製品情報・受託サービス情報 What's New!　製品・サービス情報　ダウンロード　e-mail_news登録　　　　 会社情報 概要　ミッション　アクセス　リクルート　連絡先　ビジネスパートナー　ライセンス　個人情報保護方針 Home＞製品・サービス情報＞受託サービス＞次世代シークエンシング（概要）＞ProxiMeta(TM)Hi-Cメタゲノムデコンボリューション受託解析サービス 製品・サービス情報 　　 受託サービス サービス別ラインナップ ・次世代シークエンシング + 概要 + 受託解析サービスの流れ + QCシート 対応アプリケーション + シングルセル解析 ・ シングルセルシークエンス ・ snRNA-Seq (10X Genomics Chromium) + 遺伝子パネル解析 ・ ヒト全エクソームシークエンス ・ リキッドバイオプシー用 OptiSeq がんパネル解析サービス + 空間トランスクリプトーム解析 ・ BMKMANU ・ 10x Genomics Visium + トランスクリプトミクス解析 ・ 真核生物用 RNA-Seq ・ 原核生物用 RNA-Seq ・ メタトランスクリプトームシークエンス ・ CircRNA-Seq ・ Exosome Small RNA-Seq ・ PacBio Iso-Seq ・ Long non-coding RNA-Seq ・ Small RNA-Seq ・ 全トランスクリプトームシークエンス ・ 全長mRNA-Seq(Nanopore) + トランスラトミクス解析 ・ Ribosome Profiling + エピゲノミクス解析 ・ tRNA-Seq ・ tRF＆tiRNA-Seq ・ (h)MeDIP-Seq with LncRNA Promoter ・ エピトランスクリプトームシークエンス ・ R-loop profiling ・ eccDNA-Seq ・ 全ゲノムバイサルファイトシークエンス（WGBS） ・ ChIP-Seq ・ RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing） ・ ATAC-Seq ・ Hi-C クロマチン相互作用 + ゲノミクス解析 ・ ヒト/動植物全ゲノムシークエンス ・ 動植物 de novo ゲノムシークエンス ・ ゲノムワイド関連シークエンス ・ Hi-C Genome Assembly ・ SLAF-Seq + マイクロバイオミクス解析 ・ ショットガンメタゲノムシークエンス ・ メタゲノムシークエンス（ロングリード） ・ 16S/18S/ITS アンプリコンシークエンス（ショートリード） ・ 16S/18S/ITS アンプリコンシークエンス（Pacbio） ・ 細菌/真菌ゲノムリシークエンス ・ 細菌ゲノム de novo assembly ・ 真菌ゲノム de novo assembly + Hi-Cシークエンス解析 ・ Proximo Hi-C Genome Scaffolding ・ ProxiMeta Hi-C Metagenome Decomvolution ・ CytoTerra Cytogenomics + 抗原特異的プロファイリング ・ HuScan PhIP-Seq Antibody Profiling 解析 ・ MouseScan PhIP-Seq Antibody Profiling 解析 + Reptor 免疫レパートリーシークエンス解析 ・ Hybridoma Sequencing ・ Bulk B cell Sequencing ・ Display Library Sequencing 　　 科学機器 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 試薬・材料・消耗品 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 ソフトウェア 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 次世代シークエンシング(NGS)サービス Hi-Cシークエンス 受託解析サービス ProximoTM Hi-Cゲノムスキャフォールディング/ProxiMetaTM Hi-Cメタゲノムデコンボリューション/ CytoTerra® Cytogenomics ProxiMetaTM Hi-Cメタゲノムデコンボリューション受託解析サービス マイクロバイオームを極める ProxiMetaTM メタゲノムデコンボリューションプラットフォームは、メタゲノムおよび微生物学研究におけるパラダイムシフトをもたらします。 Phase Genomics 社の最適化されたキットで生成された近接ライゲーションデータと、ショートリードまたはロングリードのショットガンシークエンスデータを組み合わせることで、高品質なメタゲノムをアセンブルし、可能性遺伝子要素と宿主を関連付けます。