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次世代シークエンシング(NGS)サービス
ChIP-Seq 受託解析サービス
フィルジェンでは、Novogene社との業務提携により、次世代シークエンス(次世代シーケンス)/ChIP-Seq受託解析サービスをご提供しております。


概要


ChIP-Seqは、ヒストン修飾、転写因子及びその他のDNA関連タンパク質のゲノムワイドなプロファイリングを行います。ChIP-Seqは、特定のタンパク質-DNA複合体を回収するクロマチン免疫沈降(ChIP)の選択制と、それにより回収されたDNAの次世代シークエンス技術によるハイスループットなシークエンシング能力を兼ね備えています。ChIP-Seqにおいて、エンリッチされたDNA領域(タンパク質結合部位)は、バックグラウンドリードよりも高いピークとして検出されます。これらの領域のバイオインフォマティクス解析により、結合モチーフを明らかにします。


特長


・クロマチン免疫沈降法と次世代シークエンス技術を組み合わせたタンパク質結合部位のゲノムワイドなプロファイリング
・バイオインフォマティクス解析も対応(有償オプション)


サービス内容


ご送付いただいたChIPサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。バイオインフォマティクス解析は、提携先であるNovogene社が用意する解析パッケージ又は弊社の提供するデータマイニングサービスからお選びいただけます。

【シークエンスプラットフォーム】
 illumina HiSeq2500, SE50

【シークエンス量】
 20M, 30M, 40M raw reads/sample
 ※QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
 ※保証量は、お申し込みいただいたシークエンス量の98%となります。
 ※ご希望のデータ量がある場合、ご相談ください。

【作業内容】
 1. サンプルQCチェック
 2. ライブラリー作製
 3. シークエンス作業
 4. バイオインフォマティクス解析(有償オプション)
【バイオインフォマティクス解析】

 <解析パッケージ>
  マッピング、ピーク検出、アノテーション等の解析をまとめたパッケージをご用意しております。

ChIP-Seq

 <解析データ例>
  デモレポートを用意しておりますので、ご希望される場合は、ご連絡ください。(biosupport@filgen.jp)


MEME detection Motif calculation


MEME Motif annotation


Distribution of peaks in functional region

 <データマイニングサービス(次世代シークエンシングデータ解析サービス)>
  「次世代シークエンシングデータ解析サービス」のページをご参照ください。


納品物 


 ・サンプルQCレポート
 ・FASTQ形式のシークエンスデータ
 ・バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合)
 ・プロジェクトレポート
 ※USB等の記録メディアにて納品いたします。
 ※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。


サンプル条件
サンプルタイプ Amount(Qubit®) 液量 濃度 純度(NanoDropTM
推奨量 最小量
ChIP-Seq DNA  ≧100ng ≧50ng ≧10μL ≧5ng/μL O.D.260/280: 1.8-2.0
Main peak of 100bp-500bp
no degradation or RNA contamination
1. 電気泳動写真の添付を推奨します。
*電気泳動は、次の条件を推奨します。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
2. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
3. DNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE bufferにて保存してください。
*長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。
4. キャリアを入れて、エタノール沈殿する場合、Salmon sperm DNAなどDNAベースのキャリアを使うことは避けてください。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの測定を強く推奨します。
※UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。
6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
7. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、あらかじめご了承ください。


価格・納期

【価格】
サービス名 数量 税別単価 1) Cat.#
ChIP-Seq 受託解析サービス(20M raw reads/sample) 2サンプル以上 お問合せ F-Novo-ChIP20-(サンプル数)
ChIP-Seq 受託解析サービス(30M raw reads/sample) 2サンプル以上 お問合せ F-Novo-ChIP30-(サンプル数)
ChIP-Seq 受託解析サービス(40M raw reads/sample) 2サンプル以上 お問合せ F-Novo-ChIP40-(サンプル数)
ChIP-Seq 受託解析サービス(20M raw reads/sample)
バイオインフォマティクス解析付
2サンプル以上 お問合せ F-Novo-ChIP20D-(サンプル数)
ChIP-Seq 受託解析サービス(30M raw reads/sample)
バイオインフォマティクス解析付
2サンプル以上 お問合せ F-Novo-ChIP30D-(サンプル数)
ChIP-Seq 受託解析サービス(40M raw reads/sample)
バイオインフォマティクス解析付
2サンプル以上 お問合せ F-Novo-ChIP40D-(サンプル数)
 ※Input DNAもサンプル数にカウントされます。
  (例: IP DNA及びInput DNAが各1サンプルある場合、合計2サンプルとなります。)

【納期】
 約1.5ヶ月間(バイオインフォマティクス解析付き: 約2ヶ月間)
 ※納期は、QCチェック合格後の日数です。
 ※年末年始、夏季休業、祝日、解析状況等により、上記より日数を頂く場合がございます事、予めご了承ください。



サービスの流れ


 「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。



ご注意事項


本サービスの解析は、弊社の海外提携先(Novogene社)にて実施されます。
本サービスは海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。
品質チェック(QCチェック)等の問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、提携先への再送料金をご負担頂きます。
余ったサンプルの返却は致しておりません。(サンプルは解析終了後に破棄されます。)
生データを含む解析結果は、発送から3ヵ月後に消去いたしますので、必ずバックアップをお取りください。
動物検疫・国際条約等に該当するサンプルの場合、輸送手続きに日数を要する、又はお取扱いできないことがあります。
※こうしたサンプルは、弊社提携先にて受け入れが不能、又は拒絶されたりする場合もございます。

 
お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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