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Home製品・サービス情報受託サービス次世代シークエンシング(概要)>真核生物 mRNA-Seq 受託解析サービス(BMKgene)

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Biomarker Technologies社(BMKgene) 次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
真核生物 mRNA-Seq 受託解析サービス

フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング(次世代シーケンシング/NGS)/真核生物用 mRNA-Seq 受託解析サービスをご提供しています。


概要

mRNA シークエンシングは、汎用性の高い技術であり、特定条件における細胞内のすべての mRNA 転写産物の包括的なプロファイリングを可能にします。その幅広い応用により、この最先端のツールは、複雑で多様な遺伝子プロファイル、遺伝子構造、および多様な生物学的プロセスに関連する分子メカニズムを明らかにします。基礎研究、臨床診断、医薬品開発に広く採用されている mRNA シークエンシングは、細胞動態や遺伝子制御の複雑さに関する洞察を提供し、様々な分野でその可能性に対する好奇心を刺激します。


特徴

・poly(A) を用いた mRNA のキャプチャー
・オプション(無償)のdirectional library 調製により、ストランド特異的なシークエンスデータを取得可能
・遺伝子発現と転写産物構造解析を含むバイオインフォマティクス解析(有償オプション)


特長

豊富な専門知識
BMKgene では、培養細胞、組織、体積など多様なサンプルタイプにわたって 200,000 以上のサンプルを処理してきました。様々な研究領域において 10,000 件を超える mRNA-Seq プロジェクトの成功実績があります。
厳格な品質管理
サンプルやライブラリーの調製からシークエンシング、バイオインフォマティクスに至るまで、すべての段階にわたって管理ポイントを導入しています。この綿密なモニタリングにより、一貫して高品質の結果の提供を可能にしています。
包括的なアノテーション
複数のデータベースを用いて発現変動遺伝子(DEGs:Differentially Expressed Genes)に機能的アノテーションを付け、対応するエンリッチメント分析を行います。この包括的なアプローチにより、トランスクリプトーム反応の基礎となる細胞および分枝プロセスに関する洞察が得られ、プロジェクトの結果について十分な情報を取得できます。
解析完了後のサポート
プロジェクト完了後 3 か月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応いたします。


サービス内容

ご送付頂いた RNA サンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。

【シークエンスパラメーターとデータ解析内容】
シークエンス
プラットフォーム
Illumina NovaSeq X / X Plus
ライブラリータイプ Poly A enriched
ストランド非特異性/ストランド特異性ライブラリー のいずれかをご選択ください。
リード長 Paired-end 150 bp
推奨データ出力量 6 - 10 Gb
データ品質管理 Q30≧85%
データ解析 ・参照ゲノム配列あり

1. データ QC
2. 参照ゲノムへのリードマッピング
3. 転写産物の構造解析
4. 遺伝子発現解析
5. 発現変動解析(2つ以上のサンプルグループ)

・参照ゲノム配列なし(de novo)


1. データ QC
2. de novo トランスクリプトームアセンブリ
3. 複数のデータベース(NR、Swiss-Prot、COG、KOG、eggNOG、Pfam、GO、KEGG)を
  用いた遺伝子機能アノテーション
4. CDS 予測
5. SSR 解析
6. 遺伝子発現解析
7. 相関解析(生物学的複製のみ)
8. 変動発現解析(2つ以上のサンプルグループ)
9. 変動発現遺伝子のエンリッチメント解析
10. タンパク質相互作用解析
推奨データ出力量は、参考値です。
QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。

<作業内容>
1. サンプル QC チェック
2. mRNA 濃縮
3. ライブラリー作製
4. シークエンス作製
5. バイオインフォマティクス解析(有償オプション)

<解析データ例(参照ゲノム配列あり)>

Reference Genome Alignment


Data Saturation


Sample Correlation and assessment of biological replicates


Differentially Expressed Genes (DEGs)


Functional Annotation of DEGs


Functional Enrichment of DEGs



納品物

・サンプル QC レポート
・FASTQ 形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合)
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。


