製品・サービス情報
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Biomarker Technologies社（BMKgene） 次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
SLAF-Seq 受託解析サービス |
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| フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング（次世代シーケンシング/NGS）/SLAF-Seq 受託解析サービスをご提供しています。 |
 概要
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ハイスループットなジェノタイピング、特に大規模集団におけるジェノタイピング解析は、遺伝的関連研究の基本ステップであり、機能的遺伝子探索や進化解析などのための遺伝的基盤を提供します。この様な研究では、全ゲノムのディープリシークエンスの代わりに、Reduced
Representation Genome Sequencing (RRGS) が採用されることが多く、遺伝子マーカー探索において妥当な効率を維持しながらサンプルあたりのシークエンシングコストを最小限に抑えることができます。RRGS
は、DNA を制限酵素で消化し、特定の断片サイズ範囲に焦点を当てることで、ゲノムの一部のみをシークエンシングすることでこれを実現します。様々な
RRGS 手法の中でも、特定遺伝子座増幅断片シークエンス（Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing：
SLAF-Seq）はカスタマイズ可能で高品質なアプローチです。BMKGene が独自に開発したこの方法は、プロジェクト毎に制限酵素セットを最適化します。これにより、反復領域を効果的に回避しながらゲノム全体に均一に分布する相当数の
SLAF タグ（配列決定対象のゲノムの 400～500 bps 領域）が生成され、最適な遺伝子マーカーの発見が保証されます。
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 特徴
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シークエンス条件： illumina Novaseq, PE150 |
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ダブルバーコードを使用したライブラリー調製により、1,000 を超えるサンプルのプールが可能 |
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参照ゲノムの有無により、異なるバイオインフォマティクスパイプラインを使用（有償オプション）
参照ゲノム有り： SNP および InDel の検出
参照ゲノム無し： サンプルのクラスタリングおよび SNP の検出 |
| ◆ |
in-silico のプレデザイン段階で、複数の制限酵素の組み合わせをスクリーニングし、ゲノムに沿って SLAF タグが均一に分布するものを見つけます。 |
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プレ実験において 3 つの酵素の組み合わせを 3 つのサンプルでテストし、9 つの SLAF ライブラリーを作成します。この情報に基づいてプロジェクトに最適な制限酵素の組み合わせを選択します。 |
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 特長
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高度な遺伝マーカー探索： ハイスループットなダブルバーコードシステムに統合することで、大規模な個体群の同時シークエンシングが可能になり、遺伝子座特異的増幅は効率を高め、タグ数が様々な研究課題の多様な要件を満たすことを保証されます。 |
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ゲノムへの依存度が低い： 参照ゲノムがある種にもない種にも適用できます。 |
| ◆ |
柔軟なスキーム設計： 単一酵素、二重酵素、マルチ酵素消化、および様々なタイプの酵素を、様々な研究目的や生物種に合わせて選択できます。最適な酵素設計を行うために、in-silico
によるプレ設計が行われます。 |
| ◆ |
高効率な酵素消化： in-silico プレ設計およびプレ実験の実施により、染色体上の SLAF タグの均等な分布（1SLAF タグ/4kb）および反復配列の減少（＜5％）を備えた最適な設計を保証します。 |
| ◆ |
豊富な専門知識： 植物、哺乳類、鳥類、昆虫、水生生物など、数百の生物種に関する 5,000 以上の SLAF-Seq プロジェクトを完了した実績があります。 |
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独自のバイオインフォマティックワークフロー： BMKgene 社は、SLAF-Seq のための統合バイオインフォマティックワークフローを開発し、最終アウトプットの信頼性と正確性を保証しています。 |
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解析完了後のサポート： プロジェクト完了後 3 ヶ月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問やご質問に対応致します。 |
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 サービス内容
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ご送付頂いた DNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンス、バイオインフォマティクス解析まで実施いたします。
【シークエンスパラメーター】
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| 解析の種類 |
推奨母集団規模 |
シークエンス条件 |
| タグシークエンスの深度 |
タグ数 |
| 遺伝子地図 |
両親とその子孫（＞150） |
両親： 20xWGS
子孫： 10x |
ゲノムサイズ：
＜400Mb： WGS 推奨
＜1Gb： 100K tags
1-2Gb： 200K tags
＞2Gb： 300K tags
Max 500K tags |
| ゲノムワイド関連シークエンス解析（GWAS） |
≧200サンプル |
10ｘ |
| 遺伝的進化 |
≧30サンプル
各サブグループから＞10サンプル |
10ｘ |
| ※ |
推奨シークエンス深度は、参考値です。 |
| ※ |
QC チェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 |
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【データ解析内容】
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1. データQC
2. SLAF タグの開発
参照ゲノム有りの場合： マッピング
参照ゲノム無しの場合： クラスタリング
3. SLAF タグの解析： 統計、ゲノム全体の分布
4. マーカーの検出： SNP, InDel, SV および CNV コーリングとアノテーション
※パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプアインの変更・更新等により、変更される場合があります。 |
【作業内容】
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1. サンプル QC チェック
2. パイロット実験
3. SLAF 実験
4. ライブラリー作製
5. シークエンス作業
6. バイオインフォマティクス解析
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【解析データ例】
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Distribution of SLAF tags on chromosomes:
Distribution of SNPs on chromosomes:
SNP annotation:
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納品物
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・サンプル QC レポート
・FASTQ 形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 |
サンプル条件
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| サンプルタイプ |
量（Qubit®） |
濃度 |
純度（NanoDropTM） |
| gDNA |
≧160ng |
≧5ng/μL |
O.D.260/280=1.6-2.5
no or limited degradation or contamination |
| * |
gDNA 抽出からの作業をご希望の場合は、お問合せください。 |
| 1. |
DNase、RNase フリーの 1.5mL または 2mL （推奨）のチューブを使用してください。 |
| 2. |
Nuclease-free water または TE Buffer にて、-80℃ 以下で保存してください。 |
| 3. |
RNase 処理を行い、DNA が分解されていないことを確認してください。 |
| 4. |
UV スペクトルベースの濃度測定法では、DNA 濃度が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
※UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノム DNA を準備してください。 |
| 5. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 6. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
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価格・納期
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【価格】
| サービス名 |
データ量 1) |
サンプル数 |
税別単価 2） |
カタログ＃ |
| SLAF-Seq 受託解析サービス |
100K Tags |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| 200K Tags |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| 300K Tags |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| 400K Tags |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| 1) |
上記以外のデータ量をご希望の場合には、お問合せください。 |
| 2) |
海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 |
【納期】
約 3～3.5 ヶ月
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 |
サービスの流れ
ご注意事項 （必ずご確認ください）
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本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 |
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本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。 |
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やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
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サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 |
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ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） |
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生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 |
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サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。 |
※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
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