製品・サービス情報
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Biomarker Technologies社（BMKgene） 次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
全長 mRNA シークエンス（PacBio Iso-Seq） 受託解析サービス |
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| フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング（次世代シーケンシング/NGS）/全長 mRNA シークエンス（PacBio
Iso-Seq） 受託解析サービスをご提供しています。 |
 概要
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ショートリードベースの mRNA シークエンシングは、遺伝子発現を定量化するために汎用性の高いツールですが、ショートリードに依存しているため、複雑なトランスクリプトミクス解析での利用には限界があります。一方、PacBio
シークエンシング（Iso-Seq）は、ロングリード技術を採用しており、全長 mRNA 転写物のシークエンシングが可能です。このアプローチにより、選択的スプライシング、遺伝子融合、ポリアデニル化の包括的な調査が容易になります※。PacBio
シークエンシングテクノロジーは、単一分子リアルタイム（Single molecule, real-time；SMRT）シークエンシングを採用しており、全長
mRNA 転写産物を捕捉する上で明確な利点があります。この革新的なアプローチでは、シークエンス中に DNA ポリメラーゼ活性をリアルタイムで観察できるゼロモード導波路（Zero-mode
waveguides；ZMW）と微細加工ウェルを使用します。これらの ZMW 内で、PacBio の DNA ポリメラーゼは DNA の相補鎖を合成し、mRNA
転写産物全体にわたる長いリードを生成します。PacBio の Circular Consensus sequencing (CCS) モードの動作では、同じ分子を繰り返しシークエンシングすることで精度が向上します。生成された
HiFi リードは、ショートリードに匹敵する精度を持ち、複雑なトランスクリプトーム特性の包括的で信頼性の高い解析にさらに貢献します。
※Iso-Seq では、必要なデータ出力量が多いため、遺伝子発現の定量化には他の選択肢として、ナノポアシークエンシングによるサービスもご用意しています。 |
 特徴
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poly-A mRNA からの cDNA 合成とライブラリー調製 |
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Hi-Fi リードを生成する CCS モードでのシークエンス |
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完全長転写産物の配列決定 |
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データ解析に参照ゲノムは必要ありません（参照ゲノムの使用も可） |
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転写産物のアイソフォーム lncRNA、遺伝子融合、ポリアデニル化、遺伝子構造の解析が可能なバイオインフォマティクス解析（有償オプション） |
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特長
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高精度： ショートリードに匹敵する、精度＞99.9％（Q30）の HiF iリード |
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選択的スプライシング： 転写産物全体の配列決定により、アイソフォームの同定と特性評価が可能 |
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豊富な専門知識： 1,100 以上の PacBio 全長トランスクリプトームプロジェクトを完了し、2,300 を超えるサンプルの処理実績があります。 |
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解析完了後のサポート： プロジェクト完了後 3 か月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応致します。 |
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 サービス内容
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ご送付頂いた RNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。
【シークエンスパラメーターとデータ解析内容】
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| シークエンス条件 |
PacBio Sequel II / PacBio Revio |
| ライブラリータイプ |
PolyA enriched mRNA CCS library |
| 推奨データ出力量 |
20-40Gb, 5-10M CCS |
| データ品質管理 |
Q30≧85％ |
| データ解析 |
1. データQC
2. 代替ポリアデニル化解析（Alternative Polyadenylation Analysis； APA）
3. 融合転写産物解析
4. 選択的スプライシング解析
5. BUSCO（Benchmarking Universal Single-Copy orthologs）解析
6. 新規転写産物解析： コーディング配列（CDS）の予測と機能アノテーション
7. lncRNA 解析： lncRNA とターゲットの予測
8. マイクロサテライト（Simple sequence repeat； SSR）同定 |
| ※ |
推奨データ出力量は、参考値です。 |
| ※ |
QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 |
| ※ |
パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。 |
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【作業内容】
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1. サンプル QC チェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作製
4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション） |
【解析データ例】
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BUSCO analysis
Alternative Splicing Analysis
Alternative Polyadenylation Analysis (APA)
Functional annotation of novel transcripts
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納品物
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・サンプル QC レポート
・FASTQ 形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合）
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 |
 サンプル条件
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| サンプル種類 |
必要量 |
RIN（Agilent2100） |
純度（NanoDropTM） |
| Total RNA |
≧2.0μg
液量：≧20μL
濃度：≧100ng/μL |
植物：RIN≧6.0；
動物：RIN≧8.0；
5.0≧28S/18S≧1.0；
limited or no baseline elevation |
O.D.260/280：1.7-2.5
O.D.260/230：0.5-2.5
limited or no protein or DNA
contamination shown on gel |
| ※ |
Total RNA 抽出からの作業をご希望の場合は、お問合せください。 |
| 1. |
DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL（推奨）のチューブを使用してください。 |
| 2. |
Total RNA は、RNase-free H2O に溶解し、-80℃以下で保存してください。 |
| 3. |
DNase 処理を行うことを強く推奨します。 |
| 4. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 5. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
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価格・納期
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【価格】
| サービス名 |
データ量 |
サンプル数 |
税別単価 1） |
型番 |
| 全長 mRNA シークエンス（PacBio Iso-Seq）受託解析サービス |
お問合せ |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
全長 mRNA シークエンス（PacBio Iso-Seq）受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付き |
お問合せ |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| 1) |
海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 |
【納期】
約 2 ヶ月（バイオインフォマティクス解析付： 約 2.5 ～ 3 ヶ月）
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 |
サービスの流れ
ご注意事項 （必ずご確認ください）
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本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 |
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本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。 |
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やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
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サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 |
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ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） |
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生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 |
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サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。 |
※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
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