16S ベースの技術、ピニング、培養に頼ることなく、マイクロバイオームから直接高品質なゲノムをアセンブルし、菌株化解像度の知見を得ることができます。 近接ライゲーション（Hi-C）ライブラリーは、単一の混合微生物サンプルから作製されます。相互作用は、クロスリンク、消化、そしてキメラジャンクションの作製によって捕捉され、ショットガンアセンブリを用いて配列決定・解析され、染色体とプラスミドを完全なゲノムへとデコンボリューションします。 出展：　Stalder, T. et al, The ISME Journal 2019； 13： 2437-2446 特徴 ◆ ファージ、プラスミド、AMR 遺伝子を宿主微生物にリンクさせ、それらの接続ネットワークを解明 ◆ 整理されたデータフレームで、お気に入りの下流解析ツールに表形式で簡単に出力 全ての細菌、古細菌、ウイルス、プラスミドのゲノム（生データを含む）を簡単にダウンロード 特長 ◆ マイクロバイオームから直接高品質なゲノムを構築 プラスミド、ファージ、抗菌薬耐性遺伝子（ARG）を宿主と関連付け高分子 DNA や培養は不要ショートリード対応の Illumina シークエンシング用のライブラリーを生成 解析の流れ ProxiMeta プラットフォームは、粗メタゲノムサンプルから分析データに至るまでの sample-to-analysis ソリューションを提供します（下図参照）。 サンプルから解析までの ProxiMeta ワークフロー サンプルから解析までのフルサービスの他、ProxiMeta Kit をご購入頂くことも可能です。 現在、ProxiMeta Kit はバンドル版として提供しており、無料のオンライン ProxiMeta メタゲノムデコンボリューション解析が含まれています。 メーカーサイトにアクセスして登録、ファイルのアップロード、解析の実行、またはサンプルレポートの閲覧を行って頂けます。 近接ライゲーション（Hi-C）ライブラリー調製は、ワークフローの中でも特に特殊なプロセスです。ProxiMeta Hi-C ライブラリー調製キットは、微生物の培養や高分子量（HMW）DNA の抽出を必要としない、効率的なプロトコルを提供します。様々なメタゲノムサンプルに対応した処理ガイドラインにより、堅牢な結果が得られます。 8 ステップのライブラリー調製ワークフローは、下記の通りです。 ProxiMeta Hi-C ライブラリー調製ワークフロー ProxiMeta kit は、デュアルインデックスの近接ライゲーションライブラリーを生成し、Illumina シークエンサーでシークエンス可能です。本ライブラリーは、約5,000万～1億のペアエンドリードの取得が必要です。 なお解析にあたり、サンプルのショットガンシークエンスデータをご取得ください。ショットガンライブラリーの調製とシークエンスの経験がない場合は、推奨事項やサービスプロジェクトについてお問合せください。 ProxiMeta は、単一のサンプルから新規および既知の微生物の完全なゲノムをデコンボリューションし、アセンブルします。 主なアプリケーション ◆当て推量なしで数百の高品質ゲノムをアセンブル ビニングによって生成されるメタゲノムアセンブルゲノム（MAG）では、ゲノムが断片化され、コンタミネーションが残ります。近接ライゲーションはビニングとは異なり、同じ細胞内に存在する配列の直接的で物理的証拠を提供します。ProxiMeta はこの情報を利用して、マイクロバイオーム集団の真核生物と原核生物の両方のメンバーについて、近接アセンブルゲノム（PAG)をクラスタリングします。各ゲノムは、業界をリードする計算ツールを用いて、完全性、コンタミネーション、新規性について評価されます。 ProxiMeta はビニングよりも優れた性能を発揮し、より完全でコンタミネーションの少ない近接アセンブルゲノム（PAG）を生成します。 出展： Press, M.O. et al. bioRivx (october 2017). ◆プラスミドと抗生物質耐性遺伝子を宿主に関連付ける ProxiMeta ワークフローでは、メタゲノムサンプルのメンバーのゲノムアセンブリに加えて、可能性遺伝要素（MGE）の配列情報も取得します。MGE には、プラスミド、トランスポゾン、抗生物質耐性遺伝子（ARG）が含まれます。近接ライゲーションはインタクトな細胞で行われるため、MGE と宿主の相互作用も捕捉されます。ProxiMeta アセンブリでは、可能性遺伝要素は高い信頼性で宿主と関連付けられます。これにより、複雑な微生物群集における遺伝子の水平伝播に関する知見を得ることができます。 廃水からアセンブルされたゲノムを進化樹（中央）に並べ、どのゲノムが様々な可能性エレメントの宿主であるかを示しています（中央のリング）。各ゲノムに対応する細菌ファミリーは、色付きの外側のリングに示されています。 出展： Stalder, T. et al. The IAME Journal 2019; 13: 2437 ◆ファージを宿主に割り当てる 近接ライゲーションライブラリーの調製において、ファージとウイルスDNAは混合微生物サンプル内の細菌宿主DNAにクロスリンクされます。