サンプル条件

ライブラリータイプ 各種必要条件詳細 RIN(Agilent2100) 純度(NanoDropTM
ストランド非特異性ライブラリー/
ストランド特異性ライブラリー
サンプルタイプ:Total RNA
量:≧0.2μg
液量:≧20μL
濃度:≧10ng/μL
植物:RIN≧4.0
動物:RIN≧4.5

5.0≧28S/18S≧1.0
Limited or no baseline elevation
O.D.260/280:1.7-2.5
O.D.260/230:0.5-2.5
Limited or no protein or DNA contamination shown on gel
* Total RNA 抽出からの作業をご希望の場合はお問合せください。
1. DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL(推奨)のチューブを使用してください。
2. Total RNA は、RNase-free H2O に溶解し、-80℃で保存してください。
3. DNase 処理を行うことを強く推奨します。
4. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
5. サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。


価格・納期

【価格】
サービス名 データ量 1) サンプル数 税別単価 2) 型番
真核生物用 mRNA-seq 受託解析サービス  6 Gb 1サンプル以上 お問合せ お問合せ
真核生物用 mRNA-seq 受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付き
 
6 Gb 1サンプル以上 お問合せ お問合せ
真核生物用 mRNA-seq 受託解析サービス
バイオインフォマティクス(De novo)解析付き
 
6 Gb 1サンプル以上 お問合せ お問合せ
1) 取得データ量は、1サンプル1Gb単位でご指定頂きます。上記以外のデータ量をご希望の場合にはお問合せください。
2) 海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。

【納期】
 約 1.5 か月(バイオインフォマティクス解析付:約2~2.5か月)
 ※納期は、QCチェック合格後となります。
 ※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。


サービスの流れ


受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


ご注意事項 (必ずご確認ください)


1. 本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先(Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。
2. お見積りに関して
正式なお見積書は、直接販売の場合には直接ご提出いたしますが、代理店経由の場合は代理店よりご提出いたします。
3. サンプルの送付および取り扱いに関して
3.1 サンプルのご発送は、必ず、サンプル送付方法およびご注意点(PDF)の内容に従ってください。送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れがおきない様にしてください。サンプルの入ったチューブには、油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバッグ等に入れてください。
3.2 サンプルは、なるべく休日をはさまない様に、弊社営業時間内(土日祝日、年末年始等を除く、平日9時~18時)に到着する様にご発送ください。なお、ご発送時の送料はお客様負担となります。着払いでは受け取りできませんので、あらかじめご注意ください。
3.3 サンプル送付の際は、受託解析サービスQCシートおよび免責事項同意書を同封してください。これらが同封されていない、または記入漏れがある場合、解析サービスに着手できませんので、ご注意ください。
3.4 サンプルを凍結状態のまま輸送する場合は、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍宅急便にてご送付ください。また、解析に必要な量を確保できなかった場合や、サンプルの品質チェック(QCチェック)の結果やライブラリー調製などの問題から、サンプルの再送をお願いする場合があります。なお、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への再送料金をご負担頂きます。
3.5 サンプル喪失等に対する補償・保険制度はありませんので、貴重なサンプルをご提供頂く際はご注意ください。
3.6 お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティーレベル2)までのものに限られます。感染性が著しく高いサンプル(HIV、HCV、HBVウイルス)に感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お預かりできませんので、予めご了承ください。ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。また、動物検疫・国際条約等に該当するサンプルの場合、輸送手続きに日数を要する、又はお取り扱いできないことがあります。こうしたサンプルは、弊社提携先にて受入れが不能、又は拒否されたりする場合があります。
3.7 ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。(サンプルは解析終了時に破棄されます。)
3.8 本確認事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。
3.9 サンプル・業務等から生じた知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社は一切の責任を負わないものとします。
4. 解析データに関して
生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。
5. キャンセルに関して
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。
6. 納品物に関して
納品物は、代理店経由でのお取引の場合、基本的に代理店を介してお送りします。納品データのバックアップは、必ずお客様にてお取りください。弊社でのデータ保管期間は、発送日から90日間です。弊社での保管期間を経過したデータは破棄されます。



※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
【お問合せ】
受託解析部
Phone 052-624-4388

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