製品・サービス情報
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次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
メタゲノム 受託解析サービス |
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| フィルジェンでは、メタゲノム受託解析サービスをご提供しております。Novogene社との業務提携により、サービスをご提供しております。 |
 概要
| メタゲノム解析は、環境中の微生物のゲノムDNAをすべて抽出・収集し、これらの全ゲノムを網羅的にシークエンス（シーケンス）します。得られた配列データをリファレンス配列と相同性検索をすることで、菌種の帰属や菌種組成、挿入、欠失などの情報が得られます。また、機能遺伝子のデータベースに対して、相同性検索を行うことで、その細菌嚢がどの様な機能遺伝子をもっているかの情報も得ることができます。 |
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 サービスの仕様
| 使用機種 |
illumina Novaseq 6000 |
| ライブラリー種類 |
PE150 |
| シークエンス量 |
6Gb, 12Gb |
| 作業内容 |
サンプルQCチェック, ライブラリー作製, シークエンス作業, バイオインフォマティクス解析 |
納品データ
（標準） |
HDD/USB（NTFSフォーマット）にて、以下のデータを納品
・シークエンスデータ（.fastq）
・解析データ（.fasta, .xls, .txt, .html）
・解析レポート（.pdf, .html） |
| 最低注文数 |
2サンプル |
| 納期（標準） |
約2.5ヶ月 |
| * |
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。やむを得ない理由でキャンセルする場合は、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。QC結果やライブラリー作製などの問題で、再度サンプルをお送りする場合は別途送料(海外)をご請求させて頂きます。 |
| * |
QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 |
| * |
保証量は、お申し込みいただいたシークエンス量の98％となります。 |
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 受託解析サービスのワークフロー
 必要サンプル量
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・ゲノムDNA： 800ng以上（1.6μg以上を強く推奨）
・容量： 20μL以上
・濃度： 50ng/uL以上
・O.D.260/280： 1.8-2.0
・Buffer： TE BufferまたはddH2O |
| 1. |
電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
*電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40
min. |
| 2. |
RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。 |
| 3. |
DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。（スクリューキャップ式を推奨します。） |
| 4. |
ゲノムDNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE bufferまたはddH2Oにて保存してください。
*長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。 |
| 5. |
UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNA, dsDNA, ssDNA, フリーの核酸等も同時に検出するため、ゲノムDNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
*UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。 |
| 6. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
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illumina HiSeq 4000 |
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標準データ解析例
標準データ解析レポート（HTML形式のレポート）には、実験手順、シークエンスデータのクオリティー情報、アライメント結果、メチル化シトシンの同定、メチル化レベル、DMR解析などの結果がまとめられています。
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価格
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| サービス内容 |
数量 |
税別単価 1) |
Cat.# |
メタゲノム受託解析サービス
（6Gb) 標準データ解析付 |
1-4サンプル |
お問合せ |
F-Novo-MG6D-（サンプル数） |
| 5-9サンプル |
お問合せ |
| 10サンプル以上 |
お問合せ |
メタゲノム受託解析サービス
（12Gb) 標準データ解析付 |
1-4サンプル |
お問合せ |
F-Novo-MG12D-（サンプル数） |
| 5-9サンプル |
お問合せ |
| 10サンプル以上 |
お問合せ |
1)海外へのサンプル輸送費用およびハードディスク費用が別途必要です。 |
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