これらの相互作用はキメラ接合部の配列に取り込まれるため、ProxiMeta アルゴリズムはデコンボリューション解析中にファージを宿主へ正確に割り当てることができます。ファージ-宿主の帰属により、単一の Hi-C ライブラリーからマイクロバイオームのより正確な全体像が得られます。 ロングリードアライメントと Hi-C コンティグ間リンクのネットワーク解析により、アセンブルされたウイルスコンティグの宿主が同定されました。 出展： Bickhart et al. Genome Biol. 2019; 20: 153. ◆メタゲノミクスと微生物における ProxiMeta のその他アプリケーション ◆ProxiMeta アプリケーションガイド ご提供いただくサンプルおよび情報 ● Draft assembly（FASTA形式） お持ちでない場合には、オプションでショットガンシークエンスにも対応しております。 ● 固定済みサンプル ＞100万～200万細胞 例）糞便サンプル：50～100μL *生物種によっては、輸出・輸入制限がある場合がありますこと、予めご了承ください。 ProxiMetaTM Hi-Cの資料 ・Phase Genomics ProxiMeta フライヤー 価格 サービス内容 数量 税別単価 Cat.# ProxiMetaTM Hi-Cメタゲノムデコンボリューション受託解析サービス 1サンプル お問合せ お問合せ ご注意事項（必ずご確認ください） 【解析サービスに関して】 ・ 本サービスは、弊社の海外提携先（Phase Genomics社）にて解析を実施いたします。 ・ お預かりできるサンプルは、BSL2（バイオセーフティーレベル2）までのものに限らせて頂きます。感染性の著しく高いサンプル（HIV、HCV、HBV ウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など９は、お受けできませんので、ご了承ください。 ・ ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得たサンプルをご提供ください。 ・ ご提供頂くサンプルおよび本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社では一切の責を負いかねます。 ・ 本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。やむを得ない理由でキャンセルされる場合は、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。QC結果等の問題でサンプルを再送する場合は、別途送料をご請求させて頂きます。 ・ 本確認事項を満たさない事で、別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。 【サンプルの送付および取り扱いに関して】 ・ サンプル発送は、必ず「サンプル送付方法およびご注意点（PDF）」をご参照の上、その内容に従って行ってください。 ・ 送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れがおきない様にしてください。 サンプルの入ったチューブに油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバック等に入れ、砕いたドライアイスとともに梱包してください。 ・ QCシートおよび免責事項同意書をご記入の上、サンプルと同封してご送付ください。これらのシートが同封されていない場合、またはご記入漏れがある場合、解析サービスの着手が遅れる場合がございますので、ご注意ください。 ・ 新鮮サンプルの場合、上記必要量のペレットを液体窒素凍結後、-80℃保存し、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍宅急便にて、凍結状態にてご送付ください。 ・ 本サービスは、海外での解析となりますので、お送り頂いたサンプルのご返却はできません。貴重なサンプル等はあらかじめご注意ください。 ・ 本確認事項を満たさない事で、別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。 ◆サンプル送付先　※土日祝祭日および営業時間外のサンプルの受け取りは不可 　フィルジェン株式会社　受託解析部　宛 　〒459-8011　名古屋市緑区定納山1丁目1409番地 　Tel 052-624-4388　Fax 052-624-4389 　営業時間： 9:00～18:00 【お問合せ】 受託解析部 Phone 052-624-4388 https://filgen.jp/ Copyright (C) Filgen, Inc.　All Rights Reserved.