製品・サービス情報
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次世代シークエンシング(NGS)サービス
lncRNA-Seq 受託解析サービス |
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フィルジェンでは、Novogene社との業務提携により、次世代シークエンス（次世代シーケンス/NGS）/lncRNA-Seq受託解析サービスをご提供しています。
 概要
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タンパク質をコードしない、200nts以上の長さのRNAを、long non-coding(lnc) RNAと呼びます。lncRNAは、哺乳動物系におけるX染色体不活性化、インプリンティング、多能性のメンテナンス、系列決定およびアポトーシスなどの細胞プロセスに重要な役割を果たしています。
lncRNAの発現解析は、治療に対する反応の予測、予後、疾病の診断のための新しいバイオマーカーとして有用です。
(Functions of LncRNAs)
(Classification of LncRNAs)
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 サービス内容
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ご送付頂いたRNAサンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。バイオインフォマティクス解析は、提携先であるNovogene社が用意する解析パッケージ、又は弊社の提供するデータマイニングサービスからお選び頂けます。
【シークエンスプラットフォーム】
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illumina NovoSeq6000, PE150 |
【シークエンス量】
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10Gb, 15Gb raw data/sample
*QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
*保証量は、お申込みいただいたシークエンス量の98％となります。
*シークエンス量は、1Gb単位で調整可能です。 |
【作業内容】
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1. サンプルQCチェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作製
4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション） |
【バイオインフォマティクス解析】
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＜解析パッケージ＞
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以下の内容一式が含まれています。
・Data Quality Control
・Structural Analysis (Alternative Splicing(AS) & Variation Calling)
・lncRNA Identification & Annotation
・Expression Quantification & Differential Expression Profiling
・Functional Enrichment Analysis
・Protein-Protein Interaction(PPI) analysis
・lncRNA Target Gene Prediction |
＜データ解析例＞
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標準データ解析レポート（HTML形式のレポート）には、実験手順、シークエンスデータのクオリティー情報、lncRNAのフィルタリング、lncRNA発現解析、lncRNAターゲット予測、lncRNA標的遺伝子の機能分析などの結果がまとめられています。
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 データ解析パイプライン
納品物
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・サンプルQCレポート
・FASTQ形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合）
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 |
 サンプル条件
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| サンプルタイプ |
Amount（Qubit®） |
液量 |
濃度 |
RIN(Agilent2100) |
純度（NanoDropTM） |
Total RNA
(Animal) |
≧3μg |
≧20μL |
≧50ng/μL |
≧6.5
smooth base line |
O.D.260/280： ≧2.0
O.D.260/230： ≧2.0
no degradation
no contamination |
Total RNA
(Plant and Fungus) |
≧3μg |
≧20μL |
≧50ng/μL |
≧6
smooth base line |
| Exosome RNA |
≧40ng |
≧10μL |
- |
Fragments distributing
between 25～200nt
(by high sensitive Agilent 2100 Bioanalyzer),
FU＞10, with no peak＞2000nt |
| 1. |
電気泳動写真の添付を推奨します。
*電気泳動は、次の条件を推奨します。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min. |
| 2. |
DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。（スクリューキャップ式を推奨します。） |
| 3. |
TotalRNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。 |
| 4. |
DNase処理を行うことを強く推奨します。 |
| 5. |
UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの測定を強く推奨します。
※UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いRNAを準備してください。 |
| 6. |
スピンカラムでRNA抽出・精製する際、miRNA等が除去されることがありますので、必ずキットの仕様を確認してください。 |
| 7. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 8. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、あらかじめご了承ください。 |
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価格・納期
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【価格】
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| サービス名 |
数量 |
税別単価 1) |
Cat.# |
lncRNA-Seq 受託解析サービス
（10G raw data/sample） |
1サンプル以上 |
お問合せ |
F-Novo-LRS10-（サンプル数） |
lncRNA-Seq 受託解析サービス
（15G raw data/sample） |
1サンプル以上 |
お問合せ |
F-Novo-LRS15-（サンプル数） |
lncRNA-Seq 受託解析サービス
（10G raw data/sample）
バイオインフォマティクス解析付 |
1サンプル以上 |
お問合せ |
F-Novo-LRS10D-（サンプル数） |
lncRNA-Seq 受託解析サービス
（15G raw data/sample）
バイオインフォマティクス解析付 |
1サンプル以上 |
お問合せ |
F-Novo-LRS15D-（サンプル数） |
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【納期】
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約1.5ヶ月間（バイオインフォマティクス解析付き： 約2～2.5ヶ月間）
※納期は、QCチェック合格後の日数です。
※年末年始、夏季休業、祝日、解析状況等により、上記より日数を頂く場合がございます事、予めご了承ください。 |
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サービスの流れ
ご注意事項
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本サービスの解析は、弊社の海外提携先（Novogene社）にて実施されます。 |
| ・ |
本サービスは海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。 |
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やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
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品質チェック（QCチェック）等の問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、提携先への再送料金をご負担頂きます。 |
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余ったサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） |
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生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたしますので、必ずバックアップをお取りください。 |
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動物検疫・国際条約等に該当するサンプルの場合、輸送手続きに日数を要する、又はお取扱いできないことがあります。
※こうしたサンプルは、弊社提携先にて受け入れが不能、又は拒絶されたりする場合もございます。 |
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