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次世代シークエンシング(NGS)サービス
CytoTerra
TM Cytogenomics 受託解析サービス
ProximoTM Hi-Cゲノムスキャフォールディング/ProxiMetaTM Hi-Cメタゲノムデコンボリューション/
CytoTerraTM Cytogenomics/OncoTerraTM Oncology

CytoTerra Cytogenomics Platform は、従来の細胞遺伝学のゲノムワイドな構造変異検出力と、染色体マイクロアレイおよびFISHの分子レベルの制度を、コスト効率の高い単一のNGSベースのアッセイに統合したプラットフォームです。
※現状、本解析サービスは、β版でのご提供となりますこと、あらかじめご了承ください。



特長

●NGSベースの単一アッセイで、ゲノムワイドな染色体異常の検出
●CMAやFISHなどの従来の細胞遺伝学的手法を補完
●標準的な命名法による実用的な結果
●専用装置不要。スケーラブルで高速、かつ費用対効果が高い


解析の概要
 
近接ライゲーションは、固形腫瘍または血液サンプルから抽出したDNA中の短距離、長距離、および超長距離の細胞内DNA接触(上図の黒い円弧)を捕捉するために使用されます。同じ細胞に由来するキメラ接合部を回収し、Illumina®シークエンスライブラリを作製し、ペアエンドシークエンスにかけます。近接ライゲーションシグナルは、ゲノム上の任意の2つの遺伝子座間のゲノム距離が短くなるにつれて、シグナルが増加します。新しい CytoterraTM Cytogenomics Platform は、このユニークな情報を高い信頼性で推定し、がんと関連するすべての主要なタイプの染色体異常をゲノムワイドに検出することを可能にします。


解析の流れ

CytoTerra platform は、出生前または出生後の粗サンプルから始まり、標準的な ISCN (国際命名規約: International System for Human Cytogenetic Nomenclature)および塩基配列に基づいた表記法による包括的で実用的なレポート作成までを行う、Sample-to-Report の NGSベースのサイドゲノミクスアッセイを提供します。



生体試料からプロキシミティライゲーションライブラリを調整します。イルミナのプラットフォームでペアエンドシークエンスを実行します。Phase Genomics 独自の計算ツールを用いて、完全自動化されたクラウドベースの解析を実行しています。

CytoTerra platform は、現在、包括的な Sample-to-Report サービスとして提供されていますが、ライブラリー調整キット(RUO)のご用意もございますので、ご興味がございましたら、お問合せください。


解析例


◆高い特異性と感度で染色体異常の判定が可能



細胞遺伝学、CMA、および/またはFISHによって以前に特徴付けられていた124の非同定サンプル(羊膜、絨毛膜絨毛、およびリンパ球サンプルを含む)のセットを、CytoTerra platform を使用して分析しました。すべての高信頼度コールは、カバレッジプロットと近接ライゲーションヒートマップ画像を使用して手動で確認されました。サイズが50kb未満(この解析時に任意に選択された検出限界)または25%未満のモザイクで存在していたコールは、解析から除外されました。結果は上表にまとめられています。以前の細胞遺伝学的、CMAおよび/またはFISH分析の結果は、マニュアルキュレーション完了後にのみアナリストに明らかにされました。

◆1回のアッセイで主要な構造変異クラスをすべて評価することが可能



様々なタイプの染色体異常の代表例(可視化)には、不均衡型、均衡型、複雑な転座などがあります。図の最上段にある均衡型転座、不均衡型転座、および反転は、近接相互作用マトリックス上の特定のパターンによって示され、CytoTerra Platform の計算ツールを使用して検出することが可能です。重複、欠失および異数性(下段の例)も CytoTerra Platform で検出され、カバレッジプロッティングスクリプトを使用して可視化することができます。


ご提供いただくサンプルおよび情報

クロマチン架橋処理済みサンプル
線維芽細胞、全血、リンパ球、羊膜細胞(直接採取または培養)、および絨毛膜絨毛(直接採取または培養)に対応。
本サービスでは、FFPE、胎児組織(POC: product of conception)、胎児剖検組織を取り扱います。


CytoTerraTM Cytogenomics の資料

Product-Brochure_CytoTerra_Apr-2022.pdf


受託サービスの流れ

フィルジェン(株) 受託解析部

【解析内容の打ち合わせ】
ご希望とする内容をご連絡ください。(E-mail: biosupport@filgen.jp)
内容を確認後、お見積り、必要サンプル量、固定方法に関するガイドライン等の情報をご連絡いたします。

【解析サンプルの送付】
弊社宛に、固定済みサンプルとQCシートを併せてご送付ください。
送付された内容物とQCシートの内容が一致するかを弊社で確認し、弊社からPhase Genomics社(アメリカ)にサンプルを送付します。

(送付先)フィルジェン株式会社 バイオサイエンス部 受託2グループ
      〒459-8011 愛知県名古屋市緑区定納山一丁目1409番地
      Phone 052-624-4388

(費用についての注意点)
本サービスは、海外の業務提携先において解析を行うため、キャンセルはお引き受けできません。
やむを得ずキャンセルされる場合には、要した実費をご請求させて頂きます。

(注意点)

サンプル発送は、必ず「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。
送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れがおきない様にしてください。
サンプルの入ったチューブに油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバック等に入れてください。
*弊社営業日・営業時間は、土日祝祭日や年末年始などを除く、平日9時~18時までとなっておりますので、サンプルの弊社到着日にご注意ください。また、休日をはさまない様にご発送ください。
サンプル送付の際には、QCシートを同封してお送りください。同シートが同封されていない、または、ご記入漏れがある場合、解析サービスの着手が遅れる場合がございますので、ご了承ください。
お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティレベル2)までのものに限らせていただきます。感染性が著しく高いサンプル(HIV, HCV, HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お受けできませんので、ご了承ください。
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。
ご提供頂くサンプル及び本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社では、一切の責を負いかねます。
お送り頂いたサンプルは、ご返却いたしかねます。実験後のサンプルにつきましては、基本的には弊社側にて破棄させて頂きますので、ご了承ください。
本確認事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。

Phase Genomics社

【サンプル調整および次世代シークエンシング解析】
ご送付頂いたサンプルからライブラリー調整を行い、シークエンスデータ(Hi-Cデータ)を取得します。

【バイオインフォマティクス解析】
ご提供頂いたドラフトアセンブリと、Phase Genomics社にて取得したHi-Cデータから、染色体異常を検出します。

【解析データのご報告】
解析結果(レポート)をCD-R/DVD-Rに収録し、ご報告いたします。



価格

サービス内容 数量 税別単価 Cat.#
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お問い合わせ 受託解析部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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