製品情報・受託サービス情報 What's New!　製品・サービス情報　ダウンロード　e-mail_news登録　　　　 会社情報 概要　ミッション　アクセス　リクルート　連絡先　ビジネスパートナー　ライセンス　個人情報保護方針 Home＞製品・サービス情報＞受託サービス＞次世代シークエンシング（概要）＞R-loop profiling 受託解析サービス 製品・サービス情報 　　 受託サービス サービス別ラインナップ ・次世代シークエンシング + 概要 + 受託解析サービスの流れ + QCシート 対応アプリケーション + シングルセル解析 ・ シングルセルシークエンス ・ snRNA-Seq (10X Genomics Chromium) + 遺伝子パネル解析 ・ ヒト全エクソームシークエンス ・ カスタムターゲットエンリッチメント ・ リキッドバイオプシー用 OptiSeq がんパネル解析サービス + 空間トランスクリプトーム解析 ・ BMKMANU ・ 10x Genomics Visium + トランスクリプトミクス解析 ・ 真核生物用 RNA-Seq ・ 原核生物用 RNA-Seq ・ CircRNA-Seq ・ Exosome Small RNA-Seq ・ PacBio Iso-Seq ・ Long non-coding RNA-Seq ・ Small RNA-Seq ・ 全トランスクリプトームシークエンス ・ 全長mRNA-Seq(Nanopore) + トランスラトミクス解析 ・ Ribosome Profiling + エピゲノミクス解析 + tRNA-Seq ・ tRF＆tiRNA-Seq ・ (h)MeDIP-Seq with LncRNA Promoter ・ エピトランスクリプトームシークエンス ・ R-loop profiling ・ eccDNA-Seq ・ 全ゲノムバイサルファイトシークエンス（WGBS） ・ ChIP-Seq ・ RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing） ・ ATAC-Seq ・ Hi-C クロマチン相互作用 + ゲノミクス解析 ・ ヒト/動植物全ゲノムシークエンス ・ 動植物 de novo ゲノムシークエンス ・ ゲノムワイド関連シークエンス ・ Hi-C Genome Assembly ・ SLAF-Seq + メタゲノム解析 ・ ショットガンメタゲノムシークエンス + Hi-Cシークエンス解析 ・ Proximo Hi-C Genome Scaffolding ・ ProxiMeta Hi-C Metagenome Deconvolution ・ CytoTerra Cytogenomics ・ OncoTerra Oncology + 抗原特異的プロファイリング ・ HuScan PhIP-Seq Antibody Profiling 解析 ・ MouseScan PhIP-Seq Antibody Profiling 解析 + Reptor 免疫レパートリーシークエンス解析 ・ Hybridoma Sequencing ・ Bulk B cell Sequencing ・ Display Library Sequencing 　　 科学機器 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 試薬・材料・消耗品 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 ソフトウェア 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ Arraystar社　次世代シークエンス(NGS) R-loop profiling 受託解析サービス Arraystar社（アメリカ）との業務提携による 次世代シークエンシング（次世代シーケンシング/NGS）サービスでは、サンプルからデータへのソリューションを提供します。R-loop profiling では、ゲノムにおける LncRNA/mRNA の組織化された R-loop の分布をプロファイルします。 本サービスのバイオインフォマティクス解析では、生物学的および機能的な知見が得られます。R-loop profiling では、S9.6 抗体を用いて、R-loop を特異的に免疫沈降させます。R-loop の RNA 鎖を配列決定し、解析します。 特長 ◆ 強力なプロファイリング：ゲノム上の遺伝子制御における新たな担い手としての R-loop 研究 ◆ ストランド特異性： どの LncRNA または mRNA が R-loop を形成するかを特定する。 ◆ 高い信頼性： 確立された最適な実験手順による最良の結果 ◆ 柔軟性： DRIPc-Seq は、参照ゲノムを持つ任意の種に対して実行 ◆ 厳格な品質： ポジティブおよびネガティブコントロールによる DRIPc-Seq ライブラリの品質の保証 ◆ 視覚化： 豊富なアノテーション、ゲノムブラウザートラック、および論文に利用可能な図の提供 ◆R-loop による制御 R-loopは、転写された RNA 鎖と鋳型 DNA 鎖が塩基対を形成した RNA：DNAハイブリッドと、非鋳型一本鎖 DNA から成る三本鎖構造です（図1）［1］。R-loop は広く分布しており、哺乳類ゲノムの 5％に存在しています［2, 3］。R-loopは多くの場合、プロモーターの CpG アイランドや転写停止部位に存在します。R-loop の形成には、高GCスキュー（TSS 非テンプレート鎖の下流において C よりも G が豊富）、G-quadruplex、DNA ギャップ、DNA/RNA 修飾が寄与しています［4］。R-loopは、遺伝子制御、DNA複製、DNA/ヒストン修飾など、生物学的に重要な機能を持っています。 図1. R-loop の構造［5］。 【R-loop による DNA メチル化と mRNA の転写の制御】 通常、BAMBI（TGFb のネガティブレギュレーター）遺伝子プロモーターの R-loop は転写を促進する。