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次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
全エクソームシークエンス受託解析サービス

フィルジェンでは、Novogene社と業務提携し、次世代シークエンスサービス(次世代シーケンスサービス/NGS)/Agilent社SureSelectを用いたエクソームエンリッチメント受託解析サービスをご提供しております。ワールドスタンダードとなった次世代シークエンスデータ解析用ソフトウェア”CLC Genomics Workbench(QIAGEN社/CLC bio)”も販売しています。


概要


全エクソームエンリッチメント解析(全エクソームシークエンス解析)では、ゲノム上のタンパク質コード領域をシークエンスします。このため、全ゲノムシークエンスの代替となる、費用対効果の高い解析法となっています。例えば、ヒト疾患と関連する遺伝子変異の多くが、タンパク質コード領域に見出されています。本サービスでは、Agilent社のSureSelectキットとillumina社のシークエンスプラットフォームを組み合わせることにより、全エクソームをシークエンスします。


特長


Agilent SureSelect キットを使用
ヒト、マウスにも対応
有償オプションとしてバイオインフォマティクス解析も提供


サービス内容


ご送付いただいたDNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)からシークエンス作業まで実施します。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。バイオインフォマティクス解析は、提携先が用意する解析パッケージ、又は弊社の提供するデータマイニングサービスからお選びいただけます。

【シークエンスプラットフォーム】
illumina NovaSeq 6000, PE150

【エクソームエンリッチメント】
・SureSelect Human All Exon V6
・SureSelect Human All Exon V6+UTR
・SureSelect Mouse All Exon


【シークエンス量】
・6Gb, 12Gb raw data/sample
QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
保証量は、お申込みいただいたシークエンス量の98%となります。
上記データ量の他にも、シークエンス量は1Gb単位で調整可能です。

【作業内容】
1.サンプルQCチェック
2.エクソームキャプチャ&ライブラリー作製
3.シークエンス作業
4.バイオインフォマティクス解析(有償オプション)

【バイオインフォマティクス解析】

<解析パッケージ>
マッピング、変異検出、検出された変異へのアノテーションの各解析をまとめたパッケージをご用意しています。
全エクソームシークエンス
ヒトサンプルで同一個体由来のTumor-Normalペアサンプルの場合、somatic mutationの検出及びアノテーションも実施いたします。
ヒトサンプルの場合、さらなるオプション解析として、Advanced解析(Cancer, Monogenic disorder, Complex/Multifactorial disorder)も用意しております。
※パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。

<解析データ例>


Annotation Results of detected variants(a bridged).

解析例は、ヒト全エクソームシークエンス解析を示しています。
ご希望される方には、ヒト全エクソームシークエンス解析のデモレポートをお送りしておりますので、ご連絡ください。(biosupport@filgen.jp)

<データマイニングサービス(次世代シークエンシングデータ解析サービス)>
次世代シークエンシングデータ解析サービス」のページをご参照ください。


納品物


・サンプルQCレポート
・FASTQ形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合)
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによっては、納品物が変更される場合もあります。


サンプル条件


サンプルタイプ Amount(Qubit) 液量 濃度 純度(NanoDrop)
推奨量 最少量
ゲノムDNA ≧2μg ≧1μg ≧20μL ≧20ng/μL O.D.260/280:1.8-2.0
no degradation or RNA contamination
FFPE DNA - ≧0.8μg - - Fragments should be longer than 1500bp
1. 電気泳動写真を添付してください。
※泳動条件は、次を推奨します。:1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40min.
2. RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
3. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブをご使用ください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
4. DNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE Bufferにて保存してください。
※長期保存の場合は、-20℃又は、-80℃で保存してください。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、DNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
*UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。
6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
7. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、予めご了承ください。
8. FFPE由来DNAの場合は、条件が異なりますので、お問合せください。


価格・納期


【価格】
サービス名 保証データ量/サンプル 数量 税別単価 Cat.#
ヒト全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Human All Exon V6
6Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoH6-(サンプル数)
12Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoH12-(サンプル数)
ヒト全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Human All Exon V6+UTR
6Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoUH6-(サンプル数)
12Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoUH12-(サンプル数)
マウス全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Mouse All Exon
6Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoM6-(サンプル数)
12Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoM12-(サンプル数)
ヒト全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Human All Exon V6
バイオインフォマティクス解析付
6Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoH6D-(サンプル数)
12Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoH12D-(サンプル数)
ヒト全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Human All Exon V6+UTR
バイオインフォマティクス解析付
6Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoUH6D-(サンプル数)
12Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoUH12D-(サンプル数)
マウス全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Mouse All Exon
バイオインフォマティクス解析付
6Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoM6D-(サンプル数)
12Gb raw data 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ExoM12D-(サンプル数)
FFPE由来DNAサンプルの場合は、お問合せください。

【納期】
約1.5ヶ月間(バイオインフォマティクス解析付:約2~2.5ヶ月間)
※納期は、QCチェック合格後の日数です。
※年末年始、夏季休業、祝日、解析状況等により、上記より日数を頂く場合がございます事、予めご了承ください。


サービスの流れ


受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


注意事項


本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先(Novogene社)にて実施されます。
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求させて頂きます。
サンプルの品質チェック(QCチェック)の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。
ご提供頂いたサンプルの返却は、致しておりません(サンプルは解析終了後に破棄されます)。
生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。
サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受け入れが不能、又は拒否されたりする場合があります。

お問い合わせ 受託解析部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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