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次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
ショットガンメタゲノムシークエンス 受託解析サービス

フィルジェンでは、メタゲノム受託解析サービスをご提供しております。Novogene社との業務提携により、サービスをご提供しております。


概要


メタゲノム解析は、環境中の微生物のゲノムDNAをすべて抽出・収集し、これらの全ゲノムを網羅的にシークエンス(シーケンス)します。得られた配列データをリファレンス配列と相同性検索をすることで、菌種の帰属や菌種組成、挿入、欠失などの情報が得られます。また、機能遺伝子のデータベースに対して、相同性検索を行うことで、その細菌嚢がどの様な機能遺伝子をもっているかの情報も得ることができます。


サービス内容


ご送付いただいたDNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。

【シークエンスプラットフォーム】
illumina NovaSeq6000, PE150

【シークエンス量】
6Gb, 12Gb raw data/sample
※QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
※保証量は、お申込み頂いたシークエンス量の98%となります。

【作業内容】
1. サンプルQCチェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作業
4. バイオインフォマティクス解析(有償オプション)

【受託解析サービスのワークフロー】


納品物


・サンプルQCレポート
・FASTQ形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合)
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによっては、納品物が変更される場合があります。


必要サンプル量

サンプルタイプ Amount(Qubit) 液量 濃度 純度
(NanoDrop
TM/Agarose Gel)
ゲノムDNA ≧400ng ≧20μL ≧20ng/μL O.D.260/280=1.8-2.0
No degradation, no contamination
1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
*電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
2. RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
3. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
4. ゲノムDNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE bufferまたはddH2Oにて保存してください。
*長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNA, dsDNA, ssDNA, フリーの核酸等も同時に検出するため、ゲノムDNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
*UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。
6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


価格・納期


【価格】

サービス内容 数量 税別単価 1) Cat.#
ショットガンメタゲノムシークエンス受託解析サービス
(6Gb raw data/sample)
1サンプル お問合せ F-Novo-MG6-(サンプル数)
ショットガンメタゲノムシークエンス受託解析サービス
(12Gb raw data/sample)
  
1サンプル お問合せ F-Novo-MG12-(サンプル数) 
ショットガンメタゲノムシークエンス受託解析サービス
(6Gb raw data/sample)
バイオインフォマティクス解析付
1サンプル お問合せ F-Novo-MG6D-(サンプル数)
ショットガンメタゲノムシークエンス受託解析サービス
(12Gb raw data/sample)
  
バイオインフォマティクス解析付
1サンプル お問合せ F-Novo-MG12D-(サンプル数) 
 1)海外へのサンプル輸送費用およびHDD/USB費用が別途必要です。

【納期】
約1.5か月(バイオインフォマティクス解析付: 約2~2.5ヶ月)
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、解析状況等により、上記より日数をいただく場合がございますこと、予めご了承ください。


ご注意事項


本サービスの解析は、弊社の海外提携先(Novogene社)にて実施されます。
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。
品質チェック(QCチェック)等の問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、提携先への再送料金をご負担いただきます。
余ったサンプルの返却は致しておりません(サンプルは解析終了後に破棄されます)。
生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたしますので、必ずバックアップをお取りください。
動物検疫・国際条約等に該当するサンプルの場合、輸送手続きに日数を要する、又はお取扱いできないことがあります。
※こうしたサンプルは、弊社提携先にて受け入れが不能、又は拒否されたりする場合もあります。

 
お問い合わせ 受託解析部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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