製品・サービス情報
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Biomarker Technologies社（BMKGene） 次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
シングル核 RNA シークエンス
(snRNA-Seq / 10X Genomics Chromium)
受託解析サービス |
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シングルセルキャプチャーおよびカスタムライブラリー構築技術の開発は、ハイスループットシークエンシングと相まって、細胞レベルでの遺伝子発現研究に革命をもたらしました。この画期的な進歩により、複雑な細胞集団のより深く、より包括的な分析が可能になり、全細胞の遺伝子発現の平均化に伴う制限を克服し、これらの集団内の真の不均一性を維持することができる様になりました。シングルセル
RNA シークエンシング（scRNA-seq) には否定できない利点がある一方で、シングルセル懸濁液の作成が困難で、新鮮なサンプルを必要とする特定の組織では課題に直面します。BMKGene
では、最先端の 10X Genomics Chromium 技術を用いたシングル核 RNA シークエンシング（snRNA-seq）を提供することで、この課題に対処しています。このアプローチにより、シングルセルレベルでのトランスクリプトーム解析に適したサンプルの範囲が広がります。 |
 サービス概要
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【技術概要】
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核の単離は、10X Genomics Chromium チップによって行われます。このシステム内では、バーコード、プライマー、酵素、および単一の核を組み込んだゲルビーズがナノリットルサイズの油滴に封入され、ゲルビーズインエマルジョン（GEM：Gel
Beads-in-Emulsion）を形成します。GEM 形成後、核 GEM 内で細胞溶解とバーコードの放出が起こります。その後、mRNA 分子は逆転写を受け
cDNA となり、10X バーコードとユニーク分子識別子（UMI：Unique Molecular Identifiers）が組み込まれます。これらの
cDNA はその後、標準的なシークエンシングライブラリ構築に用いられ、シングルセルレベルでの遺伝子発現プロファイルの堅牢かつ包括的な探索を容易にします。
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【特徴】
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解像度：100μM 凍結組織からのシングル核懸濁液の調製 |
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GEM（Gel Bead-in-Emulsion）の形成および cDNA 合成 |
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GEMの各ビーズには、以下の4つのセクションで構成されるプライマーを搭載
-mRNA プライミングおよび cDNA 合成のための poly(dT) テール
-増幅バイアスを補正するための Unique Molecular Identifier (UMI)
-10Xバーコード
-部分的な Read 1 のシークエンシングプライマーの結合配列 |
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【シングル核 RNA シークエンスの特長】
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シングル核 RNA シークエンスは、シングルセル RNA シークエンスの制限を回避し、以下を可能とします。
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新鮮なサンプルだけでなく、凍結サンプルでも使用可能 |
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新鮮細胞の酵素処理と比較し、凍結細胞はストレスが少ないため、ストレス誘導性遺伝子の低減がデータに反映される。 |
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赤血球を事前に除去する必要なし |
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細胞直径に制限なし |
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組織からの細胞分散時に細胞が凝集しやすい、あるいはダメージを受けやすい複雑な組織サンプルにも適応できる場合が多い。 |
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【scRNA-seq は非対応、snRNA-seq では対応可能なサンプル】
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| 細胞/組織 |
シングルセル解析で非対応な理由 |
| 新鮮ではない凍結組織 |
新鮮な組織にのみ対応（snRNA-seq は凍結および長期保存組織にも対応） |
| 筋細胞、巨核球、脂肪 |
細胞径が大きく、機器に入らないため |
| 肝臓 |
壊れやすく、単一細胞を区別できない。 |
| 神経細胞、脳 |
感受性が高く、ストレスがかかりやすいため、シークエンス結果に影響を与える可能性がある。 |
| 膵臓、甲状腺 |
内因性酵素が豊富で、単一細胞懸濁液の生産に影響する。 |
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【シングル核 vs シングルセル】
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| シングル核 |
シングルセル |
| 細胞径に制限がない |
細胞径：10-40μm |
| 凍結組織にも対応 |
新鮮な組織にのみ対応（凍結組織は非対応） |
| 凍結細胞に対して低ストレス |
酵素処理により、細胞にストレス反応が起こる可能性がある。 |
| 赤血球の除去は不要 |
赤血球の除去が必要 |
| 核は生体情報を表す |
細胞全体が生体情報を表す |
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【サービスの仕様】
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| 必要サンプル条件 |
細胞数：合計 1x106 以上、または 5x105 以上のフローソート細胞
組織：200 mg 以上
全血：4 mL以上 |
| ライブラリー |
10ｘ Genomics sn cDNA library |
| シークエンス条件 |
illumina PE150 |
| 推奨データ量 |
細胞あたり 100K PE reads (100～200 Gb） |
| サンプルQC |
700～1200 核/μL、顕微鏡下で核の完全性を観察 |
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【ワークフロー】
【バイオインフォマティクス解析】
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バイオインフォマティクス解析には、下記解析が含まれています。
・品質管理
細胞数、遺伝子検出、細胞の正確な同定、RNA 分子と発現の定量
・サンプル内分析
細胞クラスタリングおよびクラスターアノテーション
発現差解析：クラスター間での DEG 同定
クラスターDEG の機能アノテーションとエンリッチメント
・グループ間分析
データの組み合わせ
発現差解析：グループ間での DEG 同定
グループ DEG の機能アノテーションとエンリッチメント
・高度解析（有償オプション）
細胞周期解析
擬似時間解析
細胞コミュニケーション解析（CellPhoneDB）
遺伝子セットエンリッチメント解析（ＧＳＥＡ） |
【解析結果例】
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＜サンプル内分析＞
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細胞クラスタリング：
発現差解析：クラスターDEG
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＜グループ間分析＞
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発現差解析：グループDEG
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＜高度解析＞
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擬似時間解析：
細胞周期解析：
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【参考文献】
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10X ChromiumによるBMKGeneのシングル核シークエンスサービスがもたらす進歩を、以下の特集記事でご覧ください。
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Wang, L. et al. (2021)
‘Single-cell transcriptomic analysis reveals the immune landscape of lung in
steroid-resistant asthma exacerbation’, Proceedings of the National Academy of
Sciences of the United States of America, 118(2), p. e2005590118. doi:
10.1073/pnas.2005590118 |
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Zheng,
H. et al. (2022) ‘A Global Regulatory Network for Dysregulated Gene Expression
and Abnormal Metabolic Signaling in Immune Cells in the Microenvironment of
Graves’ Disease and Hashimoto’s Thyroiditis’, Frontiers in Immunology, 13, p.
