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Arraystar社 次世代シークエンス(NGS)
tRF&tiRNA-Seq 受託解析サービス

Arraystar社(アメリカ)との業務提携による 次世代シークエンシング(次世代シーケンシング/NGS)サービスでは、サンプルからデータへのソリューションを提供します。tRF&tiRNA-Seq プロファイリングから得られる豊富な情報は、この新しい研究分野での次のステップの研究を容易に進めるのに役立ちます。


概要

tRF 及び tiRNA は、tRNA から産生され、small non-coding RNA として、様々な機能を有することから、多くの疾患と関連しています(図1)。また、tRF と tiRNA は、RNA 干渉において、microRNA として機能することが知られています。(タンパク質との結合による mRNA の安定性の制御; シトクロームc との相互作用によるアポトーシスの制御; 代謝性疾患の世代間遺伝における父性エピジェネティック因子である胚性転写カスケードの変更; ストレス環境に対するストレス顆粒の産生)
tRF&tiRNA の組成・量は、細胞の種類や疾患状態に高度に依存しているため、優れたバイオマーカーとなっています[1]。例えば、tRF&tiRNA の比率は、がんの無増悪生存期間の良き指標であり、また予後マーカーの候補となっています[2]。また、tRNA 及び tRF&tiRNA 集団は、microRNA よりも非常に多く生物液中に存在しています[3-4]。
Arrastar社の tRF&tiRNA のシークエンシングサービスは、次世代シークエンスからデータ解析まで対応することにより、この新分野の研究を支援します。


図1. tRF&tiRNA の機能および疾患との関連

【Reference】

1. Telonis A.G. et al. (2015) "Dissecting tRNA-derived fragment complexities using personalized transcriptomes reveals novel fragment classes and unexpected dependencies." Oncotarget 6(28):24797-822[PMID26325506]
2. Olvedy M. et al. (2016) "A comprehensive repertoire of tRNA-derived fragments in prostate cancer." Oncotarget[PMID:27015120]
3. Schageman J. et al. (2013) "The complete exsome workflow solution:from isolation to characterization of RNA cargo." Biomed Res Int 2013:253957[PMID24205503]
4. Dhahbi J.M. et al. (2013) "5' tRNA halves are present as abundant complexes in serum, concentrated in blood cells, and modulated by aging and calorie restriction." BMC Genomics 14:298[PMID:23638709]


特長


厳格な QC プロセスにより、パフォーマンスが最適かされた tRFs&tiRNAs シークエンスメソッド
tRNA のトポロジーと統計的有意性に基づく正確なアノテーションと分類システム
全てのデータベースからの tRF および tiRNA の包括的なコレクション
tRFs&tiRNAs に特化したバイオインフォマティクスと統計学的解析
miRNA の発現差解析の追加
論文品質のグラフィックによるデータの視覚化
Arraystar社の tRNA 解析シリーズとのシームレスな統合: tRF&tiRNA-Seq, tRNA-Seq


解析の流れ


本サービスは、Total RNA~データ解析までのフルパッケージとなっています。


【解析ワークフロー】
1. RNA サンプルの受け取り
2. RNA の QC チェック: 濃度、純度、完全性(分解度)
3. ライブラリー調製および QC
4. Illumina プラットフォームによるシークエンシング
5. データ抽出、解析および要約

【バイオインフォマティクス解析】
本サービスのバイオインフォマティクス解析では、以下のデータを提供します。
サンプル QC 結果
FASTQ および FASTA 形式のシークエンスデータ(Clean reads, Trimmed reads および Aligned reads)
データ解析:
- シークエンスデータの QC
- tRF/tiRNA および miRNA 参照データベースへのリードマッピングとアライメント
- adaptor-trimmed reads の長さ分布
- tRNA 由来フラグメント(tRF)および tRNA 由来ハーフ(tiRNA)の同定とアノテーション
- tRF/tiRNA の発現プロファイリング
- tRF/tiRNA の発現差解析(fold change≧2 and p-values≦0.05)
- 発現変動 tRF/tiRNA の階層的クラスタリングヒートマップ
- 発現変動 tRF/tiRNA のスキャッタープロット
- 発現変動 tRF/tiRNA のボルケーノプロット図
- 既知 microRNA の発現プロファイリングと発現差解析
プロジェクトサマリーレポート

【データ例】

・発現変動プロファイリングとアノテーション


図1. tRF&tiRNA の配列、種類、長さ、tRNA の切断部位の詳細なアノテーションを含む変動解析データ表

・tRF&tiRNA サブタイプの円グラフ

図2. tRF&tiRNA サブタイプの分布。各色は、tRF&tiRNA のサブタイプを表しています。括弧内の数値は、tRF&tiRNA サブタイプの数を表しています。


