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次世代シークエンシング(NGS)サービス
lncRNA-Seq 受託解析サービス

フィルジェンでは、Novogene社との業務提携により、次世代シークエンス(次世代シーケンス/NGS)/lncRNA-Seq受託解析サービスをご提供しています。


概要


タンパク質をコードしない、200nts以上の長さのRNAを、long non-coding(lnc) RNAと呼びます。lncRNAは、哺乳動物系におけるX染色体不活性化、インプリンティング、多能性のメンテナンス、系列決定およびアポトーシスなどの細胞プロセスに重要な役割を果たしています。
lncRNAの発現解析は、治療に対する反応の予測、予後、疾病の診断のための新しいバイオマーカーとして有用です。


(Functions of LncRNAs)

(Classification of LncRNAs)


サービス内容


ご送付頂いたRNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。バイオインフォマティクス解析は、提携先であるNovogene社が用意する解析パッケージ、又は弊社の提供するデータマイニングサービスからお選び頂けます。

【シークエンスプラットフォーム】

illumina NovoSeq6000, PE150

【シークエンス量】
10Gb, 15Gb raw data/sample
*QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
*保証量は、お申込みいただいたシークエンス量の98%となります。
*シークエンス量は、1Gb単位で調整可能です。

【作業内容】
1. サンプルQCチェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作製
4. バイオインフォマティクス解析(有償オプション)

【バイオインフォマティクス解析】

<解析パッケージ>
以下の内容一式が含まれています。
・Data Quality Control
・Structural Analysis (Alternative Splicing(AS) & Variation Calling)
・lncRNA Identification & Annotation
・Expression Quantification & Differential Expression Profiling
・Functional Enrichment Analysis
・Protein-Protein Interaction(PPI) analysis
・lncRNA Target Gene Prediction

<データ解析例>
標準データ解析レポート(HTML形式のレポート)には、実験手順、シークエンスデータのクオリティー情報、lncRNAのフィルタリング、lncRNA発現解析、lncRNAターゲット予測、lncRNA標的遺伝子の機能分析などの結果がまとめられています。



データ解析パイプライン



納品物 


・サンプルQCレポート
・FASTQ形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合)
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。


サンプル条件


サンプルタイプ Amount(Qubit®) 液量 濃度 RIN(Agilent2100) 純度(NanoDropTM
Total RNA
(Animal)
≧3μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6.5
smooth base line
O.D.260/280: ≧2.0
O.D.260/230: ≧2.0
no degradation
no contamination
Total RNA
(Plant and Fungus)
≧3μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6
smooth base line
Exosome RNA ≧40ng ≧10μL - Fragments distributing
between 25~200nt
(by high sensitive Agilent 2100 Bioanalyzer),
FU>10, with no peak>2000nt
1. 電気泳動写真の添付を推奨します。
*電気泳動は、次の条件を推奨します。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
2. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
3. TotalRNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。
4. DNase処理を行うことを強く推奨します。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの測定を強く推奨します。
※UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いRNAを準備してください。
6. スピンカラムでRNA抽出・精製する際、miRNA等が除去されることがありますので、必ずキットの仕様を確認してください。
7. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
8. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、あらかじめご了承ください。


価格・納期


【価格】
サービス名 数量 税別単価 1) Cat.#
lncRNA-Seq 受託解析サービス
(10G raw data/sample)
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-LRS10-(サンプル数)
lncRNA-Seq 受託解析サービス
(15G raw data/sample)
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-LRS15-(サンプル数)
lncRNA-Seq 受託解析サービス
(10G raw data/sample)
バイオインフォマティクス解析付
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-LRS10D-(サンプル数)
lncRNA-Seq 受託解析サービス
(15G raw data/sample)
バイオインフォマティクス解析付
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-LRS15D-(サンプル数)

【納期】
約1.5ヶ月間(バイオインフォマティクス解析付き: 約2~2.5ヶ月間)
※納期は、QCチェック合格後の日数です。
※年末年始、夏季休業、祝日、解析状況等により、上記より日数を頂く場合がございます事、予めご了承ください。


サービスの流れ


受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


ご注意事項


本サービスの解析は、弊社の海外提携先(Novogene社)にて実施されます。
本サービスは海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。
品質チェック(QCチェック)等の問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、提携先への再送料金をご負担頂きます。
余ったサンプルの返却は致しておりません。(サンプルは解析終了後に破棄されます。)
生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたしますので、必ずバックアップをお取りください。
動物検疫・国際条約等に該当するサンプルの場合、輸送手続きに日数を要する、又はお取扱いできないことがあります。
※こうしたサンプルは、弊社提携先にて受け入れが不能、又は拒絶されたりする場合もございます。

お問い合わせ 受託解析部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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