製品・サービス情報
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Biomarker Technologies社（BMKgene） 次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
動植物 de novo ゲノムシークエンス 受託解析サービス |
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| フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング（次世代シーケンシング/NGS）/動植物 de novo ゲノムシークエンス受託解析サービスをご提供しています。 |
 概要
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De novo シークエンシングとは、参照ゲノムがない場合において、シークエンシング技術を用いて生物種の全ゲノムを構築することを指します。より長いリードを特徴とする第
3 世代シークエンシングの導入と普及により、リード間のオーバーラップが増加し、ゲノムアセンブリが大幅に向上しました。この機能強化は、高いヘテロ接合性、高い反復領域比率、倍数体、そして反復エレメント、異常な
GC 含有量、または高い複雑性を示す領域など、ショートリードシークエンシングのみでは通常アセンブルできない様な困難なゲノムを扱う場合に特に有効です。
本サービスでは、シークエンシングとバイオインフォマティクス解析を統合したワンストップソリューションであり、高品質の de novo アセンブルゲノムを実現します。Illumina
による最初のゲノムサーベイでは、ゲノムのサイズと複雑性を推定し、この情報を基に次のステップである PacBio HiFi によるロングリードシークエンシングを実施、その後、コンティグの
de novo アセンブルが行われます。続いて、HiC アセンブリを使用することで、コンティグをゲノムに固定し、染色体レベルのアセンブリを取得できます。最後に、ショートリードとロングリードによるトランスクリプトームを利用し、遺伝子予測と発現遺伝子の配列決定によって、ゲノムにアノテーション付けを行います。
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 特徴
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・複数のシークエンサーおよびバイオインフォマティクスサービスをワンストップソリューションに統合
ゲノムサイズを推定し、次の工程をガイドするための illumina によるゲノムサーベイ
コンティグの de novo アセンブリのためのロングリードシークエンシング
染色体アンカーのための Hi-C シークエンシング
遺伝子のアノテーション付けのための mRNA シークエンシング
アセンブリのバリデーション
・新規ゲノムの構築または既存の参照ゲノムの改良に適したサービス |
 特長
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豊富な専門知識と実績
1,000 種以上のゲノム配列決定における蓄積された経験により、800件以上の論文を発表、累積インパクトファクターは 4000 を超えています。
二倍体ゲノム、倍数体および異質倍数体種を含む、多様な生物種の高度に複雑なゲノムのアセンブリにおいて膨大な経験を積んできました。2018年以降、BMKgene
社は 200 件を超えるインパクトの高い論文出版に貢献し、そのうち 15 件は、Nature Genetics に掲載されています。 |
| ◆ |
ワンストップスリューション
複数のシークエンス技術とバイオインフォマティクス解析を一連のワークフローに統合したアプローチにより、高品質なアセンブルゲノムを提供します。 |
| ◆ |
お客様のニーズに合わせたカスタマイズ
本サービスのワークフローはカスタマイズに対応しており、多様な特徴を持つゲノムや特定の研究ニーズに適応可能です。これには、巨大ゲノム、倍数体ゲノム、高度ヘテロ接合性ゲノムなどへの対応が含まれます。 |
| ◆ |
高度なスキルを持つバイオインフォマティクスチーム
複雑なゲノムアセンブリの実験およびバイオインフォマティクスの両分野で豊富な経験を持ち、一連の特許およびソフトウェア著作権を保有しています。 |
| ◆ |
解析完了後のサポート
プロジェクト完了後 3 か月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応いたします。 |
De novo ゲノムアセンブリにおけるシークエンスプラットフォームとバイオインフォマティクスの発展
（Amarasinghe S L et al., Genome Biology, 2020） |
 サービス内容
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ご送付頂いたサンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンス、バイオインフォマティクス解析まで実施いたします。
【シークエンスパラメーター】
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| ゲノムサーベイ |
ゲノムアセンブリ |
染色体レベル |
ゲノムアノテーション |
| 50x Illumina NovaSeq PE150 |
30x PacBio CCS HiFi reads
または
100x Nanopore + 50x Illumina PE150
または
100x PacBio CLR + 50x Illumina PE150 |
100x Hi-C |
Illumina PE150 (10Gb)
+(オプション)
PacBio(40Gb) または
Nanopore(12Gb) |
※推奨シークエンス深度は、参考値です。
※QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 |
【データ解析内容】
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4ステップからなる完全なバイオインフォマティクス解析：
1. NGS リードを用いた k-mer 解析に基づくゲノムサーベイ
ゲノムサイズの推定
ヘテロ接合性の推定
反復領域の推定
2. PacBio HiFi リードによるゲノムアセンブリ：
De Novo アセンブリ
アセンブリ評価： BUSCO 解析によるゲノムの完全性評価、HiFi リードから生成されたドラフトアセンブリ
への NGS および PacBio HiFi リードのマッピング
3. Hi-C アセンブリ
Hi-C ライブラリ QC： 有効な Hi-C 相互作用の推定
Hi-C アセンブリ： コンティグのグループ化、各グループ内でのコンティグの順序付け、コンティグの方向の割り当て
Hi-C 評価
4. ゲノムアノテーション
ノンコーディングRNA 予測
反復配列の同定（トランスポゾンとタンデムリピート）
遺伝子予測
・De novo： ab intio アルゴリズム
・相同性に基づく
