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次世代シークエンシング(NGS)サービス
small RNA-Seq 受託解析サービス
フィルジェンでは、Novogene社と業務提携し、次世代シークエンス(次世代シーケンス/NGS)/smallRNA-Seq受託解析サービスをご提供しております。ワールドスタンダードとなった次世代シークエンスデータ解析用ソフトウェア”CLC Genomics Workbench(CLC bio社)”も販売いたしております。


概要

Small RNAは、その標的遺伝子をサイレンシングする長さ50-250塩基のnon-coding RNAであり、細胞成長、遺伝子の転写及び翻訳の制御において、重要な役割を担っています。Small RNA-Seq解析は、Small RNA機能の調査、miRNA及びその標的遺伝子制御ネットワークの構築において、非常に有用な手法となっています。本サービスでは、miRNAを含むSmall RNAを網羅的に解析します。


特長


・次世代シークエンステクノロジーによる網羅的なSmall RNAのシークエンス
・バイオインフォマティクス解析にも対応(有償オプション)


サービス内容


ご送付頂いたRNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応しています。バイオインフォマティクス解析は、提携先であるNovogene社が用意する解析パッケージ、又は弊社の提供するデータマイニングサービスからお選び頂けます。

【シークエンスプラットフォーム】
 illumina HiSeq2500, SE50

【シークエンス量】
 10M, 20M raw reads/sample
 ※QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
 ※保証量は、お申し込みいただいたシークエンス量の98%となります。
 ※ご希望のシークエンス量がある場合、ご相談ください。

【作業内容】
 1. サンプルQCチェック
 2. ライブラリー作製
 3. シークエンス作業
 4. バイオインフォマティクス解析(有償オプション)

【バイオインフォマティクス解析】

<解析パッケージ>
ゲノムへのマッピング、miRNA, rRNA, snRNA, snoRNA及びnon-coding RNAの同定、新規miRNAの予測、既知miRNAの発現解析などをまとめたパッケージをご用意しております。

Small RNA-Seq
※解析によっては、2グループ以上や生物学的リプリケートが必要となります。
※パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。


<解析データ例>
 デモレポートを用意しておりますので、ご希望される場合は、ご連絡ください。(biosupport@filgen.jp)


Known miRNA Expression Profile


Novel miRNA Expression Profile


Differential Expression

Volcano Plot

<データマイニングサービス(次世代シークエンシングデータ解析サービス)>
 「次世代シークエンシングデータ解析サービス」のページをご参照ください。


納品物 


 ・サンプルQCレポート
 ・FASTQ形式のシークエンスデータ
 ・バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合)
 ・プロジェクトレポート
 ※USB等の記録メディアにて納品いたします。
 ※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。


サンプル条件
サンプルタイプ Amount(Qubit®) 液量 濃度 RIN(Agilent2100) 純度(NanoDropTM
推奨量 最小量
Total RNA
(Animal)
 ≧6μg ≧3μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧8
smooth base line
O.D.260/280: ≧1.7
O.D.260/230: ≧1.8
no degradation
no contamination
Total RNA
(Plant and Fungus)
 ≧6μg ≧3μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧7.5
smooth base line
1. 電気泳動写真の添付を推奨します。
*電気泳動は、次の条件を推奨します。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
2. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
3. TotalRNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。
4. DNase処理を行うことを強く推奨します。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの測定を強く推奨します。
※UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いRNAを準備してください。
6. スピンカラムでRNA抽出・精製する際、miRNA等が除去されることがありますので、必ずキットの仕様を確認してください。
7. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
8. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、あらかじめご了承ください。


価格・納期

【価格】
サービス名 数量 税別単価 1) Cat.#
small RNA-Seq受託解析サービス
(10M raw reads/sample)
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-SRdeq10-(サンプル数)
small RNA-Seq受託解析サービス
(20M raw reads/sample)
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-SRdeq20-(サンプル数)
small RNA-Seq受託解析サービス
(10M raw reads/sample)
バイオインフォマティクス解析付
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-SRdeq10D-(サンプル数)
small RNA-Seq受託解析サービス
(20M raw reads/sample)
バイオインフォマティクス解析付
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-SRdeq20D-(サンプル数)

【納期】
 約1.5ヶ月間(バイオインフォマティクス解析付き: 約2ヶ月間)
 ※納期は、QCチェック合格後の日数です。
 ※年末年始、夏季休業、祝日、解析状況等により、上記より日数を頂く場合がございます事、予めご了承ください。



サービスの流れ


 「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。



ご注意事項


本サービスの解析は、弊社の海外提携先(Novogene社)にて実施されます。
本サービスは海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。
品質チェック(QCチェック)等の問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、提携先への再送料金をご負担頂きます。
余ったサンプルの返却は致しておりません。(サンプルは解析終了後に破棄されます。)
生データを含む解析結果は、発送から3ヵ月後に消去いたしますので、必ずバックアップをお取りください。
動物検疫・国際条約等に該当するサンプルの場合、輸送手続きに日数を要する、又はお取扱いできないことがあります。
※こうしたサンプルは、弊社提携先にて受け入れが不能、又は拒絶されたりする場合もございます。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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