しかし、筋萎縮性側索硬化症（ALS4）では、senataxin の変異により R-loop が減少し、BAMBIプロモーターでのDNAメチル化が増加し、BAMBI転写抑制、TGFb シグナル伝達上昇、ALS 進行につながります(図2）［6］。 図2. 健康な正常細胞では、BAMBI プロモーターのR-loopが転写を促進します。 ALS細胞では、Senataxin 変異がプロモーターでの R-loop 形成およびBAMBI 転写を抑制します。 【アンチセンス lncRNA R-loop は、mRNA 転写に影響を与える R-loop は、アンチセンスRNA鎖とループ内のDNAとの間に形成される。TCF21 は多くの癌の腫瘍抑制因子です。TARID（脱メチル化を誘導する TCF21 アンチセンスRNA）は、TCF21 遺伝子の一対一のアンチセンス lncRNA であり、プロモーター領域に R-loop を形成しています（図3）。この R-loop は、GADD45a によって認識され、脱メチル化酵素 TET1 をリクルートして DNA メチル化を除去し、TCF21 mRNA 転写を増加させ、細胞周期を制御します［7］。 図3. アンチセンス lncRNATARID は、R-loop を形成し、TCF21 プロモーターの脱メチル化と TCF21 mRNA の転写を制御する［4］。 【関連レビュー】 1. Hamperl S. and Cimprich KA. (2014) The contribution of co-transcriptional RNA:DNA hybrid structures to DNA damage and genome instability. DNA Repair (Amst) 19:84-94 [PMID:24746923] 2. Sanz LA. et al (2016) Prevalent, Dynamic, and Conserved R-Loop Structures Associate with Specific Epigenomic Signatures in Mammals. Mol Cell 63(1):167-78 [PMID:27373332] 3. Li M. and Klungland A. (2020) Modifications and interactions at the R-loop. DNA Repair (Amst) 96:102958 [PMID:32961406] 4. Niehrs C. and Luke B. (2020) Regulatory R-loops as facilitators of gene expression and genome stability. Nat Rev Mol Cell Biol 21(3):167-178 [PMID:32005969] 5. Hegazy YA. et al (2020) The balancing act of R-loop biology: The good, the bad, and the ugly. J Biol Chem 295(4):905-913 [PMID:31843970] 6. Grunseich C. et al (2018) Senataxin Mutation Reveals How R-Loops Promote Transcription by Blocking DNA Methylation at Gene Promoters. Mol Cell 69(3):426-437.e7 [PMID:29395064] 7. Arab K. et al (2019) GADD45A binds R-loops and recruits TET1 to CpG island promoters. Nat Genet 51(2):217-223 [PMID:30617255] 解析の流れ 本サービスは、gDNA～データ解析までのフルパッケージとなっています。 【解析ワークフロー】 1. gDNA サンプルの受け取り 2. 超音波処理 3. S9.6 抗体を用いた DNA-RNA 二本鎖免疫沈降 4. ストランド特異性ライブラリー調製 5. クラスターステーションでのクラスター形成 6. Illumina プラットフォームによるシークエンシング 7. データ抽出と解析およびまとめ 【バイオインフォマティクス解析】 本サービスのバイオインフォマティクス解析では、以下のデータを提供します。 ・ サンプル QC 結果（gDNA サンプル QC および DRIPc QC） ・ シークエンスデータ（Clean reads および mapped reads） ・ データ解析： - シークエンスデータのQC - ゲノム参照データベースへのリードマッピングとアライメント - R-loop ピーク解析：R-loop RNA 種類（lncRNA または mRNA）、R-loop ピーク分類、gene feature 上の分布とエンリッチメントおよび遺伝子本体内での分布 - R-loop ピークの変動解析（fold change≧2 and p-values≦0.05） - R-loop ピークのボルケーノプロット - 有意差のある R-loop ピークを含む遺伝子の GO/Pathway 解析 ・ プロジェクトサマリーレポート 【データ例】 ・ピークコールとアノテーション 統計的に優位な DRIP 濃縮領域（R-loop ピーク）は、MACS2により p 値の閾値を 0.001 としてコールされます。 ・R-loop ピークの分類 R-loop ピークは、UCSC RefSeq アノテーションに基づく直近の遺伝子特徴（プロモーター、遺伝子本体、ターミネーター、遺伝子間）により分類されます（図4）。R-loop の分類分布のサマリー統計が提供されます。 図1. 4種類の遺伝子特徴における R-loop ピーク分類。 図2. 