・トランスクリプトームに基づく（ロングリードとショートリードを含む）：
リードは、de novo アセンブルされるか、ドラフトゲノムにマッピングされます。
・複数のデータベースによる予測遺伝子のアノテーション
＜ワークフロー＞
※パッケージの解析内容は、業務提携際のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。
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【作業内容】
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1. サンプル QC チェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作製
4. バイオインフォマティクス解析 |
【解析データ例】
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1） Genome Survey - k-mer analysis
2-1) Genome Assembly
2-2) Genome Assembly - PacBio HiFi reads mapping to draft assembly
3-1) Hi-C Assembly - estimation of Hi-C valid interaction pairs
3-2) Hi-C Post-assembly evaluation
4-1) Genome Annotation - integration of predicted genes
4-2) Genome annotation - predicted genes annotation
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納品物
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・サンプル QC レポート
・FASTQ 形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 |
サンプル条件
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◆Genome Survey, Genome assembly および Hi-C assembly 用サンプル
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| サンプル種類 |
Genome Survey |
Genome Assembly with PacBio |
Hi-C Assembly |
| 動物の内臓 |
0.5-1 g |
≧3.5 g |
≧2 g |
| 動物の筋肉 |
≧5 g |
| 哺乳類の血液 |
≧5 mL |
≧2 mL |
| 家禽類/魚類の血 |
≧0.5 mL |
| 植物-新鮮な葉 |
1-2 g |
≧5 g |
≧4 g |
| 植物-花びら/茎 |
≧10 g |
- |
| 植物-根/種子 |
≧20 g |
- |
| 培養細胞 |
- |
≧1x108 |
≧1x107 |
| 抽出済 DNA |
濃度： ≧1 ng/μL
量： 30 ng
劣化やコンタミがないこと |
濃度： ≧50 ng/μL
量： 10 μg/flow cell
O.D.260/280=1.7-2.2
O.D.260/230=0.8-2.5
劣化やコンタミがないこと |
- |
＜gDNA サンプル＞
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| 1. |
DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL（推奨）のチューブを使用してください。 |
| 2. |
Nuclease-free water または TE Buffer にて -80℃以下で保存してください。 |
| 3. |
RNase 処理を行い、DNA が分解されていないことを確認してください。 |
| 4. |
UV スペクトルベースの濃度測定法では、DNA 濃度が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
※UV スペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノム DNA を準備してください。 |
| 5. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 6. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
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＜その他組織/細胞サンプル＞
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| 1. |
DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL（推奨）のチューブを使用してください。 |
| 2. |
液体窒素中で保存するか、-80℃以下で保存してください。 |
| 3. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 4. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
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◆トランスクリプトミクスによる Genome annotation 用サンプル
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| サンプル種類 |
Illumina Transcriptome |
PacBio Transcriptome |
Nanopore Transcriptome |
| 植物-根/茎/花びら |
450 mg |
600 mg |
| 植物-葉/種子 |
300 mg |
300 mg |
| 植物-果実 |
1.2 g |
1.2 g |
| 動物の心臓/腸 |
300 mg |
300 mg |
| 動物の内臓/脳 |
240 mg |
240 mg |
| 動物の筋肉 |
450 mg |
450 mg |
| 動物の骨/毛/皮膚 |
1 g |
1 g |
| 節足動物-昆虫 |
6個体（計 3 g 以上） |
6個体（計 3 g 以上） |
| 節足動物-甲殻類 |
300 mg |
300 mg |
| 全血 |
1 tube |
1 tube |
| 抽出済 DNA |
濃度： ≧20 ng/μL
量： 0.5 μg
O.D.260/280=1.7-2.5
O.D.260/230=0.5-2.5
RIN： ≧6
5≧28S/18S≧1 |
濃度： ≧100 ng/μL
量： 0.75 μg
O.D.260/280=1.7-2.5
O.D.260/230=0.5-2.5
RIN： ≧8
5≧28S/18S≧1 |
濃度： ≧100 ng/μL
