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次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
エクソーム エンリッチメント(Exome) 受託解析サービス
フィルジェンでは、Novogene社と業務提供し、次世代シークエンスサービス(次世代シーケンスサービス/NGS)/Agilent社SureSelectを用いたエクソームエンリッチメント受託解析サービスをご提供しております。ワールドスタンダードとなった次世代シークエンスデータ解析用ソフトウェア”CLC Genomics Workbench(CLC bio社)”も販売いたしております。


概要

全エクソームエンリッチメント解析(全エクソームシークエンス解析)では、ゲノム上のタンパク質コード領域をシークエンスします。このため、全ゲノムシークエンスの代替となる、費用対効果の高い解析法となっています。例えば、ヒト疾患と関連する遺伝子変異の多くが、タンパク質コード領域に見出されています。本サービスでは、Agilent社のSureSelectキットとillumina社のシークエンスプラットフォームを組み合わせることにより、全エクソームをシークエンスします。


特長


Agilent社のSureSelectキットとillumina社シークエンサーによる全エクソームの次世代シークエンス
ヒト以外にも、マウス、イヌ、ウシ、ゼブラフィッシュにも対応
有償オプションとしてバイオインフォマティクス解析も用意


サービス内容


ご送付いただいたDNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。バイオインフォマティクス解析は、提携先が用意する解析パッケージ、又は弊社の提供するデータマイニングサービスからお選びいただけます。

【シークエンスプラットフォーム】
 illumina NovaSeq 6000, PE150(ヒト・マウス)
 illumina HiSeq 2000/2500, PE100~125(ヒト・マウス以外)

【エクソームエンリッチメント】
 ・SureSelect Human All Exon V6
 ・SureSelect Human All Exon V6+UTR
 ・SureSelect Mouse All Exon
 ・SureSelect Bovine All Exon
 ・SureSelect Canine All Exon
 ・SureSelect Zebrafish All Exon

【保証データ量】
 ・6Gb, 12Gb raw data/sample(ヒト・マウス)
 ※データ量の保証は、QCチェックに合格したサンプルに限られます。


【作業内容】
 1.サンプルQCチェック
 2.エクソームキャプチャ&ライブラリー作製
 3.シークエンス作業
 4.バイオインフォマティクス解析(有償オプション)

【バイオインフォマティクス解析】

<解析パッケージ>
マッピング、変異検出、検出された変異へのアノテーションの各解析をまとめたパッケージをご用意しています。
全エクソームシークエンス
ヒトサンプルで同一個体由来のTumor-Normalペアサンプルの場合、somatic mutationの検出及びアノテーションも実施いたします。
ヒトサンプルの場合、さらなるオプション解析として、Advanced解析(Cancer, Monogenic disorder, Complex/Multifactorial disorder)も用意しております。
※パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。

<解析データ例>


Annotation Results of detected variants(a bridged).

解析例は、ヒト全エクソームシークエンス解析を示しています。
ご希望される方には、ヒト全エクソームシークエンス解析のデモレポートをお送りしておりますので、ご連絡ください。(biosupport@filgen.jp)

<データマイニングサービス(次世代シークエンシングデータ解析サービス)>
 「次世代シークエンシングデータ解析サービス」のページをご参照ください。


納品物


 ・サンプルQCレポート
 ・FASTQ形式のシークエンスデータ
 ・バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合)
 ・プロジェクトレポート
 ※USB等の記録メディアにて納品いたします。
 ※プロジェクトによっては、納品物が変更される場合もあります。


サンプル条件

サンプルタイプ Amount(Qubit) 液量 濃度 純度(NanoDrop)
推奨量 最少量
ゲノムDNA ≧2μg ≧1μg ≧20μL ≧20ng/μL O.D.260/280:1.8-2.0
no degradation or RNA contamination
1. 電気泳動写真を添付してください。
※泳動条件は、次を推奨します。:1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40min.
2. RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
3. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブをご使用ください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
4. DNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE Bufferにて保存してください。
※長期保存の場合は、-20℃又は、-80℃で保存してください。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、DNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
*UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。
6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
7. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、予めご了承ください。
8. FFPE由来DNAの場合は、条件が異なりますので、お問合せください。


価格・納期


【価格】
サービス名 保証データ量/サンプル 数量 税別単価 Cat.#
ヒト全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Human All Exon V6
6Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoH6G-(サンプル数)
12Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoH12G-(サンプル数)
ヒト全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Human All Exon V6+UTR
6Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoUH6G-(サンプル数)
12Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoUH12G-(サンプル数)
マウス全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Mouse All Exon
6Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoM6G-(サンプル数)
12Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoM12G-(サンプル数)
イヌ全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Canine All Exon
お問合せ お問合せ お問合せ お問合せ
ウシ全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Bovine All Exon
お問合せ お問合せ お問合せ お問合せ
ゼブラフィッシュ全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Zebrafish All Exon
お問合せ お問合せ お問合せ お問合せ
ヒト全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Human All Exon V6
バイオインフォマティクス解析付
6Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoH6GD-(サンプル数)
12Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoH12GD-(サンプル数)
ヒト全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Human All Exon V6+UTR
バイオインフォマティクス解析付
6Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoUH6GD-(サンプル数)
12Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoUH12GD-(サンプル数)
マウス全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Mouse All Exon
バイオインフォマティクス解析付
6Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoM6GD-(サンプル数)
12Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoM12GD-(サンプル数)
イヌ全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Canine All Exon
バイオインフォマティクス解析付
お問合せ お問合せ お問合せ お問合せ
ウシ全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Bovine All Exon
バイオインフォマティクス解析付
お問合せ お問合せ お問合せ お問合せ
ゼブラフィッシュ全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Zebrafish All Exon
バイオインフォマティクス解析付
お問合せ お問合せ お問合せ お問合せ
FFPE由来DNAサンプルの場合は、お問合せください。
Advanced解析については、お問合せください。

【納期】
 約1.5ヶ月間(バイオインフォマティクス解析付:約2ヶ月間)
 ※納期は、QCチェック合格後の日数です。
 ※年末年始、夏季休業、祝日、解析状況等により、上記より日数を頂く場合がございます事、予めご了承ください。


サービスの流れ


 「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


注意事項


本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先(Novogene社)にて実施されます。
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。
サンプルの品質チェック(QCチェック)の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。
ご提供頂いたサンプルの返却は、致しておりません(サンプルは解析終了後に破棄されます)。
生データを含む解析結果は、発送から3ヶ月後に消去されます。
サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受け入れが不能、又は拒否されたりする場合があります。


【関連サービス】
クリニカルシークエンスデータ解析サービス
ヒトサンプルの遺伝子変異データに対して、各種データベースのアノテーションデータやサンプルの臨床情報を対応付けし、有意な変異の検出および遺伝医学者(MD)がサインしたクリニカルレポートの作成を行います。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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