバンドが確認でき、28S および 18S rRNA のバンド強度比が 2：1 程度であること。 |
・BioAnalyzer： RIN＞7.0
※血清、血漿、エクソソームおよび FFPE など、分解や断片化され品質低下がよく知られているサンプルに由来するRNAについては、解析結果の品質が低い可能性があります。お客様の同意があれば、ご提供頂いたサンプルで解析を行うことは可能ですが、データ品質が悪い、あるいはデータが取得できない可能性もあり、データ取得の保証はできませんので、予めご注意ください。
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| ※ |
DNase、RNase フリーの 1.5ml マイクロチューブを使用してください（スクリューキャップ式を推奨） |
| ※ |
ヌクレアーゼフリーの分子生物学グレードの水に溶解し、-80℃で保存してください。 |
| ※ |
サンプルは、DNase 処理を行うことを推奨いたします。 |
| ※ |
UV スペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースでの測定を強く推奨します。 |
| ※ |
UV スペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いサンプルをご準備ください。 |
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価格
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| サービス名 |
修飾 |
税別価格 |
カタログ# |
エピトランスクリプトームシークエンス
受託解析サービス（抗体免疫沈降） |
m6A/m5C/m1A/ac4C/m7G/ψ
*いずれか1つを選択 |
￥361,000 |
F-AS-MRIPseq-［修飾］
-［H/M/R］-［サンプル数］ |
エピトランスクリプトームシークエンス
受託解析サービス（GST-YTH プルダウン） |
m6A |
お問合せ |
F-AS-GSTYTH-［H/M/R］
-［サンプル数］ |
| * |
input サンプルも含みます。 |
| ※ |
1サンプルの解析料金です。海外提携先への送料が別途必要になります。 |
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ご注意事項
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| 1. |
解析サービスに関して
本サービスの解析は、弊社の海外業務提携先（Arraystar社）にて実施されます。 |
| 2. |
解析に利用する製品に関して
本サービスの仕様は、事前の予告なく変更される場合があります。 |
| 3. |
お見積りに関して
正式なお見積書は、直接販売の場合には直接ご提出いたしますが、代理店経由の場合は代理店よりご提出させて頂きます。 |
| 4. |
サンプルの送付および取り扱いに関して
| 4.1 |
サンプルのご発送は、必ず、サンプル送付方法およびご注意点（PDF）の内容に従ってください。送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れがおきない様にしてください。サンプルの入ったチューブには、油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバッグ等に入れてください。RNAサンプルは、十分量の砕いたドライアイスとともに梱包して、クール便でお送りください。 |
| 4.2 |
サンプルは、なるべく休日をはさまない様に、弊社営業時間内（土日祝日、年末年始等を除く、平日9時～18時）に到着する様にご発送ください。なお、ご発送時の送料はお客様負担となります。着払いでは受け取りできませんので、あらかじめご注意ください。 |
| 4.3 |
サンプル送付の際は、受託解析サービスQCシートおよび免責事項同意書を同封してください。これらが同封されていない、または記入漏れがある場合、解析サービスに着手できませんので、ご注意ください。 |
| 4.4 |
ご送付いただいた RNA の品質チェックの結果、解析に必要な量が不足または低品質であった場合、サンプルの再送をお願いする場合があります。なお、再度サンプルをお送り頂く場合、業務提携先への再送料金をご負担いただきます。 |
| 4.5 |
弊社に起因しない（国内および国際輸送時など）サンプル喪失等に対する補償・保険制度はありませんので、貴重なサンプルをご提供頂く際はご注意ください。 |
| 4.6 |
お預かりできるサンプルは、BSL2（バイオセーフティーレベル2）までのものに限られます。感染性が著しく高いサンプル（HIV、HCV、HBVウイルス）に感染していることが確認されている患者由来の検体など）は、お預かりできませんので、予めご了承ください。ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。 |
| 3.7 |
ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了時に破棄されます。） |
| 3.8 |
本確認事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。 |
| 3.9 |
サンプル・業務等から生じた知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社は一切の責任を負わないものとします。 |
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| 4. |
キャンセルに関して
本サービスは、海外での解析という性質上、サンプル受領後のキャンセルはお引き受けできません。やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。
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| 5. |
納品物に関して
納品物は、代理店経由でのお取引の場合、基本的に代理店を介してお送りします。
納品データのバックアップは、必ずお客様にてお取りください。弊社でのデータ保管期間は、発送日から90日間です。弊社での保管期間を経過したデータは、破棄されます。 |
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本ページは、Arraystar社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
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