量： 0.6 μg
O.D.260/280=1.7-2.5
O.D.260/230=0.5-2.5
RIN： ≧7.5
5≧28S/18S≧1 |
＜Total RNA サンプル＞
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| 1. |
DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL（推奨）のチューブを使用してください。 |
| 2. |
Total RNA は、RNase-free H2O に溶解し、-80℃以下で保存してください。 |
| 3. |
DNase 処理を行うことを強く推奨します。 |
| 4. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 5. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
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＜その他組織/細胞サンプル＞
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| 1. |
DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL（推奨）のチューブを使用してください。 |
| 2. |
液体窒素中で保存するか、-80℃以下で保存してください。 |
| 3. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 4. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
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価格・納期
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【価格】
| サービス名 |
データ量 |
サンプル数 |
税別単価 1） |
型番 |
| 動植物 de novo ゲノムシークエンス受託解析サービス |
お問合せ |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| 1) |
海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 |
| ※ |
DNBSEQ-T7、Nanopore をご希望の場合には、別途お問合せください。 |
【納期】
約 5 か月
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 |
サービスの流れ
ご注意事項 （必ずご確認ください）
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1. |
本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 |
| 2. |
お見積りに関して
正式なお見積書は、直接販売の場合には直接ご提出いたしますが、代理店経由の場合は代理店よりご提出いたします。 |
| 3. |
サンプルの送付および取り扱いに関して
| 3.1 |
サンプルのご発送は、必ず、サンプル送付方法およびご注意点（PDF）の内容に従ってください。送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れがおきない様にしてください。サンプルの入ったチューブには、油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバッグ等に入れてください。 |
| 3.2 |
サンプルは、なるべく休日をはさまない様に、弊社営業時間内（土日祝日、年末年始等を除く、平日9時～18時）に到着する様にご発送ください。なお、ご発送時の送料はお客様負担となります。着払いでは受け取りできませんので、あらかじめご注意ください。 |
| 3.3 |
サンプル送付の際は、受託解析サービスQCシートおよび免責事項同意書を同封してください。これらが同封されていない、または記入漏れがある場合、解析サービスに着手できませんので、ご注意ください。 |
| 3.4 |
サンプルを凍結状態のまま輸送する場合は、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍宅急便にてご送付ください。また、解析に必要な量を確保できなかった場合や、サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー調製などの問題から、サンプルの再送をお願いする場合があります。なお、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への再送料金をご負担頂きます。 |
| 3.5 |
サンプル喪失等に対する補償・保険制度はありませんので、貴重なサンプルをご提供頂く際はご注意ください。 |
| 3.6 |
お預かりできるサンプルは、BSL2（バイオセーフティーレベル2）までのものに限られます。感染性が著しく高いサンプル（HIV、HCV、HBVウイルス）に感染していることが確認されている患者由来の検体など）は、お預かりできませんので、予めご了承ください。ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。また、動物検疫・国際条約等に該当するサンプルの場合、輸送手続きに日数を要する、又はお取り扱いできないことがあります。こうしたサンプルは、弊社提携先にて受入れが不能、又は拒否されたりする場合があります。 |
| 3.7 |
ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了時に破棄されます。） |
| 3.8 |
本確認事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。 |
| 3.9 |
サンプル・業務等から生じた知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社は一切の責任を負わないものとします。 |
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| 4. |
解析データに関して
生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 |
| 5. |
キャンセルに関して
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
| 6. |
納品物に関して
納品物は、代理店経由でのお取引の場合、基本的に代理店を介してお送りします。納品データのバックアップは、必ずお客様にてお取りください。弊社でのデータ保管期間は、発送日から90日間です。弊社での保管期間を経過したデータは破棄されます。 |
※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
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