参考文献


1. Small RNAs derived from tRNA fragmentation regulate the functional maturation of neonatal ß cells. Bayazit M B, et al. Cell Reports, 2022
2. Neuronal Nsun2 deficiency produces tRNA epitranscriptomic alterations and proteomic shifts impacting synaptic signaling and behavior. Blaze J, et al. Nature Communications, 2021
3. Structure of human cytomegalovirus virion reveals host tRNA binding to capsid-associated tegument protein pp150. Liu Y T, et al. Nature Communications, 2021
4. m5U54 tRNA Hypomodification by lack of TRMT2A Drives the Generation of tRNA-Derived Small RNAs. Pereira M, et al. International Journal of Molecular Sciences, 2021
5. Processing by RNase 1 forms tRNA halves and distinct Y RNA fragments in the extracellular environment. Nechooshtan G,et al. Nucleic Acids Research, 2020


サンプル条件


品質条件 詳細
対象生物種 GtRNAdb* に登録されている全生物種
*http://gtrnadb.ucsc.edu/cgi-bin/trna_chooseorg?org=&genelist=+++Go+to+Gene+List++
サンプルタイプ Total RNA
必要量 推奨量:>10μg、最小量:>5μg
濃度(Nanodropに基づく) >20ng/μL
純度(Nanodropに基づく) O.D.260/280:1.7~2.0
O.D.260/230:>1.8
RNA Integrity ・ホルムアルデヒド変性1%アガロースゲル電気泳動:
18Sおよび28S rRNA のシャープなバンドが確認でき、28S および 18S rRNA のバンド強度比が2:1程度であること。
・BioAnalyzer: RIN>7.0

血清、血漿、エクソソームおよびFFPEなど、分解や断片化され品質低下がよく知られているサンプルに由来するRNAについては、解析結果の品質が低い可能性があります。お客様の同意があれば、ご提出いただいたサンプルで解析を行うことは可能ですが、データ品質が悪い、あるいはデータが取得できない可能性もあり、データ取得の保証はできませんので、予めご了承ください。
DNase、RNase フリーの 1.5ml または 2ml マイクロチューブを使用してください(スクリューキャップ式を推奨)
ヌクレアーゼフリーの分子生物学グレードの水に溶解し、-80℃で保存してください。
サンプルは、DNase 処理を行うことを推奨いたします。
UV スペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースでの測定を強く推奨します。
UV スペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いサンプルをご準備ください。


価格

サービス名 税別価格 カタログ#
tRF&tiRNA-Seq 受託解析サービス ¥164,000 F-AS-tRFtiRseq-[サンプル数]
1サンプルの解析料金です。海外提携先への送料が別途必要になります。


ご注意事項

1. 解析サービスに関して
本サービスの解析は、弊社の海外業務提携先(Arraystar社)にて実施されます。
2. 解析に利用する製品に関して
本サービスの仕様は、事前の予告なく変更される場合があります。
3. お見積りに関して
正式なお見積書は、直接販売の場合には直接ご提出いたしますが、代理店経由の場合は代理店よりご提出させて頂きます。
4. サンプルの送付および取り扱いに関して
4.1 サンプルのご発送は、必ず、サンプル送付方法およびご注意点(PDF)の内容に従ってください。送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れがおきない様にしてください。サンプルの入ったチューブには、油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバッグ等に入れてください。RNAサンプルは、十分量の砕いたドライアイスとともに梱包し、クール便でお送りください。
4.2 サンプルは、なるべく休日をはさまない様に、弊社営業時間内(土日祝日、年末年始等を除く、平日9時~18時)に到着する様にご発送ください。なお、ご発送時の送料はお客様負担となります。着払いでは受け取りできませんので、あらかじめご注意ください。
4.3 サンプル送付の際は、受託解析サービスQCシートおよび免責事項同意書を同封してください。これらが同封されていない、または記入漏れがある場合、解析サービスに着手できませんので、ご注意ください。
4.4 ご送付いただいた RNA の品質チェックの結果、解析に必要な量が不足または低品質であった場合、サンプルの再送をお願いする場合があります。なお、再度サンプルをお送り頂く場合、業務提携先への再送料金をご負担いただきます。
4.5 弊社に起因しない(国内および国際輸送時など)サンプル喪失等に対する補償・保険制度はありませんので、貴重なサンプルをご提供頂く際はご注意ください。
4.6 お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティーレベル2)までのものに限られます。感染性が著しく高いサンプル(HIV、HCV、HBVウイルス)に感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お預かりできませんので、予めご了承ください。ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。
3.7 ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。(サンプルは解析終了時に破棄されます。)
3.8 本確認事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。
3.9 サンプル・業務等から生じた知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社は一切の責任を負わないものとします。
4. キャンセルに関して
本サービスは、海外での解析という性質上、サンプル受領後のキャンセルはお引き受けできません。やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。
5. 納品物に関して
納品物は、代理店経由でのお取引の場合、基本的に代理店を介してお送りします。
納品データのバックアップは、必ずお客様にてお取りください。弊社でのデータ保管期間は、発送日から90日間です。弊社での保管期間を経過したデータは、破棄されます。


本ページは、Arraystar社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
お問い合わせ 受託解析部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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