製品・サービス情報
|
|
Biomarker Technologies社（BMKgene） 次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
Hi-C クロマチン相互作用受託解析サービス |
|
 |
| フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング（次世代シーケンシング/NGS）/Hi-C クロマチン相互作用受託解析サービスをご提供しています。 |
 概要
|
Hi-C は、近接性に基づく相互作用の探査とハイスループットシークエンシングを組み合わせることで、ゲノム構成を捕捉する様に設計された方法です。この方法は、ホルムアルデヒドによるクロマチン架橋に基づいており、続いて酵素消化と再ライゲーションすることにより、共有結合した断片のみがライゲーション産物を形成します。これらのライゲーション産物をシークエンシングすることで、ゲノムの
3 次元構成を調べることができます。Hi-Cによって、緩く詰まっており（A コンパートメント、ユークロマチン）、転写活性が高いゲノム部分と、より密に詰まっている領域（B
コンパートメント、ヘテロクロマチン）の分布を調べることができます。また、Hi-C は折り込まれた構造を持ち、類似した発現パターンを持つ可能性が高いゲノム領域であるトポロジカルドメイン（Topologically
Associated Domains： TADs）を特定したり、タンパク質によって互いに固定され、しばしば制御エレメントが濃縮された DNA
領域であるクロマチンループを同定したりするためにも使用できます。BMKgene の Hi-C シークエンスサービスは、ゲノミクスの空間的次元の探索を可能にし、ゲノムの制御とそれが健康や疾患に与える影響を理解するための新たな道を開きます。
|
 特徴
|
| ◆ |
シークエンス条件： illumina Novaseq, PE150 |
| ◆ |
組織サンプルで受入れ： ホルムアルデヒドで cross-link し、DNA とタンパク質の相互作用を保存 |
| ◆ |
Hi-C 実験では、制限酵素による切断、そして付着末端の修復が行われ、その際にビオチンが付加されます。その後相互作用を保持したまま、得られた平滑末端を環状化します。続いて
DNA はストレプトアビジンビーズでプルダウンされ、その後のライブラリー調製のために精製されます。 |
|
特長
|
| ◆ |
最適な制限酵素設計： 最大 93％ の有効な相互作用ペアで、様々な種に対して高い Hi-C 効率を保証 |
| ◆ |
豊富な専門知識： BMKgene は、800 を超える生物種を対象とした 2,000 例以上の Hi-C シークエンスプロジェクトと、様々な特許に関する豊富な経験を有しています。100
件を超える論文を発表しており、累積インパクトファクターは 2,900 を超えています。 |
| ◆ |
熟練のバイオインフォマティクスチーム： Hi-C 実験とデータ解析に関する特許と、著作権を持つ独自開発の視覚化データソフトウェアを備えています。 |
| ◆ |
包括的なアノテーション： 複数のデータベースを用いて、同定された変異を持つ遺伝子の機能的にアノテーション付加、対応するエンリッチメント解析を行うことで、複数の研究プロジェクトに関する洞察を提供します。 |
| ◆ |
解析完了後のサポート： プロジェクト完了後 3 か月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応いたします。 |
|
 サービス内容
|
ご送付頂いた DNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。
【シークエンス内容】
|
| ライブラリー種類 |
シークエンス条件 |
推奨シークエンス深度 |
Hi-C シグナル解像度 |
| Hi-C ライブラリー |
Illumina Novaseq PE150 |
Chromatin Loop： 150x
TAD： 50x |
Chromatin Loop： 10Kb
TAD： 40Kb |
※推奨データ出力量は、参考値です。
※QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 |
【データ解析内容】
|
以下の解析を含みます。
| 1. |
Raw データ QC |
| 2. |
マッピングおよび Hi-C ライブラリーQC： 有効な Hi-C 相互作用ペアと相互作用減衰指数（Interaction Decay Exponents：IDEs） |
| 3. |
ゲノムワイド相互作用プロファイリング： シス/トランス解析および Hi-C 相互作用マップ |
| 4. |
A/B コンパートメント分布の解析 |
| 5. |
TAD およびクロマチンループの同定 |
| 6. |
サンプル間の 3D クロマチン構造要素の差異解析と関連遺伝子の機能アノテーション |
| ※ |
パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。 |
|
【作業内容】
|
1. サンプル QC チェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作業
4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション） |
【解析データ例】
|
Cis and trans proportion distribution
Heatmap of chromosomal interactions between samples
Genome-wide distribution of A/B compartments
Genome-wide distribution of chromatin loops
Visualization of TADs
 |
|
納品物
|
・サンプル QC レポート
・FASTQ 形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ（有償オプション）
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 |
 サンプル条件
|
|
| サンプル種類 |
必要量 |
| 動物組織 |
≧2g |
| 全血 |
≧2mL |
| 真菌 |
≧1g |
| 植物-若い組織 |
1ｇ/アリコート、2-4 アリコートの提出を推奨 |
| 培養細胞 |
≧1x107 |
| 1. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 2. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
|
|
価格・納期
|
【価格】
| サービス名 |
サンプル数 |
税別単価 1） |
型番 |
| Hi-C クロマチン相互作用受託解析サービス |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
Hi-C クロマチン相互作用受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付き |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| 1) |
海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 |
【納期】
約 3 ヶ月（バイオインフォマティクス解析付： 約 5 ヶ月）
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 |
サービスの流れ
ご注意事項 （必ずご確認ください）
|
・ |
本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 |
| ・ |
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。 |
| ・ |
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
| ・ |
サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 |
| ・ |
ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） |
| ・ |
生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 |
| ・ |
サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。 |
※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
|