遺伝子特徴分類における R-loop ピークの割合。 図3. 遺伝子特徴における R-loop ピークの濃縮度と、機能サイズに対して正規化されたランダム偶数分布の比較 図4. 遺伝子本体上の R-loop ピーク分布。 X軸は転写開始点（TSS）と転写終了点（TES）間の遺伝子本体 （遺伝子本体の長さを100％に標準化）を表しています。 Y軸はマッピングされた 100万リードあたりのリードカウントを示します。 サンプル条件 品質条件 詳細 対象生物種 Human/Mouse/Rat（その他生物種については、お問合せください。） サンプルタイプ gDNA： フェノール-クロロホルムで抽出してください。 ※R-loop 構造の破壊を避けるため、、抽出作業中にボルテックスをしないでください。 必要量 ＞10μg 濃度（Nanodropに基づく） ＞20ng/μL 純度（Nanodropに基づく） O.D.260/280：1.7 O.D.260/230：1.8 DNA Integrity ・アガロースゲル電気泳動： 高分子DNAのバンドがはっきりと確認できること。 ※ DNase、RNase フリーの 1.5ml または 2ml マイクロチューブを使用してください（スクリューキャップ式を推奨） ※ ヌクレアーゼフリーの分子生物学グレードの水に溶解し、-80℃で保存してください。 ※ UV スペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースでの測定を強く推奨します。 ※ UV スペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いサンプルをご準備ください。 価格 サービス名 税別価格 カタログ# R-loop profiling 受託解析サービス （including IP＋input） ￥361,000 F-AS-DRIPcseq-［サンプル数］ ※ 1サンプルの解析料金です。海外提携先への送料が別途必要になります。 ご注意事項（必ずご確認ください） 1. 解析サービスに関して 本サービスの解析は、弊社の海外業務提携先（Arraystar社）にて実施されます。 2. 解析に利用する製品に関して 本サービスの仕様は、事前の予告なく変更される場合があります。 3. お見積りに関して 正式なお見積書は、直接販売の場合には直接ご提出いたしますが、代理店経由の場合は代理店よりご提出させて頂きます。 4. サンプルの送付および取り扱いに関して 4.1 サンプルのご発送は、必ず、サンプル送付方法およびご注意点（PDF）の内容に従ってください。送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れがおきない様にしてください。サンプルの入ったチューブには、油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバッグ等に入れてください。DNAサンプルは、アイスバックなどとともに梱包し、クール便でお送りください。ただし、DNAが冷凍状態で保存されている場合は、砕いたドライアイスとともに梱包して、冷凍便でお送りください。 4.2 サンプルは、なるべく休日をはさまない様に、弊社営業時間内（土日祝日、年末年始等を除く、平日9時～18時）に到着する様にご発送ください。なお、ご発送時の送料はお客様負担となります。着払いでは受け取りできませんので、あらかじめご注意ください。 4.3 サンプル送付の際は、受託解析サービスQCシートおよび免責事項同意書を同封してください。これらが同封されていない、または記入漏れがある場合、解析サービスに着手できませんので、ご注意ください。 4.4 ご送付いただいた DNA の品質チェックの結果、解析に必要な量が不足または低品質であった場合、サンプルの再送をお願いする場合があります。なお、再度サンプルをお送り頂く場合、業務提携先への再送料金をご負担いただきます。 4.5 弊社に起因しない（国内および国際輸送時など）サンプル喪失等に対する補償・保険制度はありませんので、貴重なサンプルをご提供頂く際はご注意ください。 4.6 お預かりできるサンプルは、BSL2（バイオセーフティーレベル2）までのものに限られます。感染性が著しく高いサンプル（HIV、HCV、HBVウイルス）に感染していることが確認されている患者由来の検体など）は、お預かりできませんので、予めご了承ください。ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。 4.7 ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了時に破棄されます。） 4.8 本確認事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。 4.9 サンプル・業務等から生じた知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社は一切の責任を負わないものとします。 4. キャンセルに関して 本サービスは、海外での解析という性質上、サンプル受領後のキャンセルはお引き受けできません。やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 5. 納品物に関して 納品物は、代理店経由でのお取引の場合、基本的に代理店を介してお送りします。 納品データのバックアップは、必ずお客様にてお取りください。弊社でのデータ保管期間は、発送日から90日間です。弊社での保管期間を経過したデータは、破棄されます。 本ページは、Arraystar社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。 【お問合せ】 受託解析部 Phone 052-624-4388 https://filgen.jp/ Copyright (C) Filgen, Inc.　All Rights Reserved.