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Home製品・サービス情報受託サービス次世代シークエンシング(概要)>ヒト全ゲノムメチル化受託解析

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次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
全ゲノムバイサルファイトシークエンス受託解析サービス

フィルジェンでは、Novogene社との業務提携により、次世代シークエンシング(NGS)法による、全ゲノムバイサルファイトシークエンス(全ゲノムメチル化受託解析サービス)をご提供しております。


概要


DNAのメチル化は、細胞の増殖および分化において、遺伝子発現の制御に重要な役割を果たし、癌、神経変性疾患および神経疾患など、多くの疾患の発症に関与しています。
ヒト全ゲノムメチル化受託解析サービスでは、バイサルファイト処理したゲノムDNA全体を次世代シークエンシング(次世代シーケンシング)することで、網羅的かつ詳細にメチル化を把握することができます。


サービス内容

ご送付頂いたgDNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)からシークエンシングまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析(提携先であるNovogene社が用意する解析パッケージ)もご用意しています。

【シークエンスプラットフォーム】
illumina NovaSeq6000/Hiseq X ten, PE150

【シークエンス量】

・ヒト: 90Gb raw data/sample
 *シークエンス量は、1Gb単位で調整可能です。
・ヒト以外の動植物: 1サンプルあたり1Gb単位でご指定頂けます。
 *QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
 *保証量は、お申込み頂いたシークエンス量の98%となります。

illumina HiSeq X Ten

【作業内容】
1. サンプルQCチェック
2. mRNA濃縮
3. ライブラリー作製
4. バイサルファイト処理
5. シークエンス作製
6. バイオインフォマティクス解析(有償オプション)

【バイオインフォマティクス解析】

<解析パッケージ>
下記内容一式が含まれています。
Data quality control
mCs detection, methylation level calculation
Methylation level and frequency distribution
Differentially Methylated Site (DMS) detection
Differentially methylated regions (DMRs), Differentially Methylated Promoter (DMPs) detection and annotation
Function enrichment of DMR-associated genes and DMP-associated genes
Visualization of BS seq data
Comparative analysis (among samples)

<データ解析例>

標準データ解析レポート(HTML形式のレポート)には、実験手順、シークエンスデータのクオリティー情報、アライメント結果、メチル化シトシンの同定、メチル化レベル、DMR解析などの結果がまとめられています。



ライブラリー作製



データ解析パイプライン



納品物

・サンプルQCレポート
・FASTQ形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合)
・プロジェクトレポート

*USB等の記録メディアにて納品いたします。
*プロジェクトによって、納品物が変更される場合もあります。


サンプル条件


サンプルタイプ Amount(Qubit) 液量 濃度 純度
(NanoDrop
TM/Agarose Gel)
ゲノムDNA ≧3μg ≧20μL ≧20ng/μL 0<O.D.260/230<3, no degradation, no contamination

1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
*電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
2. RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
3. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
4. ゲノムDNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE bufferまたはddH2Oにて保存してください。
*長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、DNA濃度が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
*UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。
6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
7. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、予めご了承ください。


価格・納期


サービス内容 数量 税別単価 1) Cat.#
ヒト全ゲノムバイサルファイトシークエンス
受託解析サービス(90Gb)
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-WGBsh90-(サンプル数)
ヒト全ゲノムバイサルファイトシークエンス
受託解析サービス(90Gb)
バイオインフォマティクス解析付
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-WGBsh90D-(サンプル数)
動植物全ゲノムバイサルファイトシークエンス
受託解析サービス
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-WGBSap(データ量)-(サンプル数)
動植物全ゲノムバイサルファイトシークエンス
受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-WGBSap(データ量)D-(サンプル数)
 1)海外へのサンプル輸送費用およびハードディスク費用が別途必要です。

【納期】
約1.5ヶ月(バイオインフォマティクス解析付: 約2~2.5ヶ月)
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、解析状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。


サービスの流れ


受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


注意事項


本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先(Novogene社)にて実施されます。
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求させて頂きます。
サンプルの品質チェック(QCチェック)の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。
ご提供頂いたサンプルの返却は、致しておりません(サンプルは解析終了後に破棄されます)。
生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。
サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受け入れが不能、又は拒否されたりする場合があります。

 
お問い合わせ 受託解析部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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