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次世代シークエンシング(NGS)サービス
OncoTerra
TM Oncology 受託解析サービス
ProximoTM Hi-Cゲノムスキャフォールディング/ProxiMetaTM Hi-Cメタゲノムデコンボリューション/
CytoTerraTM Cytogenomics/OncoTerraTM Oncology

Phase Genomics社の OncoTerra
TM Oncology サービスは、高解像度ゲノム技術を活用して、精密腫瘍学の可能性を広げます。超長距離シークエンシングの独自の強みを活かし、FFPEサンプルに含まれる豊富な診断および予後情報を、コスト効率に優れた、スケーラブルなNGSベースのアッセイで実現しました。様々な種類のサンプルから、専用の装置を使用せずに、がんの発症に寄与する均衡型および不均衡型の構造再配列に関するゲノムワイドビューを取得可能です。
※現状、本解析サービスは、β版でのご提供となりますこと、予めご了承ください。



特長

●NGSベースの単一アッセイで、ゲノムワイドな染色体異常の検出
●FFPEサンプルからの包括的な細胞ゲノム情報
●専用装置なしで、多種多様なサンプルタイプに対応
●コンパニオン分析による新しい分子技術


解析の概要
 
近接ライゲーションは、固形腫瘍または血液サンプルから抽出したDNA中の短距離、長距離、および超長距離の細胞内DNA接触(上図の黒い円弧)を捕捉するために使用されます。同じ細胞に由来するキメラ接合部を回収し、Illumina®シークエンスライブラリを作製し、ペアエンドシークエンスにかけます。ゲノム上の任意の2つの遺伝子座間のゲノム距離が短くなるにつれて、シグナルが増加します。新しい OncoTerraTM Oncology Platform は、このユニークな情報を高い信頼性で推定し、がんと関連するすべての主要なタイプの染色体異常をゲノムワイドに検出することを可能にします。


解析の流れ

本サービスでは、固形腫瘍(通常はFFPE)または血液サンプルをお預かりし、標準的なISCN(国際命名規約: International System for Human Cytogenetic Nomenclature)および塩基配列に基づいた表記法による包括的で実用的なレポート作成までを行う、Sample-to-Report の NGSベースのオンコゲノミクスアッセイを提供します。



近接ライゲーションライブラリーをバイオプシーサンプルから調整します。ペアエンドシークエンシングは、イルミナプラットフォーム上でペアエンドシークエンスを実施します。得られたシークエンスデータは、完全自動化された Phase Genomics 社独自の計算ツールを使用してクラウドベースで解析が行われます。

OncoTerra プラットフォームは現在、包括的な Sample-to-Report サービスとして提供されていますが、ライブラリー調整キット(RUO)のご用意もございますので、ご興味がございましたら、お問合せください。


解析例


◆臨床サンプル中の主要な染色体異常をすべて同定



FFPE薄片(Curl)からクロマチンを遊離させるための Phase Genomics 社独自のケミストリーを用いて、様々な実世界のサンプルタイプを代表する臨床FFPEサンプルを処理しました。シークエンシングデータは、市販のソフトウェアと当社のディープラーニングベースの検出器を組み合わせて解析されました。転座、逆位、重複、欠失を含む染色体異常が検出された。この中には、染色体マイクロアレイ(CMA)では検出されない様なバランスのとれた再配列も多数含まれています。

超長距離シークエンシングのためのライブラリーを調整する Phase Genomics 社の方法は、刺激の強い有機溶媒を使用する必要がなく、FFPEサンプルのプレートベースの処理と互換性があります。これにより、リキッドハンドラーによる自動化が可能になり、スループットが向上し、プロセスコントロールも改善されます。
上記データは、主要な大学の細胞遺伝学研究室とで作成されたデータです。


ご提供いただくサンプルおよび情報

クロマチン架橋処理済みサンプル
新鮮な凍結組織、骨髄穿刺液、白血病血液、およびFFPEサンプルなどに対応可能です。


OncoTerraTM Oncology の資料

Product-Brochure_OncoTerra_Apr-2022.pdf


受託サービスの流れ

フィルジェン(株) 受託解析部

【解析内容の打ち合わせ】
ご希望とする内容をご連絡ください。(E-mail: biosupport@filgen.jp)
内容を確認後、お見積り、必要サンプル量、固定方法に関するガイドライン等の情報をご連絡いたします。

【解析サンプルの送付】
弊社宛に、固定済みサンプルとQCシートを併せてご送付ください。
送付された内容物とQCシートの内容が一致するかを弊社で確認し、弊社からPhase Genomics社(アメリカ)にサンプルを送付します。

(送付先)フィルジェン株式会社 バイオサイエンス部 受託2グループ
      〒459-8011 愛知県名古屋市緑区定納山一丁目1409番地
      Phone 052-624-4388

(費用についての注意点)
本サービスは、海外の業務提携先において解析を行うため、キャンセルはお引き受けできません。
やむを得ずキャンセルされる場合には、要した実費をご請求させて頂きます。

(注意点)

サンプル発送は、必ず「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。
送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れがおきない様にしてください。
サンプルの入ったチューブに油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバック等に入れてください。
*弊社営業日・営業時間は、土日祝祭日や年末年始などを除く、平日9時~18時までとなっておりますので、サンプルの弊社到着日にご注意ください。また、休日をはさまない様にご発送ください。
サンプル送付の際には、QCシートを同封してお送りください。同シートが同封されていない、または、ご記入漏れがある場合、解析サービスの着手が遅れる場合がございますので、ご了承ください。
お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティレベル2)までのものに限らせていただきます。感染性が著しく高いサンプル(HIV, HCV, HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お受けできませんので、ご了承ください。
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。
ご提供頂くサンプル及び本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社では、一切の責を負いかねます。
お送り頂いたサンプルは、ご返却いたしかねます。実験後のサンプルにつきましては、基本的には弊社側にて破棄させて頂きますので、ご了承ください。
本確認事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。

Phase Genomics社

【サンプル調整および次世代シークエンシング解析】
ご送付頂いたサンプルからライブラリー調整を行い、シークエンスデータ(Hi-Cデータ)を取得します。

【バイオインフォマティクス解析】
ご提供頂いたドラフトアセンブリと、Phase Genomics社にて取得したHi-Cデータから、染色体異常を検出します。

【解析データのご報告】
解析結果(レポート)をCD-R/DVD-Rに収録し、ご報告いたします。



価格

サービス内容 数量 税別単価 Cat.#
OncoTerraTM Oncology 受託解析サービス 1サンプル お問合せ お問合せ

お問い合わせ 受託解析部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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