879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
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Tian,
H. et al. (2023) ‘Single-cell transcriptome uncovers heterogeneity and immune
responses of leukocytes after vaccination with inactivated Edwardsiella tarda
in flounder (Paralichthys olivaceus)’, Aquaculture, 566, p. 739238. doi:
10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238. |
| ・ |
Yu,
Y. et al. (2023) ‘Photodynamic therapy improves the outcome of immune
checkpoint inhibitors via remodelling anti-tumour immunity in patients with
gastric cancer’, Gastric Cancer, 26(5), pp. 798–813. doi:
10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
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 ご注意事項 - 必ずお読みください。
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1. |
解析サービスに関して
本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 |
| 2. |
お見積りに関して
正式なお見積書は、直接販売の場合には直接ご提出いたしますが、代理店経由の場合は代理店よりご提出いたします。 |
| 3. |
サンプルの送付および取り扱いに関して
| 3.1 |
サンプルのご発送は、必ず、サンプル送付方法およびご注意点（PDF）の内容に従ってください。送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れがおきない様にしてください。サンプルの入ったチューブには、油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバッグ等に入れてください。 |
| 3.2 |
サンプルは、なるべく休日をはさまない様に、弊社営業時間内（土日祝日、年末年始等を除く、平日9時～18時）に到着する様にご発送ください。なお、ご発送時の送料はお客様負担となります。着払いでは受け取りできませんので、あらかじめご注意ください。 |
| 3.3 |
サンプル送付の際は、受託解析サービスQCシートおよび免責事項同意書を同封してください。これらが同封されていない、または記入漏れがある場合、解析サービスに着手できませんので、ご注意ください。 |
| 3.4 |
サンプルを凍結状態のまま輸送する場合は、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍宅急便にてご送付ください。また、解析に必要な量を確保できなかった場合、サンプルの再送をお願いする場合があります。なお、再度サンプルをお送り頂く場合、提携先への再送料金をご負担頂きます。 |
| 3.5 |
サンプル喪失等に対する補償・保険制度はありませんので、貴重なサンプルをご提供頂く際はご注意ください。 |
| 3.6 |
お預かりできるサンプルは、BSL2（バイオセーフティーレベル2）までのものに限られます。感染性が著しく高いサンプル（HIV、HCV、HBVウイルス）に感染していることが確認されている患者由来の検体など）は、お預かりできませんので、予めご了承ください。ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。また、動物検疫・国際条約等に該当するサンプルの場合、輸送手続きに日数を要する、又はお取り扱いできないことがあります。こうしたサンプルは、弊社提携先にて受入れが不能、又は拒否されたりする場合があります。 |
| 3.7 |
ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了時に破棄されます。） |
| 3.8 |
本確認事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。 |
| 3.9 |
サンプル・業務等から生じた知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社は一切の責任を負わないものとします。 |
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| 5. |
キャンセルに関して
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
| 6. |
納品物に関して
納品物は、代理店経由でのお取引の場合、基本的に代理店を介してお送りします。納品データのバックアップは、必ずお客様にてお取りください。弊社でのデータ保管期間は、発送日から90日間です。弊社での保管期間を経過したデータは破棄されます。 |
 価格・納期
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【価格】
| サービス名 |
税別価格 |
型番 |
シングル核 RNA シークエンス受託解析サービス
（10x Genomics Chromium） |
お問合せ |
F-BMK-snRNA-［サンプル数］ |
※本サービスは、海外業務提携先で実施する解析のため、上記の解析料金の他、サンプル海外輸送費が別途発生します。
【納期】
サンプル受領後約 2.5～3 か月
※サンプルQC合格の場合
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※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKGene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
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